Ulostenäytteestä löytyy sukkulamato jos toinen. Kuva: Tuomas Aivelo

Perehtyminen vie aikaa, paljon aikaa.

Tutkijan työssä ei irtoa pikavoittoja. Viisi vuotta sitten aloitin väitöskirjatutkimukseni ja ensimmäisen julkaisun ($) saimme ulos kuukausi sitten. 

Lähtökohtamme oli yksinkertainen: kukaan ei ollut tutkinut aiemmin miten vapaasti luonnossa elävän eläimen suolistossa loisyhteisö muuttuu ajan kuluessa. Halusimme selvittää, miten yksittäisen eläimen elämän aikana suolistoloiset tulevat ja menevät.

Tyypillisesti loislajisto selvitetään poikittaisella keruulla: tiettyyn aikaan kerätään kaikki yksilöt tai kerätään yksilöiden ulosteita, ja niistä selvitetään lajisto. Yksilöiden seuraaminen – tai lähinnä uudelleen kiinnisaaminen – on yleensä niin vaikeaa, ettei aineistoa saa kovin helposti kerättyä.

Hiirimakit olivatkin oiva tutkimuskohde. Ohjaajallani oli jo käynnissä tutkimus Madagaskarilla, joten hiirimakipopulaatiota oli tutkittu jo muutamia vuosia. Laji on pieni – joten niitä on paljon pienellä alalla –, pitkäikäinen ja melko hyvin aloillaan pysyvä. Pystyimme siis seuraamaan samoja yksilöitä vuodesta toiseen. Ja hiirimakit tulevat helposti ansaan, kunhan tarjolla on mehevä banaanisiivu.

Kenttätyöni oli suhteellisen helppoa ja suoraviivaista, mutta useamman vuoden aineiston kerääminen valitettavasti kestää useampia vuosia. Tein kolme vuoden ajan kenttätyötä muutaman kuukauden vuodessa. Kenttätutkimuksen kultainen sääntö on, että ensimmäinen vuotena ei aineistoa saa kasaan, koska todellisuus aina yllättää, vaikka olisi tehnyt kuinka hyvät suunnitelmat. Hyvien suunnitelmien etu on lähinnä siinä, että toisena vuotena pääsee jo keräämään hyvälaatuista aineistoa. Minullekin ensimmäinen vuosi oli puolittainen.

Kenttätyötä tekevälle on myös tärkeä tuntea tutkimuksensa kohde. Vietin öitä ja öitä sademetsässä, vain tuijottaen hiirimakeja ja seuraten niitä, ilman että aineistoa juuri kerääntyi. Mittasin ja keräsin dataa paljon enemmän kuin mitä julkaisuihin koskaan päätyy. Kuten minkä tahansa tutkimusaiheen parissa, hiirimakien elämän ymmärtämiseksi pitää yksinkertaisesti käyttää aikaa. Vaikka julkaisuissa käytetään vain kerättyä aineistoa, numeroita ja aiemmin julkaistua tietoa, se on arvotonta, jos ei tiedä mistä on kyse.

Viimeisen aineiston keräämisen jälkeen laboratoriotyö kesti vielä melkein vuoden ja ensimmäisen artikkelin valmistuminen vuoden. Tähän kun lisätään aika, joka artikkeleiden hyväksymiseen ja muokkaamiseen menee, niin viisi vuotta jo onkin täynnä. Jos tavoitteena on valmistua tohtoriksi neljässä vuodessa, kuten tulevaisuudessa luultavasti yhä enemmän pyritään, tämänkaltaiseen tutkimukseen ei kannata ryhtyä.

Mitä sitten selvisi? Jos tutkimme koko hiirimakipopulaatiota ja oletamme ”perinteisen” loisten selvittämisen menetelmän, loislajisto tuntuu pysyvän vakaana yli ajan. Yleisimmät kaksi lajia olivat hyvin yleisiä ja harvinaiset lajit, noh, esiintyvät harvinaisesti.

Sen sijaan kun katsomme yksittäisiä hiirimakeja, todellisuus on erilainen. Yleisemmätkin lajit tulevat ja menevät hiirimakien suolistossa. Peräkkäisissä näytteenotoissa näyttää siltä, että laji joka aiemmin esiintyi suolistossa, ei enää siellä esiinny. Vaihtuvuus onkin yksittäisen hiirimakin kohdalla suurta.

