KESKUSTELU

Olisi hauska tietää keitä olivat nämä "jumalaan uskovat tiedemiehet" jotka johdattivat "ateististen tiedemiesten" vääristämän DNA-tutkimuksen oikealle tolalle.

http://fi.wikipedia.org/wiki/Uskomus

http://fi.wikipedia.org/wiki/Fundamenta ... oteoria%29

Mei long antoi jo aiemmassa viestissään hyviä esimerkkejä ihmisen ja muiden lajien "sotkuisuudesta", tai huonosta suunnittelusta. Kiertäjähermo, hampaat, verisuonisto, suolisto... Vastaavia esimerkkejä tosiaan löytyy paljon lisääkin. Molekyylitasolla solujen energiantuotannon tehottomuus, silmän verkkokalvon hermosolujen "väärä" orientaatio, siemenjohtimen turhat mutkat... Veikkaisinpa, että mitä tarkemmin mitä tahansa tiettyä biologista systeemiä tutkitaan, sen varmemmin sen toiminnasta löytyy virheitä. Tai ei ehkä kannata puhua varsinaisista virheistä. Evoluutiohan ei "tähtää" täydellisiin rakenteisiin, vaan riittävän hyvin toimiviin. Siksi sen puitteissa virheet ja epätäydellisyydet on helppo ymmärtää. Olisi hieman hassua, jos jumalallinen älykäs suunnittelija jättäisi valmiiseen tuotteeseen niin paljon korjattavaa. Monet näistä virheistä nerokas moderni kreationisti selittänee rappeutumisella, mutta miksi rappeutuminenkaan tuottaisi uusia huonoja rakenteita, kuten esimerkiksi sen kiertäjähermon turhan mutkan.





Tuo tukkianalogia vertasi hyvin suunnitellun ja suunnittelemattoman rakenteen eroja ja yhtäläisyyksiä. Sitä ei voi käyttää suoraan evoluutiota ja luonnonvalintaa selittämään, kuten ei mitään muutakaan ei-elollista systeemiä. Vertaa joidenkin kreationistien "eihän ladakaan kehity mersuksi miljoonassa vuodessa" -argumentteihin. Jos vaihdetaan pato alkusolun solukalvoon ja tuo mainitsemasi metrin aukko kalvon valikoivasti kalvon läpäisevään käytävään, vertaus saadaan järkevämmäksi. Luonnossa kukaan tai mikään ei anna eliöille tehtäväksi kehittää yhtään mitään, mutta jos tietty solu saa muihin nähden etua "patoon" kehittyneestä "aukosta", sen mahdollistavat rakennemuutokset yleistyvät. "Uudet tukit", jotka taasen sotkisivat kehittynyttä rakennelmaa, luonnollisesti karsiutuvat luonnonvalinnassa pois.



Tuo ei ole lainkaan kummallista. DNA:ssahan moni asia on hyvin muistissa, ja saman rakenteen tai toiminnan tarkastelu eri lajeilla kertoo usein selkeästi, miten jokin on kehittynyt alkeellisten eliöiden alkeellisesta systeemistä myöhempien eliöiden kehittyneempään.





En ole seurannut "roska-DNA" keskustelua aivan alusta lähtien, mutta lienet oikeassa siinä, että se on saanut huonon maineen sitä täysin ansaitsematta. Tekstistäsi päätellen tunnut kuitenkin yksinkertaistavan asioita hieman liikaa. DNA:ta ei voida eikä olekaan jaettu vain koodaavaan- ja roska-DNA:han. On myös väärin sanoa roska-DNA:n toteuttavan tärkeää säätelytehtävää. DNA:sta löytyviä säätelyelementtejä on tutkittu paljon, ja niitä tuskin koskaan on varsinaisena roskana pidettykään. Osalle ei-koodaavasta DNA:sta on toki löydetty uusia tehtäviä viime vuosina, ja kuten sanoit, kaikkea ei ole vielä tutkittu; aina voi löytyä jotain uutta. Modernin tieteen hyviin puoliin kuuluu muokkautuvuus, eikä näiden uusien tehtävien olemassaoloa ole mitenkään vastustettu, kun ne on varmasti pystytty tosiksi osoittamaan.

