Kirjoitukset avainsanalla koronavirus

Huananin tori. Kuva: Mahdi Sadeghi / Wikimedia Commons

Puolitoista kuukautta sitten julkaistiin kolme merkittävää tutkimusta, jotka valaisivat yllättävänkin hyvin koronaviruspandemian alkuvaiheita. Ne viittaavat vahvasti siihen, että pandemian käynnistyi Wuhaninin kaupungin Huananin eläintorilta.

Torin rooli pandemian alkuhetkillä on nyt käynyt täydellisen ympyrän: alussa se tunnistettiin olennaiseksi kohteeksi, mutta myöhempi selvitys näytti paljastavan, että monet ensimmäiset tapaukset eivät liittyneet toriin. Nyt näyttää taas silti, että nämä tapaukset ovat kuitenkin epäsuorasti yhteydessä toriin.

Tutkimus vaati kunnon salapoliisityötä ja ensimmäisten tautitapausten kunnollista selvittämistä eri lähteistä. Salapoliisityöllä on oikeastaan kaksi kantavaa jalkaa: virusten sekvensointiin perustuva genomitutkimus ja ensimmäisten tapauksien alueellinen jakautuminen. Lisäksi tukea tuo Kiinan viranomaisten torilta ympäristöstä, eli maasta, häkeistä ja muualta keräämät näytteet.

Tutkimusten päällimmäinen opetus tuntuu olevan, että koronaviruksen alkuhämärän selvittäminen vaatii sangen paljon työtä.

 

Tutkijat kaivoivat aiemmista raporteista ja muista lähteistä varhaiset koronavirustapaukset ja asettivat ne Wuhanin kartalle. Vaikka Wuhan on suurkaupunki, niin tautitapaukset esiintyivät suhteellisen rajatulla alueella ja Huananin tori selvästi on tartuntojen keskipiste. Mielenkiintoista on, että vaikka aineistoon jätetään vain tartunnat, joilla ei ole yhteyttä Huananin torille, näiden tapausten keskipiste on silti torilla. Myöhemmät tammikuun tapaukset sitten ovat jo jakautuneet tasaisemmin ympäri kaupunkia.

 

Alkuvaiheissa pandemiaa koronaviruksesta kiersi kaksi eri muotoa, jotka olivat melko samanlaisia, mutta niiden välistä puuttuu niin sanottuja välimuotoja. Todennäköisesti siis pandemia käynnistyi kahdella erillisellä tartunnalla eläimistä ihmisiin.

Ensimmäinen viruslinja – jota PANGO-järjestelmässä kutsutaan nimellä B – lähti leviämään ihmisissä todennäköisesti marraskuun loppupuolella 2019. Ajankohta pystytään määrittämään arvioimalla miten nopeasti mutaatiot kertyvät viruksen perimässä ja palaamalla sitten taaksepäin kaikkien linjan virusten yhteiseen kantamuotoon. Tämä kantamuoto saattoi esiintyä ihmisessä tai eläimessä, mutta kaikki sittemmin selvitetyt linjaan kuuluvat tapaukset polveutuvat kantamuodosta.

Toinen viruslinja, joka puolestaan on nimetty A:ksi koska tämä muoto tunnistettiin ensin, lähti leviämään joulukuun alkupuolella 2019. Alun perin ajateltiin, että A-linja on kehittynyt B-linjasta, sillä aineistossa oli paljon niin sanottuja välimuotoja. Kun sekvenssiaineistoa oli kertynyt paljon, osoittautui kuitenkin, että välimuodot olivat sekvensointivirheitä.

Sekvensointilaitteet eivät ole aina erityisen tarkkoja, joten niissä syntyy paljon sekvensointivirheitä. Viruksen perimää monistetaan muutaman sadan emäsparin jaksoissa ja näistä jaksoista sitten kootaan kokonainen 30 000 emäsparin perimä vertailemalla jaksojen päällekkäisyyksiä. Analyysi on melko tarkka, koska jokainen viruksen kohta on periaatteessa sekvensoitu useampia kertoja. Tällä saadaan siivottua yksittäiset virheet pois. Aina näin ei tietenkään käy: esimerkiksi muutama kuukausi sitten Kyproksessa uutisoitu ”deltakron” eli delta- ja omikron-muunnosten yhdistymä oli sekvensointivirhe. (Tämän jälkeen on havaittu aitoja delta- ja omikron-muunnoksen rekombinaatioita.)

Koska kahden linjan välimuotoja ei löydy, A- ja B-linjat todennäköisesti edustavat kahta erillistä tartuntaa eläimistä ihmisiin. On myös mahdollista, että alunperin kyse on ollut yhdestä tartunnasta ja välimuotoja on esiintynyt ihmisissä, mutta seon epätodennäköistä. Jos virus olisi levinnyt niin pitkän ketjun se todennäköisesti olisi tunnistettu ja siitä olisi sekvensoitu useampia tartuntoja.