Emme tiedä miksi loislajiston vaihtuvuus on niin suurta. Syynä voi olla lajienvälinen kilpailu, jossa uusi loinen voi ajaa vanhan pois. Seurasimme tässä tutkimuksessa vain sukkulamatoja, mutta hiirimakeissa on muitakin loisia, jotka taistelevat tilasta. Hiirimakien ravinto voi vaikuttaa siihen, mitkä lajit selviävät suolistossa ja tietenkin immuunipuolustus voi karkottaa loisia. 

Tietenkin ulostenäytteiden keruussa on aina epävarmuutensa. Madot saattavat olla hiirimakien suolistossa, mutta syystä tai toisesta ne eivät ole juuri munineet, kun otamme näytteitä. Tämä ilmiö on kuitenkin todennäköisesti melko harvinaista.

Onneksi viidestä vuodesta seuraa muutakin kuin yksi julkaisu: tohtorintutkinto toivottavasti vielä ennen vuoden loppua ja liuta muita julkaisuja. Niistäkin ehkä kirjoitan lisää tuonnempana. Kaikkein tärkeimpänä viidestä vuodesta jää kuitenkin käteen tietotaito, ymmärrys ja tieteellisen prosessin tajuaminen.

Kommentit (13)

sipu250
Liittynyt23.3.2005
Viestejä399

Kun kokeilee kaikki maailman peräkylien ripulit (7 - 9 erilaista), Pietarin Pamauksesta Montezuman Kostoon, saa sivutuotteena immuniteetin myös kausiflunssia ja muita lastentarhan ilmiöitä vastaan.

Vasta 15 vuotta alan töiden lopettamisen jälkeen niitäkin on alkanut potemaan lähes normaalisti.

Jotain sensuuntaista näkyy nykyään tutkimustuloksissakin olevan.

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä190
MrKAT

Mitenhän tuo lajimääritys tapahtuu ? Silmin, mikroskoopein, DNA:lla ? Työläs ?

 

 

Erittäin hyvä kysymys! Tästä kirjoitan varmasti myöhemmin lähitulevaisuudessa. Lyhyesti: DNA:n avulla ja onhan se aika työlästä (mutta ei niin työlästä kuin tuhansien matojen tunnistaminen mikroskopoimalla).

käyttäjä-3779
Liittynyt12.5.2014
Viestejä1112

Tuomas Aivelo kirjoitti: Tutkijan työssä ei irtoa pikavoittoja.

Kirjaston vaihtohyllystä otin viikko sitten kaksi jännäriä ja Paul de Kruifin kirjoittaman "Mikrobien metsästäjiä". Luin ensin jännärit ja avasin sitten "mikrobien metsästäjistä" alkaen Leeuwenhoekista, Pasteurista ja Kochista, heidän elämästään ja ponnistuksistaan kertovan opuksen. Yllättäen se osoittautuikin paljon jännittävämmäksi kuin lukemani jännärit!

De Kruif oli itsekin tutkija, PhD, mikrobiologi, joten kuvaukset ovat varsin luotettavia

http://www.barnesandnoble.com/w/microbe-hunters-paul-de-kruif/1100623487?ean=9780156027779

http://www.antikvaari.fi/naytatuote.asp?id=703038

https://www.google.fi/#q=paul+de+kruif

Jotenkin tuntuu, että Tuomas on nyt omalta osaltaan liittynyt "mikrobien metsästäjien" seuraan, jotka eivät todellakaan ole kuolleet sukupuuttoon uusien, suoliston monimuotoisen sisällön ja sen moninaisten vaikutusten sekä tieteellisten että lääkinnällisten puolten tarjoamien haasteiden edessä.

Yllä mainitussa kirjassa kerrotaan muun muassa syfiliksen parannuskeinon keksineestä omalaatuisesta tutkijasta Metsnikovista, joka viimeisenä "keksintönään" vuoden 1900 tienoilla sai päähänsä, että suolistossa asuvat pahat mikrobit ovat syyllisiä moneen sairauteen. Hänellä oli siis aivan moderni, tosin vajavaisesti perusteltu näkemys, johon hän keksi aivan modernin, pahoja mikrobeja vähentävän hoitokeinonkin, piimän ja Bulgarian jugurtin basillin. Bulgarian jugurtti on hänen markkinoille tuomansa tuote.

