KESKUSTELU

Kaikki ovat tietysti jo lukeneet tutkimuksista, joiden mukaan "roska-DNA":lla (97% ihmisen DNA:sta) olisi funktio. Tämä tieto on kuitenkin aika uusi, kuten esim. seuraavasta evoluution mekanismeja esittelevästä kirjoituksesta ilmenee:

http://fi.wikipedia.org/wiki/Evoluution ... _prosessit

Useampien eläinten ja kasvien DNA:ssa on suurehko määrä materiaalia, jolla ei ole tunnettu geneettinen rooli. Ihmisen tapauksessa tämä ”roska-DNA:n” eli tilke-DNA:n osuus on peräti 97%. Tämä prosenttimäärä vaihtelee suuresti eri, myös toisille lähellä olevien, lajien välillä. Mutaatiot näissä alueissa ovat aina neutraaleja ja näihin ei kohdistu ns. selektiivinen paine. Siksi ne ovat sopivia ns. ”molekyylikelloja”, joiden avulla eri lajien geneettiset etäisyydet voidaan mitata.

Aina on kuitenkaan oltava varovainen. Se, että emme tiedä, jonkin DNA-alueen käyttötarkoitus, ei välttämättä merkitse, että sellaista ei olisi olemassa. Viime aikoina on löytynyt esimerkkejä tästä juuri roska-DNA:n joukosta. Silloin molekyylikellon käytön edellytykset eivät täyty.

DNA:sta on todellakin löytynyt jo nyt paljon yllättäviä asioita, joista monet vanhat evoluutioteoreetikot eivät ole uneksineetkaan. Paholaisen Asianajaja kirjoittaa:

http://paholaisen-asianajaja.blogspot.c ... a-dna.html

Kirjoitus jäi kesken, koska jouduin vaihtamaan tietokonetta. Roska-DNA:sta on todella vaikea löytää suomenkielistä kirjoitusta, jossa ei heti kiisteltäisi, ja vastaan tuli eräs ulkomainenkin blogi, Sensuous Gurmudgeon, jonka pitäjältä tuntui menneen hermot uusien löydösten johdosta. Minusta tämä on niin kiinnostava asia jo biologian ymmärtämiseksi, että se ei kaipaa kreationistien ja evolutionistien kiistelyä - ainakaan, ellei tämä ole riittävän älykästä herättääkseen uusia ajatuksia biologiasta. Seuraavan Nature-lehden artikkelin referaatin (suomeksi) oikeellisuuden olen tarkastanut, joten se on sikäli luettavissa (jos joku haluaa lukea suomea):

http://www.nature.com/news/2010/100331/ ... 4664a.html

http://www.netikka.net/mpeltonen/biologiaa.htm

Genomilla näyttää olevan muitakin ennalta-arvaamattomia ulottuvuuksia, joiden sanotaan muuttavan biologien näkemystä solusta ja esimerkiksi sairauksista.

http://www.nature.com/news/2011/110519/ ... 1.304.html

If the finding is confirmed by other investigators — and some scientists already say they see the same phenomenon in their own data — it could change biologists' understanding of the cell and alter the way researchers study genetic contribution to disease.

Luultavasti roskaDNA:n paljastumisella hyötyDNA:ksi ei tule vähään aikaan olemaan mitään merkitystä vaikkapa geeniteknologioiden kannalta. Vasta kun löydetään jotain, jota voidaan käyttää bisneksessä hyväksi, aletaan siirtyä uuden tiedon vaatimaan paradigmaan.

Todennäköisesti geeneissä ei ole yhtäkään roskaksi tarkoitettua. Eri asia milloin ja missä tilanteissa/olosuhteissa geeni osoittautuu tarpeelliseksi/toimivaksi.

Uusi käsite meikäläiselle. Koska tiedän DNA:sta kaiken voin tyrmätä roska-DNA:n idean. DNA:lla on ulottuvuus, jota ei ole vielä tajuttu. Se liittyy elimien ja eliöitten muotoon ylipäätään, joka on koodissa eri tavalla kuin on kuviteltu. Nyt ei ehdi enempää kun on kiire töihin.

RoskaDNA:han on välttämättömyys. Evoluutio kun ei osaa siivota dna:sta hyödyttömiksi jääneitä osia pois niin siellä täytyy olla koko lajihistorian jäänteet.

Vai niih.
Miksi sitten luonto on siivonnut esihistorialliset otukset pois - elävästä luonnosta?
Sen ymmärtäisi, jos solu olisi kivettynyt, jolloin sen osat olisivat hyvin säilyneitä fossiileja, mutta kun elävässä luonnossa kaikki käytetään hyödyksi.

Jos genomi tuottaisi kariketta kuten syksyinen puu,
niin silloin genomissa olisi genomikarikkeen hajottajia

Luonnossa on kilpailua joka karsii heikoimmat, solun sisällä ei.

