Kirjoitukset avainsanalla tutkijan työ

Kuva: Kencf0618 / Wikimedia Commons

Helsingin Sanomien pääkirjoitustoimituksesta tulee mieleen valkoisen ylivallan edustajat tekemässä geenitestejä: tavallaan lämmittää mieltä, että tiede otetaan tosissaan, mutta vähän silti tuntuu väärältä, että tällaistako toimintaa tieteen kehitys mahdollistaa.

Kirjoitin muutama vuosi sitten valkoisen ylivallan edustajista, jotka tekevät geenitestejä selvittääkseen, että he ovat varmasti valkoisia. Ongelma tietenkin on, että noh, etenkin Yhdysvalloissa ei tarvitse mennä monta sukupolvea taaksepäin, kun itseään valkoistakin valkoisempana pitävien sukulinjoista löytyy viitteitä ei-eurooppalaisesta taustasta. Tällöin geenitestin tehneet ja menneisyydestään ei-valkoisuutta löytäneet rasistit aloittavat mentaaliakrobatian, jolla he sovittavat yhteen testin tuloksen ja tuntemansa varmuuden siitä, että he ovat ihan varmasti hyvin valkoisia.

Mentaaliakrobatian keskeinen osa, eli geenitestien tulkinta ja kritiikki, perustuu jälleen tieteelle: maallikot kritisoivat geenitestejä tismalleen samoin kuin tutkijatkin. Maallikko luottaa tieteeseen, ja kun tiede ei tuota haluttua tulosta, maallikko luottaa jälleen tieteeseen.

Tiede on nykymaailmassa niin hallitseva tapa selittää todellisuutta, ettei sillä oikein ole edes vaihtoehtoja. Jos haluaa selittää, miksi hopeavettä kannattaa käyttää tai hydroksiklorokiini on toimiva koronalääke, tieteen kieli ja käytänteet ovat oikeastaan ainoat tavat. (Tiede sanoo, että älä käytä ja ei ole.) Pseudotiedettä on niin paljon, koska tiede on niin merkittävä voima.

 

Viimeisimmässä kolumnissaan Helsingin Sanomien pääkirjoitusosaston pomo Saska Saarikoski selitti meille tavallisille kuolevaisille, miten tiede toimii. Kirjoituksen alussa on kappaleita, joista ei oikein voi olla eri mieltä. Sitten Saarikoski kirjottaa, että ”Keväällä 2020 suomalais­tutkijoiden valtavirta arvioi, ettei koronavirusta ole mahdollista tukahduttaa vaan sitä täytyy tyytyä jarruttamaan, kunnes päästään laumasuojaan joko sairastamalla tai rokottamalla.”

Hätkähdin.

Tässä kohtaa lienee hyvä mainita, että olen ollut mukana kirjoittamassa muutamia Eroon koronasta –ryhmän muistioita. Ennen kaikkea suhtaudun ”tukahdutus”-sanaan tietynlaisella lukkarinrakkaudella, koska se oli oma käännökseni englanninkielisestä suppression-termistä ja nähtävästi ensimmäisenä sitä Suomessa julkisesti käytin. (Ja kirjoitinkin jo vuosi sitten, kuinka politiikka vie sanat, kuten tukahdutuksen, mennessään.)

Suomalaista asiantuntijakatrasta ei ole missään vaiheessa gallupeilla hätistelty, mutta sen valtavirta ei ole varmasti missään lähelläkään sitä paikkaa, missä Saarikoski sen ajattelee olevan. Totuus kuitenkin on, että Suomessa on koronavirusepidemiaa tukahdutettu, ei "jarrutettu" - on se sitten tapahtunut vahingossa tai tietoisesti. Lopputuloksena koronavirustartunnan on saanut tähän mennessä joitain prosentteja suomalaisista.

Se on ilmiselvää, että Suomen linja, puhutaan sitten hallituksesta tai terveysviranomaisista, on kehittynyt jatkuvasti ja jatkaa kehittymistään. Eikä tämä linja ole ”tieteellinen”, vaan se on jonkinlaisten arvopäätelmien lopputulos, johon tullaan poliittisella harkinnalla.

Samalla tavoin terveysviranomaisten suositukset ja poliitikkojen päättämät rajoitukset ovat poliittisella harkinnalla tasapainoittelua. Tutkimuksesta tiedettiin jo ennen koronaapandemiaa, että ihmisen tuottamat aerosolit ja pärskeet jäävät maskeihin. Avoin kysymys puolestaan oli, että miten maskisuositus vaikuttaa tartuntatautien leviämiseen. Tämän takia, terveysviranomaiset joutuvat sitten punnitsemaan, miten fysikaalinen tieto maskin toiminnasta taipuu suosituksiin väestölle. Näissä sitten näkyy paikalliset viehtymykset: siinä missä Itä-Aasiassa tämä ei ollut varsinaisesti vaikea kysymys alkaa suosittaa maskeja, Pohjois-Euroopassa viranomaiset kipuilivat enemmän.

Perusongelma kuitenkin on tieteentekijöiden helmasynti, eli poteroihin kaivautuminen. Se, että tiede liikkuu vakaasti kohtia parempaa ja luotettavampaa tietoa ei tarkoita missään nimessä, että yksittäiset tutkijat kulkisivat sitä kohden. Max Planck kuuluisasti lausahti, että tiede edistyy hautajaiset kerrallaan. (Fun fact: tämä tuntuu tutkimuksen mukaan pätevän ainakin elämäntieteiden aloilla!)

Tutkijalla on monesti luksuriöösi tilanne, jossa ei tarvitse muuttaa mielipidettään, koska tutkijan ei tarvitse tehdä päätöksiä. Poliitikon tai viranomaisen puolestaan pitää elää juurevasti todellisuudessa, koska he tekevät oikeita päätöksiä. Paradoksaalisesti tutkijalle mielipiteen muuttaminen ei olisi suuri juttu, koska ääneenlausuttuun tieteen luonteeseen kuuluu erehtyminen ja korjaaminen. Poliitikon ja viranomaisen rooliin kuitenkin kuuluu oikeiden päätösten tekeminen, joten heidän pitää enemmän esittää olleensa oikeassa.