Ronron
Liittynyt10.12.2006
Viestejä9265

Milloin saamme kakkakapseleita kauppaan? Sellaisia jotka on täynnä terveen ihmisen hyviä suolistobakteereja. Vai tulevatko ne jäämään apteekkeihin, reseptilääkkeiksi? Se kuitenkin on ihan varmaa että noilla bakteerihoidoilla tullaan tulevaisuudessa korjailemaan monia sairaustiloja. 

くそっ!

JPI
Liittynyt5.12.2012
Viestejä18247
aggris aggris

Kirjaston vaihtohyllystä otin viikko sitten kaksi jännäriä ja Paul de Kruifin kirjoittaman "Mikrobien metsästäjiä". Luin ensin jännärit ja avasin sitten "mikrobien metsästäjistä" alkaen Leeuwenhoekista, Pasteurista ja Kochista, heidän elämästään ja ponnistuksistaan kertovan opuksen. Yllättäen se osoittautuikin paljon jännittävämmäksi kuin lukemani jännärit!

Saman olen kokenut minäkuin. Mikrobien Metsästäjiä (1957) oli todellakin jännittävyydessään verrattavissa  huippu dekkareihin tai scifiin. Luin kirjan sen kymmeniä vuosia sitten, pitää lukea uudestaan, onkohan se mulla jossakin vai oliko kirjastosta lainassa?

 

3³+4³+5³=6³

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä190
Ronron

Milloin saamme kakkakapseleita kauppaan? Sellaisia jotka on täynnä terveen ihmisen hyviä suolistobakteereja. Vai tulevatko ne jäämään apteekkeihin, reseptilääkkeiksi? Se kuitenkin on ihan varmaa että noilla bakteerihoidoilla tullaan tulevaisuudessa korjailemaan monia sairaustiloja. 

Kätevintähän olisi, jos jokainen voisi esimerkiksi pakastekuivaamalla kerätä itseltään talteen suolistobakteereita pahan päivän varalle ja säilöä ne kapseleiksi. Niitä voisi sitten napsia, kun ripuli iskee tai antibioottikuuri tekee tuhojaan. Tämän kaiken säätely onkin sitten oma shownsa.

Pine
Liittynyt5.3.2012
Viestejä233

Onneksi olkoon Tuomakselle artikkelin läpimenosta.

Hiljattain julkaistiin mielenkiintoinen koe/tutkimus vähän tähän liittyen.

Kun koehenkilö laitettiin mäkkäridieetille 10:ksi päiväksi, niin koehenkilön mikrobifaunasta kuoli yksi kolmannes!

Isä laittoi poikansa mäkkäridieetille kymmeneksi päiväksi – näin siinä sitten kävi

Voisko tuota mäkkäriruokaa siis kutsua "terveysvaikutteiseksi!?

Bakteerien puute sairastuttaa

 

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5707
Tuomas Aivelo
Ronron

Milloin saamme kakkakapseleita kauppaan? Sellaisia jotka on täynnä terveen ihmisen hyviä suolistobakteereja. Vai tulevatko ne jäämään apteekkeihin, reseptilääkkeiksi? Se kuitenkin on ihan varmaa että noilla bakteerihoidoilla tullaan tulevaisuudessa korjailemaan monia sairaustiloja. 

Kätevintähän olisi, jos jokainen voisi esimerkiksi pakastekuivaamalla kerätä itseltään talteen suolistobakteereita pahan päivän varalle ja säilöä ne kapseleiksi. Niitä voisi sitten napsia, kun ripuli iskee tai antibioottikuuri tekee tuhojaan. Tämän kaiken säätely onkin sitten oma shownsa.

Muistelen, että lihavuuteen on liitetty suoliston vinoutunut bakteerikanta, ja muistelen, että jotain kokeita on tehty siirtämällä normaalipainoisten ihmisten kantoja lihaviin ihmisiin?

