Kirjoitukset avainsanalla tutkijan työ

Tähän mennessä sekvensoitujen noin 700 suomalaisten koronavirusnäytteiden sukupuu

Viime viikon sosiaali- ja terveysministeriön ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen tiedotustilaisuudessa Olli Vapalahti hieman ohi mennen sanoi: ”Syksyn kannat poikkeavat aika lailla siitä mitkä meillä kiersivät keväällä, jotka sitten varmaan hiipuivat pois.”

Tämä kuulosti mielestäni oleelliselta: keväällä Suomessa kiersi useita viruskantoja ja nämä sitten tukahdutettiin. Syksyksi olimme kuitenkin saaneet ulkomailta uudet kannat, jotka sitten muodostivat syksyn virusaallon.

Onneksi muutamia satoja suomalaisia virussekvenssejä on nyt saatu kansainväliseen GISAID-tietokantaan, joten asiain tola on helppo todeta aineistosta. Osasta suomalaisista koronavirustartunnoista on siis selvitetty niiden aiheuttaneen viruksen geenisekvenssi, eli perimän emäsjärjestys. Koronaviruksen perimä koostuu yksijuosteisesta RNA-ketjusta, jossa on hieman alle 30 000 emästä. Viruksen perimässä tapahtuu hitaasti, mutta varmasti, muutoksia eli mutaatioita. Keskimäärin niitä syntyy noin kaksi kappaletta kuukaudessa. Tämän takia pystymme vertailemaan eri virusnäytteitä ja päättelemään niiden välisiä sukulaisuuksia.

Tein nopean analyysin suomalaisista virussekvensseistä ja se tuki vahvasti Vapalahden väitettä: kevään ja syksyn viruskannat ovat hyvin erilaisia ja syksyn viruskantojen lähimmät sukulaiset ovat ulkomailta havaittuja viruksia.

Päätelmä kuitenkin selkeästi herätti epäilyksiä. Esimerkiksi Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen tutkimusprofessori Markku Peltonen oli Twitterin puolella hyvin kriittinen: ”En ymmärrä miten tällaiseen johtopäätökseen voi päätyä näillä sekvenssimäärillä.” Muista tutkijoista esimerkiksi Annamari Heikinheimo ja Mikael Niku suhtautuivat kriittisesti, että miten muutamalla sadalla selvitetyllä sekvenssillä voidaan tehdä päätelmiä, jos tartuntoja on kokonaisuudessaan kymmeniätuhansia.

Ehkäpä siis on syytä aukaista koko prosessia: kirjoitan tässä blogissa ensiksikin siitä, (I) miten sekvenssitietoa voidaan analysoida, sitten siitä (II) mitä sekvenssitiedosta voidaan yleisesti päätellä ja tarkemmin (III) mitä Suomen virusnäytteistä voidaan päätellä. Jos tekniset yksityiskohdat eivät kiinnosta, voit siis hyvin hypätä ensimmäisen osan yli.

Taustaksi on hyvä ymmärtää, että SARS-CoV-2 -koronavirus on sekvensointimääriltään parhaiten tutkittu taudinaiheuttaja. Vuodessa kansainvälisesti sekvensoitujen virusten määrä on yli 300 000 ja Suomessakin virusta on sekvensoitu satoja näytteitä. Liikumme siis koronaviruksen evoluution kanssa niin vankalla pohjalla kuin taudinaiheuttajan kanssa ylipäänsä voidaan.

 

I

Tein suomalaisista virussekvensseistä fylogeneettisen – eli evolutiivisia sukulaisuussuhteita käsittelevän – puun. Tämä on suhteellisen suoraviivaista: keräsin tietokannasta kaikki koronavirussekvenssit ja ajoin sen Nextstrain-työkalun läpi. Lyhyesti: työkalu linjaa kaikki virussekvenssit, laskee niiden väliset erot, päättelee näistä virusten sukupuun ja lopulta tekee siitä nätin kuvan.

Suomalaista sukupuuta varten valitsin kaikki suomalaiset virussekvenssit. Nämä näytteet pitää asettaa tietenkin kansainväliseen kontekstiin, joten Nextstrain arpoo mukaan muita virusnäytteitä sen mukaan, että suomalaisille näytteille läheistä sukua olevilla virusnäytteillä on suurempi todennäköisyys päätyä mukaan. Sukupuu siis muodostaa mahdollisimman hyvän kuvan, mistä suomalaisille virusnäytteille läheisimmät sukulaiset ovat löytyneet.

Rakentamani sukupuun näkee tästä linkistä: https://nextstrain.org/community/aivelo/cov-finland?f_country=Finland Nyt valinta automaattisesti korostaa suomalaiset näytteet oransseina palloina - jos tämän filtterin ottaa pois päältä sukupuun yläpuolelta, niin puusta erottuvat kaikki eri maiden mukaan otetut näytteet. Puussa näytteet ryhmittyvät yhteen sukulaisuutensa perusteella ja x-akselilla on aika. Vasemmalla on siis kevään näytteet ja oikealla syksyn. Puun haaroja painamalla voi tarkentaa tiettyyn osaan puusta. Jos sivupaneelista valitsee "time" sijasta "divergence" puusta hahmottaa paremmin, että mitkä näytteistä ovat identtisiä ja missä on tapahtunut evoluutiota.

Mitä tästä puusta sitten voi oikein nähdä? Ensinnäkin, näytteet jakautuvat ryhmiin, joissa on enemmän tai vähemmän näytteitä. Näiden ryhmien sisällä kaikki näytteet ovat Suomessa kerättyjä. Tämä siis tarkoittaa, että ne ovat samaa Suomessa tapahtunutta tartuntaklusteria. Virus ei muutu jokaisen tartunnan yhteydessä, vaan keskimäärin noin joka kolmannen kohdalla.

Esimerkiksi tässä kuvassa on yksi laaja tartuntaklusteri, jossa on mukana yli 200 näytettä ja joka on kestänyt yli neljä kuukautta. Klusterin lähimmät sukulaiset ovat irlantilaisia näytteitä (sinisellä puun alareunassa). Suomalaisen klusterin sisällä on lisäksi tanskalainen ja norjalainen näyte (turkoosit pallot).
Esimerkiksi tässä kuvassa on yksi laaja tartuntaklusteri, jossa on mukana yli 200 näytettä ja joka on kestänyt yli neljä kuukautta. Klusterin lähimmät sukulaiset ovat irlantilaisia näytteitä (sinisellä puun alareunassa). Suomalaisen klusterin sisällä on lisäksi tanskalainen ja norjalainen näyte (turkoosit pallot).