Tästä kuviosta syntyy hämmentävä suomalaisen koronastrategian lopputulos, jossa tutkijoiden mielipiteet eivät ole kovinkaan paljon muuttuneet. Sen sijaan Suomen koronastrategia on muuntunut lähes täysin, mutta sen nimi on pysynyt lähes koko ajan samana.

 

Valkoisen ylivallan edustajien geenitestejä tutkinut Aaron Panofsky käyttää geenitestin tuloksen tulkinnasta ja rationalisoinnista termiä bricolage, askartelu. Claude Lévi-Straussin kehittelemä käsite kuvaa henkilöä, joka työskentelee sillä, mitä on saatavilla. Lévi-Strauss asettaa askartelijan vastakohdaksi insinöörin, joka yrittää ylittää ympäristön rajoitteet esimerkiksi luomalla uusia työkaluja. Aaron Panofsky esittää, että geenitestejä tekevät ja parhain päin selittävät kansalaiset ovat bricoleurejä, jotka käyttävät niitä välineitä, joita on olemassa luomaan uutta rasistista versiota ihmisten populaatiogenetiikasta ja rodullistamisesta. 

Jacques Derridaa mukaillen olemme kaikki oman elämämme bricoleurejä. Tätä askartelua joutuu harrastamaan esimerkiksi terveysviranomaiset, jotka rajallisella tiedollaan pyrkivät luomaan toimivia ratkaisuja. Mutta askartelevat kansalaisetkin: maailmassa, jossa tietoa on tarjolla yhä enemmän ja se leviää yhä nopeammin, askartelulle tulee koko ajan enemmän mahdollisuuksia ja tilaa. Ja katso, internetin ihmeelliset keskustelukanavat yhdistettynä tiedon jatkuvalla kasvulla tuottavatkin yhä ihmeellisempiä ajatusaskartelmia.

 

Yhdistän tutkimukseeni melko paljon kansalaistiedettä, koska näen sen olennaisena osana toisaalta yleistä tiedekasvatusta ja toisaalta pidän tiedon demokratisointia tärkeänä. Kuitenkin esimerkiksi rasistien geenitestiharrasteet ovat selkeästi juuri tätä tiedon demokratisointia. Yhdysvaltalaisissa tutkimuksissa on havaittu, että vahvimmin kreationistisesti ajattelevilla on keskimäärin parempi luonnontieteellinen osaaminen kuin heikommin kreationistisesti ajattelevilla. Miten tutkija voi nukkua yönsä rauhassa, jos hän työnsä kautta voimaannuttaa rasisteja tai muita, jotka eivät jaa yhteiskunnan valtavirran arvomaailmaa? Tutkija käyttää sangen voimakasta asetta, tieteen selitysvoimaa, jolla askartelemalla voi saada myös tuhoa aikaan.

Tieteellisen tiedon ja tieteellisten työkalujen käytöstä käydään metapoliitista taistelua. Esimerkiksi valkoisen ylivallan kannattajien diskurssissa otetaan käyttöön tieteellisiä työkaluja ja niin käyttämiä tuloksia, mutta haastetaan niiden tulkintaa. Kun käsitteitä otetaan haltuun ja muokataan omaan käyttöön, pyritään mielipideilmaston muokkaamiseen. Tässä siirrytään maaperälle, jossa tieteentekijät eivät ole yleensä omimmillaan. Kyllähän tutkijatkin ovat kasvaneet väittelemään tulostensa tulkinnasta, mutta tutkijoita koulutetaan suhtautumaan epäileväisesti ideologioihin ja mihin tahansa mikä voisi järkyttää tutkimuksen objektiivisuutta - tai ainakin siitä vaivalla rakennettua objektiivisuuden mielikuvaa.

 

Tutkijoiden mukaan rodut eivät ole biologisesti määräytyneitä, vaan sosiaalisesti. Tutkijat myös suhtautuvat nihkeästi geenitestien määritelmiin ihmisten alkuperästä. Mielenkiintoisesti geenitestejä tekevien rasistien tavoitteena on tieteellisin työvälein luoda varmuutta maailmasta: varmuutta siitä että rodut ja rotujen väliset erot ovat biologisia ilmiöitä, jotka perustuvat geneettisiin eroihin. Tämä varmuuden luonti on vastakkaista kuin esimerkiksi Naomi Oreskesin ja Erik Conwayn kirjassaan Merchants of Doubt kuvaama prosessi, jossa tupakka- ja öljyteollisuus on panostanut paljon rahaa siihen, että he luovat epävarmuutta siitä, mikä on tieteellinen konsensus esimerkiksi tupakoinninvaaroista ja ilmastonmuutoksesta.

Tieteellinen epävarmuus ja varmuus ovat merkittäviä tekijöitä, koska niiden perusteella voidaan hyvin voimakkaasti perustella uusia toimia tai sitä että toimiin ei tartuta. Epävarmuuden luominen oli siksi hyvin tehokas työkalu tupakkateollisuudelle: tupakan käyttöä ei voinut rajoittaa yhtä tehokkaasti, jos tupakan vaarasta ei kerran ollut yksimielisyyttä.

Asiantuntijan yksi tärkeimmistä rooleista on tietenkin tunnistaa varmuuksia ja epävarmuuksia. Helsingin Sanomien pääkirjoituksissa koronaan liittyvä epävarmuus on viime aikoina näyttäytynyt eräänlaisena muistutuksena: maskisuositusten tehossa on paljon epävarmuutta ja että long covidista kärsivien määrää on vaikea arvioida. Etukeno on vahvaa, kun asiantuntijan esitystä tulkitaan: "Täysin epävarmalla pohjalla on myös asiantuntijaryhmän puheenjohtajan Risto Roineen esittämä arvio. --  Pitkän covidin yleisyydellä ei kuitenkaan ole näillä tiedoin asiallista pelotella." Professorin myöntämä epävarmuus (tulos) kääntyy nopeasti syyksi olla toimimatta (tulkinta). 

