Kirjoitukset avainsanalla tartuntataudit

Sars2-koronavirus elektronimikroskopiakuvassa kuolevan solun pinnalla. Kuva: NIAID / Wikimedia Commons

Viime viikolla julkaistiin – omasta mielestäni – yksi tämän vuoden merkittävimmistä koronavirusta valottavista tutkimuksista. Preprinttinä, eli toistaiseksi vertaisarviomattomana, julkaistu tutkimus kertoo meille paljon siitä, miksi aikanaan immuunijärjestelmän puolustuskykymme koronavirusta kohtaan tulee laskemaan. Lyhyesti: koronaviruksen mutaatioiden takia.

Tiedämme, että flunssaa aiheuttavat koronavirukset voivat tartuttaa ihmisen uudestaan vuoden tai muutaman kuluttua edellisestä tartunnasta. Yleensähän immuunipuolustus pystyy torjumaan taudinaiheuttajan uudet yrityksen tartuttaa, emmekä tienneet miten koronavirus kiertää immuunipuolustuksen.

Nyt meillä on hyvä veikkaus: viruksen hidas muuntuminen vuosien kuluessa.

Tutkijat tekivät klassisen aikasiirtokokeen (time-shift experiment): he selvittivät flunssaa aiheuttavan 229E-koronaviruksen proteiinirakenteen eri vuosilta ja sitten kokeilivat miten hyvin ihmisten veriplasman immuunisolut neutraloivat näitä viruksia. Oletettavasti nyt meitä kiusaava koronavirus toimii enemmän tai vähemmän samoin kuin harmittomammat sukulaisensa.

Aikasiirtokokeet ovat olleet loisten evoluution tutkimuksen keskeinen työkalu jo jonkin aikaa. Esimerkiksi vesikirppujen ja niiden loisten välistä evoluutiota on päästy tutkimaan, kun järven pohjasedimentistä on kerätty vesikirppujen lepomunia ja vesikirppujen loisien lepomuotoja eri ajanjaksoilta, herätetty isäntä ja loinen ja sitten annettu eri aikakausien loisien tartuttaa eri aikakausien isäntiä. Tämä mahdollistaa kokeellisen lähestymistavan menneeseen evoluutioon.

Koronavirus ja ihmisen seerumi tietenkin eroaa siitä, että ainoastaan virus käy vuosien aikana läpi evoluutiota, ihmiset säilyvät samana. Seerumi sen sijaan muuntuu kokemansa myötä: seerumi pystyy neutralisoimaan sellaisia koronaviruksia, jotka se on kohdannut aiemmin, koska sille on kehittynyt immmunologista muistia. Seerumin neutralisaatioaktiviteetti on myös suhteellisen hyvä – muttei täysin varma – mittari sille, että ihmisellä on immuunisuoja virusta vastaan.

Tutkijat sekvensoivat koronavirusnäytteitä vuodesta 1984 lähtien, eli selvittivät miten eri vuosien viruskantojen perimä on muuttunut. Sen jälkeen he valmistivat vuosien 1984, 1992, 2000, 2008 ja 2016 virusten piikkiproteiinia ja kokeilivat miten eri vuosina kerätyt seeruminäytteen neutralisoivat tätä piikkiproteiinia. Piikkiproteiini on koronaviruksen kuvissa ja kuvituksissa koronan synnyttävä proteiini, joka tarttuu kiinni isäntäsoluihin ja mahdollistaa viruksen tunkeutumisen soluun. Ihmisen neutralisoivat vasta-aineet tunnistavat piikkiproteiinin ja tarttuvat siihen kiinni estääkseen viruksen pääsyn soluihin.

Ensimmäiset hyväksytyt koronavirusrokotteet myös perustuvat juuri piikkiproteiiniin ja siihen, että ne luovat immuunivasteen tätä piikkiproteiinia vastaan.

Koronaviruksen piikkiproteiini muuntuu aika nopeasti. Tämä on ymmärrettävää, sillä kun virus on kerran tartuttanut ihmisen, tämä ihminen on poissa tulevien uhrien joukosta. Jos virus ei muunnu, viruksen loru on lopussa, kun se on polttanut isäntälaumansa loppuun. Jos virus sen sijaan muuntuu niin, että se pystyy tartuttamaan uudestaan ihmisiä, luonnonvalinta suosii sitä valtavan hyvin. Sanotaan siis, että viruksella on suuri valintapaine muuntua, kun se on tartuttanut suurimman osan ihmisistä.

Tutkijat huomasivat, että seerumien neutralisaatioaktiivisuus on voimakasta proteiineihin, jotka ovat kiertäneet ennen seeruminäytteen keruuta, mutta heikompi tuleviin. Esimerkiksi: vuonna 1985 kerätty seerumi neutralisoi voimakkaasti vuoden 1984 piikkiproteiinia, vähemmän vuoden 1992 piikkiä eikä käytännössä lainkaan myöhempiä. Tämä osoittaa selkeästi 229E-koronaviruksen antigeenien (eli vasta-aineiden tunnistamien molekyylien) evoluution. Se, että koronavirukset tartuttavat ihmiset uudestaan, ei johdu siis ihmisen immuunipuolustuksen muutoksista, vaan siitä että evoluution myötä koronavirukset pakenevat tunnistamiselta.

Tässä tutkimuksessa tutkittiin 229E-koronavirusta, joka aiheuttaa lievemmän taudin kuin SARS-CoV-2-virus, sekä vain yhtä viruksen proteiineista. Yleisesti immuunipuolustuksen voimakkuus saattaa riippua siitä kuinka vakava tauti on. Oletettavasti viruksen evoluutio ja immuunivasteen heikentyminen on vuosien prosessi. Lisäksi vaikka virus pystyisi aiheuttamaan tartunnan tai taudin, jäännösimmuniteettivastetta on varmaan vielä sen verran, että tauti on lievempi.