Syksyn ja kevään tartuntaklusterit eivät ole samoja: kaikkien syksyn tartuntaketjujen lähin tunnettu sukulainen on joku ulkomainen näyte. Läheisimmissä sukulaisissa on edustettuna eri maita, pääosin Euroopasta: Tanska, Ranska, Irlanti, Venäjä ja niin edelleen.

Puulla on rajoituksensa: tein analyysin suhteellisen pikaisesti, joten en varmistanut yksittäin, miten suomalaisten tartuntaklustereiden lähimmät sukulaiset oikeasti asettuvat ja miten onnistuneesti Nextstrain arpoi mukaan näytteitä. Lisäksi tietokannoissa on hyvin vaihtelevasti näytteitä eri maista: siinä missä Iso-Britanniasta ja Tanskasta on paljon, Virosta ei mukaan päässyt yhtään näytettä. Itä-Eurooppa on myös heikosti edustettuna. Saattaa siis olla, että suomalaisten virusnäytteiden lähimmät sukulaiset ovat yksinkertaisesti sekvensoimatta. Tämän takia kannattaa suhtautua epäilevästi, että tällä analyysillä on pystytty tunnistamaan maita, josta virus on Suomeen levinnyt. Kun näytteitä on sekvensoitu vähän, tietenkin viruksia voi myös levitä Suomesta muualle ja sitten tämä näyttää tuottavan puun, josta suunta näyttääkin toiselta.

Tässä puussa ei ole mukana muita lentokentällä kerättyjä näytteitä kuin joulukuun lopulla havaitut kolme uutta B.1.1.7-muunnosta kantanutta tartuntaa. Näytteiden keruu lentokentiltä tietenkin paisuttaa eri virustartuntaketjujen määrää, eivätkä ne anna hyvää kuvaa siitä, mitä Suomessa kotoperäisesti tapahtuu. Sikäli ne on hyvä sulkea pois tämänkaltaisesta tarkastelusta.

Suomalaiset näytteet ovat lähes täysin Uudenmaan alueelta. Tämä tarkoittaa, ettemme saa hyvää kuvaa siitä, että miten virukset ovat liikkuneet Suomen alueella. Suomalaisista todellisista tartuntamääristä on lisäksi sekvensoitu varmaankin alle prosentin verran. Virusotos on tutkijoiden mukaan pääsääntöisesti satunnainen, mutta näytteissä saattaa olla vahvat positiiviset yliedustettuna, koska näistä jää helpommin riittävästi näytettä sekvensoitavaksi. Yleinen käsitys koronaviruksesta kuitenkin on, että eri haarojen välillä ei ole eroa taudin vakavuudessa, joten tämän ei pitäisi vaikuttaa.

Mistä sitten voidaan tietää, että näytemäärämme on riittävän iso, että olemme tunnistaneet pääosan merkittävistä tartuntaklustereista? Virusklustereiden luonteeseen kuuluu, että niitä ei ole loputonta määrää. Tilannetta kuitenkin vaikeuttaa, että klustereiden kokojakauma saattaa olla haasteellinen: jos on yksi iso klusteri ja loput ovat pieniä, näytteitä pitää saada melko paljon.

Riittävän laajan näytteenoton tunnistamiseen on kätevä ikiaikainen tapa: akkumulaatiokuvaaja. Lyhyesti: ensin laskemme kuinka monta eri tartuntaklusteria olemme havainneet ja kuinka monta näytettä kussakin on. Sitten alamme arpoa tuosta joukosta näytteen kerrallaan ja piirrämme kuvaajan, jossa y-akselille on merkitty havaittujen klustereiden määrä ja x-akselille arvottujen näytteiden määrä. Kuvaaja kuvaa, että kuinka monta näytettä pitää kussakin vaiheessa kerätä, että kaikki klusterit on havaittu. Kun kuvaaja tasoittuu, tiedämme, että olemme saaneet lähes koko diversiteetin havaittua. Nämä kuvaajat näyttävät kevään ja syksyn suomalaiselle virusklustereille tältä:

Kevään klusterit Syksyn klusterit

Koska molemmat kuvaajat ovat tasaantumassa, tämä kertoo, että näytekoon lisääminen ei paljasta kovin paljon enempää tartuntaklustereita. Tämä kertoo siitä, että emme ole saaneet vielä havaittua kaikkia klustereita, mutta lähestymme sitä hyvin. Syksy on myös avoin aikasarja sikäli, että mukaan on laskettu kaikki klusterit tähän asti - niitähän tulee todennäköisesti jatkuvasti lisää maahan. Kuvaajista näkee myös, että keväällä klustereita on ollut vähemmän kuin syksyllä.

Päätelmien uskottavuutta lisää vielä se, että fylogeneettinen puu osuu yksiin epidemiologisen tiedon sekä sen kanssa, mitä tiedämme hengitystievirusten leviämisestä.

Ensinnäkin: keväällä R-arvo, eli viruksen uusiutumisluku, oli Suomessa pitkään alle yhden, mikä tarkoitti, että epidemia pieneni. Tämän takia voimme olettaa, että merkittävä osa tartuntaketjuista loppui. Kesällä puolestaan Suomessa oli hyvin vähän virustapauksia ja melko suuri osa näistä linkittyi ulkomailta Suomeen matkustaviin. Tämä sopii yhteen ajatuksen kanssa, että kotoperäiset tartuntaketjut tukahtuivat ja uudet maahan tulleet tartuntaketjut olivat syksyn aallon takana.

Toiseksi: tiedämme, että influenssaviruksen maailmanlaajuinen kierto tapahtuu ennen kaikkea (lento)matkustajien mukana ja muutkin hengitystievirukset näyttävät seuraavan samaa kaavaa. Korona siis toimii, kuten olettaisimme.

 

II

Iso-Britannia johtaa selkeästi maailmanlaajuista koronaviruksen sekvensointityötä. Lähes puolet kaikista reilusta 300 000 sekvensoidusta näytteestä on brittien tekemiä. Britit käyttävät sekvensointia apuna esimerkiksi tartunnanjäljityksessä.

Virusnäytteiden sekvenssejä vertailemalla voimme sanoa kuinka läheistä sukua ne ovat. Jos esimerkiksi koulussa on useita virustartuntoja, näytteet sekvensoimalla voimme selvittää ovatko nämä samaa virusklusteria, eli tartunta leviää todennäköisesti koulussa, vai ovatko ne eri klustereita, jolloin tartunnat luultavasti tulevat koulun ulkopuolelta. Hyödyllisyys on tietenkin rajallista: koska kaikissa sukupolvissa muutoksia ei viruksen perimään tapahdu, mihinkään erityisen suureen tarkkuuteen tässä ei pääse.