Sellainen ei karsiudu, mikä ei haittaa eloonjäämis- ja lisääntymismahdollisuuksia, eikä sellainen minkä vaatima muutos on hyvin epätodennäköinen. Genomin proteiinisynteesille käyttökelvottomalla osalla voi olla jokin muu tehtävä tai sen lyhentyminen pois ei vaan tuo mainittavaa hyötyä. Tai ehkä, luultavimmin, ei vaan ole mekanismia, joka poistaisi tarpeettomaksi jääneitä pätkiä, kun DNA:n kopiointi aina oikein on niin tärkeää.

Eikö roskadna ole pääasiassa jäänteitä muinaisista bakteeri- ja virusepidemioista?

Kyllä tuo roska-DNA:n paljastuminen ainakin suurelta osin toiminnolliseksi on tosiseikka, ja tärkeä sellainen, jos tavoitteena on ymmärtää biologiaa oikeansuuntaisesti. Suomen Kuvalehti valottaa äärimmäisen kiinnostavaa uutta tulosta:

http://suomenkuvalehti.fi/jutut/ulkomaa ... ki-ihmisen

Human Genome-tutkimuksen johtajana toiminut Francis Collins toteaa:(suomennos P.S.V.)

http://www.darwinthenandnow.com/2011/03 ... 0%99-toss/

Viimeisinä kymmenenä vuonna tehdyt tutkimukset, joista moni ei paljoakaan tiedä, ovat kääntäneet päälaelleen useimmat lukiossa opetetut asiat. Jos olet ajatellut DNA-molekyylin koostuvan tuhansista geeneistä mutta sisältävän paljon enemmän roska-DNA:ta, ajattele uudestaan.

“Junk DNA” is now known not to be junk after all. Collins explains –

Nämä alueet eivät olekaan täytettä. Niihin sisältyvät monet niistä signaaleista, jotka ovat tarpeelliset ohjaamaan läheistä geeniä on- tai off- tilaan sen mukaan, mitä kehittyvä kudos vaatii. Opimme myös, että näissä ns. autiomaissa asustaa tuhansia geenejä, jotka eivät koodaa lainkaan proteiineja. Ne kopioituvat RNA:ksi, mutta noita RNA-molekyylejä ei koskaan käännetä (proteiineiksi, P.S.V.), sen sijaan niillä on joku muu tärkeä tehtävä.
.....
Wikipedian mukaan termi "roska-DNA" on nykyisin hylätty käsite, jota käytetään enimmäkseen populaaritieteellisesti tai arkipäiväisenä sanontana tieteellisissä julkaisuissa, mikä on saattanut hidastaa ei-koodaavan DNA:n biologisten funktioiden tutkimusta.

Tuskin ihan näinkään. Jos valintapainetta ei ole, satunnaisista mutaatioista, jotka johtavat geneettisen informaation tuhoutumiseen, ei silloin ole haittaa. Ei siis ehkä hyötyäkään, mutta haitattomuuden johdosta mutaatio ei alenna elinkelpoisuutta, jolloin siihen ei kohdistu valintapainetta. Varsinaista mekanismiahan tälle ei ole, ellei satunnaisesti aiheutuvia mutaatioita sellaiseksi lasketa. Eikä se DNA:n kopioinnista vastaava polymeraasientsyymikään muuten täysin virheetöntä työtä tee, eli joka kerta genomin kahdentuessa syntyy uusia mutaatioita, joihin kuuluvat myös deleetiot.

Veikkaisin, että ainakin prokaryooteilla pienestä genomista on etua, koska myös sen käyttökustannukset ovat pienemmät. Niillä siis ei-niin-hyödyllisten genomialueiden deletoituminen saattaa itsessään olla valinnan kannalta positiivinen asia. Eukaryooteilla taasen suuremmat genomit sisältävät enemmän pelivaraa, kuten toiminnallisesti redundantteja geenejä, jotka toimivat myös evoluution materiaalina. Samoin ne voivat olla varalla muuttuvien olosuhteiden varalta; aiemmissa olosuhteissa tarpeeton genomin osa voi olla hyödyksi uusissa oloissa, vieläpä yhdellä ja samalla yksilöllä.

O: Itse asiassa hyödyttömän DNA-massan tuottaminen (ja kopioiminen aina vain uudelleen) kuluttaa solun energiavaroja turhaan, jolloin sen siivoaminen ON lajin säilymisen kannalta hyväksi ja antaa kilpailuedun sille solulle/eliölle, joka siihen pystyy. Miten suuresta hyödystä loppupeleissä on kysymys, on minulle kuitenkin hämärän peitossa.

Mensaani: Jälleen kerran sinun logiikkasi jää aukeamatta minulle. Mitä tässä oikein haluat sanoa? Että luonto toimii samoin kuin solu?