Monen eliön DNA:sta kuitenkin löytyy alueita, joiden ei perustellusti oleteta tekevän juuri mitään. On myös alueita, joiden olemassaolo käy yksiin kehityshistorian kanssa, kuten pseudogeenit ja tietyt transposoni- ja viruselementtien jäänteet. Teoreettisesti näilläkin voi olla jotain merkitystä eliölle itselleen, mutta ei ole mitään syytä olettaa niin. Myös lukuisat kokeet geneettisesti muunnelluilla organismeilla ovat paljastaneet, että genomista voidaan poistaa hyvinkin suuria alueita, kokonaisia geenejäkin, ilman mitään näkyviä haittoja. Näiden havaintojen perusteella on varsin loogista päätellä, että genomeissa on täysin turhia alueita. Moni lienee kehitellyt joidenkin alueiden olemassaololle hyviäkin syitä, ja nykyään niitä on mahdollista testata laboratorio-oloissa. Tähänastisten tulosten ja tutkimusten perusteella turhia DNA jaksoja on, ja paljon.

Totta kai ne jäävät. Ilmiötä kutsutaan nimellä luonnonvalinta.

Se, edelleenkin, tarkoittaa sitä että eliöt, joille kertyneet satunnaiset mutaatiot, "tukit", haittaavat niiden elämää, kuolevat pois lisääntymättä tai lisääntyvät huonommin kuin lajitoverinsa. Eliöt, joiden saamat irtotukit sopivatkin parantamaan aiempia rakenteita, menestyvät tovereitaan paremmin, lisääntyvät tehokkaammin ja niiden ominaisuudet yleistyvät populaatiossa. Niin yksinkertaista se on. Suurin osa tukeista, mutaatioista, on tietenkin haitallisia kuten satunnaisesti kohdalle survaistut muutokset tapaavat olla. Pieni osa on kuitenkin edullisia, ja eliöiden tapa lisääntyä pitää huolen siitä että juuri ne yleistyvät. Tämän takia mitään ei-elollista systeemiä, kuten patoa, ei voi aivan suoraan verrata eliöön. Padot kun eivät lisäänny ja periytä ominaisuuksiaan jälkeläisille.



Säätelyalueet todella löydettiin vasta myöhemmin alueilta, joita alkujaan pidettiin ei-koodaavina. Koko 95 % genomistamme ei kuitenkaan missään tapauksessa ole säätelyalueita. Niitä on pieninä pätkinä ennen ja jälkeen geenien, muttei todellakaan tuollaisia määriä. Lisäksi joidenkin alueiden samankaltaisuus eri eliöissä viittaa siihen, että niillä on jokin vielä tuntematon tehtävä. Mutta mutta. Genomissa on lisäksi kasoittain endogeenisiä retroviruksia, eli genomiin sulautuneita virus-DNA:n pätkiä, kopiointivirheissä syntyneitä pseudogeenejä ja käyttökelvottomiksi mutatoituneita fossiiligeenejä... Hampaattomilla muurahaiskarhuilla on jäänteet hammaskiilteen geenistä ja hemogblobiinittomilla jääahvenilla vastaavat jäänteet hemoglobiinigeeneistä. Juuri tällaista höttöä genomit ovat pullollaan, eikä niitä selitä mikään muu kuin evoluutiohistoria. Vai olisiko älykäs Luoja laittanut muurahaiskarhulle rikkinäisen ja käyttökelvottoman hammaskiillegeenin, ihan vaikka kiusallaan tutkijoiden ihmeteltäväksi?


Johan sait koko joukon hyviä esimerkkejä sotkuisuudesta.

