Yhdessä ihmissolussa on DNA-ketjua noin metrin verran. Kuva: Richard Wheeler, Wikimedia Commons

Ihmisen DNA:sta suurin osa ei ole roskaa tai tilkettä, vaan roinaa.

Helsingin Sanomien lauantain Auto & Tiede -sivuilla oli listattu "tieteen käynnissä olevia kiistoja". Itse ehkä muotoilin nämä kahdeksan ennemminkin avoimiksi kysymyksiksi, koska näissä ei löydy omia leirejä. Kyllä sitä biologian alalla oikeitakin kiistoja löytyy, ja varmasti niihin kiistoihin tulen tässä blogissa lusikkani työntämään. Kasvatuspsykologian puolella otin jo kantaa diginatiiveihin.

Esimerkkinä hyvinvoivasta kiistasta on roska-DNA. Kerran vuodessa toistuu uutinen, että roska-dna:ta ei ole olemassa ja että käsitteestä pitäisi luopua (1,2,3,4). Näiden löytöjen vakuuttavuudesta kertoo eniten se, että uutinen toistuu vuodesta toiseen pääpiirteissään samana: ”Aiemmin luultiin, että suurin osa genomista on jättömaata, DNA:ta joka ei tee mitään. Nyt tiedämme, että sieltä löytyy toiminnallisia osia. Joten luopukaamme roska-DNA –käsitteestä.”

Suurin syyllinen näihin uutisiin tuntuu olevan käytetty sanasto. Genomin koodavaksi alueeksi (joka on sama kuin proteiineja koodaavat geenit) sanotaan sitä DNA:ta, jossa on proteiinien rakenneohjeet: DNA josta muokataan lähetti-RNA, jonka mukaan rakennetaan peptidiketju, josta muodostuu proteiini. Aina on tiedetty, että tämän alueen ulkopuolella on merkittävä määrä muuta toiminnallista DNA:ta, kuten säätelyalueita, sääteleviä RNA-geenejä ja transposoneja. Suurin osa genomista ei kuitenkaan vaikuta tekevän mitään muuta kuin kahdentuvan solusukupolvesta toiseen.

Alkuperäinen junk DNA on tarkkaan harkittu käsite. Siihen liittyy ajatus tavarasta, jota vain sattuu kerääntymään nurkkiin, mutta joka ei aiheuta haittaa. 'Roska-dna' voi viedä ajatuksiamme harhaan. Roskahan on jotain joka pitää heittää pois tai se jää haisemaan nurkkiin. Luonnonvalinta kyllä hankkiutuu roskasta eroon, mutta rojusta se ei välitä. Harri Savilahti käyttääkin nimitystä roina-DNA, joka on kirjaimellisempi käännös. Roina on sitä kamaa, josta ei hankiuduta eroon, koska ei tarvitse. Tilke-DNA on etenkin Helsingin Sanomien käyttämä termi, johon en ole paljon muualla törmännyt. Tämäkin on huono käännös. Tilkkeestä saa käsityksen, että genomissa on muutamia pieniä reikiä, jotka on pitänyt täyttää toimimattomalla DNA:lla. Oikeasti ihmisen genomi geenien ja säätelyalueiden harvaan asuttama, toiminnallista DNA:ta on todella vähän.

Mikä sitten on roinaa? Käytännössä kaikki se osa DNA:sta joka ei ole toiminnallista. Toiminnalliseksi DNA:ksi lasketaan kaikki alueet, jotka ovat proteiinien muodostumiselle välttämättömiä: itse geenit, niiden säätelyalueet ja monet RNA-geenit. Larry Moranin laskujen mukaan tällä hetkellä genomista tiedetään olevan toiminnallista 8,7% ja roinaa 65%. Lopusta ei vielä tiedetä - ja näihinkin lukuihin kannattaa suhtautua varauksella. Suoraa todistusaineistoa DNA:n toiminnasta on yllättävän vähän.

Miten määritellään toiminnallisuus? Yksi näkyvyyttä saanut ehdotus on "biokemiallinen aktiivisuus", jonka perusteella jopa 80% genomista olisi toiminnallista. Itse en kuitenkaan lämpene tälle, koska pidän tätä määritelmää liian lepsuna. Niin lepsuna ettei se ole enää hyödyllinen. Itse kannatan enemmin evolutiivista lähestymistä: toiminnallista DNA:ta on se, joka on välttämätöntä yksilön kehittymiselle. Tämän toiminnallisen osan selvittäminen on suoraviivaista: Yksi tapa on vertailla lähisukuisia lajeja. Toiminnallisen alueen mutaatioiden ajatellaan olevan pääosin haitallisia, kun taas tarpeettomalla alueella tällä ei ole väliä.  Tämä johtaa siihen, että lähisukuisten lajien toiminnalliset alueet ovat samanlaisempia keskenään kuin tarpeettomien alueiden. Toinen tapa on poistaa genomista alueita ja seurata onko sillä seurausta eliön kehitykseen.

(Tähänkin jää pieni epävarmuus: oletamme, että DNA:n toiminnallisuus johtuu vain emäsjärjestyksestä, jonka perusteella ketjuun sitoutuu säätelijöitä. Kolmiulotteisella muodollakin saattaa olla oma vaikutuksensa, ehkä, tai sitten ihan puhtaasti DNA:n määrällä ja emäsjärjestyksen pituudella.)

Yhdysvalloissa roina-DNA-keskustelu saa usein kiivaitakin piirteitä, koska taustalla on pitkäaikaisia  vastakkainasetteluja. Adaptionistit painottavat luonnonvalinnan ja sopeutumien merkitystä evoluutiossa ja he pitävät roina-DNA:ta epäilyttävänä tästä näkökulmasta. Ironista kyllä, myös kreationistit arvostavat sitä, että DNA:ssa ei ole roinaa, vaan genomi sisältää vain tarpeellisen.

Roina on ennen kaikkea historian taakkaa, hitaasti kerääntyvää roinaa. Suurin osa siitä on toistojaksoja, jotka ovat syntyneet luultavasti DNA:n kopioitumisvirheinä. Viruksia on sulautunut ihmisen genomiin. Osa on ihmisen omia geenejä, jotka ovat kopioituneet ja muuttuneet mutaatioiden takia toimimattomiksi pseudogeeneiksi. Niistä ei ole ollut hyötyä tai haittaa, joten niistä ei ole täytynyt hankkiutua eroon. Emme tiedä vastauksia keskeisimpiin kysymyksiin: kuinka nopeasti roinaa kertyy ja kuinka nopeasti sitä siivotaan pois?

Avoimia kysymyksiä roinasta ja sen luonteesta riittää. Eliöiden monimutkaisuus ei tunnu riippuvan kromosomien määrästä (käärmeenkielellä on kuusikymmentä kertaa enemmän kromosomeja kuin meillä), genomin koosta (ameeban genomi on kolmesataa kerta isompi kuin meillä) tai geenien määrästä (omenalla on kolme kertaa enemmän kuin meillä). Minkä takia meillä sitten on sen verran roinaa kuin sitä on? Sattumaako vain? Onko ajatus siitä, että "rakennusohjeissamme" on paljon turhaa epämiellyttävä?

Ja tietenkin: parempia ehdotuksia hyvästä suomennoksesta otetaan vastaan!

Kommentit (128)

M K
Liittynyt25.12.2013
Viestejä26

Toisin sanoen kirjahyllyssä oleva koriste-esine on roinaa, koska sitä ei tarvitse elämiseen? En ole mikään sortin biologi, mutta termistö nyt ei kolahda yhtään. Minulle roina on sellaista, jonka voi kärrätä vaikka huomenna kaatopaikalle, eikä sitä kukaan enää en jälkeen kaipaa tai muista. DNA:sta tuskin isokaan osa on vastaavaa.

Peter Huuhka

​Dna "roskaa" ei ole; pikemmin valmius muuttuviin olosuhteisiin. Oletteko miettineet miksi eräät kasvit tuottavat runsaasti siemeniä, jotka leviävät tuulen mukaan laajalti.

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364

Ei oo roinaa.
Varmuuden vuoks ja pahan päivän varalle ovat.
Täytyy pitää tallessa ja passata ne jälkeläisille.
Joku saattaa tulevaisuudessa tarvita.

 

Nimimerkillä anttiikikauppias

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692

Perintöroina-DNA?

- Perintönä voi saada joko roskaa tai arvokasta tavaraa. Sitä paitsi jonkun roska on toisen aarre. Tämä tietty pitää sisällään ajatuksen, että geenejä koodava osuus genomista olisi arvo-perintöä.

Sitä en tiedä, olisivatko säätelyosuudet arvo-perintöä, vai eivät. Joskushan niistä voi olla pelkkää haittaa, kuten isoäitien nälänhädän aikana päälle napsahtaneet energiansäästö-lukot päälle, joiden takia jälkeläiset lihovat ja sairastuvat sitten diabetekseen. Toisaalta, eikös nämä epigeneettiset alueet ole myös tärkeitäkin: jos en väärin muista, niin ihmisen erottaa simpansseista pikemminkin epigeneettinen koodi kuin pelkät proteiineja koodaavat geenit?

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
Roina on ennen kaikkea historian taakkaa, hitaasti kerääntyvää roinaa. Suurin osa siitä on toistojaksoja, jotka ovat syntyneet luultavasti DNA:n kopioitumisvirheinä. Viruksia on sulautunut ihmisen genomiin. Osa on ihmisen omia geenejä, jotka ovat kopioituneet ja muuttuneet mutaatioiden takia toimimattomiksi pseudogeeneiksi.

Hyvin vähän ymmärrän asian tiimoilta mutta tuli "ex tempore" ajatus siitä että jos tämä "Junk DNA" on "tarkoituksellisesti" esim virusten maalitaluna ihan vain pienentääksen viruksen aiheuttamaa aktiiviseen genomiin osumisen riskiä negatiivisesti vaikuttaville muutaatioille? Toiminnalliset "piiloutuvat massaan" huonomman osumistodennäköisyyden suojaviittaan? jos genomissa olisi 100% toiminnallisia kaikki virheet/"osumat" siinä näkyisi välittömästi? Eli nyt yli 90% genomista on "dummy maalitauluina" jotka ei mutatoituessaan aiheuttaisi suurempaa haittaa organismille?

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Tuota ongelmavyyhteä kun yrittää hahmottaa, alkaa suorastaan huimata. Mutta kiinnostava se on. Olen huvikseni jakanut asiasta kiinnostuneet kahteen leiriin, Larry Moraniin uskovaan "vähän funktionaalisia geenejä" -ryhmään  ja Moranin väheksymän J.S.Mattickin ja muiden "paljon funktionaalisia geenejä" -ryhmään. Itse olen taipumassa Mattickin kannalle, joskin vakuuttava näyttö vielä puuttuu.

Mattickin kannalle viehkoo muun muassa se, että joillakin genomin osilla, joita "ennen" on pidetty toimimattomina, löytyy silloin tällöin selkeää funktionaalisuutta. Esimerkiksi lncRNA:ta on vielä pari vuotta sitten uskottu toiminnattomaksi, kun taas uusi tutkimus puhuu päinvastaista:  

http://www.nature.com/bjc/journal/v108/n12/full/bjc2013233a.html

We discuss the epigenetic and other mechanisms through which lncRNAs function and how they contribute to each stage of cancer progression, understanding of which will be crucial for realising new opportunities in cancer diagnosis and treatment. Long noncoding RNAs play important roles in almost every aspect of cell biology from nuclear organisation and epigenetic regulation to post-transcriptional regulation and splicing

http://elife.elifesciences.org/content/2/e01749

Long noncoding RNA -molekyylit ovat genomin osia, joiden funktionaalisuudesta on saatu näyttöä mm. J.S.Mattickin tutkimuksissa. Harwardin tutkijaryhmä raportoi nyt sitovasta näytöstä, jonka mukaan lncRNA-molekyylit, joita pitkään on pidetty roskana, omaavat hyvin tärkeitä funktioita.

Vaaka näyttää nyt olevan kallistumassa "paljon funktionaalisia geenejä genomissa" -näkemyksen puolelle. Täytyy kuitenkin muistaa, että kyseessä on vain väliraportti..

Harvardin tutkijaryhmä valmisti 18 hiirilajia, joista kultakin oli poistettu joku lncRNA-molekyyli. Riippuen poistetusta molekyylistä ilmeni joukko kehityshäiriöitä. Osa poikasista ei jäänyt edes eloon. Toisilla ilmeni kehityshäiriöitä keuhkoissa, suolistossa, sydämessä ja aivoissa. Niinpä tutkijaryhmä toteaakin raportissaan:

This study demonstrates that lncRNAs play critical roles in vivo and provides a framework and impetus for future larger-scale functional investigation into the roles of lncRNA molecules.

Pidän nyt pienen tauon mutta toivon vielä saavani tuoda tähän kiinnostavaan keskusteluun joitakin näkökohtia ja pohdintojen aiheita..

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

En ole varma olenko ymmärtänyt oikein, mutta Larry tuntuu joskus joutuneen uskossaan heikoksi vielä joku aika sitten vakuutettuaan, että funktionaalista ainesta on genomissamme korkeintaan 8 %:

http://sandwalk.blogspot.fi/2013/11/ver ... ed-by.html

Larry Moran kirjoittaa: Tekijät väittävät ihmisen genomin sisältävän miljoonia vahvistajia. Olettaen että "miljoonia" merkitsee kahta miljoonaa, solu sisältää keskimäärin sata vahvistajageeniä aina yhtä koodaavaa geeniä kohti. Tämä tarkoittaa, että jokaista kodaavaa geeniä säätelee sadan transkriptiotekijän sitoutuminen sataan transkriptiotekijän sitoutumispaikkaan (vahvistajiin), Täten suuri joukko genomiamme (40 %) on säätelijöitä.

The authors claim that there are millions of enhancers in the human genome. If we take "millions" to mean just two million then there are, on average, one hundred enhancers per gene. This means that expression of each gene in our genome is regulated, on average, by the binding of 100 transcription factors to 100 transcription factor binding sites (= enhancers). Thus, a lot of our genome (40%) is devoted to regulation.

Miksihän Larry Moran nyt arvioi 40 % genomista olevan funktionaalista? Moranin entinen arviohan on ollut 8 %. Nyt se on 40% sillä oletuksella, että Naturen uuden artikkelin kirjoittajat tarkoittaisivat miljoonilla vain kahta miljoonaa.

Tähän on yksi ja vain yksi ilmeinen syy. Se on Naturen artikkeli:

http://www.nature.com/nature/journal/v5 ... 12753.html

Tai oikeastaan sen kirjoittajat Wouter de Laat ja Denis Duboule. Kyseiset tutkijat ovat nimittäin genetiikassa ehdottomia maailman huippuja. Puhuminen heitä vastaan tekisi puhujasta helposti naurunalaisen - olettaen, että he sattuisivatkin olemaan oikeassa.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://sandwalk.blogspot.fi/2013/08/dea ... mment-form

Arvioidessaan seuraavaa artikkelia biokemian professori Larry Moran toteaa näkemyksenään olevan, että vain 10% proteiinia koodaamattomasta DNA:sta on aidosti funktionaalista: No knowledgeable scientist ever claimed that all noncoding DNA was junk. We have always known about other functions of the genome. That's why we say that "only" 90% of our genome is junk.

Cell -tiedelehdessä juuri ilmestyneen artikkelin referaatti puolestaan puhuu paljon suuremmasta määrästä funktionaalisia geenejä. Larry Moranin mukaan referaatissa täytyy olla virhe

http://www.centenarynews.org.au/how-jun ... velopment/

Kumpi "puoli" on tässä oikeassa ilmenee varmaan pian. Joka tapauksessa australialainen tutkijaryhmä on löytänyt täysin uuden tavan, jolla funktionaalinen ei-koodaava DNA säätelee solun monia ominaisuuksia

"This discovery, involving what was previously referred to as "junk," opens up a new level of gene expression control that could also play a role in the development of many other tissue types," Rasko says. "Our observations were quite surprising and they open entirely new avenues for potential treatments in diverse diseases including cancers and leukemias."

Asia vaivasi mieltä sen verran, että päätin kysyä sitä kyseisen tutkimuksen johtajalta John Raskolta. Ja hän vastasi, että kyseessä ei ollut referoijan virhe, vaan

"Yes give or take a couple of percent its true"

Vielä piti tarkistaa mitä tuo sanonta give or take oikein merkitsee. Ja se on:
give or take=Plus or minus a small specified amount

Siis professori Raskon vastaus suomennettuna olisi: "Kyllä, parin prosentin tarkkuudella se on totta". Toisin sanoen, australialaisen tutkijaryhmän mukaan 97 % noncoding-geeneistä on funktionaalisia omaten solun ominaisuuksia säätelevän tehtävän.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Jotkut yhteistoiminnalliset säätelygeenit sijaitsevat niin kaukana toisistaan, että kehittymättömimmillä tutkimuslaitteilla ei ole ollut helppo huomata niiden toiminnallisuutta. Esimerkiksi kasvonpiirteiden myriadit erot syntyvät tällaisten kaukana toisistaan sijaitsevien säätelygeenien vaikutuksesta:

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 143319.htm

Miten sadat miljoonat, jopa miljardit kasvot saavat toisistaan eroavat, tunnistettavat muotonsa? Tätä ei ole genetiikan kannalta paljoakaan pohdittu ennenkuin nyt Berkeleyn laboratorion tutkijoiden toimesta. Kasvojen ja pään muotoa eivät määrää geenit sinänsä, vaan monet tuhannet "roska-DNA:ssa" satojen tuhansien emäsparien etäisyydellä koodaavista geeneistä sijaitsevat säätelijät, säätelygeenit, jotka ohjaavat koodaavien geenien toimintaa hienoviritteisesti hidastamalla ja nopeuttamalla sitä.

Tutkijat estivät joidenkin säätelijöiden toiminnan hiiren alkiossa ja tulokset näkyivät hiiren pään omituisina muotoina. Ilmeni monimutkainen säätelijämaisema ja säätelijöiden monimutkaiset vaikutukset koodaaviin "kasvogeeneihin". Monia säätelijöitä löytyi hiiren kromosomien alueesta, jota vastaava alue ihmisellä sisältää tunnetusti kallon ja kasvojen synnynnäisiä vikoja eiheuttavia tekijöitä.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 124351.htm

Whitehead-Instituutin tutkijat kuvaavat miljoonien säätelygeenien joukosta paljastamiaan "super-vahvistajia", joiden yksi tehtävä on luoda sadat kehon eri solutyypit. Supervahvistajilla on kuitenkin monipuolinen vaikutus esimerkiksi syöpäsoluihin.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Juolahti mieleen, että voisihan olla vanhanaikaisia (kooltaan massiivisia) ja uudenaikaisia (suuria tai jopa pieneen tilaan ahdettuja) säätelyjärjestelmiä. Juolahdus tuli muistaessani, miten joskus 60-luvun alkupuolella arvelin osallistua ATK-kurssille, mutta kun meidät vietiin liki puimakoneen kokoiselle tietokoneelle, joka puhisi ja jossa läpsyi reikäkortteja, sain tarpeekseni. Paljon suurempi teho mahtuu nykyisin kourassa poidettävään pikku vempaimeen.

Eräs pieni kiinnostava eliö pullauttaa pois suurimman osan genomiaan eräässä elinvaiheessaan. Tämä on varmaan ongelma junk-DNA-kysymyksessä. (Äskettäin kohistiin myös isovesiherneen genomista, jonka suurin osa osoittautui tarpeettomaksi).

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 140408.htm

Vanhasta puima- , ei kun tietokoneesta tuli vielä mieleen, että genomiin varastoitunutta tietoa voidaan ahtaa ja tiivistää liki rajatta, mutta tiivistämisellä saattaisi olla myös optimi, jota eliö ei mielellään ylitä. Optimi voisi olla jopa solun ominaisuuksien tai ympäristötekijoiden funktio.

Miten sitten genomin voi ajatella etsiytyvän optimiin? Aivan uusi tutkimustulos, jota olen mm. Petrin blogin kommenttiosastossa mainostanut, on bakteerin geeneistä löydetyt kognitiiviset geenipiirit (kognitiivinen on tosin oma tulkintani), jotka toimivat bakteerikollektiivin yhteisöllisyyden moodien perustana. Tämä melko mullistava tutkimustulos melkein väistämättä yleistyy isompien olioiden genomia koskevaksi ja yleistetty kognitiivisuus voisi toimia mm. juuri genomiin ja sen aktiiviseen ympäristöön sijoittuneen informaation tiivistäjänä.

Genomin ja sen kognitiivisten geenipiirien (oma tulkinta) vuorovaikutusta olisi varmaan vaikea havaita, vaikka siitä seuraisikin koko genomia koskevaa toimeliaisuutta.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Tutkimusvälineiden ja -strategioiden kehittyessä sattuu tuon tuostakin, että genomista löytyy uusi, ennalta-arvaamaton funktionaalinen ryhmä.

http://www.sciencemag.org/content/340/6128/25

Mitch Leslie raportoi eräästä evoluution toimimattomaksi jäänteeksi katsotusta genomissa olevasta entsyymiryhmästä. Hänen Science-artikkelinsa nimi on "Kuolleet entsyymit osoittavat elonmerkkejä" (Dead Enzymes Shows Signs of Life).

Leslien mukaan eräät pseudoentsyymit ovat pitäneet tutkijoita narreina. Esimerkiksi klassinen pseudokinaasi CASK ei toimi kuten kinaasien uskottu toimivan. Tästä syystä on jäänyt havaitsematta sen todellinen toiminta.

Kymmenisen vuotta sitten kehittyi uskomus, että suuri joukko erilaisia entsyymejä oli tosiasiallisesti täysin tarpeettomia, susia. Vain joitakin tutkijoita jäi ihmetyttämään, mitä syytä järjestelmällä on tuottaa proteiineja, joilla ei ole mitään virkaa solun koneistossa. Oliko näiden proteiinien merkityksettömyys virhearvio?

Leslien mukaan kyseessä oli todella virhearvio. Monet epäaktiivisina pidetyt entsyymit eivät toimikaan entsyymeinä, niinkuin tutkijat olettivat, vaan monissa muissa erilaisissa rooleissa. Jotkut niistä auttavat "oikeita" entsyymejä tehtävässään. Toiset toimivat alustoina, joiden päälle proteiinit voivat asettua. Jotkut muut taas auttavat soluja kommunikoimaan, jotkut toimivat turvamiehinä saatellen proteiineja uusiin kohteisiin jne.

Ne osoittautuvat biologisesti todella tärkeiksi, toteaa proteiinikemisti Susan Taylor Kalifornian yliopistosta. Niiden säilymisellä on syy.

Monet pseudoentsyymit ovat siis osoittautuneet biologisesti funktionaalisiksi. Tavallisesti ne sijaitsevat DNA:ssa aktiivisten entsyymien yhteydessä, usein samassa kudoksessa.

Tästä seuraa luontevasti niiden säätelyky. Esimerkiksi yksi sitoutumiskyvyn omaava pseudoentsyymi sijoittaa aktiivisen etsyymin paikkaan, jossa se voi toimia. Toinen tekee mahdolliseksi erään entsyymin irtautumisen soluelimestä, jotta sen solukalvolle siirtyminen mahdollistuisi. Ilman avustavaa pseudoentsyymiä aktiivinen entsyymi ei pääsisi kohteeseensa ja olion immuunisuusvaste jäisi saavuttamatta.

Leslie toteaa, että tutkijat eivät enää voi olettaa tietävänsä, mitkä ovat hyödyllisiä ja mitkä hyödyttömiä solun asia.

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
BCK

Perintöroina-DNA?

- Perintönä voi saada joko roskaa tai arvokasta tavaraa. Sitä paitsi jonkun roska on toisen aarre. Tämä tietty pitää sisällään ajatuksen, että geenejä koodava osuus genomista olisi arvo-perintöä.

Sitä en tiedä, olisivatko säätelyosuudet arvo-perintöä, vai eivät. Joskushan niistä voi olla pelkkää haittaa, kuten isoäitien nälänhädän aikana päälle napsahtaneet energiansäästö-lukot päälle, joiden takia jälkeläiset lihovat ja sairastuvat sitten diabetekseen. Toisaalta, eikös nämä epigeneettiset alueet ole myös tärkeitäkin: jos en väärin muista, niin ihmisen erottaa simpansseista pikemminkin epigeneettinen koodi kuin pelkät proteiineja koodaavat geenit? 

Ihminen on geeniensä herra.
Joissain uskonnoissa esimerkiks uskotaan että asioihin ei voi vaikuttaa, 
ne on kiveen hakattu ja tapahtumat on jo määritelty jokaisen kohtalossa. Jossain taas uskotaan että ihminen on "oman onnensa seppä", että asioihin ja omaan itseensä, omaan terveyteensä ja tulevaisuuteensa voi vaikuttaa omilla teoillaan.

Itse snoisin että helpon tien valinta johtaa juuri tuohon mitä sanoit. Ne geenit sitten vie, mitä nyt kulloinkin sattuu olemaaan aktiivisena, mutta hiukan itse panemalla hanttiin ja "järjestelemällä" elämästä saattaa muodostua hyvinkin erilainen ja geenit muotoutuun ja aktivoituu sen mukaan.
Eli ne "romut" on siellä antamassa valinnanvaraa. Ne voi näennäisesti uinua, mutta tarvittaessa myös aktivoitua.

Itse pidän vanhoista honekaluista.
Mielummin valitsen 100 vuotta vanhan puisen kaapin joka on hiukka epäkäytännöllinen nykytarkoituksiin, (mutta on kestänyt jo 100 vuotta) kuin käytännöllisen lastulevykaapin johka paukahtaa siirrettäessä käden kohdalle reikä (kokemusta löytyy). Siitä johtuen suuri osa omista huonekaluista onkin puisia ja teetettyjä omien vaatimusten mukaan. Sama toimii mielestäni genomissa. PALJON on siitä kiinni mitä vaatimuksia sille asettaa ja kuinka itse panostaa. Valmiudet on siellä.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
SamikoKu
BCK

Perintöroina-DNA?

- Perintönä voi saada joko roskaa tai arvokasta tavaraa. Sitä paitsi jonkun roska on toisen aarre. Tämä tietty pitää sisällään ajatuksen, että geenejä koodava osuus genomista olisi arvo-perintöä.

Sitä en tiedä, olisivatko säätelyosuudet arvo-perintöä, vai eivät. Joskushan niistä voi olla pelkkää haittaa, kuten isoäitien nälänhädän aikana päälle napsahtaneet energiansäästö-lukot päälle, joiden takia jälkeläiset lihovat ja sairastuvat sitten diabetekseen. Toisaalta, eikös nämä epigeneettiset alueet ole myös tärkeitäkin: jos en väärin muista, niin ihmisen erottaa simpansseista pikemminkin epigeneettinen koodi kuin pelkät proteiineja koodaavat geenit? 

Ihminen on geeniensä herra.

Yksi mikä pistää näissä kommenteissa silmään on se että me kuvittelemme olevamme jotenkin itsenäinen ympäristöstä erillään oleva toimija. Mielestäni nämä on egon omia harhakuvitelmia.  

Einstein sanoi sen jotensakin näin "ympäristö alkaa siitä mihin minä loppuu" 

Mitä hän tarkoitti tällä?

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jussipussi
SamikoKu
BCK

Perintöroina-DNA?

- Perintönä voi saada joko roskaa tai arvokasta tavaraa. Sitä paitsi jonkun roska on toisen aarre. Tämä tietty pitää sisällään ajatuksen, että geenejä koodava osuus genomista olisi arvo-perintöä.

Sitä en tiedä, olisivatko säätelyosuudet arvo-perintöä, vai eivät. Joskushan niistä voi olla pelkkää haittaa, kuten isoäitien nälänhädän aikana päälle napsahtaneet energiansäästö-lukot päälle, joiden takia jälkeläiset lihovat ja sairastuvat sitten diabetekseen. Toisaalta, eikös nämä epigeneettiset alueet ole myös tärkeitäkin: jos en väärin muista, niin ihmisen erottaa simpansseista pikemminkin epigeneettinen koodi kuin pelkät proteiineja koodaavat geenit? 

Ihminen on geeniensä herra.

 

Yksi mikä pistää näissä kommenteissa silmään on se että me kuvittelemme olevamme jotenkin itsenäinen ympäristöstä erillään oleva toimija. Mielestäni nämä on egon omia harhakuvitelmia.  

Einstein sanoi sen jotensakin näin "ympäristö alkaa siitä mihin minä loppuu" 

Mitä hän tarkoitti tällä?

En tiedä mitä tarkoitti. Yleensä en tykkää siteerata ketään "auktoriteetteja".

Sanoisin kuitenkin että tää geenijuttu tulee jossain vaiheessa yhdistymään uskonnon kanssa.
Meinaan niin päin että tiede tulee lopulta toteenäyttämään asioita genomin kautta mistä jotkut uskonnot on puhunu alusta saakka. Eli alkaa tapahtau lähentymistä uskonto vastaan tiede ja lopulta jopa niin päin että uskonnollisia asioita lähdetään selittämään tieteellä ja niin että uskonto otetaan jossain suhteessa jopa neuvontajaksi tieteeseen mihin suuntaa pitäisi mennä ja mitä tutkia.

Näistä on jo käytännökokemuskia esimerkiks meditoinnin osalta, third man jne.