 

Viime viikolla nousi julkisuuteen myös ryminällä Iso-Britanniassa leviävä koronaviruksen muoto (jonka britit nimesivät kehityslinjaksi B.1.1.7). Britit ovat hyvin huolestuneita uudesta viruslinjasta ja monet Euroopan maat myös lopettivat hämmentävän nopeasti lennot Britanniasta.

Brittihallinnon hengitystievirusuhkaneuvonantoryhmä (NERVTAG) veti yhteen tähänastiset tiedot viruksen leviämisestä: genomisen tiedon perusteella uusi linja kasvaa 71% nopeammin kuin aiemmat, sen R-luku on 0.39-0.93 korkeampi kuin aiemmin leviävien viruslinjojen ja virustaakka tartunnan saavilla on hieman isompi kuin aiemmissa viruslinjoissa.

Ensimmäiset näytteet, jotka kuuluvat B.1.1.7-linjaan on havaittu 20. ja 21.9. ja se on tämän jälkeen nopeasti yleistynyt Lontoossa ja Kaakkois-Englannissa. Joulukuun alussa yli puolet tutkituista virusnäytteistä Lontoossa on tätä uutta linjaa. Nopea yleistyminen on herättänyt huolen, että tämä viruslinja lisääntyy ja leviää paljon nopeammin kuin aiemmat.

Havainnosta tekee uskottavan se, että se löydettiin alun perin vihjeen perusteella eikä sattumalta. Eteläafrikkalaiset tutkijat olivat huomanneet, että heillä N501Y-mutaatiota kantava viruskanta oli yleistynyt nopeasti. Kun he kysyivät briteiltä, että näkyykö tällaista heidän aineistossaan, britit huomasivat uuden linjan. Etelä-Afrikassa on siis havaittu samoja mutaatioita, mutta eri viruslinjassa - he ovat lähiaikoina julkaisemassa tietoja omista havainnoistaan.

B.1.1.7-linjan omalaatuinen piirre on se, että siinä on paljon enemmän muutoksia kuin voisi odottaa viruksen tähänastisen evoluution perusteella. 14 mutaatiota erottaa tämän linjan muista koronaviruksen kehityslinjoista. Koronaviruksen mutaatio on melko hidasta: siihen kertyy 1-2 muutosta kuukaudessa. Kokonaisuudessaan tällä hetkellä kiertävät viruslinjat eroavat suurimmillaan 22 mutaatiolla alkuperäisestä viruksesta.

Uuden viruslinjan erot sen lähimpiin sukulaisiin näkyy hätkähdyttävästi allaolevasta kuvaajasta: viruksen evoluutio on ollut tasaista ennen muutosta ja linjan evoluutio on tälläkin hetkellä tasaista. Jossain vaiheessa viruksen evoluutiota se on vain käynyt läpi nopean hyppäyksen.

Kuvaajassa näkyy x-akselilla kerättyjen näytteiden ajat ja y-akselilla geneettinen ero juureen, eli ensimmäisiin virusnäytteisiin. B.1.1.7-linjan muutos on yhtä nopeaa kuin linjassa, josta se on peräisin, mutta linjan syntyy liittyy hyppäys. Kuva: virological.ws /CC-BY-SA 3.0
Kuvaajassa näkyy x-akselilla kerättyjen näytteiden ajat ja y-akselilla geneettinen ero juureen, eli ensimmäisiin virusnäytteisiin. B.1.1.7-linjan muutos on yhtä nopeaa kuin linjassa, josta se on peräisin, mutta linjan syntyy liittyy hyppäys. Kuva: virological.ws /CC-BY-SA 3.0

Brittitutkijat spekuloivat mahdollisella syyllä, miten virus on syntynyt: immuunipuutostilasta kärsivät potilaat. Tiedämme, että virustartunnan saaneilla ihmisillä virusten monimuotoisuus on pientä. Koronavirus on yksijuosteinen RNA-virus, joten viruksessa tapahtuu paljon mutaatiota jatkuvasti. Kokonaisuudessaan viruksen evoluutio on hidasta, koska viruksella ei ole paljon varaa muuttua. Ihmisen sisällä menestyminen on haastavaa, koska immuunipuolustuksemme on heti viruksen kimpussa. Viruksella on aika kapea liikkumavara siitä, mitkä mutaatiot voivat jäädä henkiin. Käytännössä siis vain noin joka toisessa tai kolmannessa sukupolvessa tapahtuu mutaatio, joka pääsee leviämään eteenpäin.

Immuunikadosta kärsivät ihmiset voivat olla kuitenkin poikkeus. Koska heidän immuunipuolustus ei pysty suitsimaan koronavirusta, virukseen kohdistuva valinta on huomattavasti löysempää. Tämä mahdollistaa sen, että immuunikatopotilaan sisällä viruksesta tulee huomattavasti monimuotoisempi, siitä kehittyy hyvin erilaisia muunnoksia. Tartunnat myös yleensä voivat kestää näissä potilaissa pitkään ja virukset voivat lisääntyä viikkojen ajan - esimerkiksi eräässä tapauksessa tartunta kesti ainakin 103 päivää. (Tämä on eri asia kuin ns. long covid, jossa oireet jatkuvat pitkään, vaikka virus itsessään ei enää lisäänny.)

Kun immuunikatopotilaita sitten hoidetaan veriplasmalla, eli tartunnasta selviytyneistä ihmisistä hankituilla vasta-aineilla, viruksen aiemmin kokema löyhä valinta muuttuu yhtäkkiä hyvin tiukaksi. Tällöin monimuotoinen virusyhteisö ihmisen sisällä pienentyy. Tämä tiukka valinta voi nopeasti valikoida huomattavan erilaisen viruskannan, jolla saattaa olla vastustuskykyä joitain yksittäisiä ihmisen vasta-aineita kohtaan. On varmasti huomattavan harvinaista mutta mahdollista, että immuunikatopotilaasta lähtee tartunta eteenpäin tässä vaiheessa.

Tämä skenaario on tavallaan samanlainen kuin se, jota pelättiin minkkien kanssa: nopeasti muuttuva valinta voi nopeasti hypäyttää viruksen evoluutiota uuteen suuntaan. Minkeillä tämä ei nähtävästi toteutunut.