Lisättäköön nyt vielä, että evoluutio ei välttämättä tuota täysin turhia rakenteita. Hyvin usein sellainen elin, jonka alkuperäinen käyttötarkoitus katoaa, jää kuitenkin käyttöön, kenties yksinkertaistettuna ja kutistuneena, jonkin muun käyttötarkoituksensa ansiosta. Näin esimerkiksi juurikin se suolenpätkä, eli umpisuoli. Se on kasveja syövillä nisäkkäillä tärkeä selluloosaa sulattavien bakteerien asuinpaikka. Ihmisellä siitä on jäljellä enää mitätön tynkä. Se ei kuitenkaan ole täysin hyödytön, vaan toimii osana immuunijärjestelmää ja ilmeisesti myös eräänlaisena suolistobakteerien turvapaikkana esim. ripulin aikana. Kukaan tuskin kuitenkaan kiistää, etteikö umpisuolesta olisi enemmän haittaa kuin hyötyä. Sen tapa tulehtua usein ja hengenvaarallisesti on vielä hämmentävämpi, kun tiedetään että ihmiset joilta umpisuoli on poistettu pärjäävät aivan mainiosti. Ilmeisesti luonnonvalinnalla ei vain ole ollut vielä aikaa poistaa kapinetta kokonaan.


Olennainen ero on tietenkin se, että aikaa voidaan todistaa olleen tarpeeksi. Tapahtumat voidaan todentaa fossiiliaineiston ja molekyylikellojen avulla. Erilaiset ajoitusmenetelmät tukevat näitä yhdessä tietokonemallinnuksien avulla. Ero Goddiditiin on siis aika oleellinen.

Jokainen tällaisia laskelmia koskaan silmäillyt tietää, että muuntelun ja luonnonvalinnan yhdistelmä tuottaa häkellyttäviä tuloksia verraten lyhyissäkin ajanjaksoissa (siis geologisessa mittakaavassa). Klassikkotutkimuksessa todettiin, että hyvin konservatiivisestikin arvioiden selkärankaisen kamerasilmän kehittymiseen yksinkertaisesta pigmenttitäplästä olisi mennyt alle puoli miljoonaa vuotta, mikäli lajitovereita parempi näköaisti olisi tarjonnut aina pienen valintaedun. Tämä kehitys jopa saatiin aikaan yksinkertaisella tietokonemallilla, joka ilman minkäänlaisia ennakko-ohjeita tuotti pelkkien optiikan lakien ja satunnaisten mutaatioiden avulla hyvin lähelle selkärankaisen silmää muistuttavan rakenteen.


Harmi kyllä fundamentalistikristillisyys toimii astetta pahemmin tieteen edistymistä vastaan, koska tulokset tiedetään ennalta eikä omaa väärässä olemista voida myöntää. Älyllinen epärehellisyys, olivatpa sen syyt kuinka ylevät tahansa, jarruttaa aina tieteen edustymistä.
En sano, ettäkö ateistit olisivat "ainoita oikeita" tieteentekijöitä. Kyllä tutkijoissa on paljon esimerkiksi tavallisia kristittyjä, joilla ei ole mitään ongelmaa tieteellisen ja kristillisen maailmankuvan yhteensovittamisessa. Eivätkä he käsittääkseni ole yhtään sen huonompia tutkijoita kuin muutkaan.


Näinpä. Aika huolimaton on älykäs suunnittelija, jos sellainen on.

Huhhuh mitä lööperiä. Puolimatkalla on biologia hakusessa, jos meni kirjaansa tuollaista kirjoittamaa. Roska-DNA onkin kreationistien suosima meemi.

Roska-DNA tuli ensimmäistä kertaa esiin sanana tohtori Susumo Ohmon paperissa. Se julkaistiin 70-luvun alussa. Ennen ideaa itsekkäästä geenistä ja pseudogeenien löytämistä. Ohmo käytti roska-DNA:ta väliaikaisena terminä niille geenisekvensseille joilla ei ollut havaittavaa toimintoa. Hän ja kaikki muut tutkijat tiesivät, etteivät he olleet vielä päässeet tutustumaan edes havaittavien toimintojen monimutkaisiin hienouksiin kunnolla. Ohmo esitti, että nämä turhat pätkät (duplikaatiot) voisivat olla uusien geenien rakennusmateriaalia. Hän myös pohti miksi genomin koko ja eliön monimutkaisuus eivät kulkeneet käsi kädessä.