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5707

Artikkeli: "Emme tiedä miksi loislajiston vaihtuvuus on niin suurta. Syynä voi olla lajienvälinen kilpailu, jossa uusi loinen voi ajaa vanhan pois. Seurasimme tässä tutkimuksessa vain sukkulamatoja, mutta hiirimakeissa on muitakin loisia, jotka taistelevat tilasta. Hiirimakien ravinto voi vaikuttaa siihen, mitkä lajit selviävät suolistossa ja tietenkin immuunipuolustus voi karkottaa loisia. "

Miten eläin saa loisia? Ruoan ja veden välityksellakö enimmäkseen? Tarttuvatko loiset eläimeltä toiselle esimerkiksi seksuaalisessa kanssakäymisessä, turkkia sukiessa, toisen eläimen hylättyä yöpesää käyttäessä, pisaratartuntana, ruokaa jakaessa, saaliseläimiltä (lihansyöjillä), tai miten? (Suutelua muut eläimet kuin ihminen eivät ehkä harrasta? Tarttuvatko loiset suutelussa?)

Simpanssien tiedetään syövän kitkeriä lehtiä mm. lihan kanssa "mausteeksi", ja on esitetty, että ne pitäisivät loisia kurissa.

Onko tietoa, "vaativatko" loiset tietynlaista ravintoa, eli aikaansaavatko ne käyttäytymistä, jossa eläin syö tietynlaista ravintoa? Muistelen, että jotkut madot pitävät erityisesti lihasta. Tässä aika hurja video leikkauksesta, jossa poistetaan litrakaupalla suolistoloisia ihmiseltä: https://www.youtube.com/watch?v=m9F1EhfvYpA

Lisäys. Näköjään osa loisista siirtyvät kehoon myös ihon läpi, osa erilaisten ruumiinaukkojen kautta, osa likaisten käsien kautta.

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä190
BCK
Tuomas Aivelo
Ronron

Milloin saamme kakkakapseleita kauppaan? Sellaisia jotka on täynnä terveen ihmisen hyviä suolistobakteereja. Vai tulevatko ne jäämään apteekkeihin, reseptilääkkeiksi? Se kuitenkin on ihan varmaa että noilla bakteerihoidoilla tullaan tulevaisuudessa korjailemaan monia sairaustiloja. 

Kätevintähän olisi, jos jokainen voisi esimerkiksi pakastekuivaamalla kerätä itseltään talteen suolistobakteereita pahan päivän varalle ja säilöä ne kapseleiksi. Niitä voisi sitten napsia, kun ripuli iskee tai antibioottikuuri tekee tuhojaan. Tämän kaiken säätely onkin sitten oma shownsa.

Muistelen, että lihavuuteen on liitetty suoliston vinoutunut bakteerikanta, ja muistelen, että jotain kokeita on tehty siirtämällä normaalipainoisten ihmisten kantoja lihaviin ihmisiin?

Tämä tutkimus taidettiin tehdä hiirillä! Ihmisillä ei taida olla tehty vielä kovin paljon ulosteensiirtokokeita. Ihmistutkimuksen ongelma on lisäksi että jokaisen mikrobiomi on hyvin yksilöllinen ja suhteellisen vakaa. On siis vaikea löytää eroja normaali- ja ylipainoisten mikrobiomista.

Tuomas Aivelo
Liittynyt3.1.2014
Viestejä190
BCK

Artikkeli: "Emme tiedä miksi loislajiston vaihtuvuus on niin suurta. Syynä voi olla lajienvälinen kilpailu, jossa uusi loinen voi ajaa vanhan pois. Seurasimme tässä tutkimuksessa vain sukkulamatoja, mutta hiirimakeissa on muitakin loisia, jotka taistelevat tilasta. Hiirimakien ravinto voi vaikuttaa siihen, mitkä lajit selviävät suolistossa ja tietenkin immuunipuolustus voi karkottaa loisia. "

Miten eläin saa loisia? Ruoan ja veden välityksellakö enimmäkseen? Tarttuvatko loiset eläimeltä toiselle esimerkiksi seksuaalisessa kanssakäymisessä, turkkia sukiessa, toisen eläimen hylättyä yöpesää käyttäessä, pisaratartuntana, ruokaa jakaessa, saaliseläimiltä (lihansyöjillä), tai miten? (Suutelua muut eläimet kuin ihminen eivät ehkä harrasta? Tarttuvatko loiset suutelussa?)

Simpanssien tiedetään syövän kitkeriä lehtiä mm. lihan kanssa "mausteeksi", ja on esitetty, että ne pitäisivät loisia kurissa.