 

Kuinka merkittäviä muutokset sitten ovat? Brittitutkijoilla on vahva epäilys, että uusi viruslinja leviää tehokkaammin kuin aiemmat, mutta sen aiheuttaman taudin vakavuudessa ei ole eroja.

Kaikkia koronaviruksen perimässä tapahtuvia muutoksia tutkitaan tarkkaan ja niiden merkitystä arvioidaan laboratoriotutkimuksissa. Osa B.1.1.7-linjan muutoksista on jo tapahtunut erikseen muissa viruslinjoissa, mutta ne eivät ole vielä esiintyneet yhdessä samassa viruksessa.

Muutoksista kolme on mahdollisesti merkittäviä aiemman tiedon perusteella: N501Y on piikkiproteiinin siinä kohdassa, joka sitoutuu isäntäsoluun (receptor binding domain, RBD) ja sen on osoitettu laboratoriotutkimuksissa lisäävän sitoutumista ihmisen ACE2-proteiiniin. 69-70del on epäilty johtavan siihen, että jotkut ihmisen vasta-aineet eivät tunnista proteiinia. P681H puolestaan on ihmisen furiiniproteiinin sitoutumiskohdassa, joka on viruksen soluuntunkeutumisen kannalta olennainen kohta.

Huolestuttavaa on, että samaan virukseen on päätynyt useampi aiemmin merkittävänä pidetty muutos sekä havainto, että virus tuntuu yleistyvän nopeasti Englannin väestössä. Viruksen yleistyminen voi johtua muustakin kuin siitä, että virus leviää tehokkaammin. Esimerkiksi sattuma voi nopeastikin yleistää, joita virusmuotoja. Koska tämä linja on vakavin tähänastisista kehittyneistä viruslinjoista, siihen kohdistuu valtava tutkijoiden huomio. Näemme varmaan suhteellisen nopeastikin analyysejä siitä, että onko tämä viruslinja paremmin leviävä kuin aiemmat ja jos on, kuinka paljon.

 

Yleisesti ottaen se minkä tiedämme on vähemmän huolestuttavaa kuin se mitä emme tiedä. Pelkään, ettei se ole sattumaa, että uusi virusmuoto löytyi juuri Iso-Britanniasta. Iso-Britannialla on maailman kunnianhimoisin hanke koronavirusnäytteiden sekvenoimiseksi ja evoluution seuraamiseksi. Tällä hetkellä GISAID-tietokannassa on reilu neljännesmiljoona virusnäytettä ja niistä puolet on Iso-Britanniasta. Muualla Euroopassa sekvensointia on tehty huomattavasti vähemmän. Tähän mennessä uutisissa on mainittu, että B.1.1.7-linjaa on löytynyt ainakin Alankomaissa, Tanskassa ja Italiassa. Jos virusmuoto muodostaa yli puolet Lontoon tapauksista, niin on hankala nähdä, miten se ei olisi jo levinnyt yli Euroopan.

Tämän takia olen vähän skeptinen eurooppalaisia matkustusrajoituksia kohtaan: jos kiinnitämme huomiomme nyt Britteihin, uusi linja saattaa jo levitä muissa maissa ja muista maista. Sillä on tietenkin väliä leviääkö uutta viruslinjaa maiden välillä tuhansia, satoja, kymmeniä vai yksittäisiä tapauksia, ja väliaikaiset matkustusrajoitukset voivat antaa lisää aikaa pystyttää parempaa yhteistyötä viruksen leviämisen estämiseksi. Tällä hetkellä on tosin epäselvää, että mitä rajoitusten jälkeen ja lisäksi aiotaan tehdä.

Suomen tilannetta on vaikeampi arvioida, koska tänne on varmaankin liikettä Lontoosta vähemmän ja suomalaiset rajavalvonnat ovat olleet ehkä hieman tehokkaampia kuin Euroopassa muuten. Suomen koronavirussekvensointeja pyörittävä Teemu Smura kertoi sunnuntaina Twitterissä, että noin sadan loka-marraskuussa Suomessa analysoidun koronavirusnäytteen joukossa ei uutta B.1.1.7-linjaa ole näkynyt.

Uusien viruslinjojen kehittyminen ei myöskään ole erillään kaikesta muusta pandemianhallinnasta: esimerkiksi Iso-Britanniassa virus on levinnyt huomattavan laajalti. Mitä enemmän virus leviää, sitä enemmän sillä on mahdollisuuksia kehittyä uusiin suuntiin ja löytää tilanteita, joissa se voi nopeasti muuntua.

Relevantti kysymys nyt onkin kuinka monta muutosta koronaviruksen perimään voi kertyä ennen kuin se on niin erilainen, ettei ihmisen immuunipuolustus enää tunnista sitä samaksi virukseksi. Tähän emme tiedä vastausta.

Rokotteen suhteen en olisi kuitenkaan huolissani: RNA-rokotteeseen voidaan päivittää uusi viruksen perimä, jos ja kun merkittäviä muutoksia alkaa kertymään. Virusmutaatioiden seuraaminen voi valottaa sitä, että miten rokotetta pitää muuttaa. Avoin kysymys on kuinka usein kansalaiset joutuvat ottamaan uuden rokotteen.

 

 

Kommentit (4)

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
H1N1-influenssavirus. Kuva: NIAID / Wikimedia Commons

Keväällä koronavirus lähti leviämään, ihmiset rajoittivat fyysisiä kontaktejaan ja koronavirusepidemia laantui. Kuten aiemmin kirjoitin, samalla influenssakausi pysähtyi kuin seinään.

Koronaviruspandemia on tarkoittanut hiljaisia aikoja influenssavirukselle. Eteläisellä pallonpuoliskolla influenssakausi on heidän talviaikanaan, ja rajoitustoimien takia influenssakausi käytännössä peruttiin. Australiassa ja Uudessa-Seelannissa ei näkynyt influenssatapauksia juuri lainkaan. Australiassa vaikutus oli valtava: heidän kesäkaudellaan tapauksia oli ollut suhteellisen paljon ja nämä käytännössä romahtivat samalla kuin normaalin influenssakauden olisi pitänyt alkaa.