Mitäkö yritän tällä kertoa?

No, sitä että monia tieteellisia asioita pystyy ja on pystynyt pähkäilemään aika alkeellisilla valmiuksilla jo tuhansia vuosia sitten.
Joku on siis näitä juttuja jo miettiny aikojen alussa ja asiat on täytyny laittaa "kansanomaiseen muotoon" että niitä ymmärretään, syntyy uskonto. 

Mikään ei ole erillään mistään ja kaikki liittyy lopulta kaikkeen. Se että jos sanon että genomiinsa pystyy vaikuttamaan ei tarkota sitä että kaikki pystyy. Useemmat vaan ei edes yritä. Jos on läski tai alkoholisti niin aina voi syyttää ympäristötekijöitä, omia geenejään, liian tehokkaita suolistobakteerejaan jne. Ihminen on mestari hakemaan tekosyitä omalle mukavuudenhalulleen.

 

 

 

 

 

 

 

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241
SamikoKu

Sanoisin kuitenkin että tää geenijuttu tulee jossain vaiheessa yhdistymään uskonnon kanssa.
Meinaan niin päin että tiede tulee lopulta toteenäyttämään asioita genomin kautta mistä jotkut uskonnot on puhunu alusta saakka. Eli alkaa tapahtau lähentymistä uskonto vastaan tiede ja lopulta jopa niin päin että uskonnollisia asioita lähdetään selittämään tieteellä ja niin että uskonto otetaan jossain suhteessa jopa neuvontajaksi tieteeseen mihin suuntaa pitäisi mennä ja mitä tutkia.

Näistä on jo käytännökokemuskia esimerkiks meditoinnin osalta, third man jne.

Mitäkö yritän tällä kertoa?

No, sitä että monia tieteellisia asioita pystyy ja on pystynyt pähkäilemään aika alkeellisilla valmiuksilla jo tuhansia vuosia sitten.
Joku on siis näitä juttuja jo miettiny aikojen alussa ja asiat on täytyny laittaa "kansanomaiseen muotoon" että niitä ymmärretään, syntyy uskonto. 

Mikään ei ole erillään mistään ja kaikki liittyy lopulta kaikkeen..

Nythän on tosiaan tullut paljon raportteja mielen vaikutuksesta geeneihin sekä meditaatiossa että muissa tilanteissa

http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131208090343.htm

http://www.uchospitals.edu/news/2012/20120409-social-stress.html

Amerikkalainen psykologian tohtori Ernest Rossi työryhmineen on psykoanalyysin, kokemansa aivoinfarktin ym pohjalta kehittämässä genomisen tietoisuuden teoriaa. Siinä geeneillä ja niiden aktivoiduilla tiloilla on suuri vaikutus mieleen

http://www.ernestrossi.com/ernestrossi/keypapers/PG%20GE%20PB%20Stroke.pdf

http://www.ernestrossi.com/ernestrossi/keypapers.html

Onko aivojen genomikollektiivi elämyksellisen tietoisuuden ja fysikaalisen tapahtumisen eräänlainen yhteysasema? Tällä kysymyksellä voi olla relevanssia myös genomin kokonaisuuden merkityksellisyyden (vaikka ei välttämättä genomin kaikkien osien biokemiallisen funktionaalisuuden) suhteen

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Blogissaan http://sandwalk.blogspot.com/2011/03/ju ... rrect.html
professori Larry Moran (Sandwalk) pitää kiinni siitä, että korkeintaan 10 % tilke-DNA:sta on toiminnallista ja tutkijat, jotka väittävät sitä olevan enemmän, ovat väärässä. Tämähän on sikäli ymmärrettävää, että vasta noin sadasosa genomin roskageeneistä on tutkittu. "Meidän joukossamme, jotka puolustamme roska-DNA:ta, on hyvin vähän niitä, jotka tulivat toisiin ajatuksiin viimeisten kymmenen vuoden aikana. Miksi näin? Siksi, että me emme yksinkertaisesti usko, että laajasta transkriptiosta kertova tosiasia-aineisto on mielekäs."

Toisin sanoen, lukuisat tutkimukset ovat tuottaneet vääriä tuloksia! No, Larry Moran on jo huomattavasti korjannut arviotaan vuodesta 2011.

Mikähän lopultakin ratkaisisi kiistan? Tarjoutuu kaksi mahdollisuutta. Ensimmäinen on tieteellinen, sitova todistus sille, että kaikki mahdolliset genomissa olleet funktionaaliset osat on löydetty. Toinen mahdollisuus on jatkaa etsimistä, seulontaa jne. yhä kehittyneemmin menetelmin ja lopulta todeta, että kaikki funktionaaliset osat on nyt löydetty ja enempää ei löydy.

Toistaiseksi tutkimista on riittänyt ja silloin tällöin on löytynytkin jotain funktionaalista. Selviä merkkejä löydösten ehtymisestä ei ole edes näköpiirissä tutkimusmenetelmien ja -strategioiden huikeasti kehittyessä. 

Seuraavassa ensin kerrotaan säätelytekijöistä insuliiniongelmissa (aikuisiän diabeteksessa). Toisen linkin alla kerrotaan Yalen yliopistossa keksitystä seulontamenetelmästä, jolla voidaan tulevaisuudessa paljastaa erilaisten sairauksien puhkeamiseen liittyvät spesifit toiminnalliset geenit.  

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140112190803.htm

"Non-coding DNA, or junk DNA as it is sometimes known, is the dark matter of the genome. We're only just beginning to unravel what it does," said leading author Professor Jorge Ferrer, a Wellcome Trust Senior Investigator from the Department of Medicine at Imperial College London.

In the new study scientists mapped the regulatory elements that orchestrate gene activity in the cells of the pancreas that produce insulin, a hormone that regulates blood sugar.

http://kidsahead.com/external/article/903

Unlike the coding region of the genome where our 23,000 protein-coding genes lie, the non-coding region -- which makes up 98% of our genome -- is poorly understood. Recent studies have emphasised the biological value of the non-coding regions, previously considered 'junk' DNA, in the regulation of proteins. This new information provides a starting point for researchers to sieve through the non-coding regions and identify the most functionally important regions.

"Our technique allows scientists to focus in on the most functionally important parts of the non-coding regions of the genome," says Professor Mark Gerstein, senior author from the University of Yale. "This is not just beneficial for cancer research, but can be extended to other genetic diseases too."

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
M K

Toisin sanoen kirjahyllyssä oleva koriste-esine on roinaa, koska sitä ei tarvitse elämiseen? En ole mikään sortin biologi, mutta termistö nyt ei kolahda yhtään. Minulle roina on sellaista, jonka voi kärrätä vaikka huomenna kaatopaikalle, eikä sitä kukaan enää en jälkeen kaipaa tai muista. DNA:sta tuskin isokaan osa on vastaavaa.

 

Koska ns. säätelyalueet kuuluvat tuohon "roina-DNA:han", ja koska säätelyalueet ovat osittain tuikitärkeitä (erottavan mm. meidät simpansseista), niin siinä mielessä "roina" tosiaankin on väärä sana.

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
jussipussi
SamikoKu
BCK

Perintöroina-DNA?

- Perintönä voi saada joko roskaa tai arvokasta tavaraa. Sitä paitsi jonkun roska on toisen aarre. Tämä tietty pitää sisällään ajatuksen, että geenejä koodava osuus genomista olisi arvo-perintöä.

Sitä en tiedä, olisivatko säätelyosuudet arvo-perintöä, vai eivät. Joskushan niistä voi olla pelkkää haittaa, kuten isoäitien nälänhädän aikana päälle napsahtaneet energiansäästö-lukot päälle, joiden takia jälkeläiset lihovat ja sairastuvat sitten diabetekseen. Toisaalta, eikös nämä epigeneettiset alueet ole myös tärkeitäkin: jos en väärin muista, niin ihmisen erottaa simpansseista pikemminkin epigeneettinen koodi kuin pelkät proteiineja koodaavat geenit? 

Ihminen on geeniensä herra.

 

Yksi mikä pistää näissä kommenteissa silmään on se että me kuvittelemme olevamme jotenkin itsenäinen ympäristöstä erillään oleva toimija. Mielestäni nämä on egon omia harhakuvitelmia.  

Einstein sanoi sen jotensakin näin "ympäristö alkaa siitä mihin minä loppuu" 

Mitä hän tarkoitti tällä?

 

Kirjoitat monikossa (näissä kommenteissa), joten tarkoitatko ehkä minunkin kommentiani, jonka olet tuohon lainannut? Itse en ole väittänyt, että ihminen olisi ympäristöstä erillään oleva toimija. Mistä olet saanut sen käsityksen?

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241
BCK
 

 Itse en ole väittänyt, että ihminen olisi ympäristöstä erillään oleva toimija.

Tästä tuli mieleen, että ihminen voitaisiinkin nähdä ympäristönsä muodostamien reunaehtojen sanelemana toimijna. Ympäristöön tietysti luettaisiin myös ihmisen fyysinen ja psyykkinen rakenne. Reunaehdot välittyisivät toiminnaksi keskeisesti juuri aivosolujen genomikollektiivin kautta.

Erinomainen esimerkki reunaehtosidonnaisesta systeemistä on Benardin konvektioastia. Siinä "ulkoisia" reunaehtoja ovat astian koko ja muoto, ala- ja yläkannen lämpötilat sekä niiden lämpötilaero, astian liikuttelu, esim. pyöritys jne. "Sisäisiä" reunaehtoja taas olisiva nesteen ominaisuudet, esim. tiheys, ja siihen lisätyt merkkiaineet

https://www.google.fi/search?q=benard+convection+pictures&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=44ItU7jILKv74QSKzICwDQ&ved=0CC4QsAQ&biw=1600&bih=719

Voisi pohtia mm. sitä, kuuluisiko ja missä määrin kuuluisi genomikollektiivikin reunaehtojen joukkoon.

Omatakseen tällaisen välittäjäfunktio-ominaisuuden yksittäisen genomin voisi olettaa omaavan myös melko täydellisen integriteetin varsinkin jos myriadien reunaehtojen välitysprosessi luettaisiin funktionaalisuudeksi.

Mutta tämähän on vain mieleen juolahtanut kuvitelma..

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
psv
Ympäristöön tietysti luettaisiin myös ihmisen fyysinen ja psyykkinen rakenne. Reunaehdot ...

Jos ympäristöön luettaisiin myös ihmisen fyysinen ja psyykkinen rakenne, mitä jäisi jäljelle, mikä olisi ei-ympäristö eli ihminen itse?

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364

Itse uskon että kaikki vaikutta kaikkeen. Genomi on osa ihmistä ja sen syvin merkitys ei ole vielä auennut. Samoin kuin sydän, keuhkot lihakset ja liki kaikki ihmisessä, kun niitä harjoittaa ne kehittyvät. Eli jokainen voi kehittyä tiettyyn pisteeseen omilla ominaisuuksillaan. Tekemällä tiettyjä asioita, itseensä voi siis vaikuttaa. Vaikuttamalla itseensä vaikuttaa genomiin eikä välttämättä päinvastoin, vaikka uskonkin että kenomi sanelee reunaehdot mihin yksilötasolla pystyy. 

Esimerkiksi reenammalla penkkipunnerrusta oikein, aloittelija voi tuplata tai jopa kolminkertaistaa voimansa.
Miksi se ei olis mahdollista muillakin alueilla?

Mielestäni on typerää kuvitella että kaikki olisi kiveen hakattua, jos kerta "päätäsolla" pystyy aiheuttamaan merkittävää muutosta, miksi se muutos ei ylettyisi myös genomiin?

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241
BCK
psv
Ympäristöön tietysti luettaisiin myös ihmisen fyysinen ja psyykkinen rakenne. Reunaehdot ...

Jos ympäristöön luettaisiin myös ihmisen fyysinen ja psyykkinen rakenne, mitä jäisi jäljelle, mikä olisi ei-ympäristö eli ihminen itse?

Tekee mieli miettiä, miten tämä dilemma ratkeaisi erilaisissa ihmiskuvissa. Omassa tämänhetkisessä itse-visiossani ei tosiaan tarvitse ollakaan ei-ympäristö -osaa, vaan kaikki itseen kuuluva voi toimia myös reunaehtoina.

Niinpä elämykselliset tietoisuus-tapahtumat, jotka tämänhetkisessä ensisijaisessa ihmiskuvassani ovat Leidenfrostin pisaran moodien analogeja, informaatiopisaran moodeja, toimivat seuraavien elämysmoodien reunaehtoina helpottaen tai vaikeuttaen niiden kehittymistä

http://www.tiede.fi/keskustelu/13269/ketju/miten_aivot_voivat_synnyttaa_tietoisuuden/sivu/629#comment4025544

Leibnizin (IQ n. 190) "ennaltasäädetty harmonia" voisi sisältää osia, jotka eivät toimisi reunaehtoina. Tuosta IQ:sta tuli mieleen, että pitäisikö tutustua tuohon Leibnizin malliin tosissaan..

Muuta ei toistaiseksi ole tullut mieleen, mutta ehkä myöhemmin.

Toisena seikkana tuli mieleen, että jos genominen tietoisuus (jota Ernest Rossi lähestyy) pitää paikkansa, genomin on oltava valtaisan aivotapahtumamäärän kohteena, mikä taas puoltaa ajatusta genomin integriteetistä, siitä, että kaikki genomin osat liittyvät fysikaalisesti toisiinsa (mahdollisesti kvanttilomittumisen välityksellä) ja niillä on on tehtäviä sen rakenteessa.

http://www.tiede.fi/keskustelu/13269/ketju/miten_aivot_voivat_synnyttaa_tietoisuuden/sivu/182

http://www.technologyreview.com/view/419590/quantum-entanglement-holds-dna-together-say-physicists/

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Merivuokon genomia  tutkittiin Wienin yliopistossa kiinnostavin tuloksin

http://medienportal.univie.ac.at/presse/aktuelle-pressemeldungen/detailansicht/artikel/sea-anemone-is-genetically-half-animal-half-plant/

Merivuokon genomia tutkittiin Wienin yliopistossa kiinnostavin tuloksin. Michaela Schwaiger tutki säätelyelementtejä ja totesi merivuokon säätelytekijöiden muodostavan yhtä monimutkaisen järjestelmän kuin esim. banaanikärpäsellä. Hänen mukaansa tämä selittyisi sillä, että ihmisen, banaanikärpäsen ja merivuokon oletetulla yhteisellä esi-isällä 600 miljoonaa vuotta sitten olisi jo ollut käytössään monimutkainen geenien säätelyjärjestelmä.

Merivuokko muistutti genominsa puolesta sekä kasvia että eläintä. Kuvia merivuokosta:

https://www.google.fi/search?q=sea+anemone+pictures&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=jhwuU6zWL-aX4wS_iIH4CA&sqi=2&ved=0CCkQsAQ&biw=1280&bih=585

http://news.indiana.edu/releases/iu/2014/03/drosophila-transcriptome-diversity-uncovered.shtml

Indianan yliopistossa todettiin, että banaanikärpäsen genomi oli paljon aiemmin luultua monimutkaisempi, mikä viittaa siihen, että sama pätee myös "kehittyneemmille" eläimille.Tutkijat löysivät myös useita muita kiinnostavia seikkoja. Yksi niistä oli banaanikärpäsen transkriptomin (solun lähettimolekyylien kokonaisuuden) kokemat suuret ja kiinnostavat muutokset ulkoisten stressien seurauksena. Eräs toinen koski liittäjiä (splicing factors), jotka itsekin liitetään monimutkaisella tavalla.

   .....

Tutkimusmenetelmien ja -strategioiden edelleen kehittyessä lähestytään tieteen kaikkien aikojen suurinta mullistusta. Genomilla on tässä merkittävä osuus (diletantin veikkaus..). 

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364

Juku "läski genominsa orja" ilmeisesti alapeukuttaa, tais mennä herneet nenuu.

Edit: 

"Karmapa, March 21

If you know how to look and see the stars moving in the sky and the seasons changing, you can come to an understanding of impermanence from that alone. You do not need to read about it in a book. It’s a feeling you can experience for yourself directly."

Sitä minä vaan että joskus se kyky katsella tuntuu monilta hävinneen.
Luetaan vaan kirjoja ja papukaijana huudetaan.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364

Täytyy vielä tämmönen posti heittää, koska mun viimeaikasita kirjotuksista saattaa tulla agresiivinen kuva.

Eli..

Mulla ei ole mitään lihavia ihmisiä vastaan. Itseasiassa suuri osa mun hyvistä kavereista on ylipainosia. Minulle ei siis ole mitään merkitystä kaverina ihmisen ulkoisella olemuksella jos aivokemiat natsaa, eikä varakkuudella tai millään muullakaan habituksella. Siihen riittä tunne että molemminpuolinen antamisen ja saamisen fiilis täyttyy.

Kuitenki..

Itse ainakin kuvittelen tulleeni elämässä jossain vaiheessa siihen pisteeseen missä lakkasin etsimästä syitä asioille jotka minulle tapahtuu omasta ympäristöstäni. Sen sijaan rupesin hakeman niitä syitä itsestäni. Tämä on pitkä tarina lyhyesti.

Mutta...

Kun kuulen että ihminen sanoo että ei voi olla jotain tai ei pysty johohonkin, koska geenit - perintötekijät, suolistobakteerit, ympäristötekijät, koulutus, lapsuus, kasvatus jne, jne. Minusta nuo on kaikki asioita joihinka pystyy itse vaikuttamaan. Tottakai ne luo kehyksen, mutta se ei tarkoita sitä etteikö sitä pysty murtamaan. Tietenkin on tilanteita jossa ihminen toimii tietyllä tavalla, mutta jokaisella meistä on mahdollisuus valita. Joka ikinen asia minkä teemme meillä on mahdollisuus valita, tehdä se näin tai noin. Minua vaan sieppää se marina ja tekosyyt jota ihmisten suusta kuulee, eikä vähiten lihavien. 

Tietenkin katsoa totuutta silmiin on joillekkin ihmisille ylivoimaista ja toisinaan totuuden näyttäminen voi olla myös julmaa.

 

Hiukka meni aiheen vierestä, mutta edelleenkin sanon, ihminen on geeniensä herra.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

Paul M
Liittynyt16.3.2005
Viestejä8558

Voin ennustaa, jotta roina tunnustetaan elintärkeäksi jossain vaiheessa aivan oikeasti. Siihen riittää pelkästään se, että iskut DNA-rakenteeseen osuvat "merkityksettömään" kohtaan sitä varmemmin mitä enemmän sitä on. Tärkeimmät osiot piiloutuvat massaan.

Jos kaikki perimäaines olisi täsmälleen tarpeellista, aiheuttaisivat kaikki vaurioitumiset (sukusoluissa) aina totaalituhoa. Mutta tämän lisäksi on muutakin. Aivan varmasti perimäaineksen ylempi ulottuvuus, joka ollaan vasta löytämässä tarvitsee noita muka-tarpeettomia osia.

Hiirimeluexpertti. Majoneesitehtailija. Luonnontieteet: Maailman suurin uskonto. Avatar on halkaistu tykin kuula

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
SamikoKu

Itse uskon että kaikki vaikutta kaikkeen. Genomi on osa ihmistä ja sen syvin merkitys ei ole vielä auennut. Samoin kuin sydän, keuhkot lihakset ja liki kaikki ihmisessä, kun niitä harjoittaa ne kehittyvät. Eli jokainen voi kehittyä tiettyyn pisteeseen omilla ominaisuuksillaan. Tekemällä tiettyjä asioita, itseensä voi siis vaikuttaa. Vaikuttamalla itseensä vaikuttaa genomiin eikä välttämättä päinvastoin, vaikka uskonkin että kenomi sanelee reunaehdot mihin yksilötasolla pystyy. 

Esimerkiksi reenammalla penkkipunnerrusta oikein, aloittelija voi tuplata tai jopa kolminkertaistaa voimansa.
Miksi se ei olis mahdollista muillakin alueilla?

Mielestäni on typerää kuvitella että kaikki olisi kiveen hakattua, jos kerta "päätäsolla" pystyy aiheuttamaan merkittävää muutosta, miksi se muutos ei ylettyisi myös genomiin?

(boldaus minun)

Yleensä muutokset genomiin ovat haitallisia, ainakin kun puhutaan mutaatioista. Vain pieni osa mutaatioista on hyödyllisiä, eli sellaisia, joista on valintaetua.

Varmaan tarkoitat epigeneettisiä muutoksia (geenien päälle tai pois kytkemisiä säätelyalueilla), etkä mutaatioita tuossa boldaamassani kohdassa?

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
Paul M

Voin ennustaa, jotta roina tunnustetaan elintärkeäksi jossain vaiheessa aivan oikeasti. Siihen riittää pelkästään se, että iskut DNA-rakenteeseen osuvat "merkityksettömään" kohtaan sitä varmemmin mitä enemmän sitä on. Tärkeimmät osiot piiloutuvat massaan.

Jos kaikki perimäaines olisi täsmälleen tarpeellista, aiheuttaisivat kaikki vaurioitumiset (sukusoluissa) aina totaalituhoa. Mutta tämän lisäksi on muutakin. Aivan varmasti perimäaineksen ylempi ulottuvuus, joka ollaan vasta löytämässä tarvitsee noita muka-tarpeettomia osia.

Niin että aletaan huomioimaan etäisyyttä ja jakaumaa kun löydetään genetiikan pseudometriikka.

As if:

http://en.wikipedia.org/wiki/Vertex_separator

Lisätään nyt vielä että itse en usko sen suhteen mihinkään ympättyä suurempaan temporaalilogiikkaan, eikä siten teleologinen valinta tule mitenkään kysymykseen. Aikariippuvuus on siten maksimissaan satunnaista. (Joka kyllä käy järkeen kun jo pohditaan mutaatioiden todennäköisyyden kasvua genomin kokoa kasvattamalla. Roinaa voisi siis pitää epädeterministisenä propagaattorina)

Taitanee kyllä mennä sinne NP-täydellisiin.

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
Paul M

Voin ennustaa, jotta roina tunnustetaan elintärkeäksi jossain vaiheessa aivan oikeasti. Siihen riittää pelkästään se, että iskut DNA-rakenteeseen osuvat "merkityksettömään" kohtaan sitä varmemmin mitä enemmän sitä on. Tärkeimmät osiot piiloutuvat massaan.

Jos kaikki perimäaines olisi täsmälleen tarpeellista, aiheuttaisivat kaikki vaurioitumiset (sukusoluissa) aina totaalituhoa. Mutta tämän lisäksi on muutakin. Aivan varmasti perimäaineksen ylempi ulottuvuus, joka ollaan vasta löytämässä tarvitsee noita muka-tarpeettomia osia.

En mininäkään usko että se olisi tarpeetonta.
Yksi juttu saattaa olla tuo hämäystarkoitus mutta heittäisin vielä semmosen mahdollisuuden ilmaan että ne on "varaosia".

Eli systeemi on rakennettu niin että vaurio yhdellä alueella ei kaada koko systeemiä vaan korvaavat järjestelmät voi ottaa osan tehtävistä itselleen tai aktivoitua tarvittaessa. Eli ne voi olla varalla ja aktivoitua tietyissä olosuhteiden muutoksissa tai sitten olosuhteissa missä joku osa genomista on vaurioitunut.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
BCK
SamikoKu

Itse uskon että kaikki vaikutta kaikkeen. Genomi on osa ihmistä ja sen syvin merkitys ei ole vielä auennut. Samoin kuin sydän, keuhkot lihakset ja liki kaikki ihmisessä, kun niitä harjoittaa ne kehittyvät. Eli jokainen voi kehittyä tiettyyn pisteeseen omilla ominaisuuksillaan. Tekemällä tiettyjä asioita, itseensä voi siis vaikuttaa. Vaikuttamalla itseensä vaikuttaa genomiin eikä välttämättä päinvastoin, vaikka uskonkin että kenomi sanelee reunaehdot mihin yksilötasolla pystyy. 

Esimerkiksi reenammalla penkkipunnerrusta oikein, aloittelija voi tuplata tai jopa kolminkertaistaa voimansa.
Miksi se ei olis mahdollista muillakin alueilla?

Mielestäni on typerää kuvitella että kaikki olisi kiveen hakattua, jos kerta "päätäsolla" pystyy aiheuttamaan merkittävää muutosta, miksi se muutos ei ylettyisi myös genomiin?

(boldaus minun)

Yleensä muutokset genomiin ovat haitallisia, ainakin kun puhutaan mutaatioista. Vain pieni osa mutaatioista on hyödyllisiä, eli sellaisia, joista on valintaetua.

Varmaan tarkoitat epigeneettisiä muutoksia (geenien päälle tai pois kytkemisiä säätelyalueilla), etkä mutaatioita tuossa boldaamassani kohdassa?

Kyllä, mutta tuo geenien ON-OFF juttukin on mulle semmonen mitä en niele ihan purematta. Itse uskon että se geeni voi olla aktiivisena tai passiivisena tai missä tahansa tilassa siltä väliltä. Riippuu olosuhteista ja stimuloinnin määrästä mikä siihen geeniin osuu tai mitä se geeni säätelee.

En siis tarkoita että esimerkiksi meditoimalla, urheilemalla tai opiskelemalla voisi kasvattaa itselleen kaksi kättä ja korvaa lisää vaan sitä että, fyysinen ja henkinen kyvvykkyys kasvaa ja se myös näkyy genomissa jonkin alueen aktiivisempana toimintana. Pikässä juksussa, sukupolvesta toiseen jää sitten pysyvämpiä muutoksia.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
SamikoKu

Kyllä, mutta tuo geenien ON-OFF juttukin on mulle semmonen mitä en niele ihan purematta. Itse uskon että se geeni voi olla aktiivisena tai passiivisena tai missä tahansa tilassa siltä väliltä. Riippuu olosuhteista ja stimuloinnin määrästä mikä siihen geeniin osuu tai mitä se geeni säätelee.

Söpösti kaivat hanurista otaksumia jotka sisältävät pelkästään paskanhajuista solipsismia.

Sanoin jonkin aikaa sitten solipsismin olevan tunteiden tyhjäkäyntiä. Skeptisyyteen sitä ei kannata missään tapauksessa sekoittaa.

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jees
SamikoKu

Kyllä, mutta tuo geenien ON-OFF juttukin on mulle semmonen mitä en niele ihan purematta. Itse uskon että se geeni voi olla aktiivisena tai passiivisena tai missä tahansa tilassa siltä väliltä. Riippuu olosuhteista ja stimuloinnin määrästä mikä siihen geeniin osuu tai mitä se geeni säätelee.

Söpösti kaivat hanurista otaksumia jotka sisältävät pelkästään paskanhajuista solipsismia.

Sanoin jonkin aikaa sitten solipsismin olevan tunteiden tyhjäkäyntiä. Skeptisyyteen sitä ei kannata missään tapauksessa sekoittaa.

Sun ei ole pakko haistella.
Jatka vaan netin selailemista jatka niitten PDF tiedostojen linkittämistä. 
Netistä löytyy enempi tai vähempi pätevät todisteet liki mille tahansa asialle.
Minua ei vois vähempää kiinostaa.
Se mitä mä ajattelen niin mulle on ihan yhdentekevää saako se hyväksynnän joltakin foorumin vittuilugeneraattorilta.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
SamikoKu
jees
SamikoKu

Kyllä, mutta tuo geenien ON-OFF juttukin on mulle semmonen mitä en niele ihan purematta. Itse uskon että se geeni voi olla aktiivisena tai passiivisena tai missä tahansa tilassa siltä väliltä. Riippuu olosuhteista ja stimuloinnin määrästä mikä siihen geeniin osuu tai mitä se geeni säätelee.

Söpösti kaivat hanurista otaksumia jotka sisältävät pelkästään paskanhajuista solipsismia.

Sanoin jonkin aikaa sitten solipsismin olevan tunteiden tyhjäkäyntiä. Skeptisyyteen sitä ei kannata missään tapauksessa sekoittaa.

Sun ei ole pakko haistella.
Jatka vaan netin selailemista jatka niitten PDF tiedostojen linkittämistä. 
Netistä löytyy enempi tai vähempi pätevät todisteet liki mille tahansa asialle.
Minua ei vois vähempää kiinostaa.
Se mitä mä ajattelen niin mulle on ihan yhdentekevää saako se hyväksynnän joltakin foorumin vittuilugeneraattorilta.

Ei mun ole pakko haistatella, se on totta. Teen niin, koska haluan haistatella. Ymmärrätkö? Sulla ei ole asian suhteen mitään tekemistä. Teen sen päätöksen yhtä itsenäisesti kuin sinä olettamuksesi.

Se kannattaako mua kuunnella haistattelusta huolimatta, taas riippuu kaikesta muusta kuin haistattelusta. Mutta kuten sille toimittajallekin sanoit, sulle kaikessa on kyse haistattelusta.

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jees
SamikoKu
jees
SamikoKu

Kyllä, mutta tuo geenien ON-OFF juttukin on mulle semmonen mitä en niele ihan purematta. Itse uskon että se geeni voi olla aktiivisena tai passiivisena tai missä tahansa tilassa siltä väliltä. Riippuu olosuhteista ja stimuloinnin määrästä mikä siihen geeniin osuu tai mitä se geeni säätelee.

Söpösti kaivat hanurista otaksumia jotka sisältävät pelkästään paskanhajuista solipsismia.