On väärin väittää, että roska-DNA:n toimimattomuus/hyödyttömyys olisi ollut ennuste. Asia on toisinpäin. Roska-DNA:n toimimattomuus oli johtopäätös. Tutkijat pystyivät havaitsemaan ja tulkitsemaan DNA-pätkiä. Ei-koodaavien pätkien sisältö ja sijainti vaihteli rajusti. Ne myös poistuivat perimästä deleetiomutaatioiden kautta. Eikä eliö kärsinyt. Roskaksi luetellaan mm. pseudogeenit (pilalle menneet geenit), retrovirusten jättämiä jämiä, jne. Roska-DNA:n toimimattomuus oli vankimmillaan juuri ei-koodaamisen suhteen, mutta jätti avonaiseksi muut toiminnot.

Lyhyesti: Joitain koodaamattomia DNA-pätkiä (jopa sellaisia joita valinta suosii) voidaan poistaa ilman haittavaikuksia. Niillä ei ole toimintoja. Kaiken kaikkiaan tutkijoiden kannalta on perusteltua tulkita toimimattomilta näyttäviä pätkiä toimimattomiksi.

Miksi darwinistit olisivat ennustaneet, että koodaamattomilla osilla ei ole toimintoja?

Alusta lähtien tutkijoiden parissa pohdittiin toimintojen merkitystä. Joidenkin ei-koodaavien osien selvä säilyminen DNA:ssa sukupolvesta osoitti, että jokin valintapaine suosi niiden säilyttämistä. Tästä seurasi loogisesti, että ei-koodaavista osista on jotain hyötyä DNA:lle. Koodaamattomilla pätkillä voisikin olla toimintoja! Nämä päättelyt tehtiin jo 70-luvulla. Siitä lähtien niitä toimintoja on etsiskelty.

Uskaltaako HDMI katsoa sipulihaastetta? Ei tietenkään.

ei ole ensimmäinen kerta, kun HDMIllä menee ennusteet ja johtopäätökset sekaisin.

http://www.nslij-genetics.org/dnacorr/l-imm86-oo.html

Huippugeneetikko Ohno oli myös säveltäjä. Tässä hän kertoo geenien ja musiikin merkillisestä yhteydestä:

The all pervasive principle of repetitious recurrence governs not only coding sequence construction but also human endeavor in musical composition

..periaate näyttää koskevan myös inhimillisen älyn ilmentymiä; musiikin säveltäminen myös on riippuvainen tästä yhä uudelleen tapahtuvasta toistumisesta. Niinpä koodaavat emäsjonot voidaan transformoida musiikkikappaleiksi.. Kääntäen, musiikki voidaan kääntää koodaaviksi emäsjonoiksi..

This principle even appears to govern the manifestations of human intellect; musical compositions also rely on this principle of repetitious recurrence. Accordingly, coding base sequences can be transformed into musical scores using one set rule. Conversely, musical scores can be transcribed to coding base sequences of long open reading frames.

Lisää Ohnosta ja musiikissa ja DNA:ssa ilmenevästä yhteydestä:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2766288/

For example, a section of the ribonucleic acid mouse gene for polymerase II sounds like music from genes that encode cell adhesion molecules, which sound like a musical score Debussy would have written.

Monimutkaista toimintaa löytyi DNA:n alueista, joiden uskottiin olevan toimimattomia.

Ensimmäinen yhteinen ponnistus DNA-molekyylin sisäisen toiminnan ymmärtämiseksi kumoaa monta vanhaa olettamusta geeneistä ja siitä, millainen rooli niillä on terveydessä ja evoluutiossa.

Uusi näkymä paljastaa, että DNA ei olekaan biologinen koodijono, vaan mykistävän monimutkainen ohjausjärjestelmä, joka prosessoi useita laadullisesti ennalta aavistamattomia informaation muotoja.