Tähän aikaan vuodesta pohjoisella pallonpuoliskolla on yleensä influenssakausi käynnistymässä, mutta siitä ei vielä näy viitteitä Euroopassa tai Pohjois-Amerikassa. Euroopassa tapaukset ovat olleet yksittäisiä. Yhdysvalloissa varmennettuja influenssatapauksia on muutama sata, kun normaalisti määrät ovat jopa yli kymmenen tuhannen.

Suomessa influenssavirushavaintoja on tehty alkutalven aikana influenssavirusvarmennuksia kolmen käden sormin laskettava määrä. Normaalisti oltaisiin jo kolminumeroisissa luvuissa.

Influenssa varmistetaan hyvin harvoin virustestein, joten vain pieni osa tapauksista havaitaan. Kausien välinen vertailu on erityisen vaikeaa tämän influenssakauden ja aiempien vuosien välillä, koska paikoitellen testausta tehtäneen vähemmän, koska laboratoriokapasiteetti on kiinni koronavirustestauksessa. Alueilla, joissa on parempi tilanne, saatetaan taas testata enemmän ja influenssaviruksia havaitaan helpommin. Esimerkiksi kanadalaiset sanovat testaavansa influenssan varalta enemmän kuin normaalisti. Saalis: ei vielä yhtään influenssavirusta.

Joka tapauksessa varmaa on, että influenssatapauksia on nyt hyvin paljon vähemmän kuin normaalisti.

 

On myös mahdollista, että influenssakausi ei tulevana talvena käynnistykään. Influenssavirus leviää ympäri maailman lähinnä matkailijoiden avulla. Niin Euroopan, Australian kuin Yhdysvaltojen sisällä influenssavirukset ovat influenssakauden aikana geneettisesti hyvin samankaltaisia keskenään. Tämä on osoitus siitä, kuinka virukset leviävät mantereiden sisällä matkailjoiden mukana ja sitten lähialueilla tehokkaasti ihmisten mukana. Influenssakausi saattaa levitä mantereen sisällä hyvinkin samantahtisesti, koska ihmisten liike synkronisoi virusaaltoja.

Kääntäen: influenssakausi käynnistyy lähinnä sen takia että maahan tulee influenssavirusta kantavia ihmisiä. (Joskin influenssakantojen välillä on vaihtelua siinä selviävätkö ne paikallisesti, kun influenssakausi ei ole käynnissä.) Siinä missä eurooppalaisen influenssakauden aikana tapauksia ei juurikaan ole enää eteläisellä pallonpuoliskolla, päiväntasaajalla niitä on. Päiväntasaajalla ei erotu selkeitä influenssakausia ja erityisesti Kaakkois-Aasian väestörikkaat maat ovat yleensä kausi-influenssan moottori. Yleisesti ottaen Yhdysvalloissa ja Keski-Euroopassa influenssakauden huippu on joulukuun ja helmikuun välillä. Suomessa huippu on yleensä tammi-huhtikuussa eli hieman myöhemmin.

Tällä hetkellä ihmisiä matkustaa huomattavasti vähemmän maiden välillä ja sisällä. Tämä tarkoittaa, että influenssavirus ei juurikaan matkaa maasta toiseen tai pidempiä etäisyyksiä. Lisäksi koronaviruksen leviämistä estävät toimet estävät myös influenssaviruksen estämistä. Etenkin jos maahantulevat ihmiset päätyvät karanteeniin – on se sitten virallinen tai omatoiminen – influenssaviruksen leviäminen maasta toiseen voi keskeytyä.

Suomen asema Euroopan laidalla tarkoittaa sitä, että kestää vähän kauemmin, että influenssa päätyy tänne asti. Tällä kertaa syrjäisyys voi suojata meitä influenssalta hieman samalla tapaa kuin se on suojannut koronavirukseltakin.

 

Taiwanilaisessa selvityksessä koronavirusrajoitukset eivät vähentäneet pelkästään influenssatartuntojen määrää, vaan kaikkia muitakin ilma- ja pisaravälitteisiä tartuntatauteja. Vuonna 2019 esiintyneitä tuhka- ja vihurirokkoa ei ole esiintynyt Taiwanissa tänä vuonna lainkaan. Rajusti vähentyneitä ovat influenssa, hinkuyskä ja pneumokokin aiheuttamat taudit, kun taas vesirokon, sikotaudin ja tuberkuloosin esiintyminen on vähentynyt vain reilulla kymmenellä prosentilla.

Taiwanissa selkeästi taudit, joiden epidemiat liittyvät ulkomailta saapuviin tartuntoihin, ovat vähentyneet paljon tai kokonaan, kun taas maassa muutenkin kotoperäisesti kiertävien tautien määrät eivät ole vähentyneet yhtä paljon. Tämä sopii hyvin yhteen Taiwanin tilanteen kanssa, jossa matkailua maan ulkopuolelta on rajoitettu tehokkaasti ja maahan tulevat joutuvat karanteeniin, kun taas maan sisällä rajoitukset ovat väheisempiä ja taudit pystyvät jonkin verran leviämään.

Matkustaminen ulkomailta Suomeen on romahtanut huomattavasti ja Suomen sisälläkin on voimassa jonkun verran rajoitustoimia, joten Suomessakin tartuntatautien leviäminen lienee rutkasti vähentynyt. Influenssaviruksen leviämistä vielä entisestäänkin vaikeuttaa tänä vuonna normaalia suurempi into ottaa influenssarokote.

 

Koronaviruspandemia tulee varmasti herättämään pohdintaa siitä, miten pandemioita hallitaan tulevaisuudessa. Jos tuore kokemuksemme osoittaa, että influenssaviruksen leviäminen voidaan keskeyttää, tämä vaikuttaa tavalla tai toisella seuraavaan influenssapandemiaan varautumiseen.