Molemmat, sekä A- että B-linja, ovat lähteneet leviämään Huananin torilta. Lisäksi B-linjaa on tunnistettu toriin liittyvissä ihmistapauksissa ja A-linjasta on jopa löytynyt ympäristönäyte torilta. Koronavirusta löytyi torilta muun muassa eläinhäkeistä, kärryistä, jätevedestä ja lattialta.

Huananin torilla myytiin lajeja, jotka voivat saada koronavirustartunnan, kuten esimerkiksi supikoiria. Kiinalaiset viranomaiset kategorisesti ovat kieltäneet, että torilla olisi ollut mahdollisia koronavirukselle alttiita lajeja myynnissä, mutta kiinalaisesta sosiaalisesta mediasta Weibosta etsityissä kuvissa torilta näitä lajeja hyvinkin löytyy.

Tutkijat tekivät tarkan kartan, johon oli merkitty eri lajien myyntipaikat, ensimmäisten tapausten sijainnit ja ympäristöstä otetut näytteet. Tulos: ensimmäiset tapaukset olivat ennen kaikkea alueella, jossa eläimiä myytiin. Samaten ympäristöstä otetut näytteet ovat tältä alueelta. Onpa tästä kartasta tehty jopa virtuaalinen vierailu itse torilla.

 

Uusi tieto selvästikin näyttää, että Huananin tori käynnisti pandemian. Seuraava ratkaistava mysteeri onkin, että mitä tapahtui ennen toria: mitä kautta koronavirus päätyi torille?

Tiedämme koronaviruksesta – ja tämä pitää paikkansa etenkin heikommin leviävien ensimmäisten muotojen osalta – että ne leviävät tyypillisesti superleviämisten kautta. Suurin osa tartunnan saaneista ei koskaan tartuta tautia eteenpäin, joten yksittäiset tapaukset helposti katoavat ja tartuntaketjut sammuvat. Leviämistä tapahtuu sitten tilanteissa, joissa on paljon ihmisiä läsnä.

Huananin torilla ei kuitenkaan tunnu tapahtuvan varsinaista superleviämistä: torin sisällä tapaukset ovat leviävät etenkin läheisillä myyntipaikoilla ja tapausten määrä kaksinkertaistuu 3-4 päivän välein.

Saattaa olla ja on hyvin todennäköistäkin, että pandemian alkuhetkillä, siis joskus marraskuussa 2019, tartuntoja eläimistä ihmisiin saattoi olla paljon enemmänkin kuin sitten leviämään lähteneet kaksi tapausta. Suurin osa tapauksista ei levinnyt eteenpäin, joten yhden ihmisen tai niin harvan ihmisen tartuntaketjuja, ettei niistä syntynyt vakavia tautitapauksia, oli varmaankin useampia.

Miltä tämänhetkinen todennäköisin tarina pandemian alusta sitten näyttää? Todennäköinen tarina voisi mennä: torille saapui torikauppiaita tai myytäviä eläimiä, joilla oli koronavirustartunta. Todennäköisesti nämä eläimet tai ihmiset olivat saaneet tartunnan paikallisilta lepakoilta hieman aikaisemmin – kuukauden tai kaksi, ja virus oli ehtinyt kiertää jo eläimissä pienimuotoisesti, kunnes se sitten vilkkaassa kaupunkiympäristössä pääsi leviämään kunnolla ihmisten kesken.

Tunnollisella työskentelyllä ja lepakkopopulaatioiden tutkimuksella voidaan ehkä saada selville edeltäviä askeleita. Jos torikauppioiden eläinten toimitusketjuja voidaan selvittää, niin näiden tilojen ympäristöstä kannattanee etsiä lepakoista koronaviruksen lähimpiä sukulaisia.

 

Mielenkiintoista tapauksessa tietenkin on, että SARS-CoV-2:n ilmaantuminen on hyvin samanlainen tapahtumaketju kuin SARS-CoV-1 oli parikymmentä vuotta sitten. SARS-CoV-1 alkoi myös levitä useista eläimiltä ihmisille päätyneistä tartunnoista. Molempien virusten ensimmäiset tartunnat tapahtuivat marraskuussa, molemmat virukset voivat tartuttaa suhteellisen laajaa joukkoa eläimiä ja toreilla oli merkittävä rooli ensimmäisissä tartunnoissa.

SARS-CoV-1:tä esiintyi etenkin Wuhanin ympäröivällä maaseudulla. Laajalti Guangdongissa leviämään lähtenyt SARS-CoV-1 olikin läheisempää sukua Wuhanin maaseudun farmeilta löytyneelle virukselle kuin Guangdongin maaseudun virukselle. Onko Hubein, eli Wuhanin maakunnan, eläintuotanto sitten syypää SARS-virusten leviämiselle? Ehkä.

Ainakaan maailma ei tuntunut juuri oppivan SARS-CoV-1:n aiheuttamasta vaarasta ja lähes-pandemiasta.