Sanoin jonkin aikaa sitten solipsismin olevan tunteiden tyhjäkäyntiä. Skeptisyyteen sitä ei kannata missään tapauksessa sekoittaa.

Sun ei ole pakko haistella.
Jatka vaan netin selailemista jatka niitten PDF tiedostojen linkittämistä. 
Netistä löytyy enempi tai vähempi pätevät todisteet liki mille tahansa asialle.
Minua ei vois vähempää kiinostaa.
Se mitä mä ajattelen niin mulle on ihan yhdentekevää saako se hyväksynnän joltakin foorumin vittuilugeneraattorilta.

Ei mun ole pakko haistatella, se on totta. Teen niin, koska haluan haistatella. Ymmärrätkö? Sulla ei ole asian suhteen mitään tekemistä. Teen sen päätöksen yhtä itsenäisesti kuin sinä olettamuksesi.

Se kannattaako mua kuunnella haistattelusta huolimatta, taas riippuu kaikesta muusta kuin haistattelusta. Mutta kuten sille toimittajallekin sanoit, sulle kaikessa on kyse haistattelusta.

 

Olet lukenut tai ymmärtänyt jotain väärin.
En ole puhunut toimittajalle haistattelusta yhtään mitään.

Se kuitenkin on aika varma nakki että tietyt asiat ja sanavalinnat aktivoi tiettyjä ihmisiä.
Eli tässäkin ketjussa olen tuonnu esille muutaman asian mikä todennäköisesti aktivoi tai vituttaa.
Eikä siinä ole mitään uutta.

Minua tietysti voi yrittää aktivoida vittuilemalla, joskus se puree ja joskus ei.
Jos taas on aivan persoonista ulkopuolisessa moodissa, eli vain kirjoitettu teksti vaikuttaa niin silloinhan minkään ei pitäisi vaikuttaa myöskään omaan itseensä. (ihannetilanne?)
Mutta kun se kuitenkin niin tekee. 

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
SamikoKu

Olet lukenut tai ymmärtänyt jotain väärin. 

En ole puhunut toimittajalle haistattelusta yhtään mitään.

Se kuitenkin on aika varma nakki että tietyt asiat ja sanavalinnat aktivoi tiettyjä ihmisiä.
Eli tässäkin ketjussa olen tuonnu esille muutaman asian mikä todennäköisesti aktivoi tai vituttaa.
Eikä siinä ole mitään uutta.

Minua tietysti voi yrittää aktivoida vittuilemalla, joskus se puree ja joskus ei.
Jos taas on aivan persoonista ulkopuolisessa moodissa, eli vain kirjoitettu teksti vaikuttaa niin silloinhan minkään ei pitäisi vaikuttaa myöskään omaan itseensä. (ihannetilanne?)
Mutta kun se kuitenkin niin tekee. 

Olisit yhtä hyvin voinut sanoa esittäytyessäsi arkkitrollina.

Ei vittuilu ole mikään tehokeino, urpo. Siinä kohtaa ollaan jo kaukana horisontin takana.

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jees
SamikoKu

Olet lukenut tai ymmärtänyt jotain väärin. 

En ole puhunut toimittajalle haistattelusta yhtään mitään.

Se kuitenkin on aika varma nakki että tietyt asiat ja sanavalinnat aktivoi tiettyjä ihmisiä.
Eli tässäkin ketjussa olen tuonnu esille muutaman asian mikä todennäköisesti aktivoi tai vituttaa.
Eikä siinä ole mitään uutta.

Minua tietysti voi yrittää aktivoida vittuilemalla, joskus se puree ja joskus ei.
Jos taas on aivan persoonista ulkopuolisessa moodissa, eli vain kirjoitettu teksti vaikuttaa niin silloinhan minkään ei pitäisi vaikuttaa myöskään omaan itseensä. (ihannetilanne?)
Mutta kun se kuitenkin niin tekee. 

Olisit yhtä hyvin voinut sanoa esittäytyessäsi arkkitrollina.

Ei vittuilu ole mikään tehokeino, urpo. Siinä kohtaa ollaan jo kaukana horisontin takana.

Kuka sulle on vittuillu ja miten?

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
SamikoKu

Kuka sulle on vittuillu ja miten?

Mitä muuta sitten olet tehnyt? Puhut tässä ketjussa uskomuksistasi, joita et pohjaa mihinkään. Kun sitten väitän vastaan, niin vastaukseksi kerrot että missään ei ole mitään järkeä, koska kaikki pitää paikkansa.

Tämän valossa trollaamiselle löytyikin jo se perustava syy, joka ei ole sinun narsismisi, tai edes nämä muut korrelaatit, vaan täydellinen kyvyttömyytesi arvioida väitteen todenperäisyyttä.

Jos sulla on muuten jotain lisättävää, niin aloita se sanoilla "Doctor Livingstone, I presume?"

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.iecb.u-bordeaux.fr/index.php/en/news/99-plus-de-100-000-genes-dans-le-ble-environ-30-000-chez-lhomme-nouveaux-elements-pour-comprendre-comment-un-gene-peut-coder-pour-plusieurs-proteines

Depending on the segments which are removed, several mRNAs can result from the same pre-mRNA sequence. This has led scientists to estimate that 70% of our genes code for at least 4 proteins each.

Ainakin 15 vuotta on jo ymmärretty, että yksittäinen geeni voi koodata useita eri proteiineja. Tämä johtuu paljolti RNA:n käsittelystä monella eri tavalla.

Kiinnostava kysymys on, miten ja mistä geeni, sen säätelyjärjestelmä ja RNA:n käsittelyjärjestelmä saavat tiedon vaadittavasta proteiinista. Proteiinintuoton täytynee olla myös verraten hallittua; vääriä tuotteita ei saisi syntyä suuria määriä.

Kysymys liittyy sarjaan, jossa voitaisiin myös kysyä mm proteiinien kuljetuksesta ja kulkureiteistä kohteisiinsa ja solun sisältämien tuhansien erilaisten molekyylikoneiden toimintaohjeista elävän solun melko täyteen tupatussa sisällössä.

Fysiikka tarjoaisi kyllä etävaikutuksenkin mahdollisutta a´la EPR-ilmiön uudet ilmentymät

http://galileospendulum.org/2014/02/24/entangled-by-quantum-mechanics/

Tätä vastaan puhuu biologisissa systeemeissä karkeistus. Epäilisin kuitenkin, että karkeistus on todellisuudessa spontaani symmetriarikko, johon liittyy yhden vapausasteen varastoituminen Nambun-Goldstonen kenttään (Nambu, nobel 2008), josta se voi tulla esiin toisenmuotoisena, mikä ainoastaan vahvistaisi kvanttilomittumisen mahdollisuutta. Muutamissa biologisissa tapahtumissa kuten fotosynteesissä kvanttilomittuminen on jo melko varma asia

  http://io9.com/new-evidence-that-plants-get-their-energy-using-quantum-1498695627

On kuitenkin toinenkin mahdollisuus, joka voisi tehdä genomista ikään kuin globaalin verkoston molekyylejä siirtävine ja ohjaavine voimineen ja kulkukäytävineen.  Tämä on Chladnin levyt yleistävä Hans Jennyn kymatiikka

https://www.google.fi/#q=hans+jenny+cymatics

Kymatiikka puolestaan voisi yleistyä kvanttitasolle. Kvanttitason värähtelyä onkin jo havaittu elävän solun mikrotubuluksissa

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140116085105.htm

Genomin tai jopa koko solun integriteetin puolesta tai sitä vastaan ei vielä liene sitovia todisteita. Integrteetin puolesta ehkä voisi puhua tanskalaisen biokemistin Axel Hundingin huomio, jonka mukaan tietyt solun tapahtumat kuten mitoosi noudattavat matemaattisia differentiaaliyhtälöitä

 http://www.tiede.fi/keskustelu/20186/ketju/nykydarwinismi_heikkoa_tiedetta/sivu/64

faq1
Liittynyt20.2.2014
Viestejä415

Haitalliset "jäämät" evoluutio kyllä suhteellisen nopeasti poistaa elimistöstä. Taas sellaiset, mistä ei ole haittaa joskaan ei hyötyäkään - säilynevät pitkiä aikoja. 

Esim milloinhan ihmiseltä on turkki hävinnyt, miljoonia vuosia sitten? Ja edelleen nuo karvankohottajalihakset luulevat, että meillä on karvapeite. Kun iho menee kananlihalle niin se tarkoittaa, että ihminen pörhentää silloin karvapeitettään ja näyttää siten vihollisen silmissä suuremmalta.

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806
psv

Genomin tai jopa koko solun integriteetin puolesta tai sitä vastaan ei vielä liene sitovia todisteita. Integrteetin puolesta ehkä visi puhua tanskalaisen biokemistin Axel Hundingin huomio, jonka mukaan tietyt solun tapahtumat kuten mitoosi noudattavat matemaattisia differentiaaliyhtälöitä

 http://www.tiede.fi/keskustelu/20186/ketju/nykydarwinismi_heikkoa_tiedetta/sivu/64

http://en.wikipedia.org/wiki/Church%27s_thesis

parabolic partial differential equation is a type of second-order partial differential equation (PDE) of the form

that satisfies the condition

This definition is analogous to the definition of a planar parabola.

http://en.wikipedia.org/wiki/Parabolic_partial_differential_equation

(Mielummin lähtisin pohtimaan asiaa palikoina, kuin PDE:nä, mutta toisaalta mun pohdiskelut ylipäätään on palikoita. http://mathworld.wolfram.com/TowerofHanoi.html)

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
SamikoKu

 

En tiedä mitä tarkoitti. Yleensä en tykkää siteerata ketään "auktoriteetteja".

 

Laiton sen kysymyksen siksi että hetken pohtisit ja positiotasi oletetusta herrana olemisesta. 

 

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
SamikoKu

Jos on läski tai alkoholisti niin aina voi syyttää ympäristötekijöitä, omia geenejään, liian tehokkaita suolistobakteerejaan jne. Ihminen on mestari hakemaan tekosyitä omalle mukavuudenhalulleen.

 

 

Ihminen on mestari siinä että uskoo omia juttajaan, ajatuksiaan ja tarinoitaan. Uskoo omaan herruutensa myös.

luonto on mukavuudenhaluinen, se menee aina sieltä mistä aita on matalin. Ei laiskuudessa ja mukavuudenhalussa ole mitään luonnotonta. Sen vihaamisessa voi hyvinkin olla. 

 

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
SamikoKu

Esimerkiksi reenammalla penkkipunnerrusta oikein, aloittelija voi tuplata tai jopa kolminkertaistaa voimansa.
Miksi se ei olis mahdollista muillakin alueilla?

Kun et ole asiaan tutustunut niin annetaan esimerkki ihminen voi kasvattaa voimaansa ja kestävyyttään maksimissaan karkeasti arvioiden 360-380%, nopeutta vain kymmeniä prosentteja.

Ei kannata lähteä tekemään johtopäätöksiä ihan noin yksinkertaisilla rinnastuksilla.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://sandwalk.blogspot.fi/2014/03/science-still-doesnt-get-it.html

ENCODEn tulkintaa Naturessa puolustelleet kirjoittajat saavat tässä osin aivan aiheellistakin arvostelua, mutta silmiinpistävin seikka on kuitenkin se, että vaikka Larry kerta toisensa jälkeen tekee selväksi, että ei usko 80 % funktionaalisuuteen, hän ei kuitenkaan viitsi monen A-nelosen mittaisessa kirjoituksessaan antaa yhtään perustelua kannalleen. Vaikuttaa, että hänenkin jyrkkä kantansa on vain  - perusteeton -  uskomus. Vai onko jo sitovasti todistettu, että genomin funktionaalisilla osilla on yläraja? Vai onko funktionaalisten osien löytyminen jo ehtynyt?

Sitten alkavatkin Moranin uskolliset vakiohännystelijät, joista tulee elävästi mieleen Gösta Knutssonin Pilli ja Pulla, säestämään idoliaan. Toki on sanottava, että Moran (Knutssonin Monni) on todistettavasti hyvin monessa suhteessa avarakatseisempi ja reilumpi..

Aivan lopussa joku uusi nimimerkki tuo esiin biologian filosofian journaalissa olevan artikkelin, jossa ENCODEn tuloksille tahdotaan antaa edes jonkinasteinen relevanssi. Siihen kommentit sitten loppuvatkin, vaikka hännystelijöistä innokkain, "Diogenes", vielä yrittääkin urputtaa.. Artikkelin kirjoittajina on kolme nuorta biologian filosofia:

http://link.springer.com/article/10.1007/s10539-014-9441-3#

In light of this epistemological strategy, we believe that the best interpretation of ENCODE’s claim of function is methodological: it is the claim that 80 % of the genome is engaging in relevant biochemical activities and is very likely to have a causal role in phenomena deemed relevant to biomedical research. In other words,
while this 80 % cannot strictly speaking be called functional (according to the CR
account) as ENCODE claimed, it is very likely to be. This means that, according to
ENCODE, most of what has been called junk DNA cannot be ignored in biomedical
research, and that 80 % of the genome is potentially relevant.

Näyttää siltä, että lopullinen ja sitova ratkaisu tässä kahden "puolueen" kamppailussa on vielä saavuttamatta..

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jussipussi
SamikoKu

 

Esimerkiksi reenammalla penkkipunnerrusta oikein, aloittelija voi tuplata tai jopa kolminkertaistaa voimansa.
Miksi se ei olis mahdollista muillakin alueilla?

 

Kun et ole asiaan tutustunut niin annetaan esimerkki ihminen voi kasvattaa voimaansa ja kestävyyttään maksimissaan karkeasti arvioiden 360-380%, nopeutta vain kymmeniä prosentteja.

Ei kannata lähteä tekemään johtopäätöksiä ihan noin yksinkertaisilla rinnastuksilla.

 

Ja paljonko nopeuden tuplaaminen tarvitsee voimaa?

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

jepajee
Liittynyt29.12.2009
Viestejä19806

Mitä nyt olen yrittänyt tota kalabaliikkia avata lukemalla ihan asiastakin, niin juurikin niin.

Tai siis se ei kyllä sitä roinaa määrittele. Sillä pitää olla jokin funktio, eikä pelkkä affiniteetti sitten riittäisi.

Genomi itsessään on kuitenkin solmu jonka voi avata mistä huvittaa. (pseudosolmu. Ja ei siis kirjaimellisesti miten huvittaa, koska muuten siinä ei olisi mitään ihmeellistä.)

 “X is powerful. It kills. Mostly x's.”

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
jussipussi
SamikoKu

Jos on läski tai alkoholisti niin aina voi syyttää ympäristötekijöitä, omia geenejään, liian tehokkaita suolistobakteerejaan jne. Ihminen on mestari hakemaan tekosyitä omalle mukavuudenhalulleen.

 

Ihminen on mestari siinä että uskoo omia juttajaan, ajatuksiaan ja tarinoitaan. Uskoo omaan herruutensa myös.

luonto on mukavuudenhaluinen, se menee aina sieltä mistä aita on matalin. Ei laiskuudessa ja mukavuudenhalussa ole mitään luonnotonta. Sen vihaamisessa voi hyvinkin olla. 

 

Jos ei itseensä usko niin keneen sitten? 
Jotkut lukee kirjan ja opiskeleekin aika korkeelle, silti suurimmassa osassa niistä ihmisistä ei kuitenkaan ole mitään sen kummempaa. Ne lukee muitten juttuja ja uuskoo niihin. Paras vaihtoehto tietysti on että lukee paljon, tietää paljon ja ajattelee itse paljon ja kriittisesti. Jopa niin että pystyy synnyttämään jotain uuttakin.

Itse en ole tiedemies joten minulla ei ole mitään kynnystä esittää ajatuksiani. Jos joku asia todetaan huuhaaksi niin "urani" ei siitä romutu. Tätä vapautta ei kovin kevein perustein tiedemiehillä ole jos mielii pitää kiinni jakkarastaan.

Kun puhun vaihtoehdoista niin se näyttää ärsyttävän. Mutta jokaisella on vapaus valita tekeekö näin vai noin ja aina voi käyttää perusteluina itsestään ulkoisia tekijöitä jos helpompi tie valitaan.

Jos genomi on sitä miltä se nykyään alkaa näyttää, että jopa muisti on osa genomia ja aivot vain elin joka välitttää ja prosessoi, niin mihinkä silloin tullaan?

Se kuinka "syö, juo ja nukkuu" näkyy siellä. Jopa ajatuksen tasolla "tila", mikäli ihminen myrkyttää itseään negatiivisilla ajatuksilla tunuu fyysisellä tasolla. Ja kyllähän se tuntuukin.
Niin negattiviset kuin positiivisetkin ajatukset.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

https://sfari.org/news-and-opinion/viewpoint/2014/no-longer-junk-role-of-long-noncoding-rnas-in-autism-risk

Long noncoding RNA on jo kauan osoittunut tärkeäksi monien biologisten tapahtumien säätelyssä. Nyt MIT -tutkijat ovat havainneet sen olevan yksi tekijä myös autismissa.

Autismin yhtenä vaikuttajana on mitä ilmeisimmin myös suoliston mikrobiota. Kun autisteilla usein esiintyvä ylenmääräinen Clostridium difficle -bakteeri on tavalla tai toisella saatu kuriin, myös autistiset piirteet ovat usein lieventyneet tai kokonaan hävinneet.

Joutuukin kysymään, muodostavatko geenien säätelytekijät ja suoliston bakteerit ihmisessä toiminnallisen verkoston, jonka hahmo voi nopeasti muuttua verkoston jotakin osaa käsiteltäessä.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140326181909.htm

Autismi ilmenee aivoissa hyvin monimutkaisena geneettisenä muutoksena, joka koskee niin koodaavia geenejä kuin säätelytekijöitä. Muuteokset esiintyvät läikkinä tietyissä aivoalueissa, mistä ilmeisesti johtuu tiettyjen dieettien ja suoliston kunnostamisen yhteydessä tapahtuva autismin piirteiden tuntuva häviäminen.

Autismille tyypillinen aivojen muuntuminen on mitä ilmeisimmin yhteydessä suoliston mikrobiotan tapahtumiin. Usein autismi lievittyy huomattavasti jo Clostridium difficle -bakteerin käsittelyllä antibiootilla (vankomysiinillä). Autismin oireita voidaan joskus vähentää, jopa poistaa, niinkin yksinkertaisella hoidolla kuin karnosiinilla, EPA:lla ja probiooteilla.

Joka tapauksessa aivosolujen genomin tila ja ruoansulatuskanavan kunto korreloivat voimakkaasti  

http://www.autismspeaks.org/science/science-news/spotlight-gut-bacteria-brain-connection-autism

Kaikesta tästä voisi saada aiheen ajatella, että aivosolujen genomikollektiivi ja ihmisen fysiologia suolisto toisena kiintopisteenään muodostavat kaikkia elämäntapahtumia koskevan verkoston, joka odottaa vielä löytämistään.

Ehkäpä ENCODEN havaitsema 80% noncoding-geenien biokemiallinen aktiivisuus, jonka merkitys ei kuitenkaan ole selvinnyt, on (yhdeltä funktioltaan) osa tämän verkon toimintaa ja valmiutta toimimaan.

MikkoKolkkala
Liittynyt23.12.2010
Viestejä10

"Ja tietenkin: parempia ehdotuksia hyvästä suomennoksesta otetaan vastaan!"

Jouto-dna? Potentiaalisesti ihan hyvää tavaraa, mutta - joutaisi pois.

On siitä ylimääräisestä dna:sta pakko olla haittaakin. Ihmisellä on jotain 10^14 solua ja jokaisessa solussa on jotain kaksi metriä dna:ta. Jos tuosta määrästä 2/3:kin on joutavaa, niin pelkän joutavan osan ihmisen dna-rihmaa olisi voinut laittaa kelalle ja sitoa pään New Horizons -luotaimen perään - siimaa riittäisi Plutoon saakka. Kyllä sellaisen määrän kopioinnin ja ylläpidon täytyy jotain maksaa.

Toisaalta ei roinan siivoaminenkaan näytä olevan tie eliöiden herruuteen. Pallokalat ovat ilmeisesti onnistuneet siivoamaan perimänsä aika siistiksi roinasta: Missä pallokalat ovat parempia kuin me?

Ihan hyvinhän pallokaloilla on mennyt, mutta niin on mennyt monella muullakin kalaryhmällä, joilla joutavaa dna:ta on pallokaloihin verrattuna moninkertaisia määriä.

-Mikko

 

 

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä189

Jouto-DNA on hyvä sana!

DNA:n kahdentuminen on triviaali kustannus verrattuna solun muihin kuluihin, ainakin vielä ihmisen kokoisilla pienillä genomeilla, korkeintaan pari prosenttia solun energian kulutuksesta.

Mutta ongelmahan on, ettei solulla voi olla mitään menetelmää, joka poistaisi aktiivisesti jouto-DNA:ta. DNA:n poistaminen johtaisi aina riskiin, että poistetaan jotain elintärkeää. Niinpä oletan, että genomin koko muuttuu pienemmäksi suhteellisen hitaasti, toiseen suuntaan voi muutos taas olla nopeaa.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://luotiset.wordpress.com/2013/03/25/missa-pallokalat-ovat-parempia-kuin-me-dna-goes-retro-i/

Tosi kiinnostavia nuo erikokoiset genomit. Tämän blogin kommenttien alkusivuilla yritin perustella eroa vertaamalla vanhaa (60-luvun alun) ja nykyistä tietokonetta. Yritän nyt nimittäin kaikin voimin puolustaa genomin "paljon funktionaalisuutta" -puoluetta johon kuuluukin tällä hetkellä joukko taitavia tutkijoita kuten J.S.Mattick ja John Rasko. "Vastapuoli" tietysti kannattaa vastakkaista näkemystä "korkeintaan 10 % funktionaalisuutta". Yhä uusien tutkimusten tulva ei tähän kiistaan ole vielä tuonut ratkaisua, vaan kummankin puolen kannatus on vielä uskonvaraista, eikö totta?

Joillekin retrotransposonien joukon elementeille näyttää jo löydetyn joitakin tehtäviä tai ylipäänsä jotakin funktionaalisuuteen viittaavaa merkitystä

https://www.google.fi/#q=retrotransposons+important+2013+2014

Tuo "jouto-DNA" on mukava nimitys sinänsä, mutta ehkä vielä mukavampi, jos ottaa etymologian huomioon. Eräs ystäväni teki nimittäin gradun suomen kielen jou-perheestä, jossa "jou" on vanha lähinnä energiaa tarkoittava ilmaisu (kuten sanoissa jousi tai joukko).

"Tiedekokin" ja hallusinaatioita käsittelevän blogin kommenteissa olen kovasti korostanut mielipidettäni, jonka mukaan tietoisuuden ja älyn fysikaalisesti perimmäisintä olopaikkaa pitäisi etsiä aivosolujen genomikollektiivista. Siitä tulikin mieleen eräs tositarina, jonka luin jostain kirjasta.

Hammaslääkärin ollessa uimassa hänen luokseen tuli pallokala pahannäköinen koukku kiinni suupielessään. Kala antoi hammaslääkärin ottaa koukun pois, ja ui sitten tiehensä. Kun hammaslääkäri oli toisena päivänä jälleen uimassa ja ajatteli pallokalaa, se tulikin ja ui hammaslääkärin ympäri ikään kuin tietoisena hyväntekijästään.

Myös kun valas on vapautettu verkosta se ilmeisesti esittää iloaan auttajilleen:

 http://www.tiede.fi/keskustelu/59575/ketju/elainten_tietoisuus/sivu/9

Mutta miten tietoisuus voi olla aivomateriassa, siis materiassa? Tätä ei ole selitetty toistaiseksi lainkaan! Sekin on uskonvaraista.

Jos kaiken uhalla yrittää selittää tietoisuutta, yksi selitysyritys voisi olla seuraava. Tietoisuuselementit koostuvat eri substanssista kuin materia. Materia on evoluutiossa asettunut niiden muotoon, ikään kuin elämysten peilikuvaksi. Ne ovat eronneet toisistaan varhaisissa spontaaneissa symmetriarikoissa. Kukin tietoisuuselementti vastaa rakenteeltaan jotakin genomikollektiivin osajoukkoa. Kun hermosähkö aktivoi tällaisen osajoukon, vastaava tietoisuuselementti asettuu osajoukon päälle ja elämyksellnen tietoisuus, jota tietoisuuselementit juuri ovat, ilmenee.

Paljon pitää vielä pähkäillä, näköjään..

 _ Pentti S. Varis

MikkoKolkkala
Liittynyt23.12.2010
Viestejä10

Jouto-dna:n satunnaista perusluonnetta (tai ”itsekkyyttä”) kuvaa minusta hienosti tutkimustulos, jonka mukaan neljäsosa lehmän perimästä on peräisin käärmeeltä. Käärmeestä ei ole siirtynyt lehmään hyödyllisiä geenejä tai säätelyalueita, vaan alunperin vain yksi pieni retrotransposoniksi (kuka keksii sille hyvän suomennoksen?) kutsuttu itseään kopioivan dna:n pala.

Todennäköinen skenaario on, että jostain suomumatelijasta on aikanaan hypännyt (mahdollisesti verta imevän punkin välittämänä) retrotransposoni märehtijään. Märehtijän perimässä ei ole ollut valmiina mitään mekanismia, mikä jarruttaisi uuden itseään kopioivan dna:n leviämistä perimän sisällä.

Vaikea todistaa, mutta pidän mahdollisena, että eliölajeja on kuollut sukupuuttoon itsekkään dna:n takia. Jos rajoittavaa mekanismia, mihin luonnonvalinta voisi tarttua ei satu ajoissa syntymään, mikään ei hillitse itsekkään dna:n kopioitumista. Silloin nimitys roska-dna:kin olisi ihan oikeutettu, toiminnallinen osa dna:ta tukahtuu roskaan.

(Ihan sivuhuomautuksena: En tiedä mitä systemaattisesti geenimuuntelua vastustavat ajattelisivat, jos tietäisivät, että geenimuuntelussa ei ole mitään uutta. Luonto on tehnyt sitä aina. Ero on siinä, että kun luonto voi siirtää käärmeestä lehmään satunnaista ja potentiaalisesti vaarallista roinaa, ihminen ainakin yrittää siirtää jotain hyödyllistä; omalta kannaltaan hyödyllistä, ei muiden lajien, mutta kuitenkin.)

 Mikko Kolkkala

Punkkeja valmistatumassa geenimuunteluun? Kuva: E. Vanderduys.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241
MikkoKolkkala

Todennäköinen skenaario on, että jostain suomumatelijasta on aikanaan hypännyt (mahdollisesti verta imevän punkin välittämänä) retrotransposoni märehtijään. Märehtijän perimässä ei ole ollut valmiina mitään mekanismia, mikä jarruttaisi uuden itseään kopioivan dna:n leviämistä perimän sisällä.

J.S.Matticin ja John Raskon kannan leikillisenä asianajajana minun pitää siis aina yrittää keksiä näkökulmia, jotka puolustaisivat heidän kantaansa. Koska en ole mikään geneetikko tai biologikaan voin tietysti iskeä monessa pahastikin harhaan tai tuoda esiin infantiileja mielipiteitä.

Tuo suuren DNA-määrän siirtyminen käärmeestä lehmään on kyllä kiinnostavinta mitä olen lateraalista siirtymästä lukenut. Tulkintaa, jonka mukaan siirtyneet genomin osat tai esim. retrotransposonit monistuisivat "villeinä" ja muista genomin tarpeista piittaamattomina "loisina" ja pysyisivät sellaisina loppuun asti, ei Mattickin ja Raskon kannattajana voi omaksua (ellei ole pakko). Täytyy yrittää keksiä joku toinen ratkaisu.

Olenkohan edes ymmärtänyt oikein, että retrotransposoneilla ei olisi funktionaalisia säätelytehtäviä? Muutamista uusista artikkeleista tai niiden alkusanoista tuntuisi käyvän ilmi, että retrotransposonien joukosta on jo löydetty yhtä ja toista funktionaalista ainesta

https://www.google.fi/#q=functional+retrotransposons+2013+2014

Lieneekö genomissa enää osia, joista ei jo olisi löydetty ainakin yksi säätelyominaisuuden omaava edustaja? Miten sitten retrotransposoneihin olisi muodostunut sellaisia? Oman veikkaukseni mukaan (kun muuta ei tule mieleen) genomi, johon uusi osa on lateraalisesti siirtynyt, on ottanut ko. osan melko heti hallintaansa ja alkanut hyödyntää sitä monipuolisesti. Tässä voisi olla myös yksi syy genomien erikokoisuuksiin; toisia siirtolaisia on ollut hankalampi hyödyntää ja niiden hyödyntämiseen on tarvittu paljon enemmän lisämateriaaleja ja paikansiirtoja.

Vertauksenomaisesti, jos valmiiksi kalustettuun taloon tuotaisiin pakettiautollinen roinaa, tässä tapauksessa ehjiä astioita, pöytiä, sohvia, kodinkoneita jne, asukkaat ryhtyisivät laajentamaan asuntoaan mielessään mahdollisuus suurempiin kutsuihin ja muihin tapahtumiin. Tällä tavalla siis uskon genomissakin tapahtuneen kerta toisensa jälkeen - mutta uskomuksethan voidaan tiedolla kumota, jos ne eivät pidä paikkaansa..