Matkustusrajoitukset ovat tehokkaasti estäneet koronaviruksen ja influenssaviruksen leviämistä. Samalla matkustusrajoitukset ovat taloudellisesti kalliita. WHO:n suositus, ettei pandemian leviämistä estetä matkustusrajoituksista johtuu oikeastaan matkustusrajoitusten kustannuksista. Jos uuden tartuntataudin aiheuttama epidemia johtaa siihen, että muut maat asettavat matkustusrajoituksia epidemian alkumaata kohtaan, seuraa ongelmia. Maalla ei ole välttämättä suurta halua ilmoittaa mahdollisimman nopeasti ja julkisesti uusista tartuntatautiuhkista, jos se johtaa rajoituksiin. Tässä pandemiassa Kiinalla olisi ollut vielä vähemmän intoa ilmoittaa maailmalle uudesta tartuntataudista ja maailmalla olisi ollut vähemmän aikaa valmistautua.

Jos matkustusrajoitukset vain hieman hidastavat pandemian etenemistä, mutta pienentävät mahdollisuutta, että pandemian vaikutukset voidaan tehokkaasti minimoida, ne eivät ole hyödyllisiä. Kuitenkin tämänhetkinen kokemuksemme osoittaa, että pandemian myöhemmissä vaiheessa matkustusrajoitukset vaihtelevalla tehokkuudella estävät koronaviruksen leviämistä alueille, joissa sitä ei esiinny. 

Seuraan kiinnostuksella tuloksia, kun suomalaisia syksyn koronavirusnäytteitä sekvensoidaan: mistä päin Eurooppaa syksyn tartuntaketjut ovat lähteneet? Ovatko tartuntaketjut peräisin Suomessa kesän aikana hitaasti levinneistä tapauksista vai ovatko ne lähteneet leviämään vasta ulkomailta tulleiden tartuntojen kantajilta? Tämä on arvokasta aineistoa, joka auttaa arviomaan matkustusrajoitusten merkitystä. Nyt Suomessa kesän ja alkusyksyn tartunnoista merkittävä osa oli peräisin ulkomailta. Se ei vielä suoraan tarkoita, että näiden tartuntojen leviämisen estäminen olisi auttanut pitämään epidemiatilanteen suotuisampana.

Koronaviruspandemian jälkeen matkustusrajoitusten merkitystä tartuntatautien torjunnan kansainvälisenä keinona varmasti arvioidaan uudestaan, mutta selkeitä johtopäätöksiä ei vielä ole nähtävissä.

 

Tautiekologia kiinnostaa tässä omituisessa tilanteessa myös muutkin tartuntataudit: Mitä seurauksia on tuleville influenssakannoille siitä, että yksi kausi jää käytännössä välistä? Miten erikoinen aika vaikuttaa influenssaviruksen evoluutioon? Miten flunssaa aiheuttavat virukset reagoivat hidastuneeseen virusten kiertoon? Mitä kaikkia seurauksia ihmiselle on siitä, että tartuntatauteja kiertää vähemmän? Nämä vastaukset auttavat tulevien pandemioiden hallinnassa, mutta myös tuottavat tärkeää perustietoa tartuntataudeista.

Nyt on tärkeää kerätä aineistoa muistakin taudinaiheuttajista, jotta voimme oppia uutta tartuntatautien maailmanlaajuisesta leviämisestä. Elämme viruksien ja bakteerien maailmaa järistyttävää "luonnollista koetta", joka ei toivottavasti tule lähitulevaisuudessa toistumaan. 

 

 

Kommentit (5)

Miles Smith
1/5 | 

nk you so much for this. I was into this issue and tired to tinker around to check if its possible but couldnt get it done. Now that i have seen the way you did it, thanks guys
with
regards

M. Shahid
4/5 | 

This is such a great resource that you are providing and you give it away for free. I love seeing blog that understand the value of providing a quality resource for free. 안전놀이터  https://vie-games.com/

Influenssa A -virus. Kuva: CDC/ Dr. Erskine Palmer

Euroopassa leviää jälleen H5N8-tyypin lintuinfluenssaa. Tapauksia havaittiin lokakuussa Alankomaissa ja marraskuussa myös Saksassa ja Iso-Britanniassa. H5N8 on korkeapatogeeninen lintuinfluenssa, tarkoittaen että se voi aiheuttaa vakavan taudin ja merkittävää kuolleisuutta. Korkeapatogeenisuus viittaa tässä tapauksessa viruksen vaikutuksiin lintuihin, ja onneksi viruksen potentiaali tarttua ihmisiin ja alkaa levitä ihmisissä on pieni. "Pieni" tässä tapauksessa tarkoittaa, ettei viruksesta ole tunnettuja ihmistapauksia.

Sinänsä H5N8 on ennen kaikkea uhka teollisen mittakaavan lintutuotannolle. Etenkin isoilla broileritiloilla, jossa on geneettisesti samankaltaisia yksilöitä, tauti voi levitä nopeasti ja tehokkaasti. Viruksen leviämisen estämiseksi onkin Hollannissa ja Iso-Britanniassa jo lopetettu kymmeniätuhansia broilereita tiloilta, joissa virusta on tavattu.

Viimeksi H5N8-lintuinfluenssa aiheutti laajemmin tapauksia Euroopassa vuosina 2016 ja 2017. Olin tuolloin tutkijana Zürichin yliopistossa ja tutkimusryhmällämme oli useampia satoja japaninviiriäisiä kampuksella vajassa ja ulkotiloissa. Varotoimena nuo viiriäiset eivät enää sen jälkeen päässeet ulkoilemaan, kun lähialueen villilinnuilla oli havaittu lintuinfluenssatapauksia. Kuolleita villilintuja oli paljon, esimerkiksi Hollannissa havaittiin tuolloin yli 13 000 linnunraatoa, joista todettiin lintuinfluenssa. Todellinen määrä oli varmasti huomattavasti suurempi.