Maailman terveysjärjestö WHO kirjoitti vuonna 2003, että on epätodennäköistä, että SARS palaa vakavampana. WHO listasi viisi syytä: taudinaiheuttajien valvonta on tehokasta, rajoitustoimet ovat hyvin tunnettuja ja tehokkaita, diagnostiikka ja testaus tehostuu tulevaisuudessa, WHO:n toimintavaltuudet ovat laajentuneet eikä ole enää todennäköistä, että valtiot pimittäisivät tietoa tunnistetuista tartunnoista.

Maailman terveysviranomaiset taisivat epäonnistua näistä kaikissa.

Kommentit (10)

Vierailija
1/10 | 

Mielenkiintoista jargonia tämä kirjoitus sisältää. Ohjausta hellävaraisesti jottei todelliseen syyhyn katse kiinnittyisi? Kyllä on tiede karannut kauas siitä miksi joskus kaikesta kiinnostuin.

Lena Oan
7/10 | 

I admire how all of the students put lots of detail into the intros of there writings. Just because of the extra detail in the beginning i was hooked on and i am not even writing at that level yet, i´m also no college admission officer writing essay.

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Lontoossa omikron-aalto on jo talttumassa. Lontoon kaupungintalon porraskäytävä sen sijaan näyttää loputtomalta. Kuva: Colin / Wikimedia Commons

Omikron-muunnos heitti koronaviruspandemian taas uuteen tilanteeseen. Kun rokotuksia on jaettu paljon ja ihmiset ovat saaneet paljon tartuntoja, jolloin populaation immuniteetti koronavirusta kohtaan on kasvanut, ei ole yllättävää, että koronaviruksesta lähtee yleistymään muunnokset, jotka pystyvät kiertämään aiempaa immuniteettia.

Omikron on ensimmäinen kunnolla menestynyt ja yleistynyt immuunisuojaa kiertävä muunnos. Minutkin yllätti se, kuinka erilainen omikron oli kuin aiemmat variantit, kuinka paljon se kiertää immuunisuojaa ja miten nopeasti se levisi.

Pandemia tietenkin tuottaa kaikenlaisia enemmän tai vähemmän yllättäviä tilanteita, joissa pää on pidettävänä kylmänä. Omikron kuitenkin vaikuttaa muunnokselta, joka on saanut mopon karkailemaan pahasti.

"Jokainen sen kohtaa", ”[omikron] käy väestön läpi nopeasti", ”maaliskuun loppuun mennessä omikron on kulkenut lähes koko Suomen väestön läpi”, sanovat asiantuntijat. Omaan korvaani tämä kuulostaa paniikin lietsomiselta. 

THL arvioi, että 80 prosenttia 10-69-vuotiaista ja 60 prosenttia muista ikäluokista saa omikron-tartunnan tässä aallossa. Luku kuulostaa todella korkealta. Uskottavuutta ei lisää se, ettei tarina kerro, mihin tämä arvioi perustuu.

Pari päivää THL:n arvion jälkeen Mika Salminen lievensi arviota rutkasti. Hänen mukaansa 80% koskee pitkää aikaväliä – ”se voi olla vuosi, kaksi vuotta, se voi olla kolme vuotta”. Hieman eri aikajänne kuin THL:n lausunnon 12 viikon korkeimman huipun arvio.

 

Tällä hetkellä on helppo sanoa mitä vain omikron-aallosta, koska tieto koronaviruksen leviämisestä on aiempaa epävarmempaa. Kaikkia oireellisia ei pystytä testaamaan, joten havaittuihin tartuntamääriin ei oikein voida luottaa. THL teki aikanaan väestöserologiaa, jolla pystyttiin arvioimaan satunnaisotoksella tartuntojen määrää. Näytekoko vain oli niin pieni suhteessa siihen, että harva oli Suomessa saanut tartunnan, että tämä ei juuri auttanut. THL lopetti tämän tutkimuksen syksyllä – ja nyt olemmekin sitten tilanteessa, jossa siitä tutkimuksesta olisi ollut hyötyä.

Onneksi esimerkiksi Iso-Britanniassa tehdään jatkuvaa satunnaisotantaan perustuvaa näytteenottoa, joten tiedämme, miten koronavirus on edennyt väestössä. Miltä oikean maailman data sitten näyttää?

Vertailemalla todettuja tapauksia ja britannialaista satunnaisotantaa, pystytään päättelemään, että Lontoossa havaitaan noin 30% tapauksista. Kun havaitut määrät tasaantuvat johonkin 8% tienoille, tämä tarkoittaa, että aallon aikana jäädään 30%:iin ja jos aallolla on pitkä häntä, niin päästään ehkä 40% tienoille. Monilla Englannin alueilla määrät ovat pienempiä. Tämä on aika erilainen luku kuin 80%.