SamikoKu
Liittynyt12.7.2010
Viestejä5364
MikkoKolkkala

Jouto-dna:n satunnaista perusluonnetta (tai ”itsekkyyttä”) kuvaa minusta hienosti tutkimustulos, jonka mukaan neljäsosa lehmän perimästä on peräisin käärmeeltä. Käärmeestä ei ole siirtynyt lehmään hyödyllisiä geenejä tai säätelyalueita, vaan alunperin vain yksi pieni retrotransposoniksi (kuka keksii sille hyvän suomennoksen?) kutsuttu itseään kopioivan dna:n pala.

Onko noin vain lehmän kohdalla vai onko muillakin ruohoa syövillä pätkä käärmeen DNA:a?

Jos se on myös esimerkiksi lampaalla selitttyisi aisa helpommin niin että se ruohon katseleminen ja maan rajassa päänsä pitäminen muokkaa DNA:a, mahdollisesti myös tietoisiuus käärmeestä vaarana voisi olla tarpeellista. Onko muita eläimiä tutkittu tuolta kantilta?

Jos DNA taas löytyy pelkästään lehmältä niin silloin on varmaan kyse siirtymisestä tai infectoitumisesta ja punkki voi olla hyvinkin syyllinen. Mielenkiintonen juttu kuitenki.

Uskomalla tieteeseen voi olla vain hetkittäin oikeassa.
"Olet väärässä: Kirjoitusoikeutesi on peruttu."

MikkoKolkkala
Liittynyt23.12.2010
Viestejä10
SamikoKu
MikkoKolkkala

Jouto-dna:n satunnaista perusluonnetta (tai ”itsekkyyttä”) kuvaa minusta hienosti tutkimustulos, jonka mukaan neljäsosa lehmän perimästä on peräisin käärmeeltä. Käärmeestä ei ole siirtynyt lehmään hyödyllisiä geenejä tai säätelyalueita, vaan alunperin vain yksi pieni retrotransposoniksi (kuka keksii sille hyvän suomennoksen?) kutsuttu itseään kopioivan dna:n pala.

Onko noin vain lehmän kohdalla vai onko muillakin ruohoa syövillä pätkä käärmeen DNA:a?

Ei vain pätkä, vaan neljäsosa perimästä! Sadat miljoonat nukleotidit hujan hajan ympäri lehmän perimää ovat tuon tutkimuksen mukaan alunperin lähtöisin käärmeen perimästä.

Saman retrotransposonin kopioita havaittiin suuria määriä lehmän lisäksi kaikkien muidenkin tutkittujen märehtijöiden perimästä - ja lisäksi vaihtelevia määriä satunnaisen tuntuisesti ympäri muuta eläinkuntaa. Niitä löydettiin esimerkiksi norsujen ja pussieläinten, mutta ei esimerkiksi sikojen tai lintujen perimästä - katso tarkemmin sukupuusta (kuvassa on siis retrotransposonien sukupuu, ei niiden isäntäeliöiden sukupuu).

Vaikka lehmään siirtyneen dna:n alkuperä on käärmeen dna:ssa, kyseessä ei siis ole mikään varsinainen käärmeen oma geeni tai muu sellainen dna, mistä olisi käärmeille tai muille eliöille lähtökohtaisesti mitään käyttöä.* 

Evoluutio on kuitenkin opportunistista; sitten kun nurkat ovat jo jotain roinaa täynnä, niin kyllähän siihen luonnonvalinta tarttuu, jos tuosta roinasta on sitten joskus jotain hyötyäkin. Siteeraan tähän vielä aiemmin käsiteltyä pallokalajuttuani:

"[...] Luonnonvalinta on liian heikko pysyäkseen vauhdilla kopioituvien retroelementtien tahdissa, retroelementit ehtivät kopioitua kymmeniä tai satoja tuhansia kertoja ennen kuin niistä alkaa olla todellista haittaa.

Onko retroelementeistä hyötyä? On. Ylimääräinen dna ei ole pelkkä haitta. Se antaa myös pelivaraa ja joustavuutta perimään. Perimän dna-palikoita voi silloin sekoitella, monistaa, käännellä ja yhdistellä vapaammin pelkäämättä, että jotain tärkeää menee rikki. Retroelementtien invaasion sanominen hyödylliseksi on kuitenkin vähän jälkiviisautta. Luonnonvalinta toimii tässä ja nyt, sillä ei voi olla pitkän tähtäimen suunnitelmia tyyliin: 'antaa nyt tämän joutavan dna-pätkän monistua hullun lailla siltä varalta, että muutaman miljoonan vuoden päästä tapahtuu jotain hyödyllistä'."  

* Retrotransposoneissa (pitkissä versioissa e.g. linet eli long interspersed nuclear elements) on kyllä niille itselle välttämättömiä geenejä. Olennainen niistä on rna:ta dna:ksi "vastavirtaan" kääntävä käänteiskopiointientsyymin geeni (reverse transcriptase). Ihmisen perimässäkin on isoja määriä retrotransposoneja ja niiden mukana tulleita käänteiskopiointigeenin kopioita. Suurin osa näistä kopioista on tietenkin toimimattomia pseudogeenejä. En ole kuullut, että oman perimän käänteiskopiointigeeneistä olisi havaittu olevan ihmiselle hyötyä, haittaa niistä on havaittu. 

-Mikko

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Eshel Ben Jacob työtovereineen on jo kauan tutkinut bakteerien keskinäistä kommunikaatiota. Nyt näyttää, että bakteerien kommunikaatio perustuu niiden genomien ja erityisesti kommunikaatiolle omistettujen monimutkaisten geenipiirien toimintaan

http://news.rice.edu/2013/04/19/genetic-circuit-allows-both-individual-freedom-collective-good/

 Each bacterium in the colony communicates via chemical “tweets” and performs a sophisticated decision-making process using a specialized complex gene network comprised of many genes connected via complex circuitry. - See more at: http://news.rice.edu/2013/04/19/genetic-circuit-allows-both-individual-freedom-collective-good/#sthash.6sl30Y9c.dpuf

Kukapa tietää, vaikka älykäs kommunikointi genomien kesken edellyttäisi genomeilta merkittävää integriteettiä. Jos näin voisi ajatella, paljon tarpeettomia roskageenejä -näkemystä joutuisi ehkä harkitsemaan uudelleen. Tämä on tietenkin vain spekulaatiota ja Mattickin ja Raskon diletanttisen kannattajan toiveunta..

.....

Vaikka James A. Shapiron tutkijankyvyt tunnustetaankin yleisesti, monetkaan eivät helposti yhdy hänen radikaaliin näkemykseensä genomista ja sen aktiivisesta ympäristöstä hyvinkehittyneenä  biologisena tietokoneena, joka merkittävässä määrin ohjaa itse solun kokemien vaatimusten mukaisia muuntumisiaan ja paljolti järjestelee itse itseään

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/2011.10.26.QMaryU.Rethinking%28Im%29Possible.pdf

 

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro.2013.How%20Life%20Changes%20Itself-%20The%20Read-Write%20%28RW%29%20Genome.Physics%20of%20Life%20Reviews.pdf

Shapiron näkemyksiin kuuluu myös genomin kyky uudelleenjärjestää horisontaalisessa siirtymässä vastaanottamansa lisäosat hyödyllisiksi genomin osiksi. Uudet tutkimustuloksetkin taitavat jonkin verran puoltaa esim. retrotransposonien hyötykäyttöä ja sulauttamista genomin kokonaisuuteen (?)

Miksikähän esimerkiksi Jerry Coyne (taitaa unohtaa ajaa kissojaankin kaljuiksi) vastustaessaan jyrkästi saman laitoksen toista tutkijaa, Shapiroa? Joka tapauksessa niin puolesta kuin vastaan olevat näkemykset ovat vielä pelkkiä hypoteeseja. Ehkä jokin vielä syvempi, luonnonlakeihin perustuva näkemys genomista ja sen solusta ratkaisee asian yllättävällä tavalla.

Siihen asti joudutaan mahdollisesti selittämään erimielisyydet aivojen erilaisuudella, jota olen kutsunut erimielisyysperiaatteeksi

http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130206131048.htm

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Kaksi amerikkalaista professoria Burgess ja Freeling, joiden sympatiat tuntuvat olevan "paljon funktionaalista ainesta"- veikkauksen kannattajien puolella, on paneutunut kasvien DNA:n tutkimukseen

http://www.eurekalert.org/pub_releases/2014-03/asop-nff033114.php

http://burgesslab.uconn.edu/home.html

http://pmb.berkeley.edu/profile/mfreeling 

He toteavat, että "roska"-DNA:n pitäminen roskana on ennenaikaista, koska sitä ei ole vielä läheskään kokonaan tutkittu eikä sen kaikkia ulottuvuuksia löydetty.

He ovat tutkineet muun muassa jopa miljoonia vuosia säilyneitä ei-koodaavia jonoja, jotka ovat samat useissa kasveissa. Heidän mielestään tällaisilla jonoilla on merkitys kasvin tärkeissä biologisissa tapahtumissa. Eräistä kaukaisista sukulaiskasveista he löysivät 200 säilynyttä ei-koodaavaa jonoa, joista 59 oli yhteistä vielä kaukaisemman kasvisukulaisen genomin kanssa. Näitä 59 jonoa he nimittivät "syviksi".

Tutkiessaan "syviä" ei-koodaavia jonoja he huomasivat niiden liittyvän kasvin genomissa kaikkein tärkeimpiin jonoihin, jotka säätelivät esim. kasvin reaktioita hormoneihin ja kehitystapahtumaa. Kaksitoista "syvää" jonoa liittyi lisäksi proteiinia koodaaviin geeneihin, joiden koodaamat proteiinit vuorovaikuttivat RNA:n kanssa. 

Burgess ja Freeling ajattelevat, että heidän tekemänsä esityö mahdollistaa yhä uusien funktionaalisten jonojen todentamista.

.....

Burgess ja Freeling tuntuvat liittyvän Shapiron, Mattickin, Raskon (97 % funktionaalista..) ja muiden "paljon funktionaalista ainesta" -ideologian kannattajien jonoon. IC-proponenttina ( IC =Intelligent Cosmos) tunnen itsekin viehtymystä liittyä tähän, mutta kuitenkin tietoisena sitovien todisteiden  puuttumisesta..

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencemag.org/content/343/6175/1082.summary

Nykykäsityksen mukaan monet kompleksit ominaisuudet eivät ole luonnonvalintaperäisiä, kuten vieläkin jotkut kuvittelevat

Biokemian professori Larry Moran sanoo luonnonvalinnasta evoluution "peruspilarina":

evoluutio-ja-fossiilit-f8/nykydarwinismi-heikkoa-tiedetta-t20186-765.html

Monimutkaisuuden evoluutiosta. Voitko siirtyä yksinkertaisesta ominaisuudesta kompleksimpaan turvautumatta luonnonvalintaan? Kyllä voit. Kompleksit ominaisuudet voivat kehittyä ilman luonnonvalinnan vaikutusta. Suositeltavaa luettavaa on Michael Lynchin kirja "The Origins of Genome Architecture".

Haluatko yksinkertaisemman esimerkin? Lue P.Z.Myersin uusin kirjoitus "Monimutkaisuus ei tavallisesti ole tulos luonnonvalinnasta 1".

Asia on tärkeä. Et voi tuosta vain otaksua, että joku kompleksi kyky on sopeutuma ja luonnonvalinnan tuote. Sama pätee sekä komplekseihin rakenteisiin että kompleksiin käyttäytymiseen.

Moran tarkoittaa tässä lähinnä random genetic drift -ilmiötä

Random genetic drift keksittiin jo 30 vuotta sitten (muistelen nähneeni perustavanlaatuisen artikkelin Naturessa). Sen suurta vaikutusta evoluution mekanismeihin ei kuitenkaan yleisesti tajuttu. Seuraavassa siitä kertoo biokemian professori Larry Moran:

http://sandwalk.blogspot.fi/

What Neutral Theory tells us is that a huge number of mutations are neutral and there are far more neutral mutations fixed by random genetic drift that there are beneficial mutations fixed by natural selection. The conclusion is inescapable. Random genetic drift is, by far, the dominant mechanism of evolution.

The revolution is over and strict Darwinism lost. We now know that random genetic drift is an important mechanism of evolution and there's more to evolution than natural selection. Unfortunately, this blatantly obvious fact is not understood by the vast majority of people and teachers. There are even many scientists who don't understand evolution.

On kuitenkin myös toinen mekanismi, johon kompleksi ominaisuus voi perustua, epigenetiikka. Vaikka epigenetiikka muistuttaakin lamarkismista, on suuri osa biologian tutkijoista taipunut sen hyväksyjiksi

http://www.sciencemag.org/content/343/6175/1082.summary

Tähän liittyy kuitenkin mahdollisesti ongelma, miten epigeneettinen genomin (mutta ei koodaavien geenien) uudelleenjärjestely oikein tapahtuu tuottaakseen ympäristön muutokseen (esim. myrkkyyn tai nälänhätään) mielekkäästi reagoivan, jälkeläisillekin periytymiskykyisen tuloksen. Itse veikkaisin tässä tarvittavan James A. Shapiron näkemyksen mukaista genomin älykästä uudelleenjärjestymiskykyä. Tämä taas vaatisi mielestäni genomin integriteettiä, jollaista se ei voisi saavuttaa, jos sitä kansoittaisi valtava määrä tarpeetonta, ainoastaan poisheittokelpoista ainesta.

Edellisessä kommentissani esittelemäni tutkijat arvelivatkin ainakin joidenkin ei-koodaavien elementtien toimivan genomin tukirankana.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.newswise.com/articles/seeing-double-new-study-explains-evolution-of-duplicate-genes

Soluilla on ollut tapana tuon tuostakin kahdentaa jonkun geeneistä. Näennäisesti liikaa olevista geeneistä on kuitenkin muodostunut geneettisiä uutuuksia, adaptaation ja diversiteetin tuottajia.

Genomilla on kyky käsitellä kahdentunutta geeniä siten, että se ei heti eliminoidu, ja että se ehditään sopeuttaa koko genomin yhteyteen ja ottaa siinä hyötykäyttöön.

Tämä kyky perustuu metylatioon. Metyyliryhmien avulla tehdään duplikaatille ikään kuin kilpi, joka estää sen ennenaikaisen eliminoinnin. Ajan mittaan genomi assimiloi duplikaatin yhteyteensä ja siitä tulee innovatiivinen, uuden funktion omaava genomin osa.

 From time to time, living cells will accidentally make an extra copy of a gene during the normal replication process. Throughout the history of life, evolution has molded some of these seemingly superfluous genes into a source of genetic novelty, adaptation and diversity. A new study shows one way that some duplicate genes could have long-ago escaped elimination from the genome, leading to the genetic innovation seen in modern life.

Researchers have shown that a process called DNA methylation can shield duplicate genes from being removed from the genome during natural selection. The redundant genes survive and are shaped by evolution over time, giving birth to new cellular functions.

Itse veikkaisin, että tässä prosessissa toteutuu juuri Shapiron kannattama ja ehkä Eshel Ben Jacobillakin implisittisenä esiintyvä näkemys genomin älykkyydestä.. 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

https://www.fccc.edu/information/news/press-releases/2014/2014-02-20-mechanism-gene-regulation.html

Tutkimukset tuovat yhä uusia piirteitä genomin monimutkaisuuteen.  Kromatiini koostuu nukleosomeista ja DNA:sta, nukleosomit puolestaan ovat histonijoukkoja, molekyylejä, joiden ympärille DNA on kiertynyt. Tämän järjestelmän "kunto" on solulle elintärkeä.

Nukleosomia on usein pidetty stabiilina, inerttinä struktuurina. Uudet tulokset osoittavat sen olevan  dynaaminen genomin osa. Esimerkiksi yhden histonityypin muuntelu johtaasuuriin muutoksiin koko nukleosomin muodossa. Nukleosomin aiemmin kätketty osa tulee esiin. Esiin tullut osa puolestaan aktivoi erään entsyymin, joka ryhtyy keräämään ympärilleen pitkiä haarautuneita molekyylejä, jotka ryhtyvät nyt avaamaan läheistä DNA-pakkausta sen aktivoitumista varten.

Koko tapahtumasarja alkoi yhden histonimolekyylityypin käsittelystä.

Kyseisen entsyymin nimeltä PARP1 aktivoitumisen ja sen suorittaman geenien säätelyn tullessa näin paremmin tunnetuksi on toiveita saada kehitetyksi entistä vaikuttavampia kemoterapia-aineita taistelussa syöpää vastaan.

.....

Genomin ja solun tapahtumien pohtiminen on jännittävää varsinkin niiden osoittautuessa yhä monimutkaisemmiksi ja monimutkaisemmiksi. Tapahtumia tulee kuitenkin usein visioiduksi jonkinlaisella palikkatasolla. Todellisuudessa sekä vuorovaikutukset että hiukkaset ovat kuitenkin fysikaalisia voimakenttiä, joiden olemusta voi ehkä verrata kiivaasti leimuaviin revontuliin, suunnattoman paljon monimutkaisempiin kuitenkin.

Miten selittyy tuhansien, tuhansia reaktioita sekunnissa aikaansaavien ja tuotteet täsmällisiin paikkoihin monimutkaisia reittejä pitkin kuljettavien tapahtumien vauhditus ja ohjailu? Tavanomaisen kemian lisäksi tämä kenttien myllerrys tarvitsee monimutkaista lisäsäätelyä.

Yksi mahdollinen ja mielestäni ainoa todennäköinen tekijä on solumusiikki. Makroskooppisessa muodossa solumusiikin olemus tulee ilmi ensinnä Chladnin levyissä, joiden värähtelytaajuuden muutokset luovat yhä uusia hiukkaskuvioita värähtelyjen voimilla

 https://www.google.fi/#q=Chladnin+levyt

Huomattavasti tihentyneenä sama periaate toteutuu Hans Jennyn kymatiikassa

https://www.google.fi/webhp?tab=ww&ei=p15IU-GOLYKvyAO85YGQCg&ved=0CBEQ1S4#q=hans+jenny+cymatics

Genomia ja solua voitaneen pitää mikrokymaattisena struktuurina, jonka suunnattoman monimutkaiset värähtelykuviot ovat kvanttifysikaalista alkuperää ja heijastavat älyn läpitunkemaa kosmosta, jonka toinen erityisen vakuuttava ilmentymä on korkeampi matematiikka.

Kvanttifysikaalista alkuperää olevia elävän solun aaltoja etsi jo fysiikan nero Herbert Frölich. Nyt on kuitenkin jo osoitettu mikrotubulusten värähtelevän kvanttifysikaalisesti

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140116085105.htm

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Professori Arto Annila on nyt ottanut tarkasteltavakseen genomin fysiikan perimmäisen lain, pienimmän vaikutuksen periaatteen (PLA, Principle of Least Action)  valossa.

http://www.helsinki.fi/~aannila/arto/genes.pdf

Jos Annila on oikeassa, genomin olemus luonnon perustavimman lain ilmentymänä osoittautuu tärkeäksi lisäykseksi Annilan edellisiin, evoluution periaateita PLA:n valossa tarkasteleviin tutkimuksiin. Yhtä Annilan aiempaa evoluutiotutkimusta olen jo yrityksestä huolimatta hyvin vajavaisesti esitellyt ketjussa

http://www.tiede.fi/keskustelu/36630/ketju/darwinismi_kumottu_suomalaisvoimin/sivu/1

Korostaisin, että ei ole lainkaan kyseenalasta, onko Annila oikeassa. Biologisen tapahtumamaailman sisin rakenne on epäilemättä pelkkää fysiikkaa. Ja fysiikan perustavin laki, josta useimmat muut laitkin voidaan johtaa, on PLA.

Sattumoisin kirjoitin PLA:sta ja evoluutiosta aivan äskettäin

http://www.tiede.fi/keskustelu/20186/ketju/nykydarwinismi_heikkoa_tiedetta/sivu/84#comment4023076

Yhtä asiaa tunnen kuitenkin tarvetta hieman kritisoida tai ehkä pikemminkin täydentää. Se on kasvien kehittyminen evoluution kautta energiatehokkaiksi.

Minusta tuo ilmaisu "evoluution kautta" on kaikessa lyhyydessään arveluttava, koska jokuhan voi tulkita sen tietämättömyyttä ilmaisevaksi affektiksi. Sen tarkoitusta olisi voinut ehkä lisää valottaa ja esim. sanoa, mitä evoluutioteoriaa tässä ajatellaan, vanhaa, modernia synteesiä vai kaikkein uusinta.

Mutta mielestäni asian ydin olisi kuitenkin ollut mm. Hawkingin ja Mlodinowin kirjassa (uusimmassa!) korostettu pienimmän vaikutuksen periaate. Sitähän pidetään syvällisimpänä luonnonlakina, josta muut lait ovat johdettavissa. Seuraavassa sitä esittelevät teor.fys. professori Keijo Kajantie ja matematiikan dosentti Osmo Pekonen

http://www.tieteessatapahtuu.fi/0105/kajantie.pdf

http://www.tieteessatapahtuu.fi/0304/pekonen.pdf

Miksi emme sitten näe pienimmän vaikutuksen lain toteutumia luonnossa? Syynä on luonnon monimutkaisuus. Kun kaikki luonnossa toteutuu pienimmän vaikutuksen lain sanelemalla tavalla, muodostuu niin tiheä voimien ja liikkeiden verkosto, että yksityisen vuorovaikutuksen lainalaisuus häipyy myllerrykseen.

Ainoastaan jossain pelkistetyssä tapauksessa Principle of Least Action voidaan nähdä toiminnassa. Suosikkiesimerkki on kylpyammeen tyhjentyessä syntyvä pyörre. Pyörre on juuri PLA:n ilmentymä, jonka merkitys on tyhjentää ammeen sisältö ja siis pienentää veden potentiaalienergia mahdollisimman nopeasti.

Myös reunaehdoista siis riippuu, miten PLA milloinkin toteutuu.

Biologinen organismi on siis perimmäisiä rakenteitaan kuten genomia myöten PLA:n hallitsema systeemi aivan niin kuin mitkä tahansa maailman tapahtumat. Annila viittaa mm. aiemmissa puheenvuoroissani kannattamani James A. Shapiron näkemyksiin, jotka voidaan ehkä nähdä PLA:n ilmentyminä.

Olen vasta luonut pikaisen yleissilmäyksen ko. artikkeliin, jonka toinen tekijä on muuten Keith Baverstock Itä-suomen yliopistosta.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.helsinki.fi/~aannila/arto/Theory%20of%20Biology.pdf

Tässä artikkelissa Annila selkeyttää alun perin Maupertuisilta peräisin olevaa pienimmän vaikutuksen periaatetta (PLA) korostamalla, että kyseessä on termodynaamisesti avoimia systeemejä kuvaava laki. Biologiahan on juuri avoimien systeemien ilmiö. Kirjassaan "From Being to Becoming" Prigogine huomauttaa, että useat tieteen suuret edistysaskeleet ovat merkinneet ihmisen kuviteltujen ulottuvuuksien merkittävää vähentymistä. Niinpä nytkin LAP avoimille systeemeille johdettuna (minkä Annila on tehnyt ilmeisesti ensimmäisenä maailmassa) tekee mahdottomaksi täsmällisten ratkaisujen löytämisen, mihin tavallinen suljettujen systeemien fysiikka on kaikki totuttanut.

Täsmälliset ratkaisut biologian tapahtumille ovat epäilemättä "olemassa", mutta niiden sfääri, jossa ne sijaitsevat, jää ikiaikaisesti ihmisen tietokyvyn ulkopuolelle.

Artikkelissaan Annila näyttää pitävän genomia "vähän funktionaalista ainesta ja paljon joutavaa ainesta" sisältävänä systeeminä. Vastaava näkemys näyttäisi  kuitenkin puuttuvan Annilan ja Baverstockin perustavanlaatuisesta esityksestä

http://www.helsinki.fi/~aannila/arto/genes.pdf

Näin ollen kiistan ratkaisukaan ei ilmeisesti ole ainakaan tällä hetkellä teoreettisesti saavutettavissa, vaan ilmenee huomattavalla varmuudella vasta, kun viimeinen funktionaalinen osa genomista on kartoitettu.

Nyt muistinkin, että Hawking ja Mlodinow eivät kirjassaan korostakaan PLA:ta, vaan Feynmanin polkuintegraalia. Polkuintegraali on tosiaan fysiikan ymmärtämisen kannalta niin merkittävä, että esimerkiksi Enqvist kirjassaan "Monimutkaisuus" sanoo, että se, joka ei tunne polkuintegraalia nukkuu vielä syvää ruususen unta.

Oman veikkaukseni mukaan PLA on ekvivalenttia polkuintegraalin kanssa. Taannoin kirjoitin polkuintegraalin ja PLA:n relaatiosta mm. seuraavaa:

http://www.tiede.fi/keskustelu/36630/ketju/darwinismi_kumottu_suomalaisvoimin/sivu/23

 Pienimmän vaikutuksen lain kuuluisin selitys, Richard Feynmanilta peräisin oleva polkuintegraali esitellään selkeästi ja yleistajuisesti Hawkingin ja Mlodinowin kirjassa

http://en.wikipedia.org/wiki/The_Grand_Design_(book)

Seuraavassa polkuintegraali yleistetään koko maailmankaikkeuden käsittäväksi äärettömän tiheäksi verkoksi, jonka välityksellä kaikki tapahtumat, niin mikroskooppiset kuin makroskooppiset, ovat kiinteässä yhteydessä kaiken sijoittuessa viime kädessä avoimeen systeemiin.

Totunnaisen ajattelun vastaisesti esimerkiksi eläimistön tuhoava komeetan törmäys tai tulivuoren purkaus ovat tällöin saman jatkumon tarkoin "laskettuja" tuloksia kuin solun sisäiset muutokset (joista yllä yksi radikaali esimerkki) kaiken tähdätessä energiatiheyden erojen redusointiin maksimaalisella nopeudella.

PLA:n kuvaama "jokin" säätää siis koko maailmankaikkeuden tapahtumat ja solujen mikroskooppiset tapahtumat yhtenä tapahtumien vyörynä, yhtä hallittuna ja häiriöttömänä kuin PLA:n mukainen heittoparaabeli. Missä me näemme häiriön, siinä on todellisuudessa polkuintegraaliverkon "laskettu" solmu.

Eliöiden ja ympäristön luonnonvalinnaksi luultu relaatio on todellisuudessa PLA-verkolla kuvattavissa oleva ko. verkon solujen sisältöä ja solukollektiivien (eliöiden ym.) suhdetta ympäristöönsä modifioiva syherö, jonka viime kädessä energiajakaumat, suuret ja pienet, alati muuttuvat, määräävät.

PLA:n ja polkuintegraalin yhteyden olettaminen tekee (mielestäni) helpoksi uskoa kaikkien luonnon systeemien tarkoituksenmukaisuuteen. Tällöin myös genomi ja sen toiminta olisi täysin koherenttia. Siinä ei esiintyisi mitään tarpeetonta ainesta. Mutta tämähän on vain uskomus, yksi monista.. 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Larry Moran moitiskelee professorien Burgess ja Freeling kielenkäyttöä heidän artikkelissaan, jota kommentoinkin äskettäin. Sitten Moran esittää viisi asiaa,  jotka roska-DNA -keskusteluun osallistuvien pitäisi tietää ja jotka "paljon funktionaalista ainesta"-proponenttien pitäisi selittä jollain järkevällä, näkemyksensä mahdollistavalla tavalla http://sandwalk.blogspot.ca/2013/07/five-things-you-should-know-if-you-want.html

Five Things You Should Know if You Want to Participate in the Junk DNA Debate   Here are five things you should know if you want to engage in a legitimate scientific discussion about the amount of junk DNA in a genome.

Genetic Load
Every newborn human baby has about 100 mutations not found in either parent. If most of our genome contained functional sequence information, then this would be an intolerable genetic load. Only a small percentage of our genome can contain important sequence information suggesting strongly that most of our genome is junk.

C-Value Paradox
A comparison of genomes from closely related species shows that genome size can vary by a factor of ten or more. The only reasonable explanation is that most of the DNA in the larger genomes is junk.

Modern Evolutionary Theory
Nothing in biology makes sense except in the light of population genetics. The modern understanding of evolution is perfectly consistent with the presence of large amounts of junk DNA in a genome.

Pseudogenes and broken genes are junk
More than half of our genomes consists of pseudogenes, including broken transposons and bits and pieces of transposons. A few may have secondarily acquired a function but, to a first approximation, broken genes are junk.

Most of the genome is not conserved
Most of the DNA sequences in large genomes is not conserved. These sequences diverge at a rate consistent with fixation of neutral alleles by random genetic drift. This strongly suggests that it does not have a function although one can't rule out some unknown function that doesn't depend on sequence. If you want to argue against junk DNA then you need to refute or rationalize all five of these observations.  

Näihinpä kohtiin ei kaltaisellani innostuneellakan diletantilla ole paljoa mitään sanottavaa, koska varsinkin jotkut niistä tarvitsisvat paljon  lisätietoja tullakseen ymmärretyiksi.  