Sandwalk-blogia pitävä biologi Larry Moran ei usko "roska-DNA":lla olevan paljoa mitään vaikutusta genetiikassa. Hänen mielestään säätelygeenien tutkijat ovat erehtyneet pahemman kerran:

http://sandwalk.blogspot.com/2011/03/ju ... rrect.html

Among those of us who advocate junk DNA there are very few who have changed their minds in the past decade. Why is that? It's because we simply don't believe that the "evidence" of widespread transcription is meaningful.
Meidän joukossamme, jotka kannatamme roska-DNA:ta on hyvin harvoja, jotka muuttivat mieltään viime vuosikymmenenä. Miksi? Koska me yksinkertaisesti emme usko, että laajan transkription "tosiasia-aineisto" on mielekäs.

http://scienceblogs.com/pharyngula/2011 ... s_dism.php

Professori P.Z.Myers ja hänen bloginsa lukuisat kommentoijat tuntuvat myös vastahakoisilta kiinnostumaan. Onko sitten syy siinä, että ID:n kannattajat kirjoittavat säätelygeeneistä muistaen aina mainita, että monet pitivät roska-DNA:n olemassaoloa "uusdarwinismin" tärkeänä todisteena.

Mutta koostuuko roska-DNA paljolti säätelygeeneistä, vai onko se oikeasti roskaa? Joidenkin mielestä suuri osa roska-DNA:sta on tärkeätä biologiassa Joidenkin tutkimuksista saa kuvan, että genomi on paljon monimutkaisempi kuin kukaan uskoi vähän aikaa sitten:

http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 09990.html

http://www.ebi.ac.uk/training/ftp/PhDth ... Thesis.pdf

The results support the hypothesis that non-exonic UCEs are enhancers
containing multiple variable affinity binding sites for transcription factors
which interact to activate their targets under specific conditions. The arrangement
of sites in the sequence is crucial to its function, hence its intolerance
to mutation.

Sitä minä vaan, että luonto ei kopioi koskaan mitään hyödytöntä. Mitään solun kaltaista ei olisi voinut koskaan syntyä, eikä olla olemassa, jos sen kopiointiprosessi kopioisi huuhaata, ei-informaatiota.

Elämä on mahdollista vain siksi, että siinä tapahtuu vain informaation kopiointia.
Uskovaiset ihmiset luovat ja kopioivat huuhaata, joten sellaiset ihmiset luulevat tietävänsä, että myös luonnossa tapahtuu samaa -- roska-DNA -käsite on huuhaan kopioijien luomus.
Tarkoitan tällä samaa, miten inflaatio-käsite siirtyi kosmisiin teorioihin; se on käänteistä sokalismia; Tiedemiehet ottavat selityksiinsä hienolta kuulostavia sanoja muualta ja sitten vääntävät niille numerohäkkyränsä, jolloin he hihkuvat innosta, että nyt jälleen todistimme, ettei Jumalaa ole.

Samalla tavalla evoluutiouskovaiset näkevät maailmamme epäpuhtaana ja likaisena ja sitten nähtyään solun sisällä mielestään jotakin tarpeetonta he kiljuvat, että katsokaa nyt, kun solutkin ovat sisältä täysin likaisia ja roskaa täynnään.

Ja yhden yksikään tiedemies ei tule ajatelleeksi, että luonto itsessään ei koskaan ole millään tavoin likainen, pölyinen, epäpuhdas: Tiedemiesten näkemä likaisuus ja roskaisuus luonnon perustuvanlaatuissa prosessissa on sinne salakuljetettua typerän ihmisen maailmasta.

Jos tai kun ihminen pitäisi oman ympäristönsä puhtaana, niin silloin yksikään tiedemies ei olisi voinut koskaan julistaa, että solussa on roskia! Sama pätee myös kosmologiaan; jos tai kun ihminen olisi taloudellinen, niin silloin hänellä ei voisi olla mitään sellaista kuin inflaatio! Inflaatio on todiste siitä, että ihmisen talous on äärimmäisen typerää puuhastelua:

Jos ihminen ei tuottaisi roskia, niin silloin myöskään
tiedemies ei voisi ajatella jonkin olevan roskaa!


Ajatellaan vielä sitä hypoteettista alkutilannetta: Siinä syntyi kopiointiprosessi. Jos se prosessi olisi alkanut kopioimaan huuhaata, niin siitä ei ainakaan olisi syntynyt mitään eliötä -->
Kopiointiprosessi on itsessään tietoinen siitä, mitä se kopioi, eikä se voi olla mikään sokea prosessi, joka automaattisesti kopioi mitä tahansa "käsiinsä" saamaana.

Mutta onko luonto siivonnut esihistorialliset otukset pois oikeasti? Jospa otukset ovat piilevänä tuossa roskaDNA:ssa. Eli olosuhteiden palatessa vaikkapa korkean hiilidioksiditason, rikkivedyn, korkeammalle lämmölle ja säteilylle alkaa palautuminen tuohon olotilaan sopiviin muotoihin.

Kondrad Lorenz totesi kirjassaan Peilin kääntöpuoli eliön ilmentävän ympäristöään. Jos toteamus on pätevä, tarkoittaa se sitä että ympäristö luo eliön. Tekee paineen tietynlaisiin rakenteisiin. Esimerkiksi vedessä sukkulamaiseen rakenteeseen ja eviin ynnä kiduksiin.