Kyllähän se, että muutamassa viikossa 40%:kin saa tartunnan on valtava määrä väestöstä. Minkään vakavan taudinaiheuttajan ei tiedetä aiemmin levinneen yhtä nopeasti. Sillä, miten hyvin sairaalat ja yhteiskunta aallosta selviävät, on kuitenkin aika iso merkitys, että saako tartunnan 40 vai 80%.

 

Ainoa THL:n arviolle annettu perustelu tuntuu olevan, että rokotteet eivät suojaa hyvin omikronia vastaan. THL on nähnyt yllättävän paljonkin vaivaa viime aikoina selittäessään, etteivät rokotteet suojaa omikron-tartuntaa vastaan, mutta vakavaa tautia vastaan suojaavat.

Todellisuus on tietenkin hieman toinen: kolmas rokotus suojaa merkittävällä tavalla omikron-tartuntaa vastaan ainakin kahden kuukauden ajan rokotuksesta. Brittien tutkimusten perusteella (pdf) suoja on 50% tai parempi, mutta lähtee sitten todennäköisesti laskuun. Fun fact: kahden rokotteen teho vakavaa omikrontautia vastaan puoli vuotta rokotuksesta oli samassa tutkimuksessa 44%. Tämä tarkoittaa, että se, miten hyvin ja laajalti tehosterokotuksia on ennen omikron-aaltoa ehditty antaa, varmasti vähentää tartuntamääriä painamalla viruksen R-arvoa alaspäin. Uskoisin, että pelkästään tämän vaikutus on niin suuri, ettei 80% ole todennäköinen luku.

Brittivertailussa on kuitenkin muistettava, että siellä on sekä tullut enemmän tartuntoja että tehosterokotuksia on jaettu enemmän ennen omikronaaltoa. Tämä voi osaltaan pienentää siellä aallon kokoa Suomeen verrattuna. Toisaalta tiedämme, että Suomessa rajoitustoimet ovat olleet tehokkaampia estämään tartuntoja.

Rajoitustoimet estävät viruksen leviämistä merkittävästi. Suomessa on tälläkin hetkellä merkittävä määrä voimakkaita rajoituksia, jotka varmasti vähentävät kontaktimääriä niin paljon, että 80% on epätodennäköinen luku.

Rokotteet ja rajoitustoimet myös osaltaan vähentävät sitä, kuinka suuri osa ihmisistä saa tartunnan, vaikka omikron leviääkin laajalti. Mitä nopeammin virus leviää, sitä korkeampi sen tartuntahuippu on, ja sitä suurempi osa ihmisistä saa tartunnan. Viruksen leviämisen hidastaminen myös johtaa siihen, että kokonaisuudessaan pienempi osa ihmisistä saa tartunnan. Tämä ilmiö lienee vielä muistissa, kun keväällä 2020 selitettiin "flatten the curve" -ilmiön logiikkaa.

Epävarmuuksiakin vielä on, sillä omikronissa on paljon avoimia kysymyksiä. Se on levinnyt valtavan nopeasti, eikä selkeää selitystä nopealla leviämiselle ole vielä saatu kokoon. Merkittävin tekijä on todennäköisesti juuri tuo immuunisuojan kiertäminen. Toisaalta omikroniin sairastuneet erittävät vähemmän virusta hengitysteissään kuin deltaan sairastuneet, joten omikronin tartuttavuus on todennäköisesti pienempi kuin deltan. Omikron puolestaan taas kasvaa paremmin ylähengitysteissä, joten tartunnan saaminen saattaa olla todennäköisempää. Omikronin sukupolvenvälin, eli ajan tartunnasta seuraavaan tartuntaan, epäillään myös olevan lyhyempi kuin deltalla, mutta tämän selvittäminen on vaikeaa.

Avoin kysymys on, onko omikronin R0 korkeampi vai matalampi kuin deltan. Jos omikron ja delta pääsisi leviämään väestössä, jossa ei ole aiempaa immuunisuojaa, kumpi leviäisi nopeammin? Jury ei ole vielä tehnyt päätöstään tämän suhteen. Lyhyempi sukupolvenväli tietenkin tarkoittaisi, että vaikka omikronin R0 olisi matalampi kuin deltalla, omikron voisi levitä nopeammin. Lyhyempi sukupolvenväli myös tarkoittaisi, että R-arvioimme olisivat yläkanttiin ja tämän takia epidemian kokokin arvioitaisiin yläkanttiin.

Nämä ovat merkittäviä tekijöitä sen suhteen, että kuinka laajalle omikron leviää, kuinka tehokkaita rajoitustoimet ovat omikronin leviämisen rajoittamiseksi ja että mitä käy kun omikron-aalto on mennyt: jääkö omikron valtamuunnokseksi vai voiko esimerkiksi delta palata takaisin.