 

Surullisin episodi Helsingin Sanomien toimituksen tiedekirjoituksissa on viime keväältä, kun Saska Saarikosken kirjoitusta tulkittiin ihmis- ja humanistisia tieteitä vähätteleväksi: "Mitä kauemmas tieteen ytimestä edetään yhteiskunnallisille, humanistisille ja lopulta taiteellisille aloille, sitä vähemmän akateemisessa kilpailussa on empiriaa ja sitä enemmän ideologiaa", pääkirjoituksessa kirjoitettiin. 

Tätä pätkää on hyvin vaikea tulkita millään muulla tavalla kuin että Pohjoismaiden suurin päivälehti laittaa tieteenalat järjestykseen siten, että mikä on lähempänä ydintä ja mikä on puolestaan reunamailla. Hesarin kommenttijutussa Esa Väliverronen yhdistää tämän ajatuksen yleiseen populistiseen ja äärioikeistolaiseen retoriikkaan. Uskallan jopa ehdottaa, että Helsingin Sanomat lähti tässä - tietoisesti tai tietämättään - metapoliittiseen peliin, jossa osaltaan normalisoidaan ajatusta tieteen vasemmistolaisesta eetoksesta.

Yliopistoväki suuttui tökeröstä kirjoituksesta ja Hesarin päätoimittaja Kaius Niemi kuin Saarikoskikin pahoitteli kirjoitusta. Saarikoski tulkitsi tilannetta: "Ehkä syytä voi hakea siitä, että osa yliopistoväestä tuntuisi olevan jatkuvassa hälytystilassa ympärillään aistimansa tiedevastaisuuden takia. Googlen avulla meistä kaikista on tullut eksperttejä: epidemiologeja, perustuslakijuristeja, sukupuolentutkijoita tai muuten vain besserwissereitä. Rakentavaan kritiikkiin liittyy myös pahan­tahtoista asiantuntijavihaa."

Saarikosken tietoinen tavoite on laajentaa Helsingin Sanomien pääkirjoitusten aihepiirejä esimerkiksi akateemiseen tutkimukseen. Tässä on tietenkin selkeästi nähtävissä ja ehkäpä myös pääkirjoituksissa on tunnistettavissa google-ekspertiisin uhka. Vaarana tietenkin on, että askartelijalle tiede on ennemmin taipuva työkalu tavoitteiden saavuttamiseen kuin opas oivaltaviin ratkaisuihin.

 

Mikä sitten avuksi? Onko tiede tuomittu ikuiseen syöksykierteeseen kohti yhä politisoituneempia keskusteluita? Joutuvatko tutkijat olemaan jatkuvasti varpaillaan, että nyt tutkimusalaani väärinkäytetään? Onko Helsingin Sanomien pääkirjoitustoimituksen kannanotot ansiottomia google-askarrelmia tästä ikuisuuteen?

Minulla kehitysuskoa riittää vaikka muille jakaa, enkä halua yhtään lähteä synkistelyn polulle. Tiede toimii, vaikuttaa ja muuttaa maailmaa. Ihmiset luottavat tieteeseen ja tieteesä pidetään. Tieto mahdollistaa rationaalisen toiminnan - silloinkin kun se ei ehkä tutkijoiden silmiin vaikuta rationaaliselta.

Keskiöön nostaisin avoimuuden ja kriittisyyden. Avoimuus siitä, millä arvoilla tutkijat toimivat. Arvoilla en tarkoita sitä, että pohditaan kuka on kulttuurimarksisti ja kuka on piilofasisti tai ehkä -natsi. Tarkoitan lähinnä sitä, että tutkijat ymmärtävät arvojensa merkityksen omalle tutkimukselleen. Pohdintaa ja keskustelua näistä voisi käydä yhä enemmän.

Arvot korostuvat erityisesti, kun tiedettä käytetään rukkasena, jolla erilaisia näkökulmia perustellaan. Asioiden sanominen suoraan on yleensä paras ratkaisu, kun kantaa otetaan.

Laajat metapoliittiset kiistat ovat todellakin laajoja. Tutkijat eivät voi yksin tai edes joukolla taistella tuulimyllyjä vastaan. Paras ratkaisu yhteiskunnallisen keskustelun vellomiseen on osaltaan toimia niin, että kansalaisilla on hyvä käsitys tieteestä ja tieteen tekemisestä. Jos kansalaiset voivat hyökätä tutkijaa kohtaan, he voivat aivan yhtä hyvin myös puolustaa tutkijaa.

Kun arvot, tiedon luonne, tieteellisen tutkimuksen luonne, epävarmuus ja tiedon käyttö nousevat keskeisiksi teemoiksi, ”kaukana tieteen ytimestä” olevat yhteiskunnalliset, humanistiset ja taiteelliset alat ovat yllättäen ytimessä.

Kommentit (23)

Mansehwar
3/23 | 

Editorial editing has seen several changes over the time especially with the advent of online journalism. However this article is very useful 

Ahmed Sayeed
6/23 | 

kannanotot ansiottomia google-askarrelmia tästä ikuisuuteen?

Minulla kehitysuskoa riittää vaikka muille jakaa, enkä halua yhtään lähteä synkistelyn polulle. Tiede toimii, vaikuttaa ja muuttaa maailmaa. Ihmiset luottavat tieteeseen ja tieteesä http://www.canalisationengorgee.fr/  pidetään. Tieto mahdollistaa rationaalisen toiminnan - silloinkin kun se ei ehkä tutkijoiden silmiin vaikuta rationaaliselta.