Yhdestätoista maasta kotoisin olevien satojen tutkijoiden 29 artikkelissa esitetyt tulokset vahvistavat monien arvelun, että aina toimivia geenejä reunustavat "roska-DNA" -jonot eivät olekaan roskaa. Mutta tutkimus menee pitemmälle osoittaen ensi kertaa, että ylivoimaisesti suurin osa ihmisen 3 biljoonasta geneettisen koodin "kirjaimesta" toimii koko ajan suorittaen aiemmin havaitsemattomia tehtäviä

Kuvaa monimutkaistaa edelleen se, että geenit ja niiden toimintaa säätelevät DNA-jonot ovat usein kaukana toisistaan monen metrin mittaisissa, monimutkaisissa pakkauksissa eikä niiden välistä kommunikaatiota ymmärretä juuri lainkaan.

http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... e05874.pdf

http://www.washingtonpost.com/wp-dyn/co ... rrer=email

Intricate Toiling Found In Nooks of DNA Once Believed to Stand Idle

The first concerted effort to understand all the inner workings of the DNA molecule is overturning a host of long-held assumptions about the nature of genes and their role in human health and evolution, scientists reported yesterday.

The new perspective reveals DNA to be not just a string of biological code but a dauntingly complex operating system that processes many more kinds of information than previously appreciated.

The findings, from a project involving hundreds of scientists in 11 countries and detailed in 29 papers being published today, confirm growing suspicions that the stretches of "junk DNA" flanking hardworking genes are not junk at all. But the study goes further, indicating for the first time that the vast majority of the 3 billion "letters" of the human genetic code are busily toiling at an array of previously invisible tasks.

Complicating the picture, it turns out that genes and the DNA sequences that regulate their activity are often far apart along the six-foot-long strands of DNA intricately packaged inside each cell. How they communicate is still largely a mystery.

Melkeinpä veikkaisin, että samoin kuin kaikilla ihmisen surkastumilla eli rudimentaarisilla elimillä on (vastoin Lahden et.al. ja Leinosen et.al. lukion biologian oppikirjojen väitettä) jokin osoitettavissa oleva funktio, niin myös noilla viimeisilläkin DNA:n palasilla on jokin funktio. Tätähän ei suinkaan kumoa se, että solussa tai eläimessä (esim. hiiressä) ei havaita häiriöitä, jos kappaleita DNA:sta on poistettu.

Mielenkiintoiset artikkelit. Pitääpä tutustua niihin tarkemmin. Huomasit kai kuitenkin, että projektissa tutkittiin yhtä prosenttia ihmisen genomista, ei koko genomia.

En tiedä tlukion kirjoista, mutta yleistietoon pitäisi kuulua että useimmilla surkastumilla on ainakin joitain käyttötarkoituksia. Ne ovat elimiä, jotka ovat menettäneet ensisijaisen (tai yhden tärkeimmistä) käyttötarkoituksistaan ja ovat siksi surkastuneita verrattuna niihin lajeihin, joilla tämä käyttötarkoitus on vielä tallella. Se ei tarkoita, etteikö elimillä olisi jäljellä muita käyttötarkoituksia, kuten usein onkin.

Yleensä se, että jostakin voi poistaa suuria osia ilman, että ilmenee minkäänlaisia haittoja tarkoittaa, että tämä joku on parhaimmillaankin korkeintaan hyvin heikosti hyödyllinen. Viisaudenhampaat, umpisuoli ja suuri osa roska-DNA:ta ovat juuri tällaisia. Vaikka tämä DNA nykykäsityksen mukaan ei tee mitään, saattaa hyvinkin olla että esimerkiksi tuo lainaamasi kaltainen projekti löytää sille vakuuttavasti jotain käyttötarkoitusta: tarpeellista se ei siitä silti tee.

Turhia DNA-jaksoja lienee kuitenkin luultua vähemmän:

http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 09158.html

Phenotypic robustness conferred by apparently redundant transcriptional enhancers. Näennäisesti liian suuri määrä vahvistajageenejä tekee mahdolliseksi fenotyypin säilymisen ehyenä.

http://www.nj.com/news/times/regional/i ... xml&coll=5

While large portions of our genome have been referred to as "junk DNA" for seeming more than necessary, new findings by a Princeton University-led team of researchers suggest that they could be anything but junk.