 

Omikronin kanssa voisi siis laittaa jäitä hattuun: suuri ja merkittävä osa suomalaisista on jo saanut tai tulee saamaan tartunnan, mutta kaikki ja todennäköisesti edes suurin osa ei tule saamaan. Varmassa suojassa omikronilta ei ole kukaan meistä, mutta tartunnan todennäköisyyteen voidaan tietenkin vaikuttaa omalla toiminnalla.

Oma kysymyksensä tietenkin on se, että kuinka paljon omikronin leviämistä kannattaa rajoittaa. Tämä on tietenkin poliitikkojen - ja osaltaan kaikkien meidän - päätettävissä. Sen arviointi on kuitenkin vaikeaa niin kauan kuin meillä ei ole realistisia arvioita siitä, kuinka paljon omikron nykytoimilla tulee leviämään.

 

 

 

Kommentit (8)

Sars-Cov-2:n tartuttamia soluja. Kuva: NIAID / Wikimedia Commons

Jouluun tunkee taaskin mukaan huoli, kun omikronvariantti on nopeasti levinnyt Suomessa. Edessä on toinen pandemia-ajan joulu. Muualta Suomesta ei tarkkaa tietoa ole, mutta viime viikon loppupuolella omikronin osuus kaikista koronatartunnoista ylitti 50% Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin alueella. Tapausmäärät lähtenevät rajuun kasvuun tällä viikolla.

Suomi lähtee omikronaaltoon vaikeasta paikasta: delta-aalto on hitaasti kasvanut koko loppuvuoden ajan ja sairaaloissa ei enää ole ylimääräistä varaa ottaa koronapotilaita. Delta-aallon hidas kasvu on toisaalta johtunut siitä, että rokotuskattavuus on suhteellisen korkea, eikä delta ole päässyt leviämään nopeammin, mutta toisaalta rokottamattomia ja tautiin sairastumattomia on vielä sen verran jäljellä, että heistä monet saavat vakavia, sairaalahoitoa vaativia, oireita.

Omikronaalto on edessä ja nopeammin kuin aikaisemmat aallot. Kysymys on nyt lähinnä siitä onko se vakava vai katastrofaalinen.

 

Kiistatonta on se, että omikron leviää nopeammin kuin muut variantit ja että tämä leviämisetu johtuu pääosin siitä, että omikron pystyy kiertämään aiempaa rokotteen tai tartunnan aiheuttamaa immuniteettia.

Siitä ei ole vielä käsitystä, miten omikronin tartuttamis- ja tarttumiskyky on aiempiin variantteihin verrattuna ja miten sen aiheuttaman taudin vakavuus eroaa aiemmista varianteista.

Ensimmäiset laboratoriotiedot kertovat sekä merkittävästä neutralisoivien vasta-aineiden kiertämisestä että suhteellisesti pienemmästä T-solumuistin kiertämisestä. Samaten omikronin mutaatiot vaikuttavat tehostavan sen lisääntymistä ylemmissä hengitysteissä, mutta hidastavan alemmissa hengitysteissä.

Eteläafrikkalainen data vaikuttaa viittaavan siihen, että omikron on vähän vähemmän vakavaa tautia aiheuttava kuin alkuperäinen Kiinasta levinnyt virus. Tosin, saman analyysin perusteella myös delta vaikuttaa olevan vähemmän vaarallinen kuin alkuperäinen virus, vaikka tiedämme, että tämä ei pidä paikkansa. Brittiläinen – vielä vähäinen data – ei ole löytänyt eroa deltan ja omikronin välillä.

Varovainen tulkinta voisi olla, että samalla kun omikron on saanut valintaedun kiertämällä aiempaa immuunisuojaa, se myös on muuntunut hieman lievempää tautia aiheuttavaksi.

 

Yksilötasolla tilanne on lohdullinen: rokotteet tuntuvat suojaavan vielä suhteellisen hyvin vakavaa tautia vastaan. Etenkin buusteriannoksen jälkeen omikronin aiheuttama riski pienenee huomattavasti.

Yhteiskunnan tasolla tilanne on vaikeampi: nopea sairastumisaalto tulee aiheuttamaan ruuhkaa sairaaloissa sekä muissakin palveluissa, kun suuri määrä ihmisiä sairastuu tai on karanteenissa samaan aikaan. Kontaktien vähentäminen on välttämätöntä, että yhteiskuntana selviämme tästä.

Tähän mennessä emme ole kunnolla selvinneet siitä, että pieni osa ihmisistä sairastuu, vaan koronaviruksen leviämistä on pitänyt tehokkaasti – ja osin myös ihmisten arkielämään kajoamalla – hidastaa.

Tuhannen taalan kysymys on, että kuinka hyvin rokotteet suojaavat vakavilta taudeilta. Tähän mennessä ainoa oikean maailman dataan perustuva arvio on eteläafrikkalainen arvio kahden rokotteen 70% suojatehosta, joka vaikuttaa harmillisen matalalta. Tämä voisi johtaa hyvin vaikeaan tilanteeseen, vaikka tauti olisi hieman lievempi. Esimerkiksi norjalaisten mallinnuksessa oletettiin noin 85% suojateho.