Keskiöön nostaisin avoimuuden ja kriittisyyden. Avoimuus siitä, millä arvoilla tutkijat toimivat. Arvoilla en tarkoita sitä, että pohditaan kuka on kulttuurimarksisti ja kuka on https://www.vincentlevi.com/  piilofasisti tai ehkä -natsi. Tarkoitan lähinnä sitä, että tutkijat ymmärtävät arvojensa merkityksen omalle tutkimukselleen. Pohdintaa ja keskustelua näistä voisi käydä yhä enemmän.

Arvot korostuvat erityisesti, kun tiedettä käytetään rukkasena, jolla erilaisia näkökulmia perustellaan. Asioiden sanominen suoraan on yleensä paras ratkaisu, kun kantaa otetaan.

Laajat metapoliittiset kiistat ovat todellakin laajoja.   https://fraisiachris.fr/ Tutkijat eivät voi yksin tai edes joukolla taistella tuulimyllyjä vastaan. Paras ratkaisu yhteiskunnallisen keskustelun vellom

james
7/23 | 

Great post. Articles that have meaningful and insightful comments are more enjoyable, at least to me. It’s interesting to read what other people thought and how it relates to them or their clients, as their perspective could possibly help you in the future.

jeff kona
8/23 | 

Tuoreet tutkimukset osoittavat, kuinka yhdistämällä https://www.777casinoenligne.net/  aivotutkimuksen ja säätieteiden aineistoja toisiinsa sekä hyödyntämällä datatieteiden analyysimenetelmiä, löydetään kiinnostavia tutkimustuloksia. vaikuttavat eri tavoin ja yksilöllisesti ihmisen toimintakykyyn ja terveyteen. Listalle kuuluvat https://www.aplusonlinecasinos.com/  myös sää ja vuodenaTuoreet tutkimukset osoittavat, kuinka yhdistämällä aivotutkimuksen ja säätieteiden aineistoja toisiinsa sekä hyödyntämällä datatieteiden analyysimenetelmiä, löydetään kiinnostavia tutkimustuloksia. vaikuttavat eri tavoin ja yksilöllisesti ihmisen toimintakykyyn ja terveyteen. https://incinerateurdejardin.com/ Listalle kuuluvat myös sää ja vuodenaTuoreet tutkimukset osoittavat, kuinka yhdistämällä aivotutkimuksen ja säätieteiden aineistoja toisiinsa sekä hyödyntämällä datatieteiden analyysimenetelmiä, löydetään kiinnostavia tutkimustuloksia. vaikuttavat eri tavoin ja yksilöllisesti ihmisen toimintakykyyn ja terveyteen.  https://www.bettingster.com/ Listalle kuuluvat myös sää ja vuodena

Vierailija
14/23 | 
Henry Anderson
18/23 | 

Statistics is not only a mere branch of mathematics but also regarded to be an advanced version in the world of mathematics. The writers working in Statistics assignment help use their creative prowess to make the assignments cent percent original. Therefore, the assignments produced by Statistics assignment help have never ever been accused of plagiarism. Our experts are dealing with data and rescuing students globally for the last 6 years.

Statistics Assignment Help

https://onlineassignmentwriter.com/assignment/statistics-assignment-help

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sars2-koronavirus elektronimikroskopiakuvassa tunkeutumassa ulos viljellyistä soluista. Kuva: NIAID / Wikimedia Commons

Kansalaiset ovat kohta vuoden ajan seuranneet erilaisia mallinnuksia, skenaarioita ja simulaatioita koronaviruksen etenemisestä. Koronapandemian etenemistä on ennustettu erilaisin aikavälein tulevaisuuteen: päivinä, viikkoina, kuukausina ja rohkeimmat jopa vuosina.

Oman jännityksensä lisää, että tämän hetken tilanteen ymmärtäminenkin vaatii ennustamista. Koska kaikki epidemian etenemistä kuvaavat mittarit toimivat hieman myöhässä – testitulokset päiviä, sairaalatapaukset pari viikkoa ja kuolemat kuukauden – on vaikea hahmottaa, missä milloinkin ollaan, puhumattakaan siitä mihin suuntaan tilanne on kehittymässä. Englanniksi käytetään termiä nowcasting (vrt. forecasting) kuvaaman nykyhetken ennustamista.

Tähän mennessä ainoat ennusteet, joita päivittäisessä elämässä ihmiset ovat tottuneet seuraamaan, ovat sääennusteita. Sääennuste vastaa kysymyksiin, että miten pukeutua ulos lähtiessä, kannattaako lähteä veneilemään ja saako sytyttää avotulen. Säässä ja koronaviruksessa on kuitenkin yksi merkittävä ero: se, pakkaatko mukaasi sateenvarjon aamulla, ei vaikuta todennäköisyyteen sataako seuraavina päivinä. Koronaviruksen osalta varautuminen ja varominen puolestaan estää viruksen leviämistä.

Pandemian alkuvaiheessa mallinnukset pyrkivät vastaamaan kahtalaiseen kysymykseen: kuinka vaarallinen tauti on ja koska ja paljonko se tulee vaatimaan sairaalan hoitopaikkoja. Alkuvaiheen jälkeen, kun tajuttiin, ettei tautia voi päästää kulkemaan väestön läpi, koska hoitopaikat eivät yksinkertaisesti riitä, on keskitytty arvioimaan, että mikä tilanne on tällä hetkellä ja leviääkö vai supistuuko epidemia – ja miten vastaavasti politiikkatoimia voidaan säätää.

Mallien ja uusien mallinnuksien tulkitseminen on kuitenkin ollut aika haparoivaa läpi koko pandemian.

 

Mallit ovat yksinkertaistuksia maailmasta: kuvauksia siitä miten mielestämme maailmaa voidaan kuvata mahdollisimman kattavasti mutta myös mahdollisimman kevyesti. Tavoittelemme parsimoniaa, optimaalista selitystä siten että se kattaa mahdollisimman paljon ilmiöstä tiiveimmällä tavalla. Se, kuinka kattava selitys oikein voi olla, riippuu siitä minkälainen ilmiö on. Biologeille on riemuvoitto jos kymmenyskin ilmiössä havaittavasta vaihtelusta voidaan selittää muuttujilla.