Suurimmalla osalla maailman maista ei ole rkykyä käyttää sekvenssejä tartunnanjäljityksessä. Muut maat, jossa sitä käytetään, kuten Islanti, Taiwan, Singapore ja Uusi-Seelanti, ovat maita, jossa tartuntoja on huomattavasti vähemmän. Lisäksi Britannian ei voida erityisen hyvin sanoa suoriutuneen tästä pandemiasta, joten on myös kyseenalaista, kuinka hyödyllistä sekvensointi oikeasti on tartunnanjäljityksessä.

Virussekvenssit soveltuvatkin paremmin laajemman tilannekuvan muodostamiseen: mistä tartuntoja on maahan tullut ja miten ne maan sisällä leviävät. Esimerkiksi heti pandemian alkuvaiheessa tutkijat sekvensoivat virusnäytteitä Washingtonin osavaltiossa ja huomasivat, että näytteet eroavat toisistaan niin paljon, että niiden lähin yhteinen esimuoto on puolentoista kuukauden takaa. Tämä tarkoittaa todennäköisesti sitä, että virus oli levinnyt huomaamatta puolentoista kuukauden ajan.

Suomessa voitaisiin laajemman sekvensoinnin perusteella esimerkiksi tutkia, mistä maista tartuntoja on tullut Suomeen ja miten Suomen sisäiset tartunnat leviävät maakunnasta toiseen. Tämä auttaisi toisaalta selvittämään kuinka merkittävää leviäminen ulkomailta on ja mihin valvontaa kannattaa kohdistaa. Lisäksi on epäselvää, kuinka vahvasti maakunnat seuraavat toisiaan tautitilanteessa ja kuinka paljon tartunnat liikkuvat maakunnasta toiseen: parempi tilannekuva voi helpottaa alueellisten toimien kohdistamisessa.

Suomessa on sekvensoitu tähän mennessä reilu 800 näytettä ja sekvensointityötä ollaan nyt huomattavasti tehostamassa. Sekvensointia Suomessa hoitaa Helsingin yliopiston virologian laitoksen tutkijat muun koronavirustyön yhteydessä. Suomessa ei ole omasta takaa tutkijaryhmiä, jotka olisivat tehneet taudinaiheuttajien laajaa ja kattavaa sekvensointia. Tämä on suhteellisen tuore lähestymistapa epidemioihin, koska sekvensointiteknologiatkin ovat suhteellisen uusia. Laajaa sekvensointia on tähän asti tehty lähinnä maissa, joissa yksinkertaisesti on enemmän tutkijoita ja resursseja, eli tutkimusrahaa, käytettävissä. Lisäksi monet tutkijat ovat keränneet kokemusta tekemällä reaaliaikaista sekvensointia esimerkiksi zika- ja ebolaepidemioissa. Olettaisin, että tämä kotimaisen kokemuksen puute on syynä myös siihen, miksi esimerkiksi terveysviranomaiset eivät pysty käynnistämään laajamittaista sekvensointia.

Laajemmin sekvensoinnilla voidaan seurata miten viruksen evoluutio etenee. Esimerkiksi Briteissä ensimmäiseksi löydetyn B.1.1.7-variantin havainnointi vaatii geenisekvensointia. Tämän muunnoksen Suomeen leviämisen estäminen onkin ajanut kiinnostusta virusten sekvensointiin.

Kun selvitetään, mitkä kohdat viruksessa ovat muuttuneet, voidaan tietokonemallinnuksin tai laboratoriotutkimuksella arvioida, miten viruksen toiminta muuttuu. Kiinnostavaa on, että mahdollistavatko viruksessa tapahtuvat mutaatiot immuunipuolustuksen väistämisen. Tämän takia muutoksia erityisesti viruksen piikkiproteiinissa, joka sitoutuu ihmisen soluihin, seurataan tarkoin ja muutosten merkitystä testataan jatkuvasti. Tällöin voidaan vertailla, miten koronaviruksen sairastaneen tai rokotteen saaneen ihmisen vasta-aineet pystyvät neutralisoimaan muuntuneen viruksen.

 

III

Suomalaiset virussekvenssit kertovat hyvin selkeästi, että keväällä ja syksyllä maassa ovat kiertäneet eri viruskannat. Kevään tehokkailla toimilla saatiin tukahdutettua leviävät tartuntaketjut, mutta heinäkuusta lähtien maahan tulleet uudet tartuntaketjut laajenivat syksyllä toiseksi aalloksi.

Olisi väärin päätellä, että syksyinen toinen aalto johtuu ulkomaisista tartunnoista. Sinänsä jos ulkomailta ei olisi tullut tartuntoja, hyvin todennäköisesti aaltoa ei olisi tullut. Jos ulkomailta olisi tullut huomattavasti vähemmän tartuntoja kuin tuli, tilanne olisi varmasti samanlainen kuin juuri nyt. Tämä johtuu siitä, että Suomen epidemianhallintaa säätelevät tietyt tartuntojen määrien raja-arvot. Vähemmillä maahantulleilla viruksilla tartuntaklustereita olisi vähemmän ja niiden kasvu olisi ehkä kestänyt hieman kauemmin, mutta ne olisivat isompia ennen kuin niiden leviämistä tehokkaasti rajattaisiin.

Ulkomaiset ja kotoperäiset tartunnat eivät ole toisensa poissulkevia: Suomessa on ollut vähän tartuntoja, joten eri tartuntaketjut eivät kilpaile keskenään. Ne jatkuvat niin kauan kuin jatkuvat. Jos syntyy uusi paremmin leviävä virusmuunnos, kuten B.1.1.7 vaikuttaa olevan, se ei suoraan kilpaile kotoperäisiä kantoja pois. Syrjäyttäminen tapahtuu sitä kautta, että kotoperäiset tartuntaketjut sammuvat helpommin kuin paremmin leviävän kannan tartuntaketjut. Tällöin suhteelliset jatkuvasti suurempi osa on paremmin leviävää virusmuunnosta.

Viruksen perimän selvittäminen on siis tehokas keino selvittää, mitä Suomessa oikein tapahtuikaan keväällä, kesällä ja syksyllä. Nyt kun virussekvensointia merkittävästi lisätään, pysymme ehkä hieman reaaliaikaisemmin kartalla miten virus Suomessa kiertääkään.