Suomessa ei ole koskaan havaittu korkeapatogeenista influenssaa siipikarjatiloilla, ja ensimmäiset korkeapatogeeniset influenssat villilinnuilla havaittiinkin vasta 2016. Uhka on selvästi siis kasvamassa, jos villilinnuilla on yhä useammin korkeapatogeenisia influenssakantoja.

 

Lintuinfluenssalla on mielenkiintoinen dynamiikka villien lintujen ja siipikarjan välillä. Suurin osa influenssa A -viruksista on peräisin villeiltä linnuilta ja etenkin lokit, sorsat ja hanhet ovat yleisiä influenssavirusten lähteitä. Villilinnuilla on laajalti matalapatogeenisia influenssaviruksia. Nämä pääsääntöisesti aiheuttavat vähäoireisen tai oireettoman tartunnan, eikä niiden liikkeistä tiedetä paljoakaan. Korkeapatogeeniset lintuinfluenssat kannat syntyvät lähes poikkeuksetta lintutiloilla. Kun matalapatogeeninen virus pääsee broileritilalle, se leviää nopeasti tiheässä ja runsaslukuisessa lintupopulaatiossa, joten viruksella on paljon mahdollisuuksia mutaatioihin. Siipikarjatiloilla sitten syntyy vaarallisempia influenssakantoja mutaatioiden kautta.

Korkeapatogeeniset lintuinfluenssat pääsevät leviämään kahdella eri tapaa. Ensinnäkin, kun lintuja kuljetetaan tilalta toiselle, virus voi levitä lintujen mukana. Toisaalta, korkeapatogeeninen lintuinfluenssa voi levitä villeihin lintuihin, sitten muuttolintujen mukana alueelta toiselle ja jälleen takaisin lintutiloille. Korkeapatogeeniset lintuinfluenssat ovat levinneet kumpaakin näitä reittejä. Esimerkiksi Aasiassa syntynyt H5N8 on päätynyt myös Eurooppaan todennäköisesti muuttolintujen mukana.

 

Lintuinfluenssa nousi merkittävien tartuntatautiuhkien kartalle viimeistään 90-luvun lopussa, kun Kiinassa alkoi levitä H5N1-influenssavirus. H5N1-virukseen on kuollut ainakin 445 ihmistä ja kuolleisuus vaikuttaa tartunnan saaneilla olevan kymmeniä prosentteja. Kuten muutkin linnuissa kiertävät influenssaviruskannat, H5N1 ei leviä hyvin ihmisten välillä. Tunnettuja tartuntatapauksia ihmisestä toiseen on vain yksittäisiä ja suurin osa tartunnoista liittyy kontakteihin tartunnan saaneiden lintujen kanssa esimerkiksi siipikarjatilalla tai torilla.

H5N1 onkin nykyisen H5N8:n alkumuoto. H5N1 havaittiin ensimmäisen kerran 1996 kerätystä näytteestä ja se levisi Eurooppaan ja Afrikkaan vuoden 2005 aikana. H5N8 havaittiin ensimmäisen kerran 2010 ja se levisi vuodesta 2014 lähtien Afrikkaan, Eurooppaan ja Pohjois-Amerikkaan. Suomessa pari vuotta sitten havaitut H5N6-kannat lienevät peräisin samasta alkuperästä.

Osa influenssatutkimuksesta keskittyy selvittämään, että miten influenssasta syntyy uusia ihmisille tarttuvia ja ihmisten välillä leviäviä muotoja. Kirjoitin vuosia sitten, miten yksi keskeinen tutkimuseettinen kysymys kuuluukin, että saavatko tutkijat kehittää laboratoriossa vaarallisempia tautimuotoja. Tutkimuksen tarkoituksena on, että tutkijat pyrkivät selvittämään kuinka monta muutosta viruksen perimässä on oltava, että se muuttuu helpommin leviäväksi. Siinä missä eettinen keskustelu on vielä pitkälti kesken, tällaisen tutkimuksen takia tiedämme, että paremmin ihmisten välillä tarttuva virus on vain muutaman mutaation päässä H5N1-viruskannasta.

 

Lintuinfluenssa on aidosti huolestuttava taudinaiheuttaja. Pelko on, että linnuissa leviävät matala- tai korkeapatogeeniset kannat voivat muuntua helposti ihmisten välillä leviäväksi. Tämän takia siipikarjatiloilta lopetetaan kaikki eläimet, jos tautia havaitaan, ja lintujen siirtelyä tilojen välillä rajoitetaan turva-alueilla.

Pistemutaatioiden lisäksi influenssavirukset voivat vaihtaa keskenään suuremman määrän perimäainesta, jos saman solun tartuttaa samaan aikaan kaksi eri influenssaviruskantaa. Jos esimerkiksi ihminen saa lintuinfluenssatartunnan ja samaan aikaan ihmisinfluenssatartunnan, virukset voisivat vaihtaa niin perimäainesta, että syntyy helposti ihmisten välillä leviävä hyvin tappava influenssavirus. Ei tiedetä tarkkaan kuinka suuri riski tosiasiassa on, mutta aiemmista influenssapandemioista tiedetään, että se on mahdollista. Tämä on osaltaan yksi syy siihen, miksi lintuinfluenssaa pyritään torjumaan tehokkaasti.

Vuonna 2013 Yhdysvaltain hallinto varautui kahteen samanaikaiseen pandemiaan, kun ensimmäiset MERS-koronavirustapaukset levisivät Lähi-Idässä samoihin aikoihin kuin H7N9-lintuinfluenssa aiheutti kuolemantapauksia Kiinassa. The Atlanticin oivallisessa jutussa kesältä pohdittiin mitä tarkoittaisi, jos maailmaa kiertäisi samaan aikaan kaksi hengitystieviruspandemiaa. Sinänsähän mikään ei estä sitä, etteikö kaksi pandemiaa leviäisi samaan aikaan. Itse asiassa, jatkuvasti pandemian riskin kasvaessa samalla tietenkin kasvaa riski kahdesta samanaikaisesta pandemiasta. (Mitä samanaikaisista pandemioista sitten aiheutuisi? Lyhyesti: se olisi hyvin, hyvin epämiellyttävä asia.)