Mallien luonteesta ja niiden käytöstä päätöksenteosta ovat jo ansiokkaasti kirjoittaneet esimerkiksi Sofia Blanco Sequeiros ja Lari Hokkanen Tiede ja Edistys -lehdessä ja Jaakko Kuorikoski ja Samuli Reijula Alusta-verkkolehdessä, joten näihin kysymyksiin en mene tarkemmin. Menen sen sijaan tarkemmin siihen, miten itse tulkitsen ja lähestyn tautien leviämiseen liittyviä malleja. Oma näkökulmani on kahtalainen: toisaalta opettajankouluttajan, jota kiinnostaa se, mitä malleilla tehdään ja miten niillä ymmärretään todellisuutta, ja toisaalta tautiekologin, joka pyrkii ymmärtämään sitä, miten loiset ja taudinaiheuttajat leviävät populaatiossa.

 

Jokaisella meillä on oma mallimme siitä, miten koronavirusepidemia leviää. Se voi olla hämärä, omituinen ja epäselvä, mutta siellä omassa kallossamme se malli kyllä lymyilee, vaikka sitä ei koskaan lausuttaisi julki tai kirjoitettaisi paperille. Malli voi koostua omituisista muuttujista ja sen parametrit voivat olla kaukaa haettuja, mutta siellä se on.

Tieteellisessä käytössä pyrimme muodollisiin malleihin. Kirjaamme ylös alkuoletuksemme, jonkinlaisen kuvauksen siitä, miten epidemia ajassa ja paikassa etenee ja tarkkailemme sitten lopputulosta.

Kun toimimme vajaalla tiedolla, alkuoletuksissa on paljon epävarmuutta ja vastaavasti mallin tuloksetkin ovat monin tavoin epäluotettavia. Silloin itse kiinnitän enemmän huomiota siihen, mitä alkuoletuksia mallissa on tehty, koska ne kertovat mallin tekijöiden tilannekuvasta.

Viime maaliskuun loppupuolella käytin työajastani merkittävän osan vastatessani toimittajien kysymyksiin, että miksi THL:n mallinnuksessa ja Imperial Collegen mallinnuksessa sairaanhoitoa vaativien ja kuolleisuuden lukumäärissä on kertaluokkaa oleva ero. Näihin kysymyksiin voin vain vastata, etten tiedä, koska THL ei julkistanut mallinnuksiensa perusteita. Imperial Collegen mallista tiesimme tarkalleen, koska he olivat julkaisseet tutkimusraporttinsa, mutta THL:n puolelta tällaisia ei tullut.

”Tutkijana en voi luottaa malliin, jonka alkuoletuksia en tunne”, kerroin eräälle toimittajalle.

Helsingin Sanomien jutussa avattiin eroa kirjoittamalla, että ”THL:n ylilääkäri [Tuija] Leino sanoo, että Imperial Collegen arvio perustuu ajatusvirheelle.”

Tässä olemme nyt mallien ytimessä: ajatusvirhe tarkoittaisi, että mallissa on jotain pielessä. Valitettavasti tämä lausahdus ei avaa enempää, että mikä siinä on pielessä. Koska emme tunteneet THL:n mallia, emme edes pystyneet päättelemään mitä he mallinsivat eri tavoin.

Mielenkiintoisen tilanteesta tekee myös, että kertaluokan ero viruksen vaarallisuudessa on suunnaton. Se tarkoittaa, että joko suomalaisten tai sitten eurooppalaisten terveysviranomaisten tilannekuva on täysin vinksallaan. Mallinnusten teko pakotti tämän eron näkyviin.

 

Se, mitä THL:n mallintajat oikein helmi-maaliskuussa tekivät, onkin vaikeampi operaatio saada selville, mutta näin vuotta myöhemmin siitä on saatu jonkinlainen kuva. Se on vaatinut aika monta tietopyyntöä.

Open Knowledge Finland teki toukokuussa tietopyynnön näistä malleista THL:lle ja saikin tammikuussa tukun kooditiedostoja. Valtioneuvosto linjasi jo toukokuussa, että nämä pitäisi julkaista avoimen tieteen periaatteiden mukaan, mutta se ei ole valitettavasti mahdollista, koska tekijänoikeusasiat ovat vielä THL:n puolella hieman levällään. Koodit saanee pyytämällä niitä THL:n kirjaamosta, mutta niitä ei saa siis julkaista.

Olen kahlannut läpi koodeja ja jonkinlainen tarina alkaa hahmottumaan. Hieman kokonaisuuden hahmottamista vielä vaikeuttaa, että tiedostot eivät vaikuta täysin vastaavan niitä, joista kevään mallinnusseminaareissa puhuttiin. Mallinnuskoodeista ei ole nähtävästi tehty minkäänlaista versiokontrollia, eikä sen suuremmin pidetty kirjaakaan, joten vaikea tietää ja hahmottaa kokonaisuutta.

THL:n koodista pystyy kyllä päättelemään, mikä oli suomalaisen mallinnuksen lähtökohta. Siinä oletettiin, että Wuhanin epidemia ei pysähtynyt tiukkoihin rajoituksiin, vaan että epidemia oli kulkenut Wuhanin väestön läpi. Havaitsemattomien tartuntojen määrä sitten sovitettiin tähän oletettuun taudin etenemiseen. Tämä sopii yksiin hieman kryptisten viime kevään THL:n mallinnusseminaarien kanssa. Itse asiassa, parhaiten tämän mallioletuksen jäljille pääsi Antti Viitala jo viime kesällä, kun hän oli salapoliisityönä yhdistellyt THL:n excel-tiedostojen lukuja.