 

Jatkan Suomen virussekvenssien sukupuun päivittämistä säännöllisesti sitä mukaan, kun GISAID-tietokantaan tulee lisää näytteitä. Kiitokset Teemu Smuralle tiedoista suomalaisen virussekvensoinnin otoksen kattavuudesta.

Kommentit (8)

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Yhdysvaltain kansalliskaartin sotilaat käyttävät kasvomaskeja. Kuva: John Schoebel / Wikimedia Commons

Onko kasvomaskeilla merkitystä? Mitä pitää ajatella jos selvitys kertoo jotakin ja vertaisarvioimaton tutkimusta puolestaan toista? Pandemia asettaa tavallisen kansallisen tieteen ymmärryksen koville.

Pandemian aikana tietoa pitää levittää nopeammin ja tiedon perusteella tehtäviä päätöksiä pitää saada aikaan rivakasti. Tieteellinen julkaisuprosessi on kuitenkin pitkällinen ja epävarma. Kun tutkija saa tutkimuksen valmiiksi, aineiston analysoitua ja artikkelin kirjoitettua, hän lähettää käsikirjoituksen tieteelliseen julkaisusarjaan. Tämän jälkeen sarjan toimittaja pohtii, että onko käsikirjoitus riittävän hyvä ja kiinnostava kyseiseen sarjaan. Jos käsikirjoitus vaikuttaa lupaavalta, se lähetetään arvioijille. Nämä kommentoivat tutkimusta ja tutkija vastaa osaltaan heidän kritiikkiinsä. Tässä kestää kauan.

Tutkijoiden vertaisarviointikommenteilla on oma rakenteensa: niissä pyritään asettamaan tutkimus laajempaan kontekstiin ja hahmottamaan tutkimuksen merkitystä ja sen kohdennusta, arvioimaan tutkimuksen luotettavuutta ja ennen kaikkea antamaan parannusehdotuksia. Jos tutkimuksesta löytyy virheitä tai muita ongelmia, näiden merkitystä on hyvä arvioida. Monesti vertaisarvioija ei välttämättä ihan edes ymmärrä, mitä tutkimuksessa on tehty. Suurin osa vertaisarviointityöstä on ennen kaikkea selkeyden työstämistä.

Koska julkaisusarjalla on väliä – joitain sarjoja arvostetaan enemmän kuin toisia – tutkijat pyrkivät lähettämään tutkimuksensa mahdollisimman korkeatasoiseen sarjaan. Niinpä usein ensimmäisessä, toiseessa ja ehkä kolmannessakin kohteessa käsikirjoitus hylätään. Koska julkaisu- ja arviointiprosessi on melko satunnainen, joskus käsikirjoitus kiertää useammankin julkaisusarjan, kunnes se löytää kodin.

Tämä on hidasta ja vaivalloista, sillä aikaa käsikirjoituksen valmistumisesta varsinaiseen julkaisuun mitataan kuukausissa tai vuosissa. Viime aikoina tutkimusta on yhä enemmän julkaistu niin sanottuina preprintteinä: samalla kun tutkija lähettää käsikirjoituksen julkaisusarjaan, se laitetaan myös sellaisenaan preprint-palvelimelle. Tämä on kätevää: lupaavat tutkimukset pääsevät nopeammin näkyviin. Se myös vähentää painetta tutkijalle kiiruhtaa ja jännittää julkaisuprosessissa.

Preprintit ovat erityisen hyödyllisiä kriisitilanteessa, kuten pandemian aikana. Viimeisen puolen vuoden aikana tietomme koronaviruksesta on edennyt vauhdilla, koska tutkijat saavat tutkimuksensa saman tien julki. En jaksa uskoa, että preprintit erityisesti lisäävät riskiä huonosta tai paikkansapitämättömästä tutkimuksesta. Julkaisuprosesseihin liittyvän vertaisarvioinninkin läpi saa aikamoista huuhaata.

 

Tieteessä keskeisin vertaisarvioinnin tapa on tutkijoiden välinen julkinen keskustelu. Yleensä tämä keskustelu tapahtuu tieteen omissa kanavissa ja laajan yleisön näkymättömissä. Parin viime vuosikymmenen aikana internet on nopeuttanut keskustelua ensin blogeissa ja nykyään sosiaalisessa mediassa. Tämä on hienoa kehitystä, koska nykyään maallikotkin pääsevät helposti seuraamaan keskustelua.

Pandemiassa panokset ovat korkealla. Tietomme edistyy jatkuvasti ja tiedon perusteella joudutaan tekemään nopeitakin päätöksiä. Pandemian leviämiseen liittyvät kysymykset osuvat keskeisesti omiin vapauksiimme, kansantalouteen ja ihmisten terveyteen. Niinpä ei ole ihme, että ihmiset laajemmin sekä perinteiset mediat ovat kiinnostuneet tutkijoiden keskustelusta. Twitter on minullekin keskeinen tiedonhankinnan kanava, sillä pystyn siellä seuraamaan isoa määrää tutkijoita ja heidän kommentaarejaan kehittyvästä tiedosta.

Tutkijoiden väliset keskustelut ovat tällä hetkellä nopeatempoisia, näkyvillä ja ne ovat välillä aika kovasävyisiäkin. Yleensä tutkijoiden välisen kritiikin äänensävyä ei ole kovin paljon suitsittu: tieteelliset kiistat voivat olla aika äkäisiäkin. Nykymaailmassa on hieman enemmän painotettu paitsi yleistä kohteliaisuutta ja muiden tutkijoiden kunnioittamista, myös tutkimusmaailman rakenteellisia huomioita, kuten että miten vanhemmat tieteenharjoittajat suhtautuvat nuorempiin kollegoihinsa.

Ehkäpä tämä blogikirjoitukseni on ennen kaikkea kahtalainen toive julkiseen keskusteluun osallistuville tutkijoille: muistakaa vastuullinen asemanne tutkijana ja auttakaa yleisöä hahmottamaan laajempaa kontekstia.

 

Hyvä esimerkki keskustelun koventumisesta on reaktio THL:n taannoiseen preprinttinä julkaistuun tutkimukseen. THL:n tutkimuksessa vertailtiin yhtä koulussa muita altistanutta lasta sekä yhtä koulussa muita altistanutta aikuista. Kun lapsi oli indeksitapaus, eli ensimmäinen tunnistettu tartunnansaaja, tartuntoja ei koulussa tapahtunut, mutta aikuisindeksitapauksesta niitä oli 16% altistuneista.