Onko tietoa, "vaativatko" loiset tietynlaista ravintoa, eli aikaansaavatko ne käyttäytymistä, jossa eläin syö tietynlaista ravintoa? Muistelen, että jotkut madot pitävät erityisesti lihasta. Tässä aika hurja video leikkauksesta, jossa poistetaan litrakaupalla suolistoloisia ihmiseltä: https://www.youtube.com/watch?v=m9F1EhfvYpA

 

Lisäys. Näköjään osa loisista siirtyvät kehoon myös ihon läpi, osa erilaisten ruumiinaukkojen kautta, osa likaisten käsien kautta.

Loisia voi käytännössä tulla mistä tahansa aukosta tai ihon läpi. Hiirimakien yleisin sukkulamatoloinen (Strongyloides) tulee ihon läpi. Merkittävä osa tullee ruuan mukana - loisen toukka on esimerkiksi hyönteisessä, joita hiirimakit syövät. Nämä lienee kaksi merkittävintä tietä, jolla madot yms. pääsevät isäntään. Sosiaalisessa kanssakäymisesssä sitten leviävät esimerkiksi täit ja muut ulkoloiset sekä mikrobit. Vektorien, eli yleensä pistävien hyönteisten, välityksellä liikkuu esimerkiksi malaria ja muita veriloisia.

Tuo "itselääkityksen" tutkimus on tällä hetkellä hyvin muodissa kädellistutkimuksessa. Ongelma on, että kaikenlaisia anekdootteja on paljon, mutta todistusaineistoa melko vähän.

Kyllähän loiset voivat helpostikin vaikuttaa ravintoon sitä kautta, että ne aiheuttavat puutostilan, jota eläin pyrkii korjaamaan.

BCK
Liittynyt9.7.2010
Viestejä5707
Tuomas Aivelo
BCK

Artikkeli: "Emme tiedä miksi loislajiston vaihtuvuus on niin suurta. Syynä voi olla lajienvälinen kilpailu, jossa uusi loinen voi ajaa vanhan pois. Seurasimme tässä tutkimuksessa vain sukkulamatoja, mutta hiirimakeissa on muitakin loisia, jotka taistelevat tilasta. Hiirimakien ravinto voi vaikuttaa siihen, mitkä lajit selviävät suolistossa ja tietenkin immuunipuolustus voi karkottaa loisia. "

...

Simpanssien tiedetään syövän kitkeriä lehtiä mm. lihan kanssa "mausteeksi", ja on esitetty, että ne pitäisivät loisia kurissa.

Tuo "itselääkityksen" tutkimus on tällä hetkellä hyvin muodissa kädellistutkimuksessa. Ongelma on, että kaikenlaisia anekdootteja on paljon, mutta todistusaineistoa melko vähän.

Aika paljon anekdootteja taitaa olla kertynyt sitten Jane Goodallin ensimmäisten havantojen:

http://en.wikipedia.org/wiki/Zoopharmacognosy#Mammals

Tuossa mainitaan, että simpanssit oppivat muilta simpansseilta linkissä mainitun kokonaisten lehtien rullaamisen ja nielemisen itselääkintätarkoituksessa. Voisiko tässä kulttuurivälitteisen tiedon leviämisessä olla yksi selitys loislajiston vaihtuvuudelle? Meinaan, että kulttuuritieto on aika muovautuvaa, tietoa unohtuu, ja keksitään uudestaan ja uudestaan, ja on sattuman kauppaa, miten tieto leviää. Afrikassa tiedetään simpansseilla olevan paikallisia kulttuureita, eräässä kolkassa simpanssit ovat keksineet pestä juurekset joessa, ja emot opettavat (passiivisesti?) tavan poikasilleen, tai nämä oppivat sen omia aikojaan tarkkaillessaan emoaan. Eräässä toisessa laumassa tieto hyvästä alasinkivestä ja tavasta avata pähkinöitä siirtyy kulttuurivälitteisesti. 

Mitenhän sitten ihminen? Meillähän on tietty taipumus syödä katkerilta(kin) maistuvia aineita, mm. sipulissa, oluthumalassa, viinissä ja inkiväärissä. Voisiko tässäkin kyseessä olla jonkinlainen itselääkintä?

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkija Zürichin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2015
2014