Tämä oli se merkittävä ero Imperial Collegen mallin ja THL:n mallin välillä: Imperial College esimerkiksi käytti mallinnuksessaan Diamond Princess -risteilyaluksen tartuntatietoja ja arvioi Wuhanin tapausmääriä kaupungista lentäneiden havaittujen tartuntojen perusteella. Kiinalaiset tutkimukset paljastivat, että tartunnan oli Wuhanissa saanut noin viisi prosenttia väestöstä. Tämä on linjassa englantilaisten tutkijoiden mallinnusten kanssa, mutta kertaluokkaa vähemmän kuin THL:n mallinnuksessa.

Ajatusvirhe oli siis THL:n päässä, mutta koska mallin perusteet eivät olleet tiedossa, sitä ei havaittu, kun vasta tilanne oli jo ohi. Ajatusvirhe taisi korjaantua vasta huhtikuun lopussa, kun ensimmäiset väestöserologiset tutkimukset paljastivat, että keväällä 2020 Suomessa tartunnan saaneiden määrä oli kertaluokkaa pienempi kuin THL oletti. Tämä ei estänyt sitä, että vielä ns. Hetemäen raportissa oli harhainen epidemiologinen tilannekuva.

 

THL on viime keväästä parantanut juoksuaan. Tällä viikolla esiteltiin taas uusia mallinnuksia, jotka ylittivät taas uutiskynnyksenkin. Näiden mallinnusten lähdekoodi on julkaistu ja saatavilla THL:n internetsivuilla, joten ne ovat selkeästi nähtävillä. Olennaista mallien tulkinnan kannalta on, että lähtöoletuksena on hybridistrategian mukainen toiminta tästä eteenpäin.

(Hassua kyllä, ainoa oletus, jonka perustaa en ole saanut selville, on sama kuin viime vuoden keväälläkin: kuinka suuri osuus tapauksista jää havaitsematta. THL:n mallit olettavat, että tällä hetkellä tunnistetaan noin 21 prosenttia kaikista tartuntatapauksista. Onhan se ainakin huomattavasti enemmän kohdalla kuin kevään 0,8 prosentin oletus.)

Siinä missä viime vuonna mallinnuksia luettiin ennustuksina ja uutisissa keskityttiin mallinnusten tuloksiin (”Epidemia kestää ainakin heinäkuuhun”), nykyään ei enää tunnuta kiinnittävän huomiota itse mallinnusten tuloksiin. Heiluri on heilahtunut nyt hämmentävänkin paljon toiselle puolelle. Tämä oli erityisen näkyvää uusimmissa mallinnuksissa, joiden tulokset ovat aika kylmääviä, mutta tämä ei noussut esille uutisoinnissa. Mallinnuksen tuloksien esittelyssä on epäilemättä oma vaikutuksensa: tutkijat eivät tässä tapauksessa avanneet, että mallinnus perustuu suomalaisen epidemianhallinnan valintoihin.

THL:n uusimmissa mallinnuksissa on siis tarkasteltu, miten hybridistrategian kevät etenee samalla kun maahan leviää nopeammin leviävää virusmuunnosta. Tulokset ovat aika selkeä tuomio strategialle: joka skenaariossa koronavirus alkaa leviämään ennemmin tai myöhemmin pahemmin kuin missään vaiheessa epidemiaa aikaisemmin. Tähän on tietenkin looginen syy: B.1.1.7-virusmuunnos tulee yleistymään ja koska se leviää paremmin, epidemian hillintä tulee vaatimaan enemmän rajoituksia.

Uusimmat mallinnukset siis osoittavat sen, että jossain vaiheessa kevättä vastaan tulee tilanne, joka vaatii tiukemmat rajoitukset kuin missään vaiheessa aiemmin tämän epidemian aikana, eli ns. lockdown - jos siis pidämme kiinni mallin ennakko-oletuksista. Merkittävää on se, kuinka nopeasti B.1.1.7 alkaa leviämään - ja tämä määrittyy pitkälti siitä kuinka tehokkaasti rajavalvonta ja tehokkaampi tartunnanjäljitys on sitä rajoittanut. Rokotteita ei ole mallinnuksessa huomioitu ja ne voisivat osaltaan helpottaa tilannetta, mutta nykyisellä rokotusvauhdilla hyöty on rajallinen.

Hybridistrategia näyttää THL:n mallinnuksen perusteella olevan ajan peluu -strategia, jossa toivotaan, että B.1.1.7 leviää hitaammin kuin rokotteet toisesta päästä helpottavat tilannetta. Jäämme jännittämään, kannattaako tämä strategia.

Kommentit (11)

Sophia Alice
3/11 | 

Assignment Experts Singapore planning and submitting tasks and articles before the cutoff time is a difficult one to figure out. It takes extraordinary commitment.
Consider the possibility that, you don't have much homework help Australia. Imagine a scenario where, you have arranged things that are conflicting with your courses.

Sophia Alice
4/11 | 

Essay Helper Singapore planning and submitting tasks and articles before the cutoff time is a difficult one to figure out. It takes extraordinary commitment.
Consider the possibility that, you don't have much homework help Australia. Imagine a scenario where, you have arranged things that are conflicting with your courses.

https://www.gotoassignmenthelp.com/sg/experts/

Otis Anderson
11/11 | 

We understand the deadlines, and we also understand that teachers and professors sometimes simply cannot wait. Send us a request "write paper for me" and we will write academic paper in time. Always specify the deadline.

Tähän mennessä sekvensoitujen noin 700 suomalaisten koronavirusnäytteiden sukupuu

Viime viikon sosiaali- ja terveysministeriön ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen tiedotustilaisuudessa Olli Vapalahti hieman ohi mennen sanoi: ”Syksyn kannat poikkeavat aika lailla siitä mitkä meillä kiersivät keväällä, jotka sitten varmaan hiipuivat pois.”

Tämä kuulosti mielestäni oleelliselta: keväällä Suomessa kiersi useita viruskantoja ja nämä sitten tukahdutettiin. Syksyksi olimme kuitenkin saaneet ulkomailta uudet kannat, jotka sitten muodostivat syksyn virusaallon.