Ensimmäinen kohta, geneettinen taakka, varsinkin on tällainen. Kuitenkin, jos ajattelee asiaa kannattamani genomin integriteetin valossa kaiken funktionaalisen tai potentiaalisesti funktionaalisen ei ehkä tavitsekaan ilmetä jonoinformaation muodossa. Osa genomin aineksista voi myös toimia sen tukirankana tai muuten edistää genomin fysikaalista aktiivisuutta tai sen luultavati kvattilomittunutta rakennetta solun kohtaamissa erilaisissa haasteissa ja kehitysvaiheissa (Tämä ei suinkaan kumoa Larrya, koska en vajavaisine tietoineni ymmärrä hänen pointtiaan).   

Toiseen kohtaan on luullakseni useita vaihtoehtoisia tulkintoja, vaika Larryn mielestä ainoa järkevä tulkinta on hänen tulkintansa, joka perustuu näkemykseen "paljon tarpeetonta ainesta".  

Kolmatta kohtaakan en pysty vajavaisine tietoineni ymmärtämään. Jos sillä tarkoitetaan miljoonia vuosia säilyneiden geenien tämänhetkistä toimimattomuutta, voidaan kuitenkin ajatella tällaisten saaneen genomin integriteetin perusteella jonkun vaatimattomamman tehtävän genomin kokonaisuudessa. Emme myöskään tiedä, voisiko joku solun kohtaama uusi haaste aiheuttaa tarpeen käyttää tällaista näennäisesti inerttiä geeniä. Esimerkkinä voisi olla muinainen geeni, joka aktivoituna aiheuttaa vastustuskyvyn HIV:lle.  

Neljäs kohta, pseudogeenit roskaa, on jo vanhentunutta tietoa. Tutkimuksen edistyessä on yhä uusien pseudogeenien funktionaalisuus havaittu. Suuri osa pseudogeeneistä on tosin vielä tutkimatta, mutta niidenkään epäfunktionaalisuutta tai merkityksettömyyttä ei ole voitu todistaa.  

Larry itse toteaa toisaalla, että genetiikassa kaikki ei ole sellaista kuin järjellä päätellen näyttäisi  olevan (sanamuoto muutettu..). Niinpä viidennessä kohdassa genomin nopea muuttuminen mm. random genetic drift -ilmiöstä johtuen ei välttämättä merkitse random -termin implikoimaa epäloogisuutta vaan kenties mitä mielekkäintä biodiversiteetin maksimointiprosessia, jollainen luonnollisesti olisi käynnissä Feynmanin polkuintegraalien kosmisen verkoston ja pienimmän vaikutuksen periaatteen valossa.   

Ylläolevia hataria komentteja biokemian professori Larry Moranin jämäkkään näkemykseen joutuu nähtävästi pitämään vain edellisissä blogikommenteissani mainittujen "paljon funktionaalista ainesta" -kannan proponentten  vastinnäkemyksen diletanttisena puolusteluyrityksenä. Tässä vaiheessa jää lukijan tehtäväksi arvioida, onko niissä edes mitään ajateltavaa.

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä189

En ole fyysikko, joten en osaa ottaa kantaa Annilan teeseihin. Kokeellisen tieteen edustajana arvostan kuitenkin Morania sikäli, että hän luo tuossa viiden empiirisen tosiasian listan, joka pitää selittää, jos on sitä mieltä että genomissa ei ole mukana turhaa. Vastaavasti - uudet ajatukset genomin rakenteesta on syytä muotoilla niin, että niistä saadaan testattavia hypoteesejä (sensu lato, koska biologia), muuten en niitä tieteeksi laske.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140123142029.htm

Nobelisti Susumu Ohno selitti uusien geenien syntyvän muun muassa siten, että proteiinia koodaava geeni kahdentuu toisen puolikkaan saadessa uuden koodausominaisuuden.

Äskettäin todettiin, että uusia koodaavia geenejä syntyy varsin vilkkaasti myös non-coding -geenien tai niiden palasien kahdentuessa. Uudella geenillä oli usein vaikutusta koe-eläimenä olleen banaanikärpäsen lisääntymismenestykseen.

Tämä tuntuisi viittaavan mahdollisuuteen, että genomi tunnistaa ainakin osan non-coding -geeneistään ja käyttää niitä tarvittaessa. Tämä taas viittaisi genomin melko laaja-alaiseen koherenssiin. Toinen mahdollisuus on tietysti, että koko elämänprosessi on vain sattumaa. Lienee  nimittäin mahdotonta vetää sihen rajaa, jonka toisella puolen tapahtumilla olisi todellista merkitystä ja toisella puolen ei millään olisi mitään väliä..

Itse kannattaisin pikemminkin ensimmäistä mahdollisuutta vieläpä niin terästettynä, että jokainen pienikin materian liikahdus on luonnonlakiperusteinen, joskin sen syyn tarkka kuvaus on ikuisesti ihmisen tietokyvyn ulkopuolella.

Veikkaan, että jo aivan piakkoin tutkimus edistyy niin pitkälle, että jonkinasteinen todennus genomin koherenssista tai epäkoherenssista saadaan

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://genome.cshlp.org/content/24/4/639

Tutkijat huomauttavat, että vaikka Bilateria-tyyppisillä ja Cnidaria-tyyppisillä eläimillä on suuri joukko yhteisiä koodaavia geenejä, niiden morfologiassa on suuri ero:

 https://www.google.fi/search?q=bilateria+pictures&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=5JdVU8vaBKGxywPk0oDgCw&ved=0CCoQsAQ&biw=1600&bih=691

https://www.google.fi/search?q=cnidaria+pictures&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=k5hVU-CqFYjoywOPpYLgDQ&sqi=2&ved=0CCoQsAQ&biw=1600&bih=691

Ongelmana on suuren morfologisen eroavuuden selittäminen.

Kartoittaessaan monimutkaisin tutkimusmenetelmin näiden eläinlajien säätelygeenejä he löysivät yli viisituhatta vahvistajaa. Verratessaan Cnidarioihin kuuluvan Nematostella vectensis -eläimen (merivuokon) ei-koodaavien vahvistajageenien histonimodifikaatioita Bilaterian histonimodifikaatioihin, ne olivat sangen samanlaiset

https://www.google.fi/search?q=nematostella+vectensis+pictures&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=Y5lVU76fLeaDywP1wYGgAg&ved=0CC8QsAQ&biw=1600&bih=691

Nematostellan ja Bilateria-suvun säätelygeenit olivat siis jokseenkin samoja säädellen voittopuolisesti eliön kehitysvaiheissa aktivoituvia geenejä.

Tutkijat päättelivät em. eliöryhmien esi-isällä 600 miljoonaa vuotta sitten jo olleen varsin kehittynyt säätelyjärjestelmä.

.......

Maallikon tekisi mieli vetää tästä johtopäätös, jonka mukaan 600 miljoonaa vuotta sitten eliöillä ei ollut ei-koodaavia roskageenejä pois heitettäväksi, vaan niiden yhtenä funktiona oli tuottaa biodiversiteettiä, eliöiden eroavuutta toisistaan. Johtopäätösta seuraisi ajatus, että myös nykyinen säätelygeenijärjestelmä käsittäisi liki kaikki koodaamattomat elementit, mm. ENCODE-tutkimuksen tehokkaasti lytätyt 80 % biokemiallista aktiivisuutta osoittaneet geenit. Vaikka tämä aktiivisuus olisi verraten heikkoa, se olisi oleellista saavutettujen morfologisten rakenteiden ylläpitämiseksi..

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

 

Äskettäinen ENCODE-tutkimuksen tulos, jonka mainostettiin osoittavan ainakin 80% geeneistä funktionaalisiksi, tehtävän omaaviksi, herätti vastalauseiden myrskyn. Tutkijat eivät osanneetkaan ilmoittaa olettamaansa tehtävää. Nyt tehdyn uuden tutkimuksen perusteella voidaan sanoa, että ainakin kaikella syntyvällä RNA:lla on funktio.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 084940.htm

http://www.nature.com/nature/journal/va ... 11508.html

Funktionaalisen genomiikan teknologiaryhmän johtaja Piero Carninci toteaa: Iloksemme olemme huomanneet, että pitkillä ei-koodaavilla RNA-molekyyleillä on lisätehtävä. Siitä lähtien, kun aikoinaan keksittiin, että suurin osa genomista tuottaa niin monia ei-koodaavia RNA-molekyylejä, on yleisesti epäilty että näillä RNA-molekyyleillä ei olisikaan tehtävää. Nyt on tehty merkkitutkimus, jossa on tunnistettu uusi ei-koodaavien RNA-molekyylien luokka, joilla on ratkaiseva säätelytehtävä. Ne lisäävät proteiinien tuottoa.

Lisäksi tätä tehtävää välittävät toistuvat DNA-elementit (repetitive elements), joita tähän mennessä on pidetty "roskaa" olevana genomin osana. Tämä viittaa siihen, että käsitystä, jonka mukaan suurin osa genomia on "roskaa", olisi korjattava. Jokaisella genomin osalla saattaa olla piilevä funktio, jota emme vielä ymmärrä.

Artikkelin julkaissut Nature-lehti toteaa: Tämä aineisto paljastaa vielä toisen kerroksen geenin ilmenemisen säätelyssä käännöksen jälkeen vaikuttavalla tasolla.

Jännittäviä tuloksia, jotka herättävät epäilyn, että genomin ja sen aktiivisen ympäristön tiimoilta tulee vielä löytymään jotain, josta ei ole uneksittukaan..

We are delighted to see that there is one more function for long non-coding RNAs," says Piero Carninci, Team Leader at RIKEN OSC. "Since the initial discovery that the majority of the genome produces so many non-coding RNAs, there has been a general skepticism related to the possible function of these RNAs. This is a milestone study identifying a novel class of non-coding RNAs which have a key regulatory function, enhancing protein translation. Additionally, this function is mediated by repetitive elements, so far generally considered the 'junk' fraction of the genome, suggesting that the concept that most of the genome is 'junk' should be revisited. After all, there may be function embedded in any part of the genome, which we do not yet understand." Artikkelin julkaissut Nature-lehti

The Nature paper concludes: "These data reveal another layer of gene expression control at the post-transcriptional level."

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 124047.htm

Raajojen ja useiden aivoalueiden kasvu sikiöllä perustuu mm. geenin nimeltä Fgf8 tarkoin säädeltyyn päälle ja pois -rytmiin. Geeniä Fgf8 säätelee suuri jouko toisistaan riippumattomia säätelyelementtejä.

Säätelyelementit ovat kertyneet samaan suureen genomin alueeseen ollen sirottuneita muiden, Fgf8-geeniä säätelemättömien geenien sekaan. Tutkijoiden suorittama säätelyelementtien paikkojen vaihtelu sai aikaan Fgf8-geenin aktivaatiossa muutoksia, jotka johtivat pahoihin kehityshäiriöihin hiiren sikiössä

Geenin Fgf8 säätelyn avain on edellä mainitun genomin alueen hämmästyttävät monimutkainen järjestys. Fgf8 reagoi vain tiettyjen spesifien säätelyelementtien syötteeseen johtuen sen paikasta genomissa eikä mistään tunnistustekijästä.

Genomin 3-ulotteinen rakenne paljolti määrää, mitkä säätelyelementit milloinkin ovat yhteydessä toisiinsa ja geeniin Fgf8 säädellen sen toimintaa. Tämä geenien säätelyyn vaikuttava monimutkainen tekijä on tutkijoiden mukaan yleensä jätetty huomiotta. Genomin paikallinen järjestyneisyys ja DNA:n 3-ulotteinen rakenne saattavat olla tärkeimmät säätelyyn vaikuttavat tekijät sekä moduloiden säätelyelementtien toimintaa että johtaakseen ne kohdegeenin yhteyteen.

On tärkeää nyt ottaa tutkimuskohteeksi DNA:n 3-ulotteisen rakenteen vaikutus genomin eri elementtien vuorovaikutukseen ja geenin ilmaisujen säätelyyn.

.........

Oman arvioni mukaan nyt on tultu lähelle genomin kokonaisuuden merkitystä mm. geenien säätelyssä. Säätelygeenit ovat sirotellut "roskageenien" sekaan, joiden 3-ulotteinen organisaatio on kuitenkin aivan ratkaiseva säätelyn tekijä. Näin ollen myös mahdolliset mitään tuottamattomat genomin osat ovat genomin toiminnan kannalta olennaisen tärkeitä.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

Tutkimusten mukaan noin 80% non-coding DNA:sta omaa biokemiallisen aktiivisuuden, vaikka vain noin 20%:lle on löytynyt säätelytehtävä. Mitä tarkoittaa biokemiallinen aktiivisuus? Ensi kättelyssä varmaan sitä, että biokemiallisesti aktiiviset geenit osoittavat "elonmerkkejä", joiden perusteella on arveluttavaa kutsua niitä pelkäksi roskaksi, vaikka niiden erityistä funktiota ei vielä tiedetäkään.

Biokemiallisella aktiivisuudella voi olla muita kuin välittömään proteiinintuottoon säätelyineen liittyviä tehtäviä. Nämä voivat monin tavoin vaikuttaa DNA-molekyylien fysikaalisiin, proteiinintuotossa tai jossain muussa tehtävässä tarvittaviin ominaisuuksiin ja tiloihin.

Vime vuosina DNA-molekyyliä on tutkittu jonkin verran, joskaan ei varmasti riittävästi, myös fysikaalisten ja sitä lähellä olevien ominaisuuksien kannalta.

http://www.astrobio.net/pressrelease/39 ... shapes-dna

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 091122.htm

Aina ei tule ajatelleeksi, että DNA-molekyylillä solussa on yllään jatkuvasti muuttuva vesikerros, jonka muutokset vaikuttavat usein ratkaisevasti DNA:n biologiseen funktioon. DNA:ta ympäröivä vesikerros myös vaikuttaa moneen asiaan, muun muassa siihen, miten muut biomolekyylit voivat kytkeytyä DNA:han. Vesikerros myös paljolti ohjaa DNA:n konformaatioita. Se vaikuttaa myös DNA:n optisiin, elektronisiin ja mekaanisiin ominaisuuksiin.

Vesitupen äärimmäisen tarkoin strukturoituneet (ja struktuuriaan muuttavat) vesimolekyylit ovat avainasemassa jonkun proteiinin etsiessä paikkaa, johon sen tulisi kiinnittyä DNA:ssa. Vesituppi vaikuttaa myös esim. huumeiden ja lääkeaineiden kiinnittymispaikkoihin.

Vesikerros toimii myös erittäin tarkkana kytkimenä, jota DNA itse voi säädellä esimerkiksi aiheuttaakseen itselleen äkillisen konformaationmuutoksen johonkin kohtaan. Vesikerron voi myös ratkaista, mitä biokemiallisia tuotteita DNA:sta kullakin hetkellä voidaan päästää ulos.

Joissakin viruksissa DNA on pakattuna kiteen kaltaiseksi tiheäksi möykyksi, johon varastoitu energia auttaa virusta ampumaan DNA:nsa tehokkaasti uhriin. Jotta DNA voisi ahtautua näin tiheään muotoon taittuen liki tuhat kertaa, silla on oletettavasti useita osin vielä tuntemattomia vuorovaikutuksia viruksen solumekanismien kanssa. Tutkijat puhuvat biologisesta moottorista pakkautumisen aikaansaajana. Jotain vastaavaa oletettavasti tapahtuu myös normaalissa solussa.

http://www.amazon.com/Charge-Migration- ... 3540724931

Sähkövarausten kulkua DNA-molekyyliä pitkin on viime aikoina voitu tutkia kokeellisesti ja teoreettisesti, lähinnä kvanttifysiikan keinoin. Sähkövaraukset kuljettavat merkittävää DNA:n toimintoihin liittyvää informaatiota. Sähkövarausten liikkumisen helpottamiseksi DNA kehittää ääniaaltopulsseja, fononeita. (Nämä ovat fotonien tavoin Nambun-Goldstonen bosoneita)

http://news.pillaicenter.com/archives/92

Professori F-A. Popp on tutkimuksissaan varmistanut biofotonien olemassaolon. Kaikki solut säteilevät (emittoivat) valoa. Popp toteaa:"uimme valon valtameressä.." Popp on osoittanut, että elävän solun DNA ottaa ja päästää fotoneita biofotoniemissiossa, joka säteilee kautta soluverkon. Biofotonien säteily ilmeisesti kantaa informaatiota solussa ja solusta soluun.

You may view a video, Living Light, containing an interview with Professor Fritz-Albert Popp explaining his research in more detail.

http://scitechstory.com/2010/06/29/quan ... -together/

Fotosynteesin on jo varmistettu käyttävän kvanttifysiikan "mystisintä" ilmiötä, kvanttilomittumista. Teorian mukaan myös DNA:ssa esiintyisi kvanttilomittuminen. Tätä teoreettista tulosta ei tosin ole vielä voitu todistaa. (Olisi kyllä merkillistä, jos evoluutio jättäisi käyttämättä jonkunkaan edistyksellisen fysiikan lain.)

Kvanttilomittuminen DNA:ssa perustuisi siihen, että kukin nukleotidi saisi ympärilleen elektronipilven muistuttaen siten atomia. Näin saadut "atomit" värähtelisivät parittain muodostaen harmonisen värähtelijän. Teorian mukaan tästä seuraisi kvanttikietoutuminen ja informaation välitön, ylivalonnopeudella tapahtuva siirtyminen.

Onko DNA kvanttikietoutunut vai ei? Aika näyttää. Edellä on mainittu ainoastaan muutamia monista tutkituista ilmiöistä, joita elävän solun DNA läpikäy. Monissa tapauksissa geenin osoittautuminen "eläväksi", mihin biokemiallinen aktiivisuus viittaa, voi olla ellei oleellinen, niin ainakin hyödyllinen olotila kaiken tarvittavan tapahtumiseksi DNA:n ja koko solun hyvinvointia edistäen.

Lentotaidoton
Liittynyt26.3.2005
Viestejä4706

psv: Eräs ystäväni teki nimittäin gradun suomen kielen jou-perheestä, jossa "jou" on vanha lähinnä energiaa tarkoittava ilmaisu (kuten sanoissa jousi tai joukko).

 

Eestin kielessä jõu = voima, jõutõstja = voimanostaja, jõudu tööle = työn iloa.

Lentotaidoton
Liittynyt26.3.2005
Viestejä4706

psv: Teorian mukaan tästä seuraisi kvanttikietoutuminen ja informaation välitön, ylivalonnopeudella tapahtuva siirtyminen.

 

Kvanttifysiikan mukaan lomittumisessa ei tapahdu informaation siirtoa (ei siis ole piilomuuttujia). Lomittuneet hiukkaset muodostavat yhden ja saman kvanttitilan, joka sitten dekoherenssissä ”romahtaa” yhdeksi klassiseksi tilaksi.

 

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 204417.htm

Jo 2006 keksittiin, että ihmisen DNA sisälsi hyvin erikoisia pienehköjä geenialueita, jotka eivät kuitenkaan koodanneet proteiinia, vaan toimivat koodaavien geenien säätelijöinä. Pitämällä koodaavaa geeniä auki ja kiinni tietyssä rytmissä saatiin proteiinin lajia, määrää ja valmistumishetkeä säädetyksi.

Kyseisiä geenialueita, joita voi olla DNA:ssa tuhansia, kutsutaan ihmisen nopeutetuiksi alueiksi (human accelerated regions, HAR) koska vaikka samanlaisia geenialueita löytyy mm. apinoilta, niiden mutaatiovauhti satoja miljoonia vuosia sitten on ollut ihmisellä huikean paljon suurempi, liki 1000-kertainen (tämän olen päätellyt tiedosta, että kun apinan HAR koki keskimäärin kaksi mutaatiota 118 koodikirjainta kohti 300 milj. vuodessa, ihmisen silloisen esi-isän HAR koki 18 mutaatiota 118 koodikirjainta kohti 6 milj. vuodessa; oikaiskaa, jos olen väärässä)

http://golatintos.blogspot.fi/2013/01/a ... onary.html

Tämä on ollut yksi syy sille ajatukselle, että HAR-alueet ovat toimineet inhimillistymisen avaintekijöinä. Toinen, ratkaisevampi syy on se, että monet HAR-alueet saavat tehtävän (gain of function) eli aktivoituvat säätelytehtäväänsä varten tärkeissä aivoalueissa ihmisellä, mutta eivät apinoilla, vaikka niilläkin on vastaavia alueita aivoissaan (ja tietenkin kaikkien solujen genomissa).

Vaikka HAR-alueita on etsitty ja tutkittu jo liki kymmenen vuotta, niiden täydellisessä kartoittamisessa ja ymmärtämisessä on vielä paljon tehtävää. Parin viime vuoden aikana saavutettu mullistava tutkimuksen taso edistynee vielä kauan ja johtaa veikkaukseni mukaan "ehtymättömän DNA:n" käsitteeseen. Veikkaan, että esimerkiksi säätelyverkostoista nyt omattu tieto kattaa pari prosenttia niiden todellisesta monimutkaisuudesta. Joku matematiikkaa, esim, geometrista topologiaa hallitseva nero voi tietenkin matemaattisen teorian kompleksisuuden valossa visualisoida DNA:n monimutkaisuuden tosiolemusta..

Jollekin sama voi tietysti onnistua biologisen tietämyksen ja rohkean spekuloinnin avulla. Täytyy vain onnistua luomaan oikea näkemys solussa jylläävistä suuntaavista voimista. Ei tule aina ajatelluksi, että esim. jonkin molekyylikoneen etenemisnopeus solussa on niin suuri, että jos näkisimme sen ihmisen kokoon suurennettuna, se kulkisi 70 000 kilometriä sekunnissa! Biologille tämä on tietenkin peruskauraa..

Oman veikkaukseni mukaan yksi solun voimaverkoista perustuu musiikkia muistuttavaan järjestyksen syntyprosessiin, jonka makroskooppinen malli on Chladnin levyt ja Hans Jennyn kymatiikka

https://www.google.fi/#q=hans+jenny+cymatics

Alun perin HAR-geenialueet kai löydettiin sattumalta, minkä jälkeen uusia HAR-alueita voitiin etsiä järjestelmällisesti. Voi olla, että DNA sisältää useita muitakin vielä havaitsematta olevia funktionaalisia alueita, joilla on tärkeitä tehtäviä. Monet DNA:n puolet, joiden merkitystä ei nyt tunneta tai ymmärretä, voivat osoittautua olennaisen tärkeiksi. Yksi tällainen äskettäin ilmennyt ongelma on liki kaikkien aivosolujen DNA-sisällön erilaisuus

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 172313.htm

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.hopkinsmedicine.org/news/med ... the_genome

Deletion of Any Single Gene Provokes Mutations Elsewhere in the Genome
Findings call for a rethinking of cancer genetics

Deletion of Gene B causes instability in the genome that is compensated for through a secondary mutation in Gene A

[size=85:17d0lzm2]Johns Hopkins researchers report that the deletion of any single gene in yeast cells puts pressure on the organism’s genome to compensate, leading to a mutation in another gene. Their discovery, which is likely applicable to human genetics because of the way DNA is conserved across species, could have significant consequences for the way genetic analysis is done in cancer and other areas of research, they say.[/size:17d0lzm2]

Jos hiivan - ja oletettavasti myös ihmisen - DNA:sta poistetaan yksi geeni, syntyy eliön genomiin paine, jonka genomi tasoittaa aiheuttamalla yhden tai kaksi mutaatiota lisää yleensä aina samoissa geeneissä, jotka usein sattuvat olemaan ns. "syöpägeenejä". Uudella löydöksellä on merkittäviä, ennen arvaamattomia seuraamuksia mm. syöpien geneettiselle analyysille.

Tutkijat ovat näin löytäneet lisää todistusaineistoa näkemykselleen, jonka mukaangenomi on äärimmäisen monimutkainen kone, jonka pienen osan poistaminen aiheuttaa paineen koko mekanismiin. Saavuttaakseen tasapainon genomi pakottaa myös jonkun toisen osan häirityssä genomissa "vinoutumaan".

Kun aluksi poistetut geenit ja niiden poiston jälkeen mutatoituneet geenit järjestettiin pareiksi, saatiin selville tähän mennessä lähes tuntematon geenien välisten vuorovaikutusten luettelo.

Tutkijoiden on nyt varottava tekemästä geneettisessä analyysissaan seuraavaa virhettä. Olettamalla genomin toiminnassa tietyn geenin mutatoinnin aiheuttaman ilmiön johtuvan mutatoidusta geenistä he voivat harhautua, sillä ko. ilmiö voikin johtua geenin mutatoinnin seurauksena muuttuneen toisen geenin vaikutuksesta.

Tehdyn mutaation aiheuttamat oheismutaatiot yhdessä tai kahdessa muussa geenissä voivatkin elävässä elämässä olla alkuperäisiä mutaatioita, joiden vuorovaikutuspareja ovat juuri tietyt "syöpägeenit".

Tekemällä eri tavoin käsitellyille genomin osajoukoille "stressitestejä" esim. länpötilaa nostamalla tai ravinnonsaantia rajoittamalla tutkijat huomasivat, että erot stressinkestävyydessä perustuivat usein ylläkuvattuihin seurannaismutaatioihin. Niinpä esimerkiksi osajoukoissa, jotka tulivat syöpäsolujen tavoin toimeen vähällä ravinnolla, seurannaismutaatio koski usein juuri syöpägeeniä.
.........
Genomin luonne suunnattoman monimutkaisena molekyylikoneena on omiaan vahvistamaan ainakin "paljon funktionaalisia geenejä" -ideologian kannattaja näkemystä, että solun DNA-järjestelmä ehyenä molekyylikoneena ei sisällä yhtään tarpeetonta, vaille tehtävää jäävää ainesta. Tätä ajatuskantaa on luonnollisesti "vähän funktionaalisia geenejä" -ideologian kannattajan mahdotonta omaksua.

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3916285/

Transkriptiofaktorit (TF)  säätelevät  monien fenotyyppisten ilmiöiden ja sairauksien ilmenemistä. Tutkijat huomauttavat ENCODEN jo märittäneen satoja transkriptiofaktoreita genomissa olevine sitoutumispaikkoineen. Seuraava askel on ymmärtää TF:ien funktionaalisten  biologisten signaalien rooli sairauksien ilmenemisessä.

Uudella geneettisellä modulimenetelmällä   voitiin funktionaalisten TF:ien vaikutuskohteet määrittää entistä tarkemmin. Niinpä tutkijat määrittivät esimerkiksi lähes neljätuhatta TF-sairaus -relaatiota yli viidentuhannen funktionaalisen TF-modulin avulla.

Genomin kokonaisuuteen nähden luvut ovat pieniä, ja 80 % funktionaalista ainesta "löytäneen"  ENCODEN lyttääjät voivat vielä olla huolta vailla. Merkille voidaan kuitenkin panna, että menetelmien kehittyessä putkahtelee "roskan" seasta aina silloin tällöin uutta, joskus yllättävääkin funktionaalista ainesta.

Kukapa olisi esimerkiksi ajatellut, että sydäntaudit ovat suuren ei-koodaavan elementtijoukon säätelemiä. LncRNA (long noncoding RNA) on yksi tähän säätelyyn osallistuva elementti, joka poikkeaa muista sydäntautia säätelevistä tekijöistä siten, että lncRNA:n järjestelmä määrää, millainen sydäntauti on kyseessä.

http://medicalxpress.com/news/2014-04-genome-regions-mislabeled-junk-linked.html

 

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://blogs.plos.org/dnascience/2014/03/20/challenge-supremacy-dna-genetic-material/

Annilan ja Baverstockin uusi artikkeli, jossa tarkastellaan genomia erityiseti termodynamiikan toisen lain ja pienimmän vaikutuksen periaatteen valossa (esityksen olematta kuitenkaan matemaattinen, kaavoja sisältävä!) on joutunut huomion kohteeksi blogia pitävän genetiikan tohtorin kirjoitettua siitä innostuneena.

Tieteeseen perehtyneiden ihmisten blogikommentteja on useita kymmeniä Baverstockin vastaillessa hikipäässä. Ihan kaikki kommentoijat eivät näytä ymmärtäneen, mistä oikein on kysymys.Jopa PZ Myers käy kommentoimassa, minkä jälkeen eräs feromonitutkija (?) huomauttaa,että Myers ei ole oppinut mitään viimeiseen kymmeneen vuoteen..

Kommentteja on ihan mukava lukea jo niissä riitelevien erimielisyyksien vuoksi.  

 

 

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140425091846.htm

Tutkijoiden mukaan genomissa on käynnissä sisällissota. Tietyt hyppivät geenit nimeltä LINE1 piilottelevat genomin rakenteissa. Ne voivat kuitenkin aktivoitua, kopioitua ja hypätä uuteen paikkaan genomissa usein tuottaen laskeutumispaikkaansa sairautta aiheuttavan mutaation.

Parista sadasta vahingollisesta mutaatiosta aina yksi onkin hyppivien LINE1 -geenien aiheuttama.

Genomilla on kuitenkin puolustus valmiina toimimaan. Se alkaa tuottaa erästä entsyymiä (APOBECA3A), joka pysäyttää LINE1:n invaasion jatkumisen. Vastahyökkäys antaa signaalin myös muille genomia puolustaville rakenteille, jotka voivat nyt ryhtyä siivoamaan genomia.

Tutkijat ihmettelevät, pitäisikö hyppiviä LINE1 -geenejä edelleen kutsua roskaksi; ainakin ne ovat vahvasti funktionaalisia, joskin niiden ainakin tässä kuvattu funktio on usein haitallinen ja vaatii vastatoimia.