 

Lintuinfluenssan leviäminen tänä syksynä on muistutus siitä, että pandemian takia muut ihmisen terveysuhat eivät ole väistyneet yhtään sen enempää taka-alalle. Jatkuva villieläinten, siipikarjan ja lihakarjan influenssakantojen tarkkailu on tarpeen, jotta riskit voidaan minimoida. 

Oikeastaan tartuntatautitarkkailu on jatkuvasti tärkeämpää. Broilerintuotannon lisääntyminen maailmassa liittyy läheisesti lintuinfluenssan pandemiauhkan yleistymiseen. Isompia siipikarjatiloja ja yhä laajempaa tuotantoa voidaan ylläpitää vaan jatkuvasti tarkemmalla ja laajemmalla tartuntatautivalvonnalla.

Jos löydät useita kuolleita luonnonvaraisia lintuja, ota yhteyttä lähimpään virkaeläinlääkäriin Ruokaviraston ohjeiden mukaan.

Kommentit (1)

Ilmaiseja kondomeja kulhossa. Kuva: Rob Maccoll/AusAID/Wikimedia Commons

Tämän syksyn suuri tasapainottelu on siinä, miten estämme koronaviruksen leviämistä ja pystymme kuitenkin elämään mahdollisimman normaalia elämää.

Koronavirus leviää ihmisten kohtaamisten välillä. Kuten muutkin taudinaiheuttajat ja loiset, se vaatii kohtaamisen, jotta se voi levitä isännästä seuraavaan. Koronavirus voidaan nujertaa, kun noita kohtaamisia ei sille suoda.

Ihminen on kuitenkin sosiaalinen laji ja elämme kosketuksesta ja läheisyydestä. Ihmiskunnan historian kehitys on samalla tarina siitä, miten rakennamme yhä suurempia yhteiskuntia ja kaupunkeja. Tämä kehitys on tuonut meille jatkuvasti uusia tautiuhkia ja altistaa meitä yhä enemmän taudinaiheuttajille. Parisataa vuotta sitten koronaviruksen kaltainen uusi tauti ei olisi välttämättä pystynyt leviämään ympäri koko maailman, koska ihmiset elivät niin erillään toisistaan. Kohtaamisia ei olisi ollut riittävästi.

Espanjantauti eteni hitaasti ympäri maailmaa, koska influenssan leviämiseen vaikuttaa matkustaminen ympäri maailmaa. Espanjantaudin aikana käynnissä oli vielä ensimmäinen maailmansota, joka tarkoitti valtavien ihmismassojen – olivat ne sitten sotilaita tai siviilejä – liikkeitä ympäri maanosia ja maailmaa. Siltikin espanjantaudin leviäminen kesti vuosia ja useita epidemia-aaltoja.

Nyt elämme maailmassa, jossa taudit leviävät vauhdilla maailman toiselta laidalta asti. Vaikka kerran jo saisimme koronaepidemian kuriin, uusia tartuntaketjuja voi aina saapua ulkomailta. Niinpä koronaepidemian hillintä vaatii uudenlaisia keinoja. 

Vaikka maailma on erilainen kuin aiemmin, tautien leviämisen estämisestä tiedämme paljon. Kannattaa toimia kohdennetusti, että panoksemme menee sinne, mistä siitä on eniten hyötyä. Samat opit pätevät pandemiaan kuin muihinkin tartuntatauteihin.

Tämän takia homobaarin tiskillä on kulho, josta saa ilmaisia kondomeja: tiedämme, että tuon kulhon ympärillä liikkuu ihmisiä, jotka ovat riskiryhmää. Tämän takia seksitautitestit ovat julkisessa terveydenhuollossa ilmaisia: tiedämme, että testaamisella saadaan estettyä tartuntojen leviäminen eteenpäin. Tämän takia tuberkuloosiviestintämateriaaleja julkaistaan Suomessa monilla eri kielillä: tiedämme, että monet maahanmuuttajaryhmät ovat riskiryhmää, koska he ovat voineet saada tartunnan ulkomailta. 

Tämän takia on hienoa, että Suomen somaliyhteisö tuottaa kohdennettuja saippuasarjajaksoja ja keskusteluohjelmia, joilla tietoa saadaan yhteisölle, joka keväällä kärsi pahasti koronaviruksesta.

 

Toimien kohdennus kuitenkin vaatii tietoa. Alkusyksystä on väitelty - tai ravintoloitsijat ja terveysviranomaiset ovat väitelleet - kuinka merkittäviä ravintolat, baarit ja yökerhot ovat koronavirustartuntojen kannalta.

Suomen Kuvalehti on toistuvasti tehnyt hyviä selvityksiä siitä, kuinka Suomessa tämä tartunnanjäljityksen tuottamaa tietoa ei ole kerätty valtakunnallisesti yhteen. Tämä vaikeuttaa tiedon hyödyntämistä. Vaikka paikallisilla toimijoilla saattaisi ollakin hyvä käsitys leviämisreiteistä, niitä on vaikea osoittaa laajemmin päteväksi, koska laajemmat aineistot puuttuvat.

Niinpä olemme jonkin verran anekdotaalisen todistusaineiston armoilla. THL:n mukaan esimerkiksi erääseen helsinkiläiseen anniskeluliikkeeseen on yhdistetty yli 40 tartuntaa ja elo-syyskuun tartunnoista "ainakin 200" on peräisin ravintoloista. Tällä välillä tartuntoja tapahtui noin 3 000, joten vähän alle kymmenen prosenttia tartunnoista on "suurella todennäköisyydellä" peräisin ravintoloista. Todellinen määrä voi olla huomattavasti enemmänkin, koska suurin osa tapauksien tartuntareiteistä ei ole tiedossa.