Onneksi muutamia satoja suomalaisia virussekvenssejä on nyt saatu kansainväliseen GISAID-tietokantaan, joten asiain tola on helppo todeta aineistosta. Osasta suomalaisista koronavirustartunnoista on siis selvitetty niiden aiheuttaneen viruksen geenisekvenssi, eli perimän emäsjärjestys. Koronaviruksen perimä koostuu yksijuosteisesta RNA-ketjusta, jossa on hieman alle 30 000 emästä. Viruksen perimässä tapahtuu hitaasti, mutta varmasti, muutoksia eli mutaatioita. Keskimäärin niitä syntyy noin kaksi kappaletta kuukaudessa. Tämän takia pystymme vertailemaan eri virusnäytteitä ja päättelemään niiden välisiä sukulaisuuksia.

Tein nopean analyysin suomalaisista virussekvensseistä ja se tuki vahvasti Vapalahden väitettä: kevään ja syksyn viruskannat ovat hyvin erilaisia ja syksyn viruskantojen lähimmät sukulaiset ovat ulkomailta havaittuja viruksia.

Päätelmä kuitenkin selkeästi herätti epäilyksiä. Esimerkiksi Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen tutkimusprofessori Markku Peltonen oli Twitterin puolella hyvin kriittinen: ”En ymmärrä miten tällaiseen johtopäätökseen voi päätyä näillä sekvenssimäärillä.” Muista tutkijoista esimerkiksi Annamari Heikinheimo ja Mikael Niku suhtautuivat kriittisesti, että miten muutamalla sadalla selvitetyllä sekvenssillä voidaan tehdä päätelmiä, jos tartuntoja on kokonaisuudessaan kymmeniätuhansia.

Ehkäpä siis on syytä aukaista koko prosessia: kirjoitan tässä blogissa ensiksikin siitä, (I) miten sekvenssitietoa voidaan analysoida, sitten siitä (II) mitä sekvenssitiedosta voidaan yleisesti päätellä ja tarkemmin (III) mitä Suomen virusnäytteistä voidaan päätellä. Jos tekniset yksityiskohdat eivät kiinnosta, voit siis hyvin hypätä ensimmäisen osan yli.

Taustaksi on hyvä ymmärtää, että SARS-CoV-2 -koronavirus on sekvensointimääriltään parhaiten tutkittu taudinaiheuttaja. Vuodessa kansainvälisesti sekvensoitujen virusten määrä on yli 300 000 ja Suomessakin virusta on sekvensoitu satoja näytteitä. Liikumme siis koronaviruksen evoluution kanssa niin vankalla pohjalla kuin taudinaiheuttajan kanssa ylipäänsä voidaan.

 

I

Tein suomalaisista virussekvensseistä fylogeneettisen – eli evolutiivisia sukulaisuussuhteita käsittelevän – puun. Tämä on suhteellisen suoraviivaista: keräsin tietokannasta kaikki koronavirussekvenssit ja ajoin sen Nextstrain-työkalun läpi. Lyhyesti: työkalu linjaa kaikki virussekvenssit, laskee niiden väliset erot, päättelee näistä virusten sukupuun ja lopulta tekee siitä nätin kuvan.

Suomalaista sukupuuta varten valitsin kaikki suomalaiset virussekvenssit. Nämä näytteet pitää asettaa tietenkin kansainväliseen kontekstiin, joten Nextstrain arpoo mukaan muita virusnäytteitä sen mukaan, että suomalaisille näytteille läheistä sukua olevilla virusnäytteillä on suurempi todennäköisyys päätyä mukaan. Sukupuu siis muodostaa mahdollisimman hyvän kuvan, mistä suomalaisille virusnäytteille läheisimmät sukulaiset ovat löytyneet.

Rakentamani sukupuun näkee tästä linkistä: https://nextstrain.org/community/aivelo/cov-finland?f_country=Finland Nyt valinta automaattisesti korostaa suomalaiset näytteet oransseina palloina - jos tämän filtterin ottaa pois päältä sukupuun yläpuolelta, niin puusta erottuvat kaikki eri maiden mukaan otetut näytteet. Puussa näytteet ryhmittyvät yhteen sukulaisuutensa perusteella ja x-akselilla on aika. Vasemmalla on siis kevään näytteet ja oikealla syksyn. Puun haaroja painamalla voi tarkentaa tiettyyn osaan puusta. Jos sivupaneelista valitsee "time" sijasta "divergence" puusta hahmottaa paremmin, että mitkä näytteistä ovat identtisiä ja missä on tapahtunut evoluutiota.

Mitä tästä puusta sitten voi oikein nähdä? Ensinnäkin, näytteet jakautuvat ryhmiin, joissa on enemmän tai vähemmän näytteitä. Näiden ryhmien sisällä kaikki näytteet ovat Suomessa kerättyjä. Tämä siis tarkoittaa, että ne ovat samaa Suomessa tapahtunutta tartuntaklusteria. Virus ei muutu jokaisen tartunnan yhteydessä, vaan keskimäärin noin joka kolmannen kohdalla.

Esimerkiksi tässä kuvassa on yksi laaja tartuntaklusteri, jossa on mukana yli 200 näytettä ja joka on kestänyt yli neljä kuukautta. Klusterin lähimmät sukulaiset ovat irlantilaisia näytteitä (sinisellä puun alareunassa). Suomalaisen klusterin sisällä on lisäksi tanskalainen ja norjalainen näyte (turkoosit pallot).
Esimerkiksi tässä kuvassa on yksi laaja tartuntaklusteri, jossa on mukana yli 200 näytettä ja joka on kestänyt yli neljä kuukautta. Klusterin lähimmät sukulaiset ovat irlantilaisia näytteitä (sinisellä puun alareunassa). Suomalaisen klusterin sisällä on lisäksi tanskalainen ja norjalainen näyte (turkoosit pallot).