Monet virukset kuten HIV -virus käyttäytyvät levittäytymällä LINE1:n tavoin, ja sama mekanismi pystyy torjumaan niitäkin.  

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä189
psv

Onpas sekava lehdistötiedote. Hyvänä nyrkkisääntönä sanoisin että jos ne on roinaa, ne on roinaa ja jos ne ei ole roinaa, ne ei ole roinaa. Tämän logiikan pohjalta toimivia transposoneja ei ole perinteisesti pidetty roinana ja toimimattomia on pidetty. Näillä tutkijoilla on joku ihan oma määritelmänsä junk DNA:lle.

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
jussipussi
Roina on ennen kaikkea historian taakkaa, hitaasti kerääntyvää roinaa. Suurin osa siitä on toistojaksoja, jotka ovat syntyneet luultavasti DNA:n kopioitumisvirheinä. Viruksia on sulautunut ihmisen genomiin. Osa on ihmisen omia geenejä, jotka ovat kopioituneet ja muuttuneet mutaatioiden takia toimimattomiksi pseudogeeneiksi.

 

Hyvin vähän ymmärrän asian tiimoilta mutta tuli "ex tempore" ajatus siitä että jos tämä "Junk DNA" on "tarkoituksellisesti" esim virusten maalitaluna ihan vain pienentääksen viruksen aiheuttamaa aktiiviseen genomiin osumisen riskiä negatiivisesti vaikuttaville muutaatioille? Toiminnalliset "piiloutuvat massaan" huonomman osumistodennäköisyyden suojaviittaan? jos genomissa olisi 100% toiminnallisia kaikki virheet/"osumat" siinä näkyisi välittömästi? Eli nyt yli 90% genomista on "dummy maalitauluina" jotka ei mutatoituessaan aiheuttaisi suurempaa haittaa organismille?

 

Arvaukseni näyttää pitävän kutinsa ainakin tässä:

Mutaatioita sattuu solunjakautumisen aikana, ja siksi tutkijat valitsivat kohteekseen verisolut. Niitä syntyy jakautuvista luuytimen kantasoluista läpi elämän, ja niissä näkyvät kantasoluihin jakautumisissa kertyneet mutaatiot.

Löytyneet runsaat 400 mutaatiota eivät olleet johtaneet sairauksiin. Valtaosa löydöksistä oli dna:n niillä alueilla, jotka eivät sisällä geenejä.

http://www.tiede.fi/artikkeli/uutiset/ihminen_sietaa_satoja_mutaatioita

 

 

 

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä189
jussipussi
jussipussi

 

Hyvin vähän ymmärrän asian tiimoilta mutta tuli "ex tempore" ajatus siitä että jos tämä "Junk DNA" on "tarkoituksellisesti" esim virusten maalitaluna ihan vain pienentääksen viruksen aiheuttamaa aktiiviseen genomiin osumisen riskiä negatiivisesti vaikuttaville muutaatioille? Toiminnalliset "piiloutuvat massaan" huonomman osumistodennäköisyyden suojaviittaan? jos genomissa olisi 100% toiminnallisia kaikki virheet/"osumat" siinä näkyisi välittömästi? Eli nyt yli 90% genomista on "dummy maalitauluina" jotka ei mutatoituessaan aiheuttaisi suurempaa haittaa organismille?

 

Arvaukseni näyttää pitävän kutinsa ainakin tässä:

Mutaatioita sattuu solunjakautumisen aikana, ja siksi tutkijat valitsivat kohteekseen verisolut. Niitä syntyy jakautuvista luuytimen kantasoluista läpi elämän, ja niissä näkyvät kantasoluihin jakautumisissa kertyneet mutaatiot.

Löytyneet runsaat 400 mutaatiota eivät olleet johtaneet sairauksiin. Valtaosa löydöksistä oli dna:n niillä alueilla, jotka eivät sisällä geenejä.

http://www.tiede.fi/artikkeli/uutiset/ihminen_sietaa_satoja_mutaatioita

 

 

Hyvin pieni osa mutaatioista johtuu viruksista - suurin osa niistä tapahtuu solunjakautumisen aikana ja niitä mutaatioita tapahtuu tietty määrä per emäspari, joten mitä isompi genomi, sitä enemmän mutaatoita. En tyrmää ajatusta, mutta tästä tutkimuksesta ei ole relevanssia.

Paul M
Liittynyt16.3.2005
Viestejä8558
SamikoKu

Ei oo roinaa.
Varmuuden vuoks ja pahan päivän varalle ovat.
Täytyy pitää tallessa ja passata ne jälkeläisille.
Joku saattaa tulevaisuudessa tarvita.

Nimimerkillä anttiikikauppias

Oli UFO-ilta. Perä perään tuli dokumentteja UFOista. Yhdessä kohtaamisessa ali totesi, jotta ovat täällä aktivoimassa toimimatonta osaa perimästämme. Eli ei ole turhaa. Kohta alkavat päät kasvaa ja kaulat ohentua ja sormet vähenevät.

Pikkusormi ei kuulu meille. Jokainen viisisorminen voi tehdä sormitestin. Eli taita vasemman käden pikkusormi piiloon ja tarkastele kättä uudelleen. Paljon kätevämpi on tuo ilman pikkusormea.

Hiirimeluexpertti. Majoneesitehtailija. Luonnontieteet: Maailman suurin uskonto. Avatar on halkaistu tykin kuula

psv
Liittynyt27.11.2013
Viestejä241

http://www.tiede.fi/keskustelu/38587/ketju/mix_ihmisilla_on_pikkurilli/sivu/3

Varsinkin Echin ja Mei Longin puheenvuorot ylläolevassa ketjussa vastaavat omaa käsitystäni pikkurillin tärkeydestä. Mielestäni ihmiskäsi pikkurilleineen ja muineen on Mei Longin sanaa lainatakseni optimaalinen. Samaa olisin taipuvainen väittämään muistakin ruumiinosista.

Tietämättömyys ja ymmärtämättömyys ovat luullakseni syitä siihen, että en pysty käden tai muiden paikkojen optimaalisuutta vakuuttavasti perustelemaan.

Optimaalisuudella ei tietenkään voi tarkoittaa kaikkiallista täydellisyyttä.

Aika monet ulottuvuudet varmaan voitaisiin toteuttaa nelisormisellakin kädellä, jos koko käden suunnittelu tehtäisiin alusta lähtien uudella tavalla. Tuskin kuitenkaan kaikkia.

.....

Panspermia-hypoteesi nähdäkseni hyväksytään pitkin hampain tiedeyhteisössä tieteeksi mm. avaruudesta tulevien mahdollisesti elämän syntyyn liittyvien molekyylien tähden

https://www.google.fi/#q=cosmic+ancestry+2013+2014

Panspermiasta ei olekaan pitkä UFOihin, mutta UFOjen olioperäisuus lienee tiedeyhteisölle tällä hetkellä liian "fringe science". UFOista ja humanoideista on monta hypoteesia alkaen niiden psyykkisperäisyydestä. Tulee mieleen, että jos humanoidit todella haluaisivat ja voisivat geneettisesti muuttaa ihmiskuntaa, eikö heidän pitäisi aloittaa muuttaminen mielen ominaisuuksista kuten älykkyydestä, empatiakyvystä, rauhantahtoisuudesta jne?

Jos UFOjen ajattelu ja ne huomioon ottava meditaatio  voisivat korvata uskonnon indusoimat mielen mystiset voimakentät, voisi ehkä ajatella niiden myös muuttavan joidenkin geenien toimintaa vaikuttamalla esim. säätelyjärjestelmiin tai metyyliryhmien järjestelyyn.. 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0097411

psv: Uunituoreessa japanilaisessa tutkimuksessa on tutkittu koko genomin koherenttia geneettistä reagointia samoin kuin koko genomin käsittävän geneettisen ilmaisun perustana olevaa dynaamista periaatetta.

Geenien ilmenemisessä havaittiin kollektiivisia, koherentteja piirteitä. Tietyn geeniryhmän koherentti ilmeneminen osoittautui itseorganisaation lakeja noudattavaksi.

Koko genomin koherentin kriittisen käyttäytymisen biofysikaalinen perusta koko genomin käsittävänä mekanismina on vielä selvitettävä..

.....

Tutkimusartikkelia silmäillessä kiteytyi mm. ylläsanottuja ajatuksia. Ennen kaikkea tutkimus tuntui korostavan koko genomin käsittävän systeemin koherenttia reagointia ja itseorganisaatiota reagoinnin perustana.

Mahdollisesti olen väärässä, niin heikosti artikkelia ymmärsin, mutta sain sen vaikutelman, että genomi kaikkine osarakenteineen voisi muodostaa yhtenäisen, koherentin kokonaisuuden. Tästä taas seuraisi, että sen kaikilla osilla olisi (tai voisi olla) rakennetta koossa pitävä tehtävä, eikä tarpeetonta geeniainesta olisikaan.

Muualta mukaan tulleet samoin kuin jotkut toimimattomat vanhat geenit olisi sulautettu genomin koherenttiin kokonaisuuteen. Tarvittaessa ne voisivat vaikka aktivoitua, ei välttämättä hyvin seurauksin.

Oman ongelmansa muodostavat jollain erityisellä tavalla genomiansa tai sen kokoa muuttavat oliot (kuten isovesiherne).

Pelkän, että näkemykseni heijastaa vain omaa toiveajattelua..

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Ketjun alkupuolella kerroin jo, miten Larry Moran tuli "heikoksi" 11 % funktionaalista -arvioinnissaan lukiessaan Duboulen ja de Laatin Nature-artikkelia, jossa sanottiin esimerkiksi näin:

 http://www.nature.com/nature/journal/v502/n7472/full/nature12753.html

 The orchestration of transcription relies mostly on surrounding control sequences such as enhancers, millions of which form complex regulatory landscapes in the non-coding genome.

Tavallisesti Larry Moran mainitsee selkeästi rökittämiensä tutkijoiden nimet ja artikkelit, mutta tässä tapauksessa hän sijoittaa sekä nimet että artikkelin  pienellä tekstillä (mielestäni) huomaamattomaan  paikkaan.

Larry Moran kirjoittaa: "Tekijät väittävät ihmisen genomin sisältävän miljoonia vahvistajia. Olettaen että "miljoonia" merkitsee kahta miljoonaa, solu sisältää keskimäärin sata vahvistajageeniä aina yhtä koodaavaa geeniä kohti. Tämä tarkoittaa, että jokaista kodaavaa geeniä säätelee sadan transkriptiotekijän sitoutuminen sataan transkriptiotekijän sitoutumispaikkaan (vahvistajiin), Täten suuri joukko genomiamme (40 %) on säätelijöitä."

Seuraavassa de Laat tutkimusryhmineen selostaa tavoitteitaan. Jos kaikki menee nappiin, genomi osoittautuu, niinkuin John Rasko sanoo, 98 % funktionaaliseksi. (tämähän on vain vanhan kertausta ja toiveajatteluani..) 

 http://vimeo.com/45625218

 

ksuomala
Liittynyt30.3.2014
Viestejä940
psv

http://www.hopkinsmedicine.org/news/med ... the_genome

Deletion of Any Single Gene Provokes Mutations Elsewhere in the Genome
Findings call for a rethinking of cancer genetics

Deletion of Gene B causes instability in the genome that is compensated for through a secondary mutation in Gene A

[size=85:17d0lzm2]Johns Hopkins researchers report that the deletion of any single gene in yeast cells puts pressure on the organism’s genome to compensate, leading to a mutation in another gene. Their discovery, which is likely applicable to human genetics because of the way DNA is conserved across species, could have significant consequences for the way genetic analysis is done in cancer and other areas of research, they say.[/size:17d0lzm2]

Jos hiivan - ja oletettavasti myös ihmisen - DNA:sta poistetaan yksi geeni, syntyy eliön genomiin paine, jonka genomi tasoittaa aiheuttamalla yhden tai kaksi mutaatiota lisää yleensä aina samoissa geeneissä, jotka usein sattuvat olemaan ns. "syöpägeenejä". Uudella löydöksellä on merkittäviä, ennen arvaamattomia seuraamuksia mm. syöpien geneettiselle analyysille.

Tutkijat ovat näin löytäneet lisää todistusaineistoa näkemykselleen, jonka mukaangenomi on äärimmäisen monimutkainen kone, jonka pienen osan poistaminen aiheuttaa paineen koko mekanismiin. Saavuttaakseen tasapainon genomi pakottaa myös jonkun toisen osan häirityssä genomissa "vinoutumaan".

Tuosta tulee mieleen  http://en.wikipedia.org/wiki/Somatic_hypermutation . Paitsi että tuo genomin uuden tasapainon hakeminen taitaa olla yleisempi ominaisuus mikä siis ei rajoitu vain immuunipuyolustukseen.

Jotain muistan myös lukeneeni scientific americanista että elimistö jotenkin kohdistaisi huomiota semmoisiin vaurioituneisiin soluihin jotka ovat vaarassa muuttua syöpäsoluiksi. Ilmeisesti juurikin tämän  tasapainon hakemisen takia. Eli jos tiettyjen solujen ravinnon/hapen saanti vähenee niin ne alkavat arpoa mutaatioita kunnes saavat angiogeneesin aikaiseksi. Tai jotenkin silleen tulkitsin sen jutun minkä vuosia sitten luin.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
ksuomala

Jotain muistan myös lukeneeni scientific americanista että elimistö jotenkin kohdistaisi huomiota semmoisiin vaurioituneisiin soluihin jotka ovat vaarassa muuttua syöpäsoluiksi. Ilmeisesti juurikin tämän  tasapainon hakemisen takia. Eli jos tiettyjen solujen ravinnon/hapen saanti vähenee niin ne alkavat arpoa mutaatioita kunnes saavat angiogeneesin aikaiseksi. Tai jotenkin silleen tulkitsin sen jutun minkä vuosia sitten luin.

Genomin tieto solun tarpeista ja kyky reagoida niihin on nykynäkemyksen mukaan valtava, vaikkakin monin osin toistaiseksi selittämätön. Genomin monimutkaisuus on jo osoittautunut mielikuvitukselliseksi. Tätä esitellään mm. seuraavassa koosteessa

http://jonlieffmd.com/blog/new-studies-reveal-higher-levels-of-genetic-complexity

Esimerkiksi seuraavat aivoissa tapahtuvat muutokset vaativat kukin erillisen kompleksin geeniverkoston. Vieraskielisestäkin luettelosta selvinnee, että kyseessä ovat monimutkaiset, aivojen toiminnan kannalta välttämättömät muutokset:

Manufacture and placement of more AMPA glutamate receptors

Calcium surge causing lasting increase in signal called LTP and “memory proteins”.

—size of the head of the dendrite

Post-synaptic density alters 1000 interlocking large proteins in each brain region

Change of synapse binding molecules—neurexin, neuroligin

Pre synaptic neurons substitute neurotransmitters & postsynaptic change receptors

Signaling cascades from membrane to nucleus altered

Changes in axon ion channels alters electrical signal

Balance of inhibition and stimulation changes

New micro RNA’s alter process

Interneurons are altered

Mitochondria in the dendrite alters the strength of the signal

Proteins altered in extracellular matrix

Myosin motors and actin structures altered

Alterations of climbing fibers in cerebellum

NMDA glutamate receptors substitute their subunits

Transport motors are substituted

Exosomes send information from astrocytes to neurons including pieces of DNA

- See more at: http://jonlieffmd.com/blog/new-studies-reveal-higher-levels-of-genetic-complexity#sthash.v5s8BJC3.dpuf

Jo yllämainitun artikkelin silmäily auttaa varmaan hahmottamaan genomin monimutkaisuutta. Biologiantietojeni puutteellisuus estää valitettavasti sen suomeksi kääntämisen. Opettaessani syksyllä (yksityisesti) lukion biologian perinnöllisyys-kurssin en oikeastaan kohdannut oppikirjassa tai opettajan monisteissa vihjettäkään näistä uusista tai uudehkoista tuloksista. Lukion kurssi pitäytyi arvioni mukaan 60-70 -lukujen näkemykseen genomista ja sen toiminnasta, mikä ei sekään toki ollut vähäistä tietoa.

Genomin tutkijat jakautuvat kahteen vastakkaiseen leiriin. Toisten mielestä suurin osa non-coding -geeneistä on funktionaalisia omaten tehtävän, toisten mielestä taas vain pieni osa, ehkä 11 % non-coding -geeneistä, omaa tehtävän. Seuraava artikkeli kuvaa hauskasti eri leirien välillä vallitsevaa tilannetta ja tutkijoiden asenteita

http://cosmosmagazine.com/features/junk-dna/

Miksi niin monet etevät tutkijat pitävät kiinni vähän funktionaalista -näkemyksestään? Yksi mahdollisuus saattaa perustua uskomukseen, että kehojen ylipäänsäkin rakenteista monet ovat joko rakenteellisesti heikkoja (kuten epäloogisia tms.) tai rudimentteja, tarpeettomia jäänteitä eli surkastumia. Toinen mahdollisuus saattaa perustua tärkeään ilmiöön, perintöaineksen siirtymiseen monissa tilanteissa suoraan esimerkiksi lajista toiseen. Tästä olikin puhetta tämän kommenttiketjun alkusivuilla. Kun biologisia tapahtumia hallitsee heidän mielestään pelkkä sattuma, on melko mahdotonta, että vierasperäinen DNA voisi sopeutua yhteen alkuperäisen kanssa ja vieläpä toimia mielekkäällä tavalla.. Syynä tähän asenteeseen on tietenkin myös se, että suurten geenijoukkojen funktionaalisuutta ei ole vielä sitovasti osoitettu.

Vastakkaisen leirin edustajat mieltävät genomin koherentiksi, ehkä monimutkaiseen molekyylimoottoriin verrattavaksi toimijaksi, jonka osat ovat dynaamisessa yhteydessä keskenään ja omaavat yhden tai useampia elämälle välttämättömiä tehtäviä. Niinpä 98 % funktionaalisuutta edustava prof. John Rasko vertaa genomin toimintaa sinfoniaan:

Kuten sinfoniaa soitettaessa jokaisen soittimen on soitava tai oltava vaiti täsmälleen oikealla hetkellä, täytyy myös genomin toimia solun kehittyessä..

The answer, he says, is “complexity”. Just as in the performance of a symphony orchestra, each instrument must play or be silent at precisely the right time, so too in the development of cells. Particular proteins need to be turned on and off at the stroke of a baton. By making transcripts that are destined for the shredder, Rasko believes that the genome has come up with “an elegant system” for orchestrating protein levels during the development of white blood cells. What’s more, entire suites of proteins can be orchestrated using the same molecular baton.

.....

Vaikka en olekaan fysikalisti aivojen toiminnalla on mielestäni ydintärkeä osuus tietoisuuden ja muistin rakenteissa. Spekulaationi mukaan (josta pidin mm. yliopistoesitelmiä 82-85) näiden ilmiöiden perimmäinen paikka aivoissa on aivosolujen genomien verkosto. Jos näin olisi, vaadittaisiin genomeilta ensiluokkaista koherenttisuutta. Tämä ajatus on työntämässä minua (vaikken tutkija olekaan) paljon funktionaalisuutta -ryhmän kannattajaksi.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Geenien horisontaali siirtyminen prokaryotideilta eukaryotideille on tutimuksissa osoittautunut vastoin entistä arvelua paitsi erittäin runsaaksi, myös tärkeäksi. Siirtynyt geeni myös usein sopeutetaan uuteen genomiin ja sille annetaan tehtävä.

Ainakin pinnallisesti ajateltuna tämä viittaisi genomin hyvin koherenttiin olemukseen, mikä puolestaan viittaisi genomin jokseenkin kaikkien elementtien merkityksellisyyteen genomin toiminnoissa ja struktuurin ylläpidossa.

Mutta jo sinänsä prokaryotidien kuten bakteerien geenien yllättävän runsas siirtyminen eukaryotideille kuten leville tai vaikka ihmiselle on kiinnostavaa.

Muistan, kun joskus 80-paikkeilla joku suomalainen (muistaakseni lääkäri) kirjoitti geenien siirtymisestä, mihin eräs biologian dosentti vastasi kumoten tämän mahdollisuuden jyrkästi..

http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/281/1789/20140848

Even genetically distant prokaryotes can exchange genes between them, and these horizontal gene transfer events play a central role in adaptation and evolution. While this was long thought to be restricted to prokaryotes, certain eukaryotes have acquired genes of bacterial origin. However, gene acquisitions in eukaryotes are thought to be much less important in magnitude than in prokaryotes. Here, we describe the complex evolutionary history of a bacterial catabolic gene that has been transferred repeatedly from different bacterial phyla to stramenopiles and fungi. Indeed, phylogenomic analysis pointed to multiple acquisitions of the gene in these filamentous eukaryotes—as many as 15 different events for 65 microeukaryotes. Furthermore, once transferred, this gene acquired introns and was found expressed in mRNA databases for most recipients. Our results show that effective inter-domain transfers and subsequent adaptation of a prokaryotic gene in eukaryotic cells can happen at an unprecedented magnitude.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.epibeat.com/topic-reviews/y-chromosome-genome-wide-influences-chromatin-structure-gene-regulation/1199/

Suurinta osaa Y-kromosomista pidettiin vielä äskettäin tarpeettomana roskana. Y-kromosomin noin 80 geenistä ainoastaan yhdellä, sukupuolen määräävällä geenillä, arveltiin olevan merkitystä.

Uudemmat tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että Y-kromosomin muilla, ennen roskaksi luulluilla geeneillä on myös tärkeä osuus fenotypin kehittymisessä. Ne vaikuttavat muun muassa aivopuoliskojen erilaisuuteen, pituuskasvuun, hampaiden kokoon ja miehille tyypillisiin syöpälajeihin.

Y-kromosomi myös säätelee paitsi omia tilojaan, myös autosomisia, genomin muissa kromosomeissa sijaitsevia geenejä. Vastaavasti myös autosomiset geenit säätelevät sukupuoliominaisuuksien kehittymistä. Autosomisten ja sukupuolikromosomien välillä vallitsevaa vuorovaikutusta löydetään yhä lisää. Y-kromosomilla on kyky säädellä muita geenejä genominlaajuisesti.

Miehenä ja naisena olemiseen kuuluu aikaisemmin aavistamattoman paljon geneettistä aktiivisuutta.

.....

Ylläkuvattu tutkimus panee ajattelemaan, että tutkimusmenetelmien ja -strategioiden kehittyessä yhä useammat geenit osoittautuvat funktionaalisiksi. Jos suuri enemmistö olisi roskageenejä, kehityksen voisi arvioida kulkevan toiseen suuntaan

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Press release from 23 July 2014

Junk DNA not as worthless as once thought

Researchers discover precise regulation mechanisms and suspect correlation with immune response

Around 75 per cent of the supposed functionless DNA in the human genome is transcribed into so-called non-coding RNAs (ribonucleic acid). To date, little is known about its function. Together with colleagues from the Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology (IZI) and Leipzig University, researchers from the Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ) have now been able to demonstrate that the production of non-coding RNAs is precisely regulated. They suspect that non-coding RNAs might play a role in regulating cellular processes or in the modified immune response following exposure to environmental toxicants.

Suunnilleen 75% roskageeneistä (funktiottomina pidetyistä geeneistä) ihmisen genomissa tuottaa non-coding RNA -molekyylejä, joiden funktiota ei ole juurikaan tunnettu. 

Helmholtzin ympäristöilmiöiden tutkimuskeskuksessa ja Leipzigin yliopistossa on yllättäen todettu, että non-coding RNA -molekyylien tuotto tässä prosessissa on tarkasti säädelty solun signaalijärjestelmän avulla.

Tutkijoista näyttää, että non-coding -RNA -molekyyleillä puolestaan on solussa tärkeitä tehtäviä, kuten solun prosessien säätely tai ympäristömyrkkyihin kohdistuvaan puolustusjärjestelmään vaikuttaminen.

Noncoding RNA -molekyyleillä on luultavasti tehtävä myös ympäristömyrkyille altistuneiden solujen  pitkäaikaismuistissa.

http://www.ufz.de/index.php?en=33039

Tutkijat ovat löytäneet myös uuden RNA-molekyylityypin, macro-RNA:n, jonka tehtävä solussa ilmenee sen käyttäytymisestä erilaisten syöpien yhteydessä.

Jos otaksutut ja muut non-coding RNA:n funktiot voidaan vahvistaa, on astuttu pitkä askel lähes koko genomin funktionaalisuuden kannattajien kuten John Raskon näkemystä kohti (Rasko: parin prosentin tarkkuudella 97 %  roskageeneistä on funktionaalisia omaten siis solussa tehtäviä).

Pine
Liittynyt5.3.2012
Viestejä233
aggris aggris

Press release from 23 July 2014

Junk DNA not as worthless as once thought

Researchers discover precise regulation mechanisms and suspect correlation with immune response

No huh huh. Olipahan melkoinen datapläjäys. Pelkästään supplementti oli 66 sivua. Kaikesta tuntui paistavan ettei jutun kirjoittajat olleet selvillä työnsä ja tulostensa merkityksestä. Jäi semmoinen vaikutelma että sinänsä hienoja ja monimutkaisia tilastollisia menetelmiä oli käytetty ikään kuin mustana laatikkona ymmärtämättä mistä oikein tulokset kertovat. Surutta oli laskettu odds ratio arvoja vertaamalla havaittuja arvoja teorian ennustamiin odotusarvoihin ja saatu monesti p-arvoiksi pelkkiä pyöreitä nollia. Ainakin itselläni alkoi tässä vaiheessa hälytyskellot soimaan.

Hauska yksityiskohta oli tiedetoimittajan lehdistötiedotteen alaotsikkoon laittama "suspect correlation with immune response". Itse tutkimusjulkaisussa (linkki alla) ei immuunivasteesta mainita yhtään mitään.

http://genomebiology.com/2014/15/3/R48

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
Pine
aggris aggris

Press release from 23 July 2014

Junk DNA not as worthless as once thought

Researchers discover precise regulation mechanisms and suspect correlation with immune response

No huh huh. Olipahan melkoinen datapläjäys. Pelkästään supplementti oli 66 sivua. Kaikesta tuntui paistavan ettei jutun kirjoittajat olleet selvillä työnsä ja tulostensa merkityksestä. Jäi semmoinen vaikutelma että sinänsä hienoja ja monimutkaisia tilastollisia menetelmiä oli käytetty ikään kuin mustana laatikkona ymmärtämättä mistä oikein tulokset kertovat. Surutta oli laskettu odds ratio arvoja vertaamalla havaittuja arvoja teorian ennustamiin odotusarvoihin ja saatu monesti p-arvoiksi pelkkiä pyöreitä nollia. Ainakin itselläni alkoi tässä vaiheessa hälytyskellot soimaan.

Hauska yksityiskohta oli tiedetoimittajan lehdistötiedotteen alaotsikkoon laittama "suspect correlation with immune response". Itse tutkimusjulkaisussa (linkki alla) ei immuunivasteesta mainita yhtään mitään.

http://genomebiology.com/2014/15/3/R48

Ennen pidin gradutason teoreettista fysiikkaa ja  matematiikkaa  ainoina aloina, joissa "valistunut maallikko" varmuudella putoaa kärryiltä, mutta yhtä heikosti ymmärrän tämänhetkistä genetiikkaa, josta genomebiologyn artikkeli vaikuttaa tyyppiesimerkiltä.

Sen tähden meikäläisen on tyydyttävä pinnallisiin lehdistöselostuksiin, joissa  tuloksia ehkä liioitellaan ja epävarmoja spekulaatioita esitellään.

.....

ENCODE:n ja joidenkin muiden tutkimusten tulosten aiheuttama hämmennys tiedeyhteisössä on pakottanut pohtimaan, mitä genomin osien funktionaalisuudella todella tarkoitetaan ja mitä taas ei. Osoittautuu, että on aika vaikeaa lyödä lukkoon funktionaalisen ja roskageenin raja. Jonkun geenin poistaminen ei ehkä johda eliön tuhoutumiseen, mutta voi aiheuttaa harmia jälkeläisille tai näiden jälkeläisille.

Geenin poistaminen voi ilmetä harmina myös elinolosuhteiden muuttuessa.

Geeni, jota on vaikea osoittaa funktionaalisesti, mutta jossa kuitenkin ilmenee biokemiallista aktiivisuutta, saattaa aiheuttaa solulle tai fenotyypille vaikutuksia, jotka voivat olla hyödyllisiä tutkijalle, mutta hyödyttömiä solulle samaan tapaan kuin sydämen lyöntiäänet ovat (tai uskotusti ovat) hyödyttömiä verenkierrolle, mutta tärkeitä lääkärille.

Myös Larry Moran pohtii funktionaalisuuden mahdollisia määritelmiä varsin maltillisesti - johtuen varmaan arvostuksesta, jota hän tuntee Doolittlea kohtaan..

http://gbe.oxfordjournals.org/content/6/5/1234.full.pdf+html

http://sandwalk.blogspot.ca/2014/07/the-function-wars-part-ii.html

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Pari vuotta sitten julkistettu ENCODE:n Nature-lehdessä julkistama tulos, jonka mukaan 80% genomista on funktionaalista ainesta, sai tiedeyhteisön enemmistöltä tyrmäävän vastauksen. ENCODE:n väki, joka koostuu sadoista tutkijoista eri tutkimuslaitoksissa, on tämän jälkeen ollut enimmäkseen hiljaa tutkimuksensa tuloksista muutamaa selitysyritystä lukuunottamatta.