Suomalaisia mallinnuksia omikronin vaikutuksesta en ole vielä nähnyt – ainakin viime viikolla ne olivat vielä työn alla. Suomeen hyvin vertaututuvissa Tanskassa ja Norjassa mallinnukset on tehty, ja molemmatkin ennustavat lyhyellä aikavälillä (parin viikon sisällä) satoja potilaita päivässä sairaalaan.

Toistaiseksi siis lähitulevaisuuden skenaarioissa on monenlaisia mahdollisia kehityskulkuja, joista mikään ei ole erityisen miellyttävä.

 

Etelä-Afrikan tilanteesta ei voi suoraan päätellä sitä, mitä Suomessa tulee tapahtumaan. Lukuja mallinnuksiimme sieltä kuitenkin saamme. Lohdullista on se, että Gautengin alue tuntui selviävän tästä aallosta suhteellisen helpommin kuin deltasta. Olennainen ero esimerkiksi Suomeen kuitenkin on, että korona-aallot ovat tehneet todellista tuhoa Etelä-Afrikassa: pandemianaikainen ylikuolleisuus on ollut 0,4%, eli käytännössä kaikki ovat todennäköisesti saaneet tartunnan. Tämä tartunnan tuoma immuunisuoja on osaltaan suojannut eteläafrikkalaisia tässä aallossa.

Optimistinen pitkän ajan skenaario voisi olla, että tämä on pandemian alkuvaiheen loppu: se että Etelä-Afrikassa selvisi suhteellisesti kevyemmin omikronaallosta viitoittaa tietä siihen, että vaikka uusia variantteja ja uusia aaltoja tulee, ne ovat jatkuvasti lievempiä, koska väestön immuniteetti paranee – rokotteiden ja tartuntojen myötä. Itse koronaviruskin saattaa muuttua lievempää tautia aiheuttavaksi. Koronavirus talttuu vuosien myötä samanlaiseksi kuin flunssaa aiheuttavat koronavirukset.

Pessimistinen skenaario puolestaan olisi, että tämä on loppuvaiheen alku: kukin uusi variantti ja aalto tulee kiertämään merkittävästi aikaisempaa immuniteettia ja aiheuttamaan merkittävää kuolleisuutta sekä sairaalakapasiteetin rajojen paukkumista. Koronaviruksen endeemisessä tilanteessa se on huomattavasti vaikeampi taudinaiheuttaja kuin influenssa ja tehohoitokapasiteetti tulee nostaa huomattavasti aiempaa korkeammalle tasolle, että selviämme.

Lopullisen päätepisteen lisäksi avoinna on myöskin aikataulu: kuinka monta sellaista varianttia vielä omikroninkin jälkeen tulee, joista väestön pitää laajasti olla huolestunut. Ehkä ei enää yhtään, ehkä monia.

Todellisuus tietenkin paljastuu empiirisesti: tiedämme vasta tulevaisuudessa, mitä siellä tulee tapahtumaan. Tällä hetkellä horisontissa on sekä toivoa että huolia.

 

Kommentit (9)

Omikron-variantin mutaatiot verrattuna alkuperäiseen koronavirukseen on merkitty kuvassa keltaisella (substituutiot), punaisella (deleetiot) ja vihreällä (insertiot). Kuva: Opabinia regalis / Wikimedia Commons

Uudesta omikron-variantista sanotaan usein, ettei siitä vielä tiedetä juuri mitään ja että variantin leviämistä ei voi pysäyttää, koska se on jo kiertänyt niin pitkään.

Tavallaan väitteet ovat totta, tavallaan ei, sillä ne kadottavat valtavasti nyanssia. Olemme tämän variantin kanssa aivan eri tilanteessa kuin aikaisemmin.

 

Alfa, delta ja omikron-varianttia yhdistää se, että ne kaikki ovat yhtäkkisiä hyppäyksiä viruksen evoluutiossa: niiden lähisukulaisia ei tunneta, koska todennäköisesti niitä ei ole olemassakaan. Tämä on herättänyt epäilyksen, että ne ovat syntyneet esimerkiksi immuunipuutoksisessa potilaassa. Näissä potilaissa tartunta voi kestää  kymmeniä, jopa satoja päiviä, ja virus pääsee evolvoitumaan paljon vapaamin, kun immuunijärjestelmä ei rajoita virusta yhtä tehokkaasti.

Tutkittujen virusnäytteiden perimästä voidaan arvioida, koska ja kuinka nopeasti virukset ovat monimuotoistuneet. Koronaviruspopulaation mutaationopeus, 1-2 mutaatiota kuukaudessa, mahdollistaa sen arvioimisen, koska uudet variantit ovat syntyneet, kun vertailemme variantin geneettistä monimuotoisuutta ja näytteiden keruupäiviä.