Lisäksi tartuntatautiviranomaisten pitää tasapainotella: millä edellytyksin milloinkin voidaan julkistaa minkä verran eri paikoissa on tapahtunut tartuntoja tai altistuksia. Kansalaisten varovaisuuden kannalta mahdollisimman avoin viestintä on hyvä, mutta ajan mittaan yhä yleistyvät altistukset menettävät uutisarvoaan. Lisäksi tällä voi olla liiallisesti elinkeinonharjoittajia stigmatisoiva vaikutus.

Valtakunnallisen aineiston puute ei kuitenkaan tarkoita, etteikö esimerkiksi yökerhot ja ravintolat olisivat merkittäviä tartunnanlähteitä. Monet tartuntataudeista vastuussa olevien lääkäreiden kommentit ovat painottaneet näitä riskejä. Näiden riskien takia aluehallintovirastot ovat julkaisseet hyvinkin seikkaperäiset ohjeet, miten koronavirustartuntoja voidaan ehkäistä.

Paremman kuvan tartuntakohteista saamme kansainvälisistä selvityksistä. Pidemmän aikaa hyvää työtä ovat tehneet esimerkiksi Zürichin, Louisianan ja Itävallan viranomaiset, jotka kaikki julkistavat tartunnanjäljitystietojaan. Suurin osa tartunnoista tapahtuu kotitalouksissa, mikä ei ole ihme: ihmiset saavat tartunnan jossain kodin ulkopuolella ja tartuttavat sitten samassa taloudessa asuvia. Kotitaloudet eivät välttämättä kuitenkaan aja eteenpäin tätä epidemiaa vaan joukkotartunnat kodin ulkopuolella. (Tosin: kotitalouksissakin voi tapahtua joukkotartuntoja, jos on järjestetty isot juhlat.) Aineistojen perusteella joukkotartuntoja tapahtuu työpaikoilla, harrastuksissa ja baareissa. Ravintoloiden, baarien ja yökerhojen rooli on selkeästi merkittävä.

Superleviämistapahtumista on vielä heikommin tietoa kuin tartunnoista yleensä, mutta baarien ja yökerhojen rooli näissä on ollut selkeä. Tämä ei myöskään yllätä: tiedämme, että koronavirus tarttuu erityisesti paikoissa, joissa paljon ihmisiä tiiviisti sisätiloissa pidemmän aikaa. 

 

Lopulta ongelmaksi kuitenkin muodostuu ohjeistuksen hienosäätö. Kun ravintoloiden osalta pitää pohtia, että lopetetaanko alkoholitarjoilu klo 22 vai 23 vai 24, meillä ei yksinkertaisesti ole riittävän tarkkaa tietoa siitä, mikä on sopiva ajankohta. Kun urheiluharrastuksen osalta pitää pohtia, että kuinka vaarallista on muodostelmaluistelu suhteessa jääkiekkoon tai vaikkapa curlingiin, sitä tietoa ei vain yksinkertaisesti ole saatavilla.

Ongelma tietenkin on, että mikä tahansa rajoitus on poliittinen toimi, joten niistä pitää käydä läpi poliittinen keskustelu. Guardianissa brittien hallituksen neuvonantaja pohtikin, että onko todistusaineistoa ravintoloiden sulkemisajan suhteen ylipäänsä todistusaineistoa. Lopputulos: ei oikein.

Päätöksiä kuitenkin pitää tehdä: eurooppalainen koronatilanne osoittaa, että uusi vakava aalto vaanii jatkuvasti kulman takana. Tällöin on järkevämpää olla enemmän kuin vähemmän varovainen: jos virus leviää liian paljon, pitää ravintolat sulkea kokonaan.

Yksinkertaisesti voi olla mahdotonta edes pystyä selvittämään mitään optimaalista koronarajoitusten tasoa. Täydellisessä maailmassa voisimme kokeilla ja löytää oikeat vastaukset . Kokeilisimme lopettaa alkoholitarjoilun puoleltayöltä ja sitten arvioisimme, että miten se vaikuttaa tartuntojen leviämisiin. Sitten kokeilisimme siirtää rajaa esimerkiksi kello 23:een ja vertaisimme tämän vaikutusta. Ongelmamme vain on, että kun tartuntoja on vähän, sattuman vaikutus on suuri, eikä tartuntojen määrän muutoksesta pysty juurikaan päättelemään mitään. Kun tartuntoja on paljon, niiden määrää pitää joka tapauksessa rajoittaa.

Meiltä puuttuu ihan perustavanlaatuistakin tietoa siitä, kuinka paljon ravintoloiden koronavirusohjeistuksen noudattaminen vähentää tartuntoja. Voi ihan hyvin olla, että käsien pesusta muistuttaminen ei auta vähimmässäkään määrin koronaviruksen leviämisen estämisessä. Voi olla se on hyvin merkittävä tekijä. Joka tapauksessa siitä ei ole juurikaan haittaa, joten ihmisiä kannattaa muistuttaa käsien pesusta. Samasta syystä kannattaa jakaa ilmaisia kondomeja homobaarin baaritiskillä: jokainen estetty tartunta säästää huomattavasti enemmän rahaa kuin mitä kondomeihin kuluu, vaikka estettyjä tartuntoja olisi vielä suhteessa vähän.

Henri Alénin Ultima-ravintolassa tehdään käytännön tutkimusta siitä, että miten virukset leviävät ravintolatiloissa. Tämä on olennaista ja tärkeää, sillä tulosten perusteella pystytään arviomaan sitä, kuinka merkityksellisiä eri tartunnan ehkäisytavat auttavat. Tuloksista ei varmaankaan ole ravintola-alan pelastajiksi, mutta korona-aikana pelataan pienillä vaikutuksilla: mitkä tahansa helpot tavat vähentää vähänkin tartuntojen määrää ovat hyödyksi. Pienistä puroista voi tulla riittävän iso virta.

Kommentit (3)

Ulpu
1/3 | 

"Voi ihan hyvin olla, että käsien pesusta muistuttaminen ei auta vähimmässäkään määrin koronaviruksen leviämisen estämisessä." Eikö nimenomaan käsienpesusta ole olemassa kaikkein vahvin näyttö? Maskeista huomattavasti hatarampi...

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014