Näinä päivinä kuitenkin mm. Nature julkaisee paljolti saman ryhmän tekemiä useita laajoja tutkimuksia, joissa tietoa genomin olemuksesta on huomattavasti syvennetty - olennaisesti juuri ENCODE:n ja sitä laajentavien lisätutkimusten avulla.

Tutkimuksen päätavoitteena on ollut pyrkimys vähin erin selvittää, kuinka geenien toiminta johtaa erilaisiin organismeihin. Tutkijat ovat verranneet kymmeniä miljardeja banaanikärpäsen, sukkulamadon ja ihmisen geenejä ja löytäneet suuren joukon kaikille kolmelle lajille samanlaisia, samalla tavalla toimivia geeniryhmiä.

Jos mainitut jo muinaisuudessa vakiintuneet geeniryhmät ovat eri lajien jonkinasteisen samankaltaisuuden ylläpitäjiä, toinen geeniryhmä, pseudogeenit, puolestaan eroavat sanotuilla kolmella ryhmällä suuresti toimien siis otaksuttavasti madon, kärpäsen ja ihmisen evoluutioprosessin erilaistajina ollen siis lähinnä säätelygeenejä. (Saatan olla  tässä vetänyt hieman mutkia suoraksi..)

Saman tien tutkijat ovat syventäneet tietoa kromatiinin funktiosta geenien toiminnan tärkeänä säätelijänä ja siis fenotyypin piirteiden aiheuttajana.

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140827131751.htm

Väitettyä 80% funktionaalisuutta tutkijat eivät nyt mainitse ääneen, mutta lukiessani Science Dailyn selostuksia em. artikkeleista tulee tunne, että suuri luku on koko ajan tekijöiden mielessä.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Äskettäin on suunniteltu sekventoida noin kymmenesosamillimetrin mittaisen yksisoluisen Oxytricha-pieneliön genomi, jossa on 16000 kromosomia (ihmisellä niitä on 46). Genomilla on toimintoja, joista ei ole helppo tehdä johtopäätöstä, että sen osat olisivat funktiottomia roskageenejä.

Oxytrichan kromosomit ovat tosin keskimäärin paljon pienempiä kuin ihmisen kromosomit. Geenit taas koostuvat joskus jopa 240 geenipalasesta, joskus vain yhdestä palasesta.

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140908152926.htm

Lätäköissä viihtyvällä pikku otuksella on kyky hajoittaa oma DNA:nsa neljönnesmiljoonaan osaan, jotka se varastoi sisällensä tuhansina sekoitettuina (ihmisen näkökulmasta!) ja salakielisesti merkittyinä  geenien palasina.

Ennen seksiä toisen saman lajin otuksen kanssa se kuitenkin nopeasti ja tarkasti kokoaa kätkemänsä genomin osat kehostaan ja tekee niistä uuden, entisen kaltaisen genomin.

Seksissä kaksi Oxytrichaa lahjoittavat toisilleen kumpikin täsmälleen puolet omasta genomistansa saaden näin uudet, virkistävät geenit ja elääkseen käytännöllisesti katsoen ikuisesti. Niiden seksi ei tähtää jälkeläisten saantiin. Siihen niillä on toinen järjestelmä.

Jälkeläistään varten Oxytricha valmistaa aivan oman lisägenomin, jonka syntyvä lapsi saa omaksi. 

Miten sitten pikkueliö voi järjestää tuhansista ympäri kehoaan kätketyistä ja sekaoitetuista palasista uudelleen täydellisen genomin? Tätä ei ymmärretä, mutta tärkeä tehtävä tässä prosessissa  on miljoonilla proteiineja koodaamattomilla RNA-molekyyleillä. Pikkuolio lajittelee ja järjestää geeninsä käyttäen näitä RNA-molekyylejä.

Oman arvioni mukaan koodaamaton RNA on suureksi osaksi juuri roskageenien tuotteita, itsekin monesti funktiottomana roskana pidettyä. Tämä näkemys lienee tosin jo yleisemminkin muuttumassa. Sitten on tietysti roska-DNA:n kokonaan tai melkein kokonaan torjuva Mattickin, Raskon jne. linja.

Genomin kokoamismenetelmän ymmärtämättömyys johtuu varmaan osittain siitä, että DNA-molekyylien kaikkia funktionaalisia puolia ei ole vielä edes aavistettu, mitä puolestaan on hidastanut monien johtavien tutkijoiden luja usko toiminnottomien roskageenien ylivaltaan genomissa.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Singaporen Genomin Tutkimusinstituutissa on tutkittu marmosetin genomia ja tunnistettu siitä 268000 ihmisapinoilla toimivaa aluetta, joiden joukosta löytyy 23849 erityisaluetta, jotka ovat myös muiden nisäkkäiden genomissa, mutta ovat omituista kyllä funktionaalisia vain ihmisapinoilla ja ihmisellä.

http://genome.cshlp.org/content/early/2014/08/03/gr.168963.113

Jo tästä voi päätellä, että non-coding -geenit voivat olla toimimattomia suuressa lajijoukossa, mutta toimivia toisessa, pienemmässä joukossa.

Näiden erityisalueiden geeneistä yli 99 % on koodaamattomia toimien pääosin lähiympäristön geenien säätelygeeneinä. Erityisalueita on erityisen tiheässä niissä genomin alueissa, jotka säätelevät sikiön aivojen muodostumista, liikkeiden hallintaa, hermojen toimintaa ja näkemistä.

Yli puolet näiden erityisalueiden geeneistä on ns. hyppiviä geenejä.

Artikkeli sisältää paljon asiaa tuntemattomalle maallikolle, siis minulle, käsittämätöntä aineistoa. Tulee kuitenkin tunne, että genomi on ehtymätön tutkimuskohde täynnä yllätyksiä ja uusia funktionaalisuuden ilmentymiä. Jos tunne on väärä, toivottavasti joku oikaisee.

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
aggris aggris

Singaporen Genomin Tutkimusinstituutissa on tutkittu marmosetin genomia ja tunnistettu siitä 268000 ihmisapinoilla toimivaa aluetta, joiden joukosta löytyy 23849 erityisaluetta, jotka ovat myös muiden nisäkkäiden genomissa, mutta ovat omituista kyllä funktionaalisia vain ihmisapinoilla ja ihmisellä.

Oletkohan tuossa sekoittanut termin "anthropoid primates" termiin ihmisapina? Nehän eivät ole sama asia, vaan ensinmainittuun kuuluu ihmisapinoiden lisäksi mm. mainitsemasi marmosetit, jotka eivät kuulu ihmisapinoihin.

http://dictionary.reference.com/browse/anthropoid

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
BCK
aggris aggris

Singaporen Genomin Tutkimusinstituutissa on tutkittu marmosetin genomia ja tunnistettu siitä 268000 ihmisapinoilla toimivaa aluetta, joiden joukosta löytyy 23849 erityisaluetta, jotka ovat myös muiden nisäkkäiden genomissa, mutta ovat omituista kyllä funktionaalisia vain ihmisapinoilla ja ihmisellä.

Oletkohan tuossa sekoittanut termin "anthropoid primates" termiin ihmisapina? Nehän eivät ole sama asia, vaan ensinmainittuun kuuluu ihmisapinoiden lisäksi mm. mainitsemasi marmosetit, jotka eivät kuulu ihmisapinoihin.

http://dictionary.reference.com/browse/anthropoid

Niinhän se on. Sekä anthropoid että primate tarkoittavatkin sanakirjan mukaan kädellistä yleisesti.

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä189
aggris aggris

Niinhän se on. Sekä anthropoid että primate tarkoittavatkin sanakirjan mukaan kädellistä yleisesti.

 

'Anthropoid' viittaa apinoihin, ei kaikkiin kädellisiin.

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5692
Tuomas Aivelo
aggris aggris

Niinhän se on. Sekä anthropoid että primate tarkoittavatkin sanakirjan mukaan kädellistä yleisesti.

'Anthropoid' viittaa apinoihin, ei kaikkiin kädellisiin.

Hyvä tarkennus. Eli anthropoid viittaa nimenoman vain apinoihin (englanniksi joko ape (ihmisapina, joka myös on apina) tai monkey (apina)), mutta anthropoid ei viittaa puoliapinoihin (englanniksi prosimian), kuten loriin, aye-aye, lemureihin yms..

Sekä apinat että puoliapinat ovat kyllä kädellisiä, mutta puoliapinat eivät ole apinoita (anthropoid).

http://dictionary.reference.com/browse/prosimian

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
aggris aggris

 Miten sitten pikkueliö voi järjestää tuhansista ympäri kehoaan kätketyistä ja sekaoitetuista palasista uudelleen täydellisen genomin? Tätä ei ymmärretä, mutta tärkeä tehtävä tässä prosessissa  on miljoonilla proteiineja koodaamattomilla RNA-molekyyleillä. Pikkuolio lajittelee ja järjestää geeninsä käyttäen näitä RNA-molekyylejä.

Tuli mieleen jo aiemmin monila palstoilla ehdottamani ratkaisu, värähtelyjen aiheuttama täsmällinen voimavaikutus kuten Chladnin levyissä:

https://www.google.fi/#q=chladni+plates

Veikkaan siis, että elävän solun toimintojen pääjärjestäjä ei ole kemian lait, vaan molekyylejä, molekyylimoottorita jne ohjaava "mikrokymatiikka", eräänlainen solumusiikki.

Joitakin solumusiikin komponentteja on jo nauhoitettukin..

Mikrokymatiikka on kymatiikan "mikroskooppisempi" muoto. Tässä kuvia ja tietoa kymatiikasta:

https://www.google.fi/#q=cymatics

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140928154757.htm

Kalifornian yliopiston tutkijaryhmä on mielestään havainnut genomin kehittymisen perustuvan suureksi osaksi genomin eri osien väliseen kilpavarusteluun, jossa milloin hyppivät geenit, milloin taas hyppimistä estävät säätelygeenit ovat olleet niskan päällä.

Monet hyppivät geenit, erityisesti ns. retrotransposonit (jotka koodattuaan itsensä ensin RNA:han ja sitten uudestaan DNA:han voivat palata takaisin genomiin) ovat välillä alkaneet monistaa itseään runsain mitoin, jolloin säätelygeenien tarve on huomattavasti kasvanut.

Suuri osa hyppivistä geeneistä saattaa olla virusten (tai niin kuin arvelen, yleisesti horisontaalin siirtymisen) tuomia. Tavallisesti näiden joukossa on ollut valmis annos säätelygeenejä, joita genomi on oppinut käyttämään uusiin säätelytehtäviin.

Erityisen merkittäviä säätelijöitä ovat KRAB sinkkisormi -proteiinit. Nisäkkäiden genomia säätelevistä proteiineista suurin osa on juuri KRAB sinkkisormi -proteiineja.

Hyppivien geenien kulloisenkin annoksen rauhoituttua niiden säätelygeenejä, joita on voinut olla esim. viruksista tai horisontaalin siirtymisen tietä tulleessa geeniannoksessa, on voitu opettaa toimimaan muissa tärkeissä säätelytehtävissä, esimerkiksi ympäröivien geenien säätelyssä, tutkijat arvelevat.

Kilpavarustelun idea on tehokas vertaus, kun vain muistetaan, että todellisuudessa ei mitään kilpavarustelua (sen paremmin kuin esim. paljon puhuttua geenien itsekkyyttäkään) luonnossa ole. Mitä luonnossa tapahtuu, säätelevät luonnon - lähinnä fysiikan - lait. Eugene Koonin, yksi tämän hetken merkittävimmistä evoluutioilmiön tutkijoista, on ainakin sitä mieltä. Hänen matemaattiset tutkimuksensa ovat antaneet samansuuntaisia tuloksia kuin suomalaisen Arto Annilan.

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002173

Kaikki edellä sanottu tuntuisi olevan joltisessakin sopusoinnussa sen ajatuksen kanssa, että genomin osilla on tehtävä tässä järjestelmässä. Tätä tunnetta vahvistaa erityisesti genomin toiminnan ja evoluution mahdollinen matematisoitavuus.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/07/140723110415.htm

http://genomebiology.com/2014/15/3/R48

Leipzigin yliopiston ja Helmholtzin tutkimuskeskuksen tutkijat ovat todenneet, että noin 75 % genomin pimeästä aineesta tuottaa erikoispitkiä (koodaavaan RNA:han verrattuna noin satakertaisia) RNA-molekyylejä, joilla näyttää olevan yhteys esim. ympäristömyrkyiltä suojautumiseen.

Myös huonoennusteisten aivosyöpien tapauksessa pimeän aineen (siis entisen junk-DNA:n) RNA:n tuotto kiihtyy toisin kuin hyväennusteisten tapauksessa.

Pimeän aineen suorittama RNA-molekyylien tuotto ei myöskään ole umpimähkäistä, vaan sen on osoitettu olevan solujen signaalijärjestelmän kontrolloimaa. (Asiasta kiinnostuneita varten liitän Wikipedian selostuksen solujen signaalijärjestelmistä)

http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_signaling

Jörg Hackermüller havaitsi pimeän aineen RNA:n tuoton jo 2007 ja tutkijat ovat siitä lähtien tehneet lisätutkimuksia, joita selvitellään ylläolevassa Genome Biology -raportissa.

Toisessa äskettäisessä ScienceDailyn referaatissa kerrotaan, että pimeän aineen tuottamalla non-coding RNA:lla on hyvin tärkeä tehtävä sen säädellessä sikiön keuhkojen rakentumista.

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/06/140618184549.htm

Hundreds of long non-coding RNAs expressed in developing and adult lungs have been identified by researchers. Many of these non-protein-coding RNAs in the lung regulate gene expression by opening and closing the DNA scaffolding on neighboring genes.

Jörg Hackermüllerin ryhmän näkemyksen mukaan genomissa on vielä paljon tutkimista ja myös löydettävää. Ylläviitatut tulokset ovatkin mielestäni omiaan jonkun verran tukemaan Mattickin ja Raskon linjaa

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Horisontaali geenisiirtyminen (HGT) on ainakin bakteeritasolla hyvin merkittävä, esimerkiksi luonnonvalinnan usein täysin syrjäyttävä evolutiivinen tekijä. David Baltrus Arizonan yliopistosta toteaa, että HGT tulee todennäköisesti sekvensointien myötä osoittautumaan tärkeäksi myös muissa elämänmuodoissa.

Voidaan kysyä, miten HGT:ssä vastaanotettu geeniannos (esim. 20 %) vaikuttaa vastaanottaja-genomiin. Voisi olettaa sen saavan aikaan pahanlaista sekasortoa, mutta kokeet tuntuvat osoittavan, että uudet geenit sopeutetaan taidokkaasti vanhan genomin uusiksi osiksi, jotka merkittävästi lisäävät vastaanottajabakteerin ulottuvuuksia, muun muassa stressinsietoa.

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2013/12/12/001362.full.pdf

Tällaisia ajatuksia heräsi maallikonmielessäni silmäillessäni yo. artikkelia. Toivottavasti asiantuntijat oikaisevat käsityksiäni.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Uudessa, Naturessa pian julkaistavassa  tutkimuksessa, jonka ovat  tehneet Emoryn yliopiston tutkijat, on tutkittu yhtä proteiinia koodaamatonta geeniä ja sen tuottamaa long intergenic noncoding RNA:ta, jolle vielä äskettäin ei ollut löydetty funktiota. lincRNA oli monen mielestä turhaa ainetta ja sen synnyttävät geenit roskaa.

Kyseisen geenin nimi on GAS5, ja sen vaikutuksen eturauhas- ja rintasyöpään on uskottu johtuvan sen koodaamasta proteiinista. GAS5 on kuitenkin osoittautunut koodaavan vain long intergenic noncoding RNA:ta., ei proteiinia.

Tämä RNA suorittaa stressaantuneessa solussa  tehtäviä. Ne kertyvät steroidihormonien reseptoreihin liottaen ne vastaanottokyvyttömiksi, jolloin ne eivät voi sitoutua DNA:han eivätkä suorittaa geenien säätelyä.

GAS5 on yksi esimerkki tuhansista aiemmin monen roskana pitämistä noncoding geeneistä, jotka tuottavat merkittäviä tehtäviä solussa suorittavia lincRNA -molekyylejä.

Emoryn yliopiston tutkijat sanovat, että funktionaalista lincRNA:ta tuottaa jopa suuri osa genomin geeneistä. 

http://phys.org/news/2014-11-junk-rna-mimics-dna-restrains.html

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Genetiikan voimakas kehittyminen, uudet menetelmät ja ideat ovat omiaan mullistamaan maailmankuvaamme tämän hetken tutkimusaloista ehkä eniten.

26.11. julkaistiin Naturessa jälleen uusi genetiikan tulos, josta voi alkaa uusi tie genomin salaisuuksia kohti.

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141201113412.htm

Max Planck -Institute of Molecular Genetics julkaisi tiedon uudesta menetelmästä, jolla vanhempien geenit voidaan sekventoida erikseen. Kun näin on tehty, on muodostunut uusi kuva sekä genomista että geenin käsitteestä.

Tutkimus osoittaa, että jokaisella proteiineja koodaavalla geenillä on yli 250 erilaista muotoa. Niinpä jokaisella yksilöllä on genomissaan noin 9000 erilaista koodaavaa vastingeeniä, jotka tekevät jokaisesta yksilöstä todella ainutlaatuisen.

Kun vielä todetaan, että kukin koodaava geeni voi tuottaa ainakin neljästä kahteenkymmeneen eri proteiinia, joudutaan "perinteisen" geenin käsitteen asemesta tutkimaan eri vanhemmilta perittyjen geenien ja niiden tuottamien erilaisten proteiinien suunnattoman tiheitä, yksilöllisiä verkkoja.

Tällainen verkosto lisää valtavasti genomin kykyä joustavasti reagoida ulkoisiin haasteisiin.

Tutkijat toteavat uuden näkymän genomiin suorastaan lamauttavan unelmoinnin geenien toimintaan perustuvasta eri sairauksien täsmälääkityksestä.

Genomissa olevien toisen vanhemman puoleisten koodaavien geenien ja molempien vanhempien yhdistelmägeenien mutaatioiden lukumääräsuhde on universaali luku 40:60, jonka tutkijat uskovat ymmärrettynä johtavan yhä syvemmälle genomin salaisuuksiin.

Tutkijat ovat myös löytäneet neljäntuhannen kahdessa erilaisessa mutaatiossa esiintyvän geenin joukon, joka tuottaa erityisesti solujen välisiä signaaleja auttavia, immuunisuusjärjestelmää tukevia ja geenien toimintaan yleisesti vaikuttavia proteiineja. 

.....

Ylläoleva ei suoranaisesti liity blogin aiheeseen, roska- tai roinageeneihin. Joitakin ajatuksia on kuitenkin mahdotonta välttää.

Ottaen huomioon näin paljastuneen suunnattoman monimutkaisuuden koodaavien geenien ja niiden toiminnan ja vaikutuksen kohdalla on vaikea uskoa, että näkemys säätelygeenien osuudesta tähän tapahtumiseen pysyisi ennallaan.

Itse veikkaan, että nyt on otettu askel yhä useampien koodaamattomien geenien funktionaalisuuden "tunnustamista" kohti. Aiemmissa kommenteissani kuvatut säätelyyn liittyvät tapahtumat ja aineet (kuten esim. lincRNA) tulevat saamaan rinnalleen yhä uusia saman tapaisia genomin koodaamattomaan osaan liittyvia mekanismeja, niin, että lopulta kaikilla geeneillä on joko aktivoitunut tai potentiaalinen, olosuhteista riippuva funktio. 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

 

Oli aika, jolloin genomi nähtiin alueena, jonne ei ulkoapäin päässyt muita vaikutteita kuin korkeintaan sattumanvaraisia mutaatioita genomissa jököttäviin geeneihin aiheuttavia ja siten evoluutiotakin ehkä edistäviä asioita kuten säteilyä yms.

 

Vielä 80-luvun puolenvälin tienoilla muistan  erään lääkärin esittäneen tiedelehdessä hypoteesin ulkoa tulevien uusien geenien sijoittumisesta genomiin, jolloin kuitenkin biologian dosentti tyrmäsi ajatuksen naurettavana.

 

Aivan viime vuosina on tullut selväksi, että geenien ja jopa geenikompleksien horisontaalinen siirtyminen eliölajista toiseen on hyvin yleistä. Ilmiöllä on myös geneettisesti suuri merkitys, jota ei vielä likikään täysin ymmärretä.

 

http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/41702/title/A-Movable-Defense/

 

Uusi Lundin yliopiston tutkimus väittää, että ikivanhojen virusten jäännökset, retrovirukset, joita on noin 5 prosenttia genomimme "junk -osasta,  ja joita on pidettykin funktiottomina roskageeneinä, omaavat tärkeän osuuden aivojemme kompleksisen verkoston rakentamisessa.

 

Kaikille retroviruksille yhteiset kolme geeniä, gag, env ja pol toimivat seuraavasti:  gag luo sisäkuoren, jossa viruksen geenejä säilytetään, env auttaa virusta tunkeutumaan soluun ja kiinnittymään siihen ja pol tuottaa entsyymin, joka päästää viruksen geenit henkilön DNA:han.

 

Retrovirusten ajatellaan ensin tunkeutuneen tartunnan kautta alkiovaiheessa olevaan  sikiöön ja sitä tietä periytyneen jälkipolville. Nykyään ihmisen solusta on löydetty noin 100 000 retroviruksen palasta.

 

Lundin yliopiston tutkija Johan Jakobssonin mukaan retroviruksilla on tärkeä osuus aivojen toiminnassa erityisesti toimimalla funktionaalisina säätelygeeneinä. Jakobsson toteaa myös, että aivosolujen geenistö toimii muihin soluihin verrattuna täysin eri tavalla, mikä ilmenee esim. siinä, että aivosolut eivät muutu muiden solutyyppien tavoin syöpäsoluiksi.

 

Lundin yliopistossa on myös onnistuttu osoittamaan, että aivosolut ja erityisesti niiden genomit toimivat omalla, muista soluista poikkeavalla tavalla. Erityisesti retrovirusten toiminta aivosolujen genomeissa on paljon vilkkaampaa kuin muualla.

 

Jakobssonin mukaan retrovirusten aktiivisuus voi olla myös aivosolujen suuren herkkyyden ja monipuolisuuden perusta

 

Jakobssonin mukaan retrovirusten erilainen toiminta jopa eri ihmisten soluissa voisi selittää, miksi ihmiset voivat olla niin erilaisia.

 

Aivoperäisten kantasolujen tutkiminen on myös paljastanut kantasolujen mekanismin, jolla ne puolestaan kontrolloivat retrovirusten toimintaa.

 

http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-2906995/Have-viruses-SMARTER-Junk-virus-genes-DNA-helped-brain-cells-evolve.html

 

.....

 

Genomirintamalla  kiehuu muutenkin. Esimerkiksi Larry Moranin Sandwalk-blogissa ja sen kommenttiosastossa on äskettäin ollut kiinnostavaa väittelyä Moranin ja Francis Collinsin genomikäsitysten välillä..

 

http://sandwalk.blogspot.fi/2015/01/francis-collins-rejects-junk-dna.html

 

 

 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm

Noin kymmenen prosenttia ihmisen genomista on ns. hyppiviä geenejä, proteiinia koodaamattomia geenejä, joiden funktio solun elämänprosessissa on ollut pitkään epäselvä. Monet ovat pitäneet niitä myös roskageeneinä.

Geneven yliopistossa on kuitenkin nyt löydetty kaksi hyppivien geenien eli Alu RNA:n tärkeätä funktiota solun toiminnassa.

Ensinnäkin Alu RNA sitoutuu tiettyihin proteiineihin muodostaen kompleksin nimeltä Alu RNP. Jos soluun nyt kohdistuu jokin stressiä aiheuttava tapahtuma kuten myrkytys tai virushyökkäys, Alu RNP auttaa solua positiivisesti sopeutumaan stressitekijään.

Toiseksi sama kompleksi säätelee toimivien ribosomien määrää, mistä voidaan päätellä sen kuuluvan  solun sisäiseen puolustusjärjestelmään, joka kohdistuu tiettyjä viruksia vastaan.

.......

Nessa Carey on juuri kirjoittanut ilmeisesti roskageenin käsitettä ja niiden mahdollista olemassaoloa selventävän kirjan. N.G. on myös epigenetiikan etevä tutkija. Vaikuttaa, kuin hänen näkemyksensä mukaan toimimatonta roskaa olisi genomissa vähemmän kuin "vastustajat" haluavat uskoa.  

http://www.goodreads.com/book/show/24040048-junk-dna

https://www.google.fi/#q=nessa+carey+epigenetics+revolution

http://www.scientificamerican.com/article/book-review-junk-dna/

http://www.amazon.com/Junk-DNA-Journey-Through-Matter/dp/023117084X

.......

Venäjän tiedeakatemian geenitutkija Andrey Luchnik (n. 50 tiet. julk.) on mielestään havainnut analogian genomin struktuurin ja tiheiden jännitteisten sähköverkkojen välillä. Hän on kirjoittamassa tästä laajempaa artikkelia. Luchnik myös näkee genomissa paljon funktionaalisuutta

http://www.researchgate.net/post/Why_junk_DNA_is_fairly_reproduced_through_generations

SamBody
Liittynyt3.5.2008
Viestejä5354

Turhuus on evoluution perimmäisen välttämätön osa - ilman sitä koko evoluutio ei voisi toimia. Ja että asia olisi vieläkin vitsikkäämpi, niin oleellista on että ko turhuuden havaitseminen on täysin mahdotonta kullakin hetkellä senhetkisestä kehityksestä. Tyydy siihen hottentotti.

http://www.vapaakielivalinta.fi/
http://www.sananvapaudenpuolesta.fi/
Tunnustan poikkeavuuteni: perustan näkemykseni enemmän omaan ajatteluun kuin auktoriteetteihin.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
aggris aggris

http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm

Noin kymmenen prosenttia ihmisen genomista on ns. hyppiviä geenejä, proteiinia koodaamattomia geenejä, joiden funktio solun elämänprosessissa on ollut pitkään epäselvä. Monet ovat pitäneet niitä myös roskageeneinä.

Geneven yliopistossa on kuitenkin nyt löydetty kaksi hyppivien geenien eli Alu RNA:n tärkeätä funktiota solun toiminnassa.

Ensinnäkin Alu RNA sitoutuu tiettyihin proteiineihin muodostaen kompleksin nimeltä Alu RNP. Jos soluun nyt kohdistuu jokin stressiä aiheuttava tapahtuma kuten myrkytys tai virushyökkäys, Alu RNP auttaa solua positiivisesti sopeutumaan stressitekijään.

Toiseksi sama kompleksi säätelee toimivien ribosomien määrää, mistä voidaan päätellä sen kuuluvan  solun sisäiseen puolustusjärjestelmään, joka kohdistuu tiettyjä viruksia vastaan.

.......

Nessa Carey on juuri kirjoittanut ilmeisesti roskageenin käsitettä ja niiden mahdollista olemassaoloa selventävän kirjan. N.G. on myös epigenetiikan etevä tutkija. Vaikuttaa, kuin hänen näkemyksensä mukaan toimimatonta roskaa olisi genomissa vähemmän kuin "vastustajat" haluavat uskoa.  

http://www.goodreads.com/book/show/24040048-junk-dna

https://www.google.fi/#q=nessa+carey+epigenetics+revolution

http://www.scientificamerican.com/article/book-review-junk-dna/

http://www.amazon.com/Junk-DNA-Journey-Through-Matter/dp/023117084X

.......

Venäjän tiedeakatemian geenitutkija Andrey Luchnik (n. 50 tiet. julk.) on mielestään havainnut analogian genomin struktuurin ja tiheiden jännitteisten sähköverkkojen välillä. Hän on kirjoittamassa tästä laajempaa artikkelia. Luchnik myös näkee genomissa paljon funktionaalisuutta

http://www.researchgate.net/post/Why_junk_DNA_is_fairly_reproduced_through_generations

.......

 AsianScientist (Mar. 5, 2015) - A study published in Biological Psychiatry has found the mechanism used by a hidden gene to affect how the brain responds to stressful experiences, a discovery that could eventually help control anxiety.

Geeni nimeltä Gomfau aiheuttaa Queenslandin yliopiston tutkijoiden mukaan käyttäytymistä, joka voi toimia skitsofrenian ja tuskaisuuden ymmärtämisen avaimena.

Aivotutkimus-instituutin tutkija Timothy Bredy kertoi, että etsittäessä koko genomista pelkotilojen kokemuksiin herkästi reagoivia geenejä todettiin, että aikuisen aivoissa Gomfau-geeni oli säätelyjärjestelmän alainen. "Kun Gomfauta heikennetään tai käännetään pois ilmenee tuskaisuudesta ja skitsofreniasta tuttua käyttäytymistä."

Gomfau, joka on pitkä ei-koodaava RNA (lmcRNA), esiintyy funktiottomiksi roskageeneiksi ennen luokitellussa genomin osassa. "Tosiasia on, että tämä osa genomia on itse asiassa erittäin dynaaminen ja vaikuttaa tuntuvasti meihin" Bredy toteaa.