Alfa-variantti havaittiin – ja hälytyskellot alkoivat soida – joulukuun puolivälissä Britanniassa. Varhaisin tunnettu näyte kerättiin 20.9.2020. Ensimmäinen alfavariantti löytyi Suomesta 18.12. ja muutamaa viikkoa myöhemmin se oli valtavariantti. Geneettisten analyysin perusteella variantti on syntynyt syyskuussa 2020.

Delta-variantti havaittiin huhtikuussa – ja hälytyskellot alkoivat soida melko pian tämän jälkeen. Varhaisin tunnettu näyte on kerätty 5.10.2020. Varhaisin suomalainen näyte on kerätty 17.4.2021 ja Pietarin kisaturistien myötä heinäkuussa variantista tuli valtavariantti Suomessa. Geneettisten analyysin perusteella variantti on syntynyt elokuussa 2020.

Omikron-variantti havaittiin viime viikolla, marraskuun lopulla, ja hälytyskellot soivat heti havainnon jälkeen. Varhaisin tunnettu näyte on kerätty Etelä-Afrikassa 8.11.2021 ja varhaisin suomalainen näyte ei ole vielä varmistunut. Geneettisen analyysin perusteella variantti on syntynyt lokakuussa 2021.

Varianttia voidaan löytää huomattavasti ennen kuin se on todettu huolestuttavaksi. Kun omikron-variantin olemassaolo todettiin, sitä etsittiin saman tien tietokannasta vanhoista sekvensoiduista näytteistä. Esimerkiksi Euroopasta tunnetaan reilu 300 000 näytettä lokakuulta, eikä näiden joukossa ole omikronia. Se ei tarkoita, etteikö Euroopassa olisi jo lokakuussa voinut olla omikronia, mutta jos se on esiintynyt, se on ollut hyvin harvinainen.

Omikron-variantin geneettinen monimuotoisuus on hyvin pientä: se tarkoittaa, että virus on syntynyt melko hiljattain, ehkäpä kuukausi tai puolitoista kuukautta sitten. Alkuperäisten eteläafrikkalaisten näytteiden geneettinen samanlaisuus olisi voinut viitata siihen, että virus on syntynyt jossain muualla ja lähtenyt sieltä leviämään ympäri maailmaa, ja Etelä-Afrikka on ensimmäinen paikka, jossa se on nopeasti levinnyt.

Toisaalta tiedämme, että kun variantti on jollain alueella yleistynyt, se helposti saattaa levitä muille alueille esimerkiksi lentomatkailun avulla. Omikronia leviää tällä hetkellä väestössä todennäköisesti ainakin Britanniassa ja Alankomaissa sekä Belgiassa.

Myöhemmätkin ympäri maailmaa havaitut näytteet kuitenkin mahtuvat saman, eteläafrikkalaisen monimuotoisuuden sisään. Tämä tarkoittaa, että kaikki maailmat kiertävät, havaitut, virukset ovat peräisin samasta suhteellisen tuoreesta kantamuodosta. Se voi olla kehittynyt Etelä-Afrikassa, tai jossain muualla, todennäköisesti lähimaastossa, mutta se on lähtenyt leviämään ympäri maailmaa vasta viime aikoina. Se, että esimerkiksi Ghanan ja Botswanan omikron-monimuotoisuus on pienempää kuin Etelä-Afrikan, kertoo, ettei virus ole voinut kovinkaan pitkään levitä.

Koronaviruksen koko fylogenia NextStrain sivustolla. Omikron (punainen) erottuu pitkänä kehityslinjana, jolta puuttuu läöhisukulaiset.
Koronaviruksen koko fylogenia NextStrain sivustolla. Omikron (punainen) erottuu pitkänä kehityslinjana, jolta puuttuu läöhisukulaiset.

Suurin mysteeri omikronin taustasta on nyt se, että sen menneisyys on niin hämärän peitossa. Erkanemisaika lähimmistä sukulaisista on jopa puolitoista vuotta. On mysteeri, että mitä omikronin edeltäjävirukset ovat tänä aika touhunneet. Virologi Kristian Andersen esimerkiksi epäili, että kyseessä voi olla tapaus, jossa koronavirus on levinnyt ihmisestä johonkin eläinlajiin, mutatoitunut siinä lajissa ja sitten palannut takaisiin ihmiseen. Muut tutkijat taas ovat tästä eri mieltä.

Omikronista on vielä rajallinen määrä sekvensoituja näytteitä, joista suurin osa Etelä-Afrikasta, sekä sekvensseissä on paljon virheitä, mutta nykyisellä aineistolla tarina näyttää aika suoraviivaiselta: omikron-variantti havaittiin nopeasti ja sen huolestuttavuus pääteltiin myös nopeasti. Tämä kertoo siitä, että virusvarianttien valvonta toimii nyt kuten pitääkin.