Tämä tutkimus oli näytekooltaan pieni, tietenkin, ja sikäli siitä on vaikea vetää syvempiä päätelmiä. Silti se on mielenkiintoinen tapaustutkimus. Lisäksi THL:n on oikeastaan pakko siitä tiedottaa, koska olisi hassua, jos viranomaisrooliakin tekevä tutkimuslaitos ei tiedottaisi aiheesta, johon kohdistuu suuri kiinnostus. THL:n tiedotekin on hyvin varovaisesti muotoiltu.

Koska kyseessä on koronaviruksen leviäminen lapsissa ja kouluissa, tutkimus menee helposti tunteisiin. Reaktio tutkimukseen oli hyvin aggressiivinen ja tutkimuksen taustalla nähtiin pahantahtoista linkittymistä THL:n viranomaisroolissa annettuihin lausuntoihin. Tutkijoista ainakin Mikael Niku yrittikin rauhoitella ihmisiä ja tarjota laajempaa kontekstia.

 

Toinen esimerkki liittyy toiseen tunteikkaaseen kokonaisuuteen eli kasvomaskeihin. Sosiaali- ja terveysministeriö tilasi selvityksen kasvosuojainten käytöstä Summaryx Oy:ltä ja selvitys (pdf) tuli siihen tulokseen, että ”tutkimusnäytön perusteella kasvosuojusten käytön vaikutus hengitystieinfektioiden leviämiseen on vähäinen tai olematon”. Selvityksen merkitys oli huomattava, koska sen perusteella hallitus päätti, ettei tällä hetkellä kasvosuojaimia suositellam vaan ihmiset voivat käyttää niitä "halutessaan".

Tilattua selvitystä ei oltu vertaisarvioitu, kuten ei ole tämänkaltaisilla selvityksillä tapanakaan. Tutkijat kommentoivatkin selvitystä erilaisista kriittisistä näkökulmista heti julkaisun jälkeen. Myöhemmin elokuussa tutkijaryhmä oli analysoinut saman aineiston kuin Summaryxin selvityksessä oli, mutta laskennallisin menetelmin. Laskennallinen yhdistäminen osoitti, että maskeista on selvä ja merkittävä hyöty.

(Tässä lienee syytä mainita, että kannustin tutkijaryhmää kirjoittamaan tutkimuksensa tieteellisen artikkelin muotoon ja julkaisemaan sen avoimesti preprinttinä. Perusteellinen kritiikki on tieteen moottori ja toisaalta kunnollinen perusteltu artikkelimuotoinen tutkimus on myös alkuperäistä selvitystä kunniottavasti täydentävä muoto.)

Tutkijaryhmä tuli ulos tuloksensa kanssa Helsingin Sanomien vieraskynässä. Tämä vaikuttaa mielestäni aivan sopivalta formaatilta, ottaen huomioon että alkuperäisen Summaryxin selvityksen aiheuttama keskustelu oli niin laajaa ja julkista ja vaikutti merkittävään hallituksen päätökseenkin. Lisäksi tutkimuksen preprintti oli saatavilla internetistä.

Kritiikkikin tietenkin altistetaan kritiikille. Kun tämä tutkijaryhmän artikkeli joskus julkaistaan julkaisusarjasta, siitä tulee varmaan Suomen parhaiten vertaisarvioitu tuotos, koska kriittisiä silmäyksiä tuli useampia.

Omituisin kritiikki tuli Helsingin Sanomien mielipidepalstalla. Kirjoituksessaan emeritusprofessori Pertti Töttö tiuski viitaten tutkijoihin ”riippumattomaksi itseään kutsuva tutkijaryhmä” -nimityksellä. Naljailu ei tietenkään ole tieteellisessä kritiikissä ennenkuulumatonta. Sen sijaan silmiinpistävämpää oli, että kirjoituksessa esitettiin tutkijoiden valikoineen tuloksiaan. Töttö oli myös nähtävästi analysoinut tutkijoiden aineiston uudestaan, sillä hän kirjoitti, että ”Jos -- olisi otettu suojaa käyttäneitä ja suojattomia vertaava luku, olisi tulos muuttunut huomattavasti, --”.

Vastineessaan tutkijaryhmä ajoi aineistonsa myös samalla tavoin kuin Töttö ehdotti ja totesi, että ”Päätelmämme pysyy samana myös, kun laskelmat tehdään niin kuin Töttö ehdotti.” Tämä asettaa Tötön kritiikin outoon valoon ja onkin kiinnostavaa, että millä menetelmin hän on saanut ”huomattavan” erilaisen tuloksen. Näkyvästi julkisuudessa vertaisarvioiva tutkija tietenkin kantaa vastuun myös omista lausunnoistaan. Se, että julkisesti sanoo, että tutkimuksessa on virhe, vaatii aika kovaa varmuutta johtopäätöksistään. Muiden tutkimuksia ei voi ampua alas mutu-tuntumalta.

Osuvampi vertaisarviointi puolestaan oli Jesper Kivelän twiittiketju, jossa hän oli perannut tutkijaryhmän käyttämää koodia ja havainnut, että tutkimuksessa oli keskivirhe laskettu väärin. Tämä on syy, miksi nykyään analyyseihin käytetty koodi on tapana jakaa julkisesti: tutkijat voivat tietenkin aina kirjoittaa menetelmäosioissa toimineensa jollain tavalla, mutta varsinaisen arkan kuvan analyyseistä saa, kun käy läpi toistettavan analyysikoodin.

Virheitä tietenkin tapahtuu useinkin ja varmasti mistä tahansa tutkimuksesta joitain virheitä löytyy. Keskeinen kysymys onkin vaikuttavatko ne johtopäätöksiin. Tutkijaryhmän Hanna Ollilla kertoi minulle, että keskivirhelaskujen korjaamisen jälkeen heidän pääanalyysinsä tuottavat yhä merkitsevän tuloksen, eli virheen korjaus ei vaikuta tutkimuksen johtopäätöksiin. Preprintistä tullee lähitulevaisuudessa uusi versio, jossa virheet on korjattu.

Kolmas julkinen vertaisarviointi oli Markku Peltosen twiittiketju (ja englanniksi), jossa hän kommentoi tutkijaryhmän käyttämiä termejä. Perusajatus hänen kritiikkinsä taustalla oli, että kun tutkijat korjaavat meta-analyysissä eri tutkittujen ryhmien välisiä eroja, tämä pitää huomioida tulosten tarkastelussa ja siinä kuinka vahvoja johtopäätöksiä näiden pohjalta voi esittää - erityisesti siitä kuinka suurin hyöty oikean maailman tilanteessa maskeista on. Käsittääkseni tässä siis ei kritisoitu niinkään menetelmiä, vaan niistä vedettäviä johtopäätöksiä. (Kun itse kirjoitan vertaisarviointilausuntoja, kaikkein yleisin sisältö taitaakin olla, että nyt ovat johtopäätökset hieman pitkälle vietyjä.)