"Totesimme, että Gomfaun tapaiset ei-koodaavat geenit voivat toimia potentiaalisena valvontajärjestelmänä, jonka avulla aivot voivat nopeasti reagoida ympäristön muutoksiin. Jos tässä verkostossa tapahtuu häiriö, aivoissa voi kehittyä neuropsykiatrisia vaivoja." 

Tutkimus luo valoa arvosteluun, jota on esitetty koko genomin kytkentöjä koskevia tutkimuksia kohtaan. Juuri noncoding geenijonoista on löydetty suurin osa geeneistä, joiden mutaatioilla ei ennen ajateltu olevan vaikutusta.

Tohtoriopiskelija Paola Spandaro toteaa, että RNA:han kohdistunut säätely on osoittautunut tärkeäksi ihmisen kehittymisessä, mutta nyt on ensi kertaa havaittu aivoissa tapahtuvan säätelyn muuttuvan kokemuksen mukaan. 

QBI PhD candidate Ms. Paola Spadaro said RNA-directed regulation of these processes had emerged as an important feature of human development, but this was the first time long non-coding RNA activity had been detected in the brain in response to experience. Read more from Asian Scientist Magazine at: http://www.asianscientist.com/2015/03/in-the-lab/junk-lncrna-linked-anxiety-mice/

 

 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://phys.org/news/2015-03-scientists-roles-viral-genes-human.html

Endogeeniset retrovirukset, joita monet ovat pitäneet pelkkinä merkityksettöminä muinaisten virusten DNA:n osina genomissa, ovat osoittautuneet tärkeiksi erityisesti sikiönkehityksen aikana. Kaikki eivät varmaan käsitä vieläkään (tai eivät usko), että horisontaali geenien siirtyminen (HGT) lajien välillä suorastaan vaatii, että genomi kykenee hyödyllisellä tavalla sopeuttamaan itsensä uuteen tilanteeseen joko DNA:ta saatuaan tai menetettyään.

 http://www.nature.com/nature/journal/v520/n7545/pdf/nature14378.pdf

Uunituore Nature on saanut julkaistavakseen jymyjutun. Naturen toimituksessa varmaan tunnetaan salaa iloa; saihan lehti niin ikävästi takkiinsa 2012 ENCODE-jupakassa (joka ei mielestäni kuitenkaan vielä ole loppuun asti setvitty). Antoihan ENCODE-tutkija Birney ymmärtää, että jos he olisivat tutkineet suurempaa genomin osaa, funktionaalista ainesta  ei olisi ollut vain 80 % vaan 100 %. Kiista on nyttemmin tullut vaiheeseen, jossa pohditaan, mitä funktionaalisuudella loppujen lopuksi on tarkoitettava. Birney on lukenut siihen jo pelkän jonkinasteisen toimivuuden.

Plant biology: Coding in non-coding RNAs (Nature 2.4.2015)

The discovery of peptides encoded by what were thought to be non-coding – or 'junk' – regions of precursors to microRNA sequences reveals a new layer of gene regulation. These sequences may not be junk, after all. See Letter p.90

Kasvien biologia: On löydetty peptidejä, jotka on koodattu alueilla, joiden ennen ajateltiin olevan koodaamatonta roskaa ("junk"), microRNA:n edeltäjiä. Paljastuu uusi geenien säätelyn kerros. Jonot eivät loppujen lopuksi lienekään roskaa. (Sori, jos käännökseni on vähän liian toivorikas..)

microRNA:n edeltäjät nimeltään pri-miRNA koodaavat siis vastoin aiempia luuloja useita peptidejä, joilla on tärkeä funktio kasvin juuriston muotoutumisessa.

http://sandwalk.blogspot.fi/2015/03/how-genome-lost-its-junk-according-to.html

Larry Moran pohtii, voisiko Oxfordin yliopiston professori John Parringtonin vasta kesäkuussa ilmestyvässä kirjassa olla jotain mielekästä uutta. Larry ainakin tuntuu innokkaalta hankkimaan kirjan ja - arvostelemaan sen. Parrington tuntuu kuuluvan enemmän roska-ideologian vastustajien rintamaan. Kirjoittaahan ehkä kaikista tutkijoista eniten genomia tutkinut ja roskakäsitteen jo roskiin heittänyt John Mattick Parringtonin kirjasta seuraavaa:

"This is a brilliant book - a wonderfully entertaining history of molecular biology and the surprises and controversies of a field still very much in flux, from early explorations to the emerging realisation that the human genome may be far more sophisticated than we ever imagined." - John Mattick, Director, Garvan Institute of Medical Research

Tämä on loistelias kirja - mainio ja hauska kirja molekyylibiologian historiasta ihmeellisyyksineen ja ristiriitoineen kentällä, jolla vieläkin tapahtuu paljon muutoksia. Kirja kertoo varhaisista tutkimuksista ja heräävästä tiedostuksesta, että ihmisen genomi saattaa olla paljon sofistikoidumpi kuin koskaan kuvittelimmekaan.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://www.medicaldaily.com/junk-dna-pseudogene-may-cause-cancer-acting-red-herring-within-genome-327928

http://www.bidmc.org/

Tänään ilmestyvässä Cell -journaalissa kerrotaan, kuinka Harwardin yliopiston tutkijat valitsivat tutkittavakseen monien tutkijoiden roskageeniksi arvioiman pseudogeenin nimeltä BRAF, koska se esiintyy sekä hiiressä että ihmisessä. Jos satunnaisesti valittu pseudogeeni saisi aikaan vaikutuksia solussa, pseudogeenit eivät siis todennäköisesti olisikaan roskaa, vaan funktionaalisia.

Osoittautui, että BRAF toimi eräänlaisena houkuttimena saaden microRNA-palasia irtoamaan normaaleista paikoistaan ja säätelemään geenien aktiivisuutta. Toimimalla houkuttimena ja vaikuttamalla solun useisiin toimijoihin pseudogeeni kykeni tehokkaasti estämään pseudogeenilla aina olevan funktionaalisen geneettisen vastineen tuottamasta proteiinia - tai aiheuttamaan proteiinin ylenmääräisen tuoton.

Toiminnallaan pseudogeeni pystyi vaikuttamaan mm. aiheuttaen lymfooma-syöpäsolujen tulemisen äärimmäisen aggressiivisiksi.

Tutkijat päättelivät, että jos toiminnottomaksi luokiteltu geeni voi osoittautua merkittäväksi vaikuttajaksi, pitää asian selvittämiseksi koko genomi geeni geeniltä käydä läpi ja todeta, onko tutkimuksen kohteena olevalla geenillä tähän mennessä huomaamatta jääneitä funktionaalisia ominaisuuksia. 

A non-functional gene may play a role in causing cancer, which in turn suggests that other non-coding genes also may perform unseen tasks.

Oman käsitykseni mukaan yksikään tähän mennessä tarkoin tutkituista geeneistä ei loppujen lopuksi ole osoittautunut funktiottomaksi roskageeniksi, vaikka sitä olisi ennen tutkimusta sellaiseksi luultu.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

https://www.google.fi/search?q=sentriolit+pictures&biw=1280&bih=553&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ei=dGE9VbrcBKrfywPi64HAAQ&ved=0CB0QsAQ

sentriolit ovat solun lähinnä mikrotubuluksista rakentuvia monitoimilaita. Nyt on ilmennyt, että ne todennäköisesti myös kantavat ohjeistoa, johon solujen muuttuminen alkionkehityksen aikana perustuu. Tähän asti on ajateltu tuonkaltaista ohjeistoa olevan vain geeneissä.

http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150424085630.htm

Jos sentriolien suorittama solun perinnöllinen genomityyppinen ohjeistaminen pitää paikkansa, joudutaan varautumaan radikaaliin paradigman muutokseen geenien ajattelussa. Tutkijoiden mukaan myös käsitys sairauksista genomiperäisinä asioina tulee muuttumaan.

Arvioni mukaan myös käsitys genomista ja roskageeneistä saattaa muuttua. kaiken lisäksi jotkut muutkin tutut soluelimet voivat osoittua perittyä ohjeistusta kantaviksi. Tätä mahdollisuutta ei liene ennen osattu ottaa huomioon..

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Nyt Larry Moran on lukenut Parringtonin kirjan, joka onkin ollut Larrylle pettymys, koska hänen mielestään Parrington ei ole hahmottanut oikein edes kaikkia evoluutioilmiön peruskäsitteitä.

Cambridgen yliopiston maineikas biologi Simon Conway Morris on kirjoittanut evoluutioilmiötä koskevan mielestäni mullistavan kirjan. Kirjan tiedot saattavat muuttaa geenikäsitystä ja auttaa ymmärtämään genomin kykyä tarkoitukselliseen muuttumiseen osittain James A. Shapiron ennakoimalla tavalla.

Jos näin on, itseään muuttavana koneena käsitetty genomi ei todennäköisesti sisällä merkittäviä määriä tarkoituksellista toimintaa haittaavia roskageenejä.

Simon Conway Morrisin kirjasta kirjoitin juuri lyhykäisen esittelyn:

http://www.tiede.fi/keskustelu/20186/ketju/nykydarwinismi_heikkoa_tiedetta/sivu/91#comment4179093

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

https://fi.wikipedia.org/wiki/Tilke-DNA

https://en.wikipedia.org/wiki/Noncoding_DNA

Jos havaintoa, että suurin osa genomin geeneistä ei koodaakaan proteiinia, ei olisi 60-luvulla tulkittu nimittämällä koodaamatonta geeniosuutta "roskaksi", biologia ja varsinkin genomin tuntemus olisivat nyt paljon pitemmällä, veikkaan. Monet pitkään  roskaksi luetut geenityypit ovatkin jo osoittautuneet funktionaalisiksi omaten vieläpä tärkeitä tehtäviä elimistössä. Tässäkin ketjussa niitä mainitaan.

Jollakin geenityypillä ei ehkä ensin ole havaittu funktiota. Esimerkiksi jonkun geeniryhmän poistaminen eläimen alkiolta ei välttämättä ole aiheuttanut ensi kiättelyssä havaittavia muutoksia eliön, esimerkiksi hiiren tai kärpäsen elämässä. Tarkempi tutkimus olisi ehkä osoittanut, että olosuhteiden muuttuessa esim. kriittisiksi geenit omaava eliö selviää paremmin kuin eliö, jolta ko. geenit oli poistettu. Ainakin eräässä kärpäskokeessa havaittiinkin tällainen efekti..

Merkittävä vaikutus roska-uskoon lienee ollut alan arvostetuimman auktoriteetin, nobelisti F.C.H.Crickin joskus 80-luvun alussa esittämällä roska-uskoisella näkemyksellä. Itsekin muistan, miten biologisesti sivistymätöntäkin mieltä kouraisi sattumoisin silmätessäni Crickin kirjoitusta jossain tiedelehdessä. Se tuntui niin järjettömältä. Konkreettiset todisteet minulta tietysti puuttuivat, mutta intuition ääni oli vahva.

Kiinnostavaa onkin, että vaikka taistelusta roskageenien puolesta ja niitä vastaan todisteet paljolti puuttuvat, asiaan korkeatasoisimminkin perehtyneistä professoreista toiset rakastavat epäfunktionaalista roska-ideaa, kun taas toiset uskovat yhtä lujasti genomin liki täydelliseen toimivuuteen. Erimielisyydessä heijastunevat erot biologisten struktuurien ja evoluution mekanismien luonteen käsittämisessä, mutta taustalla voi vaikuttaa "erimielisyysperiaate", eri ihmisten ajattelua erilaiseksi tekevä aivojen rakenteen ja "langoituksen" mitattavissa oleva erilaisuus

http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896-6273(13)00004-4?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0896627313000044%3Fshowall%3Dtrue

Esimerkiksi Chicagon yliopiston professori James A. Shapiron 120 tieteellistä julkaisua tehdessä kehittynyt  näkemys biologisista prosesseista poikkeaa suuresti biologiyhteisön enemmistön standardisista ajatuksista. Shapiron näkemys, jota mm. jotkut roska-idologian kannattajista, professoreja hekin, vastustavat kiivaasti, pakottaa hänet ajattelemaan genomia ehjänä toimivana kokonaisuutena

http://www.journals.elsevier.com/genomics/call-for-papers/special-issue-on-the-functionality-of-genomic-dnas/

2012 julkaistiin suurella kohulla ENCODEn tutkimus, johon sadat tutkijat eri yliopistoissa olivat osallistuneet havaiten liki kaikissa tutkimissaan non-coding -geeneissä biokemiallista aktiivisuutta. Mutta selvittämättä on toistaiseksi, oliko se biologisia vaikutuksia omaavaa funktionaalisuutta. Jotkut uskovat sen olevan, toiset vaativat lisää todisteita. ENCODE-ryhmä tekee yhä työtä todisteiden kokoamiseksi ja pitää aika-ajoin tiedoitustilaisuuksia. Vaikka monet ENCODE-ryhmän ulkopuoliset korkeatasoiset auktoriteetit lyttäävät ryhmän tulosten merkityksen, kaikki eivät ole näin tehneet.

Genomin toimintaperiaatteita voi tutkia myös ottamatta eksplisiittisesti kantaa roskageeni-kysymykseen

http://phys.org/news/2015-05-master-orchestrator-genome-stem-cell.html

Pienimmästä alkiosta alkaen tapahtuva solujen erikoistuminen eri elimissä toimiviksi ja eri tehtäviä suorittaviksi soluiksi on kauan ollut avoin kysymys. Nyt on onnistuttu osoittamaan, että solujen erikoistumista ohjaa suureksi osaksi vain yksi proteiini. Se aloittaa toimintansa tunkeutumalla genomin sisään.

Tutkijat ovat kauan uskoneet, että erikoistajat toimivat vain solujen pinnalta käsin. Vastoin tiedeyhteisön käsitystä professori Stachowiakin intuitio on sanonut hänelle jo kaksikymmentä vuotta, että erikoistaminen tapahtuu genomin sisästä käsin, minkä hänen ryhmänsä on nyt osoittanut.

Keskeisen kasvutekijäreseptori-proteiinin löytyminen ja sen toiminnan alkaminen tumaan kuljetuksella on merkittävä askel sen ymmärtämisessä, kuinka geenien valmiudet järjestyvät solun toimintatarkoitusta vastaavaksi koordinoiduksi "sinfoniaksi" kontrolloituneine transkriptiotekijöineen, loogisine toimintajonoineen ja geenipiireineen.

Ei sanaakaan, että jokin roskatekijä olisi kaiken tärkeän tapahtumisen tarpeettomana esteenä.

"Now we think we have discovered what may be the most important player, which organizes this cacophony of genes into a symphony of biological development with logical pathways and circuits," he said.

.......

Veikkaan, että vain nykyään vallitseva aivan liian yksinkertaistava näkemys genomista tekee roska-ajattelun mahdolliseksi. Genomin ja ylipäänsä solun toiminnan kaiken monimutkaisuuden käsittäminen johtaisi roska-ongelman pyyhkiytymiseen kokonaan pois biologiasta. 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

PloS Biol. on käynnistänyt genomin tällä hetkellä varsin hämärää olemusta koskevan pohdiskelukampanjan. Toronton yliopiston biokemian professori Larry Moran esittää Sandwalk-blogissaan, mitkä hänen mielestään ovat kaikkein polttavimmat kysymykset.

Seuraavassa niiden lyhennetyt ja osittain tulkitsemani tiivistykset. Niissä voi minulle olla tullut virheitä. Haulla "genomi pictures" kerrotaan eri tauluissa ja niiden takana kaikenlaista genomista.

http://sandwalk.blogspot.fi/2015/07/the-next-step-in-genomics.html

1. Non-coding-geeneistä, joista melkein kaikissa esiintyy ENCODEn ja muidenkin mukaan ajoittain aktiivisuutta, pitäisi saada selvää, mitkä näistä omaavat jonkun biologisen funktion.

2.Monet transkriptiotekijät (kopioitujat) sitoutuvat kaikkialla oleviin genomin kohtiin. On tutkittava, mitkä sitoutumispaikat ovat näennäisiä ja biologisesti toimimattomia ja millä on todellinen osuus geenien ilmaisussa (proteiinien tuotossa). Suurimmalla osalla niistä ei tiedetä olevan biologista funktiota.

3.Vaihtoehtoista silmukointia (alternative splicing) esiintyy genomissa paljon. Olisi kartoitettava, mitkä niistä ovat sattumoisin aiheutuneita ja mitkä saavat muuntuneen geenin tuottamaan jotain uutta proteiinia

https://peda.net/oppimateriaalit/e-oppi/lukio/n%C3%A4yteluvut/s5n/8pjp

4. Genomissa on miljoonia avoimia ja suljettuja kromatiinialueita, jotka voivat toimia metylaatiopaikkoina ja erilaisina histonien modifikaatiokohtina. Pitäisi saada selville, kuinka suuri osa niistä on biologisesti funktionaalisia ja kuinka suuri osa vain näennäisiä, vailla biologista funktiota.

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
aggris aggris
Ei ole mahdollista poista kokonaan kohinaa / satunnaisuutta biologisista systeemeistä. Eli on aina informaatiota ja sitten kohinaa/satunnaisuutta. Jos ei olisi kohinaa/satunnaisuutta genomissa ei olisi adaptaatiota nykyisellä tavalla.

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
jussipussi
aggris aggris
Ei ole mahdollista poista kokonaan kohinaa / satunnaisuutta biologisista systeemeistä. Eli on aina informaatiota ja sitten kohinaa/satunnaisuutta. Jos ei olisi kohinaa/satunnaisuutta genomissa ei olisi adaptaatiota nykyisellä tavalla.

Kohina OK, informaatio sen sijaan pitäisi käsittää matemaattisesti ja kokeellisesti tutkitun systeemin arvioituna tai laskettuna informaatio-arvona. Tällä systeemin ominaisuuksia joltain kannalta, esim. mahdollisena yllättävyytenä, kuvaavalla matemaattisella apusuureella taas voi olla merkitystä vain informaatioteoreetikoille ja vastaaville, siis eläville olioille.

Biologisessa systeemissä tietoisuus poislaskettuna ei sen sijaan ole informaatiota. Siellä jylläävät vain luonnonlait, joiuden toteutumista ohjaa erityisesti pienimmän vaikutuksen periaate, joka toimii muuten myös kvanttifysiikassa pienin modifikaatioin

http://www.tieteessatapahtuu.fi/0105/kajantie.pdf

Ajattelisin myös, että esim. sinfonian informaatio-arvo voi olla suunnaton, koska jokaista toteutunutta sävelkulkua seuraa uusi, usein monesta mahdollisuudesta valiutunut ja sellaisena yllättävä sävel. Esimerkiksi kolikonheiton tuloksen informaatio-arvo on sen sijaan vähäinen, koska mahdollisuuksia on vähän.

Yksi genomin ja solun toimintaa selittämään pyrkivä arveluni, jota olen tälläkin palstalla esitellyt, on mikrokymatiikka. Siinä molekyylien ym. liikkeitä ohjaa Chladnin levyjen (Chladni plates) aiheuttama voimavaikutus. Mikrokymatiikka on kymatiikan (cymatics)  mikroskooppinen versio. Kukin eliö on, niin arvelen, en suinkaan väitä, mikrokymaattisista moodeista muodostunut "sinfonia".

https://www.google.fi/#q=cymatics

Yksittäisiä solun ääniä on jo nauhoitettukin. Allaoleva linkkiä uudempaakin tietoa on paljon

http://www.smithsonianmag.com/science-nature/signal-discovery-104663195/

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/07/29/molbev.msv165

http://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150811103549.htm

Tutkijat ovat löytäneet uuden, yllättävän syyn biodiversiteetille. Tiettyihin muurahaisyhteisöihin kuuluu työläisten ja kuningattarien lisäksi joukko muurahaisia, jotka ovat menettäneet kyvyn toimia yhteistyöhakuisesti. Nämä loiseläjät vain hyödyntävät ahkerien tovereittensa toimintaa.

Tutkijat ajattelivat ensin uusdarwinismin "kaavaa" noudattaen, että loiseläjiltä ja niiden emokuningattarilta olisi jo miljoona vuotta sitten kadonnut osa työläisten altruistista toimintaa ylläpitäviä geenejä. Sekvensointi kuitenkin osoitti, että loiseläjien ja niiden kuningattarien geenistö oli ainakin altruismin osalta täsmälleen sama kuin ahkeruustaipumuksen säilyttäneiden työläisten.

Johtopäätös, joka tästä jouduttiin tekemään oli, että eläimen jokin taipumus tai ominaisuus voi hävitä ilman että geenit lainkaan muuttuvat miljoonaankaan vuoteen. Ainoastaan geenien säätelyssä tapahtuu muutoksia. Esimerkiksi jotkut proteiinit voivat kehittyä uudessa järjestyksessä.

Tästä taas voi tehdä johtopäätöksen, että eliöiden genomissa voi olla enemmänkin potentiaalisia ilmenemismahdollisuuksia, jotka realisoituvat ympäristöolosuhteiden sopivasti muuttuessa, ilman että geenistö lainkaan muuttuu.

.......

Kaikesta tästä herää ajatus, että genomilla on siis mahdollisesti jopa miljoonia vuosia säilyneitä geenistön säätelykykyjä, joiden olemassaolo voi mielestäni viitata genomin koherenttisuuteen ja turhan aineksen puuttumiseen. Tämä hypoteesi voi tietysti vaikuttaa hieman kaukaa haetulta.

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
aggris aggris

Kohina OK, informaatio sen sijaan pitäisi käsittää matemaattisesti ja kokeellisesti tutkitun systeemin arvioituna tai laskettuna informaatio-arvona. Tällä systeemin ominaisuuksia joltain kannalta, esim. mahdollisena yllättävyytenä, kuvaavalla matemaattisella apusuureella taas voi olla merkitystä vain informaatioteoreetikoille ja vastaaville, siis eläville olioille.

Biologisessa systeemissä tietoisuus poislaskettuna ei sen sijaan ole informaatiota. Siellä jylläävät vain luonnonlait, joiuden toteutumista ohjaa erityisesti pienimmän vaikutuksen periaate, joka toimii muuten myös kvanttifysiikassa pienin modifikaatioin 

Väännetään vaikka rautatangosta esimerkki.

Researchers show that an iron bar is capable of decision-making

Decision-making—the ability to choose one path out of several options—is generally considered a cognitive ability possessed by biological systems, but not by physical objects. Now in a new study, researchers have shown that any rigid physical (i.e., non-living) object, such as an iron bar, is capable of decision-making by gaining information from its surroundings accompanied by physical fluctuations.

By showing that decision-making is not limited to biological systems, the new method has potential applications in artificial intelligence.

"The proposed method will introduce a new physics-based analog computing paradigm, which will include such things as 'intelligent nanodevices' and 'intelligent information networks' based on self-detection and self-judgment," Kim said. "One example is a device that can make a directional change so as to maximize its light-absorption." This ability is similar to how a young sunflower turns in the direction of the sun.

Another possibility that the researchers recently explored is an analogue computer that harnesses natural fluctuations in order to maximize the total rewards "without paying the conventionally required computational cost."

Read more at: http://phys.org/news/2015-08-iron-bar-capable-decision-making.html#jCp

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Read more at: http://phys.org/news/2015-08-iron-bar-capable-decision-making.html#jCp

Kiinnostavaa. Puuttuu kuitenkin vielä, että sinä tai joku muu elottoman luonnon informaatioon uskova selkeällä Suomen kielellä kertoisitte, mitä muuta kuin puhtaasti fysikaalisia ilmiöitä kuvatussa prosessissa esiintyy ennen teoreetikkojen tulkintaa.

Niin kauan kuin ylläsanottua  todistetta ei tule,  tietoisen tulkinnan ulkopuolisia tapahtumia (kuten vaikkapa auringonkukan kääntymistä aurinkoa kohti) joutuu pitämään puhtaasti fysikaalisina..

Tosin kasvin jonkinasteista tietoisuutta ei voine sanoa ehdottomasti mahdottomaksi.  

jussipussi
Liittynyt6.12.2009
Viestejä24921
aggris aggris

Read more at: http://phys.org/news/2015-08-iron-bar-capable-decision-making.html#jCp

Kiinnostavaa. Puuttuu kuitenkin vielä, että sinä tai joku muu elottoman luonnon informaatioon uskova selkeällä Suomen kielellä kertoisitte, mitä muuta kuin puhtaasti fysikaalisia ilmiöitä kuvatussa prosessissa esiintyy ennen teoreetikkojen tulkintaa.

Jos jotain puuttuu sinulta niin etsi se itse. 

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
jussipussi
aggris aggris

Read more at: http://phys.org/news/2015-08-iron-bar-capable-decision-making.html#jCp

Kiinnostavaa. Puuttuu kuitenkin vielä, että sinä tai joku muu elottoman luonnon informaatioon uskova selkeällä Suomen kielellä kertoisitte, mitä muuta kuin puhtaasti fysikaalisia ilmiöitä kuvatussa prosessissa esiintyy ennen teoreetikkojen tulkintaa.

Jos jotain puuttuu sinulta niin etsi se itse. 

Elikkä luovutat. Löydätkö edes jonkun muun, joka vastaisi pyyntööni. Vai onko ylipäänsä missään osoitettu, että tietoisuuden ulkopuolisessa luonnossa olisi informaatiota?

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109
aggris aggris

http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/07/29/molbev.msv165

http://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150811103549.htm

Tutkijat ovat löytäneet uuden, yllättävän syyn biodiversiteetille. Tiettyihin muurahaisyhteisöihin kuuluu työläisten ja kuningattarien lisäksi joukko muurahaisia, jotka ovat menettäneet kyvyn toimia yhteistyöhakuisesti. Nämä loiseläjät vain hyödyntävät ahkerien tovereittensa toimintaa.

Tutkijat ajattelivat ensin uusdarwinismin "kaavaa" noudattaen, että loiseläjiltä ja niiden emokuningattarilta olisi jo miljoona vuotta sitten kadonnut osa työläisten altruistista toimintaa ylläpitäviä geenejä. Sekvensointi kuitenkin osoitti, että loiseläjien ja niiden kuningattarien geenistö oli ainakin altruismin osalta täsmälleen sama kuin ahkeruustaipumuksen säilyttäneiden työläisten.

Johtopäätös, joka tästä jouduttiin tekemään oli, että eläimen jokin taipumus tai ominaisuus voi hävitä ilman että geenit lainkaan muuttuvat miljoonaankaan vuoteen. Ainoastaan geenien säätelyssä tapahtuu muutoksia. Esimerkiksi jotkut proteiinit voivat kehittyä uudessa järjestyksessä.

Tästä taas voi tehdä johtopäätöksen, että eliöiden genomissa voi olla enemmänkin potentiaalisia ilmenemismahdollisuuksia, jotka realisoituvat ympäristöolosuhteiden sopivasti muuttuessa, ilman että geenistö lainkaan muuttuu.

.......

Kaikesta tästä herää ajatus, että genomilla on siis mahdollisesti jopa miljoonia vuosia säilyneitä geenistön säätelykykyjä, joiden olemassaolo voi mielestäni viitata genomin koherenttisuuteen ja turhan aineksen puuttumiseen. Tämä hypoteesi voi tietysti vaikuttaa hieman kaukaa haetulta.

Tuli vain mieleen, että loiseläjiksi arvioiduilla muurahaisilla voi olla jokin tärkeä, tutkimuksen vielä löytämätön tehtävä yhteisössä. Niin kuin esimerkiksi tietyillä suolistoloisilla on ihmisen hyvinvointia edistäviä vaikutuksia..

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1109

Recent research described in a review article in the Journal of Biochemistry & Analytical Biochemistry (“Rethinking the Bacterial Genetic Regulation”) indicates there is more to bacterial genetics than was previously suspected.

Bakteerien genomin tutkimus on paljastanut geenien säätelyjärjestelmään kuuluvan täysin uuden alueen.

ENCODEn käyttämiä tutkimusmenetelmiä soveltamalla on päädytty toteamaan, että genomi on täynnä järjestyneitä, kookkaita geenialueita, joissa pitkiä, suoristuneita DNA-ketjuja saatetaan keskinäiseen yhteyteen, niin että geenit, joilla on samankaltaiset funktiot, voivat vaikuttaa yhdessä. 

Näillä dynaamisilla alueilla tulee kyseeseen myös DNA:n superkierteisyys. DNA:n ollessa superkierteinen tietyt geenit toimivat, kun taas toiset geenit toimivat DNA:n ollessa suoristunut. Ilmenee myös hyvin nopeaa kromosomien sijainnin vaihtelua nopeiden pitkittäisten tiheysaaltojen kulkiessa edestakaisin pitkin nukleoidia, bakteerisolun DNA:n sijaintipaikkaa. DNA on koko ajan aktiivinen ja liikkuu.

 Such dynamic structural change is a remarkable thing.

Solulla on nyt mahdollisuus organisoitua globaalisti aina uudella tavalla solun kohtaamien ympäristötekijöiden vaatimuksien mukaan muun muassa reagoidakseen asianmukaisesti ympäristössä uhkaavan patogeenin (sairauden aiheuttajan) kanssa.

.......

Tutkimuksessa ilmenneet asiat viittaavat mielestäni enemmän koherentin kuin roskan kyllästämän genomin suuntaan.

 

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkija Zürichin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2015
2014