 

Omikronista tiedetään, että se mahdollisesti leviää paremmin kuin aiemmat variantit, koska se todennäköisesti kiertää aiempaa immuunisuojaa jonkun verran. Toisaalta omikron ei välttämättä tartuta yhtä tehokkaasti kuin deltavariantti. Tämä pystytään päättelemään viruksen perimän perusteella. Tehostunut leviäminen ei todennäköisesti liity niinkään viruksen tarttumiseen ja tartuttamiseen, vaan siihen kuinka paljon se pystyy kiertämään aiempaa immuunisuojaa. Sen sijaan immuunisuojan kierron vaikutusta taudin vakavuuteen on vaikea arvioida: todennäköisesti vaikutus on pienempi kuin vähäoireisen tartunnan saamiseen.

Tiedämme myös, että kyseessä ei ole ”paluu takaisin lähtöpisteeseen”, sillä aiempi immuunisuoja suojaa edelleen todennäköisesti vaikeammilta tautimuodoilta, ja että samat tavat estää viruksen leviämistä – etäisyys, maskit, tuuletus, käsienpesu ja niin edelleen – toimivat omikroniinkin.

Koska tutkijat ovat toisaalta tutkineet aiempia variantteja, laboratoriossa erilaisten vielä ilmaantumattomien mutaatioiden vaikutuksia sekä mallintaneet viruksen toimintaa, he osaavat arvioida jo viruksen rakenteesta, että nyt on syntynyt huolestuttava variantti.

Tämä on ihan aitoa tietoa: virus näyttää paperilla pelottavalta. Kun tiedon päälle lisätään havainto nopeasta yleistymisestä Etelä-Afrikassa, meillä on hallussa jo ensimmäiset olennaiset palikat omikron-variantin ymmärtämiseksi.

Omikron on mielenkiintoinen haaste pandemianhallinnalle. Tiedämme, että variantit leviävät nopeasti – sitä nopeammin, mitä suurempi etu variantilla on muihin verrattuna. Tämä tarkoittaa, että variantteihin pitää varautua ennen kuin oikeastaan tiedämme, kuinka vaarallisia ne loppujen lopuksi ovat.

Voi tietenkin olla mahdollista, että omikron on suutari, joka ei missään vaiheessa lähde leviämään merkittävästi laajemmin. Tällöin tiedämme, että kykymme tulkita viruksen perimästä sen vaarallisuutta on vielä puutteellisempi kuin oletimme. Joudumme palaamaan muutaman askeleen taaksepäin siinä kuinka helposti soitamme hälytyskelloa – tai ainakin kuinka laaja julkisuus huolestuttaville varianteille on tarpeen.

On mahdollista – ja priori-todennäköistä bayesilaisittain ajattelevalle – että omikron on niin epämiellyttävä kuin nyt ajattelemmekin. Tällöin pallo on terveysturvallisuustoiminnalla. Jos virustutkijat tekivät tehtävänsä ja saivat hämmästyttävän nopeasti kiinni uudesta variantista, miten tämä pidempi varautusmisaika voidaan käyttää hyväksi?  

 

Samalla kun tiedämme enemmän koronaviruksesta yleisesti ja pystymme päättelemään nopeasti paljon uusista varianteista, kokonaiskuva alkaa hämärtyä.

Uusien varianttien vaikutusten arvioinnista tulee koko ajan vaikeampaa. Aivan epidemian alussa kaikki maat lähtivät suurin piirtein samasta tilanteesta – kukaan ei ollut sairastanut uutta koronavirusta, eikä immuniteettia ollut kertynyt. Maiden välillä eroja tuottivat lähinnä väestön ikäjakaumat ja ihmisten kontaktien määrät.  

Nyt mallinnuksen kannalta tilanne on huomattavasti vaikeampi: rokotesuoja vaihtelee paljon riippuen siitä millä rokotteilla on rokotettu, kuinka monia annoksia on annettu, kuinka kauan rokottamisesta on aikaa ja miten laaja rokotekattavuus on. Tartuntojen – ja sen tuottaman immuunisuojan – määrästä ei ole tarkkaa tietoa, eikä siitä miten nopeasti se hiipuu. Ympäristötekijöiden, eli kausivaihtelua aiheuttavien tekijöiden, merkitys kasvaa, kun ihmispopulaation immuniteetti kasvaa.

Eri maiden ja alueiden erilaisen tilanteen takia on vaikea tietää, kuinka paljon Etelä-Afrikan omikron-tilanne riippuu paikallisista oloista, joita emme pysty arvioimaan, ja miten siitä voidaan päätellä jotain yleistä omikronista. Tämä koskee niin viruksen leviämistä, taudinaiheuttavuutta, rokotussuojan kiertoa ja muita ominaisuuksia.

Tiedämme enemmän kuin koskaan aiemmin tämän pandemian aikana, mutta samalla laajojen päätelmien tekeminen on koko ajan vaikeampaa. Palapelin rakentaminen vaikeutuu, kun paloja on enemmän.

Kommentit (4)

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014