 

Julkisen vertaisarvioinnin hyvänä puolena on se, että arviointi tapahtuu mahdollisimman avoimesti. Kun tutkimuksen tulokset ovat merkittäviä ja kun tutkimusten tulosten perusteella tehdään kansalaisten elämään vaikuttavia päätöksiä, on hyvä myös nähdä tutkijoiden keskustelua aiheesta.

Julkisuuden huonona puolena on, että maallikon on vaikea hahmottaa sitä, kuinka merkittäviä kritiikit ovat. On vaikea tietää mikä kritiikki on kohtalokasta tuloksille ja mikä taas on hienovaraisempaa kritiikkiä. Lisäksi sosiaalisessa mediassa valitaan herkästi puolia: yleisesti ottaen eteenpäin jaetaan kritiikkejä, jotka vahvistavat omaa käsitystä, muttei jaeta kritiikkejä, jotka ovat omaa käsitystä vastaan. Laajempi konteksti katoaa tällöin helposti.

Lisäksi haastetta tuottaa vertaisarvioinnin lähtökohtainen hitaus. Monesti tutkimuksen tekijän ja vertaisarvioijan välillä kestää aikansa, että molemmin puolin ymmärretään, mitä toiset tarkoittavat. Esimerkiksi Peltosen twiiteistä lähti käyntiin paikoin hyvinkin omituinen keskustelu, jossa kesti aikansa, että osapuolet ymmärsivät mitä kukakin tarkoittaa.

Vastaavasti kritiikkiin vaaditaan vastausta saman tien. Hyvä esimerkki on alkuperäisen Summaryxin maskiselvityksen johtaneen Marjukka Mäkelän haastattelu Helsingin Sanomissa, kun tutkijaryhmän laskennallinen tutkimus oli juuri julkaistu. Tutkijaryhmän työ kesti pari kuukautta Summaryxin selvityksen julkistamisen jälkeen, mutta tämän jälkeen Mäkelää pyydettiin reagoimaan uuteen tutkimukseen muutamassa tunnissa. Mäkelän kommenteissa ei Helsingin Sanomien jutussa oikein ollut päätä eikä häntää, mikä ei yllätä, koska kommentteja vaadittiin niin nopeasti.

 

Mikä sitten avuksi? Miten julkinen tieteen vertaisarviointi voisi edistää yleistä ymmärrystä tieteestä ja tieteen prosesseista sekä tuottaa parempaa tietoa?

Ensinnäkin, tutkijoilta toivoisin laajempaa perspektiiviä tieteelliseen viestintään ja huomioimaan myös miten maallikot tulkitsevat vertaisarvioinnin. Maallikot ovat tässä hyvin laaja ryhmä, johon lasken myös keskeisiä päätöksentekijöitä, kuten lääkäreitä, viranomaisia tai poliitikkoja, jotka eivät tutkimuksen nyansseihin ehdi tai osaa paneutua. Tyypillisessä julkaisuprosessissa tapahtuvan vertaisarvioinnin rakenne toimii tähän oikeastaan hyvin: virheiden, puutteiden ja epäselvyyksien asettaminen kontekstiin on järkevää.

Jos tutkimuksesta löytää virheen, hyviin tapoihin kuuluu lisäksi sähköpostin lähettäminen itse tutkijoille. Tutkijat ovat kiireisiä ja harva heistä ehtii partioimaan Twitteristä omaan tutkimukseen kohdistuvaa kritiikkiä. Tällainen keskinäinen viestintä auttaa myös sulkemaan pois väärinymmärrykset. Tämä ei tietenkään sulje pois, etteikö epäilyksistään kerro myös julkisestikin: parasta julkisen keskustelun kannalta on, jos tutkijoiden välinen jäsennelty erimielisyys on helposti hahmotettavissa.

Toiseksi, yleisön kannattaa pitää tutkijoiden välistä keskustelua seuratessa pää kylmänä. Keskustelu tutkimuksista ei ole pikasprintti vaan maraton. Tutkimuksen kritiikin muotoilu, ymmärtäminen ja vastaaminen on rauhallista puuhaa, jossa ei kannata hätäillä. Se, ettei kritiikkiin heti vastata, ei välttämättä kerro mistään muusta mitään kuin, että tutkijat ottavat vakavasti kritiikin ja harkitsevat sitä tarkkaan.

Hyvä julkinen kritiikki on myös sellaista, että maallikotkin ymmärtävät kuin merkittävää kritiikki on. Jos et ihan ymmärrä, mikä kritiikin sisältö on, sitä ei välttämättä kannata jakaa eteenpäin. Tällaisissa tapauksissa voi esimerkiksi kysyä, että mitä kritiikki käytännössä tarkoittaa.

Kolmanneksi, medialla on hyvä asema luoda järkevää kokonaiskuvaa tutkimuksesta. Tähän liiittyy niin asianosaisten haastattelu kuin täysin tutkimuksen ulkopuolisten asiantuntijoidenkin haastattelu. He voivat luoda kontekstia siitä, mihin tutkimus asettuu tieteen kokonaisuudessa.

Kätevintä näissä ohjeissa on, että ne toimivat niin preprintteinä julkaistuihin tutkimuksiin, selvityksiin kuin jo julkaisusarjoihin vertaisarvioituihin julkaisuihinkin! 

 

Kommentit (0)

Palava ja kytevä hiillos. Kuva: Jon Sullivan / Wikimedia Commons

Taisin tuoda kevään keskusteluun sanan, joka on ollut yksi eniten poliittisia intohimoja herättäneistä.

Tämän päivän tiedotustilaisuudessa THL:n edustaja kuvaili Suomen tartuntatautitilannetta sanomalla, että epidemia supistuu, kuihtuu, laantuu ja vähenee. Tässä listauksessa silmiin pisti, että kielellistä luovuutta on käytetty, että saadaan vältettyä tukahtua-verbiä.

Kävin vinoilemassa tästä Twitterissä ja kollega kommentoi, että ”Tukahtuminen olikin huono, aiheettoman lopullisen oloinen sanavalinta, joka johti turhaan vastakkainasetteluun.”