Tutkimuksessa osalta kärpäsiä poistettiin joukko "varjo-vahvistajia" (shadow enhancers), jolloin näiden genomin toiminta häiriintyi pahasti muuttuneissa olosuhteissa, kun taas käsittelemättömät, ehyemmät genomit reagoivat häiriintymättömästi. Tämä tärkeä havainto olisi jäänyt tekemättä, elleivät tutkijat olisi keksineet muuttaa kärpästen ympäristöolosuhteita, koska "varjo-vahvistajien" päätehtävä näyttää olevan genomin auttaminen reagoimaan häiriintymätömästi poikkeavissa oloissa.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 125835.htm

"If Dr. Stern and his associates had not examined the activities of shavenbaby under such conditions, then the shadow enhancers might have been missed since they are not needed when fruit flies are grown at optimal culturing conditions in the laboratory."

Vaikea sitä tietysti on pitää tarpeellisena, jollei sen funktiota tunneta.

Ihminen tarvii 3-värinäköään marjanpoiminnassakin (värisokeat voinevat kertoa marjanpoiminnan hankaluuksista). Mutta kun se punaisen erotuskyky kehittyi nisäkkäistä vain meille ihmisapinoille ! Karhujen tarvii myös poimia marjoja hengenpitimikseen mutta niillä on vain 2-värinäkö !

No, mitä tekisi viisas suunnittelija ? Antaisi vähintään 3- tai mieluummin 4- tai 5-värinäön. Ja mitä tekee vastaavasti kehnompi laiska ja taitamattomampi opportunistinen "suunnittelija" ? Ei anna edes 3-värinäköä nälkäisille karhuparoille, vaan tihentää nykyistä 2-värireseptorijoukkoa silmässä, jotta karhu pärjää edes jotenkin ? Jälkimmäinen havaitaan. Sitä kutsutaan evoluutioksi.

Huolellisesti luettu, taas.

Jos jotakin voidaan poistaa likimain mielin määrin yksilöiltä ilman, että niille aiheutuu tästä mitään mitattavissa olevaa haittaa, on melko hankalaa kuvitella että sillä olisi kovin olennaista tarvetta. Toki roska-DNA voi silti jotain tehdä, missä tapauksessa sen funktio todella on tuntematon. Mutta jos se olisi tarpeellista yksilön terveyden, kasvun, lisääntymisen tms. kannalta, sen poisto näkyisi haittoina.
Näin siis.

Jos vielä jäi epäselväksi, katso aiemmin linkattu sipulihaaste.

Ne koodaamattoman DNA:n osat, jotka ovat säilyneet suhteellisen yhtenäisinä lajien, populaatioiden ja yksilöiden välillä, ovat todennäköisesti sellaisia joita luonnonvalinta suosii. Niillä siis lienee jokin tarkoitus, jossa ne ovat tarpeellisia. Osan tiedetään olevan säätelyalueita, mutta loppujen kohdalla käyttöä voidaan toistaiseksi vain arvailla. Mahdollisesti osalla on rakenteellisia tehtäviä, eli ne pitävät kromosomit sopivassa asennossa, jotta koodaavia osia on helpompi lukea. Tai, kuten P.S.V.:n äsken lainaamassa tutkimuksessa, toimivat hätävarasäätelyalueina tai -geeneinä.

Antti Roine sanoi:


Wrong sir, wrong.



http://www.springerlink.com/content/k786p18g77j41370/

En todellakaan laittanut sinun suuhusi sanoja, vaan lähinnä alleviivasin virhettäsi,
kun erehdyit väittämään evoluutioteoriaa faktaksi.


Väärä syytös, mikä tuossa nyt oli muka sivuraiteita? Niille tunnut ennemmin sinä lipsuvan. Kerrohan nyt edes "useista" edes yksi tuollainen oletus, ja havainto joka täsmää.
En pidättele hengitystäni. Mutta koeta edes olla lyhytsanaisempi, nyt tekstisi ovat täynnä lähinnä laajojen kaarien käsienheiluttelua, josta mitään kunnon juonta ei löydy.
Lähinnä niistä tulee mieleen sama mitä joku muukin on miettinyt, että sinä
et tunnu oikein ymmärtäneen asioita.

Kerrotko - Antti - vastatessasi samalla, mistä kaikista harhaluuloistasi olet jo luopunut? Aloita vaikka tuosta kirahvin kehityksestä. Aika monta harhaluuloasi on näissä keskusteluissa jo osoitettu huuhaaksi, joten olisi kiva kuulla oma näkemyksesi.