Tämä pohdinta osuu lähelle. Tein oman osani popularisoidessani tukahduttaminen-sanan keväällä. Kun maaliskuussa kirjoitin Imperial Collegen tutkijoiden mallinnuksesta, käänsin heidän käyttämänsä suppress-sanan tukahduttamiseksi.

Sanakirja.org:in käännösvaihtoehdot suppression-sanalle.
Sanakirja.org:in käännösvaihtoehdot suppression-sanalle.

Tein tämän käännöksen samassa hengessä kuin aika monta muutakin käännöstä. Googlasin suppress, avasin sanakirja.orgin ja valitsin sieltä lupaavimman kuuloisen synonyymin.

Alani sanaston kääntäminen ei ole uusi tehtävänkuva. Juuri pohdimme lukion oppikirjaryhmän kanssa, että mitä lisääntymiseste oikein tarkoittaa, ja miten sitä pitäisi käyttää oppikirjatekstissä. Lisäksi olen kymmenen vuoden ajan ollut mukana biologiaolympialaisten Suomen työryhmässä ja kansainvälisen juryn jäsenenä. Juryn tärkein tehtävä on kääntää englanninkieliset alkuperäiset kysymykset suomeksi, jotta lukiolaisemme osaavat vastata kysymyksiin.

Pääsääntöni on, että hyvä käännös selittää itsensä, sen yhteys esimerkiksi englanninkieliseen alkutekstiin on selkeä ja se sointuu yhteen läheisten käsitteiden kanssa.

Tukahduttaminen oli mielestäni näistä vaihtoehdoista ehdottomasti toimivin. Ensinnäkään se ei kuulostanut lopulliselta, vaan tukahduttaminen mielestäni sisältää aina ajatuksen, että jokin jää kytemään. Sana ei kuulostanut sotaisalta. Lisäksi se oli aktiivinen verbi: epidemialle tapahtuu jotain meidän kollektiivisten toimiemme takia, emme ole vain ajopuita epidemiologian laineilla.

Suppress-sana ei ole vakiintunut epidemiologinen sana ja sen käyttö Imperial Collegen raportissa oli varmasti harkittua. Raportissa verrattiin kahtaa lähestymistapaa mitigationia ja suppressionia.

Epidemiologian sanastossa on kaksi vakiintunutta tartuntatautien hallinnan termiä: eradication ja elimination. Näistä eradication, joka on suomennettu vakiintuneesti juurimiseksi, tarkoittaa tartuntataudin poistamista koko maailmasta, ja elimination, jonka vakiintunut suomennos on eliminaatio, tarkoittaa tartuntataudin paikallista hävittämistä tai ainakin tapausmäärien laskemista hyvin matalalle tasolle niin ettei pysyvää leviämistä tapahdu. Pandemiakeskusteluissa käytetään lisäksi yleisesti mitigation-termiä, joka voi olla monimerkityksinen, muun muassa pandemian vaikutusten vähentämistä tai pandeemisen taudinaiheuttajan leviämisen hidastamista. Imperial Collegen raportti käytti jälkimmäistä.

Imperial Collegen tutkijat siis tarkoituksella käyttivät vakiintunutta käsitettä, mitigation, hidastaminen, ja ottivat käyttöön uuden termin, joka ei ollut vakiintunut. En tiedä tarkkaa syytä tälle, eivätkä hekään ole sitä avanneet. Oletan, että syynä on se, että elimination olisi ollut liian jäykkä: suppressioniin liittynee ajatus siitä, että tartuntaketjuista ei päästä kokonaan eroon, ne saadaan vain suhteellisen vähiin.

Kokonaisuudessaan ajattelin siis, että suomennoksena tukahduttaminen hoitaa hyvin tehtävänsä.

 

Vaatimattoman blogikirjoittelijan käännössanavalinnoilla ei sinänsä ole yksinään juuri mitään merkitystä, mutta tukahduttaminen lähti nopeasti laukalle. Sanaan tarttui niin media kuin poliitikotkin. Etenkin oppositiopoliitikot loivat tukahduttamisesta vastakohtaa hallituksen linjalle.

Hallitus oli haluton siirtymään ajatukseen, että koronavirusepidemia on tukahdutettavissa. Hallituksen viestinnässä korostui sana ”epidemian hidastaminen”, jonka yhdistän mitigation-käsitteeseen. Alunperin hallituksen ajatus oli, että epidemiaa ei pysäytetä, sitä vaan hidastetaan.

Myöhemmin hallitus siirtyi käyttämään käsitettä ”estää epidemian leviämistä”. Tämä on omituinen ratkaisu, koska estämisestä tulee mieleen infection prevention and epidemic control, jolla tarkoitetaan sitä tilannetta, että epidemiat pyritään kokonaan pysäyttämään ja niiden syntyminen estämään. Hallituksella oli tietenkin vielä ”hybridistrategia”, jolla tarkoitettiin sitä, että testauksen, jäljityksen ja eristyksen avulla pystytään poistamaan laajempia rajoituksia. Pääministeri Marin joutuikin selittelemään näitä linjauksia ja tällöin totesi, että hallituksen mielestä epidemia ei saisi edetä lainkaan.

Tukahduttamisesta tuli sangen ristiriitainen sana. THL:n asiantuntijat alleviivasivat, että tukahduttaminen on mahdotonta, kun taas monet tutkijat vaativat tukahduttamista. Tiedepaneeli kirjoitti tukahduttamisesta lainausmerkeissä. Loppujen lopuksi THL:n pääjohtajakin siirtyi tukahduttamisen kannalle, paitsi ettei sittenkään, vaan seuraavana päivänä korjasi, että tukahduttaminen on mahdollista vain lyhytaikaisesti, ei pidemmällä aikavälillä. THL:n asiantuntijat pitivät esillä ajatusta, että jos tapaukset Suomessa saadaankin nollaan, ulkomailta tulee uusia tartuntoja. Hetemäen raportissa mainitaan ”tukahduttaminen pysyvästi”, joka on jo pitkälle viety bastardisaatio tukahduttamisen alkuperäisestä ajatuksesta - siitä että tukahduttaminen on aina tasapainottelua matalan tapausmäärän kanssa.

 

Onko koko tukahduttaminen-sanassa siis enää mitään järkeä? Ehkä ei, poliittinen keskustelu on tuonut mukaan niin monta kerrosta erilaisia mielikuvia, että sanan merkityksestä on vaikea ottaa selvää. Tietenkin tukahduttaminen-sanasta kannattaa luopua, jos joku muu sana toimii paremmin. Luultavasti kenelläkään ei ole mitään erityisen vahvaa nostalgista kaipuuta pitää siitä kiinni.

Ainakin tämä kehitys on ollut tutkijalle hyvä kokemus siitä, miten nopeasti sanat politisoituvat ja muuttavat merkitystä. Siitä olen silti toistaiseksi vakuuttunut, että vastakkainasettelu syntyi muista syistä kuin sanan takia. Tukahduttaminen oli paras mahdollinen sanavalinta keväällä.

Sanoista ei ainakaan ole maailmassa pula ottaen huomioon, että viranomaiset ovat nyt kevään ja kesän aikana kuvanneet epidemiaa sanoin ei etene, kehittyy, rauhoittuu, hidastuu, supistuu, kuihtuu, laantuu, estyy ja vähenee.

Oma lempilmaisuni on tällä hetkellä ehdottomasti THL:n pääjohtajan Markku Tervahaudan käyttämä vetää nolliin.

Kommentit (1)

Mikroskooppikuva Leptospira-bakteereista. Kuva: Rob Weyant / Yhdysvaltain tartuntatautivirasto

Kuukausi sitten eläinlääkäriasemaketju Evidensia tiedotti, että syksyllä on havaittu kaksi leptospiroositapausta koirissa.

Leptospiroosi on Leptospira-suvun spirokeettibakteerien aiheuttama tauti, joka voi olla vaarallinen eläimelle tai ihmiselle. Suurin osa tartunnoista on lieviä ja parantuu itsestään. Arviolta kymmenen prosenttia tapauksista kuitenkin johtaa vakavampiin oireisiin, joihin voi liittyä munuaisoireita, aivokalvontulehdus ja verenvuotokuume.

Leptospiroositartuntoja on ihmisillä maailmassa vuosittain noin viidestä kymmenen miljoonaa, joka johtaa kymmeniin tuhansiin kuolintapauksiin. Leptospiroosin tautitaakka on ennen kaikkea tropiikissa ja Suomessa tauti on harvinainen. Ihmisillä esiintyy yksittäisiä tapauksia, todennäköisesti tropiikista saatuina tartuntoina. Samaten eläintartunnat ovat harvinaisia: hevosissa ja sioissa on löydetty muutamia vasta-ainepositiivisia yksilöitä, eli eläimillä on mahdollisesti jossain vaiheessa elämäänsä ollut tartunta. Koirilla tartuntoja on silloin tällöin, jälleen mahdollisesti ulkomailta saatuina tartuntoina.

Ihmisille tartunnat tuntuvat tulevan joko ammattitartuntana, jos ihminen käsittelee tartunnan saaneita eläimiä, tai vesiharrastuksista. Tietyillä alueilla esimerkiksi surffaajat ja melojat voivat saada tartunnan vedestä, jos he samalla saavat esimerkiksi haavan.

Leptospiroosia vastaan voi saada rokotuksen, mutta se antaa suojan vain osaan tartuntaa aiheuttavista Leptospira-lajeista. Lisäksi rokotteiden vaikutusaika on suhteellisen lyhyt.

 

Leptospiroositapaus herätti kiinnostukseni, koska ympäri maailmaa Leptospiran varastoisäntä, eli laji joka ylläpitää loista tai taudinaiheuttajaa, on yleensä jyrsijä, erityisesti rotta. Tropiikin tautitapaukset vaikuttavat liittyvän erityisesti ihmisten lähellä asuviin rottiin ja mustarottiin.

Leptospiroosia on useita eri lajeja ja kantoja ja osa niistä aiheuttaa vakavamman taudin, osa lievemmän. Nähtävästi lajien välillä on eroa kuinka helposti ne leviävät eri isäntälajeihin, mutta tätä ei tunneta hyvin.

Leptospira-bakteeri tuntuu liittyvän erityisesti kosteuteen. Se selviytyy ympäristössä kosteissa ympäristöissä ja tautitapaukset ihmisille liittyvät etenkin sateiden runsauteen. Tropiikissa Leptospira onkin kausittain esiintyvä siten, että se on yleisempi sadekauden aikana.

Ihmisen kasvattamista eläimistä koirat ovat hyviä saamaan leptospiroosin, koska bakteeri leviää muun muassa virtsan ja ulosteiden välityksellä. Koirat mielellään nuoleskelevat jyrsijöiden virtsajälkiä, mikä altistaa koirat tartunnoille. Siksi etenkin koirille suositellaan leptospiroosirokotusta.

Mielenkiintoista on, että Leptospira on suhteellisen yleinen rotilla ympäri maailman. Helsingin rottia on tutkittu ennen omaa tutkimushankettamme hyvin vähän, mutta Leptospira-prevalenssi on selvitetty vuosina 1951-52. Aimo Salmisen ja Veikko Rislakin tutkimuksessa Helsingin rotista noin 40 prosenttia kantoi Leptospiraa. Tämä luku vastaa Leptospiran yleisyyttä muuallakin maailmassa.

Yleisyydestään huolimatta Leptospira tarttuu melko harvoin pohjoisemmilla leveyksillä ihmiseen. New Yorkissa, joka on rottaisimpia kaupunkeja teollisuusmaissa, tapauksia on muutamia vuosittain. Vuonna 2017 rotista tarttui todennäköisesti kolme tapausta, joista yksi kuoli. Suomen lähialueilla tapauksia on enemmän kuin meillä: esimerkiksi Virossa ja Venäjällä leptospiroosi on paljon yleisempi ihmisissä ja kotieläimissä, vaikka rotissa Leptospira on yhtä yleinen.

Mikä sitten on syynä leptospiroositapausten määrän vaihteluun? Sitä on vaikea tietää, mutta se on luultavasti yhdistelmä sitä, että Suomessa ihmiset eivät juuri altistu rotille ja että täällä on riittävän kylmä bakteerin leviämiseen. Tosiasia on, että tiedämme hyvin vähän Leptospiran leviämistavoista.

Tutkimme juuri Helsingin rottanäytteistä Leptospiran yleisyyttä ja yritämme päästä vielä tarkemmin käsiksi siihen, mitä Leptospira-kantaa suomalaisilla rotilla esiintyy. Olemme saaneet tuholaistorjuntayhtiöiltä rotan raatoja, olemme irrottaneet näiden munuaiset ja nyt selvitämme kuinka monella rotalla löytyy munuaisista bakteeria. Tämän avulla pystymme arviomaan tarkemmin aiheutuuko niistä riskiä ihmisille tai eläimille Helsingissä.

Kommentit (0)

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014