Syksyn ja kevään tartuntaklusterit eivät ole samoja: kaikkien syksyn tartuntaketjujen lähin tunnettu sukulainen on joku ulkomainen näyte. Läheisimmissä sukulaisissa on edustettuna eri maita, pääosin Euroopasta: Tanska, Ranska, Irlanti, Venäjä ja niin edelleen.

Puulla on rajoituksensa: tein analyysin suhteellisen pikaisesti, joten en varmistanut yksittäin, miten suomalaisten tartuntaklustereiden lähimmät sukulaiset oikeasti asettuvat ja miten onnistuneesti Nextstrain arpoi mukaan näytteitä. Lisäksi tietokannoissa on hyvin vaihtelevasti näytteitä eri maista: siinä missä Iso-Britanniasta ja Tanskasta on paljon, Virosta ei mukaan päässyt yhtään näytettä. Itä-Eurooppa on myös heikosti edustettuna. Saattaa siis olla, että suomalaisten virusnäytteiden lähimmät sukulaiset ovat yksinkertaisesti sekvensoimatta. Tämän takia kannattaa suhtautua epäilevästi, että tällä analyysillä on pystytty tunnistamaan maita, josta virus on Suomeen levinnyt. Kun näytteitä on sekvensoitu vähän, tietenkin viruksia voi myös levitä Suomesta muualle ja sitten tämä näyttää tuottavan puun, josta suunta näyttääkin toiselta.

Tässä puussa ei ole mukana muita lentokentällä kerättyjä näytteitä kuin joulukuun lopulla havaitut kolme uutta B.1.1.7-muunnosta kantanutta tartuntaa. Näytteiden keruu lentokentiltä tietenkin paisuttaa eri virustartuntaketjujen määrää, eivätkä ne anna hyvää kuvaa siitä, mitä Suomessa kotoperäisesti tapahtuu. Sikäli ne on hyvä sulkea pois tämänkaltaisesta tarkastelusta.

Suomalaiset näytteet ovat lähes täysin Uudenmaan alueelta. Tämä tarkoittaa, ettemme saa hyvää kuvaa siitä, että miten virukset ovat liikkuneet Suomen alueella. Suomalaisista todellisista tartuntamääristä on lisäksi sekvensoitu varmaankin alle prosentin verran. Virusotos on tutkijoiden mukaan pääsääntöisesti satunnainen, mutta näytteissä saattaa olla vahvat positiiviset yliedustettuna, koska näistä jää helpommin riittävästi näytettä sekvensoitavaksi. Yleinen käsitys koronaviruksesta kuitenkin on, että eri haarojen välillä ei ole eroa taudin vakavuudessa, joten tämän ei pitäisi vaikuttaa.

Mistä sitten voidaan tietää, että näytemäärämme on riittävän iso, että olemme tunnistaneet pääosan merkittävistä tartuntaklustereista? Virusklustereiden luonteeseen kuuluu, että niitä ei ole loputonta määrää. Tilannetta kuitenkin vaikeuttaa, että klustereiden kokojakauma saattaa olla haasteellinen: jos on yksi iso klusteri ja loput ovat pieniä, näytteitä pitää saada melko paljon.

Riittävän laajan näytteenoton tunnistamiseen on kätevä ikiaikainen tapa: akkumulaatiokuvaaja. Lyhyesti: ensin laskemme kuinka monta eri tartuntaklusteria olemme havainneet ja kuinka monta näytettä kussakin on. Sitten alamme arpoa tuosta joukosta näytteen kerrallaan ja piirrämme kuvaajan, jossa y-akselille on merkitty havaittujen klustereiden määrä ja x-akselille arvottujen näytteiden määrä. Kuvaaja kuvaa, että kuinka monta näytettä pitää kussakin vaiheessa kerätä, että kaikki klusterit on havaittu. Kun kuvaaja tasoittuu, tiedämme, että olemme saaneet lähes koko diversiteetin havaittua. Nämä kuvaajat näyttävät kevään ja syksyn suomalaiselle virusklustereille tältä:

Kevään klusterit Syksyn klusterit

Koska molemmat kuvaajat ovat tasaantumassa, tämä kertoo, että näytekoon lisääminen ei paljasta kovin paljon enempää tartuntaklustereita. Tämä kertoo siitä, että emme ole saaneet vielä havaittua kaikkia klustereita, mutta lähestymme sitä hyvin. Syksy on myös avoin aikasarja sikäli, että mukaan on laskettu kaikki klusterit tähän asti - niitähän tulee todennäköisesti jatkuvasti lisää maahan. Kuvaajista näkee myös, että keväällä klustereita on ollut vähemmän kuin syksyllä.

Päätelmien uskottavuutta lisää vielä se, että fylogeneettinen puu osuu yksiin epidemiologisen tiedon sekä sen kanssa, mitä tiedämme hengitystievirusten leviämisestä.

Ensinnäkin: keväällä R-arvo, eli viruksen uusiutumisluku, oli Suomessa pitkään alle yhden, mikä tarkoitti, että epidemia pieneni. Tämän takia voimme olettaa, että merkittävä osa tartuntaketjuista loppui. Kesällä puolestaan Suomessa oli hyvin vähän virustapauksia ja melko suuri osa näistä linkittyi ulkomailta Suomeen matkustaviin. Tämä sopii yhteen ajatuksen kanssa, että kotoperäiset tartuntaketjut tukahtuivat ja uudet maahan tulleet tartuntaketjut olivat syksyn aallon takana.

Toiseksi: tiedämme, että influenssaviruksen maailmanlaajuinen kierto tapahtuu ennen kaikkea (lento)matkustajien mukana ja muutkin hengitystievirukset näyttävät seuraavan samaa kaavaa. Korona siis toimii, kuten olettaisimme.

 

II

Iso-Britannia johtaa selkeästi maailmanlaajuista koronaviruksen sekvensointityötä. Lähes puolet kaikista reilusta 300 000 sekvensoidusta näytteestä on brittien tekemiä. Britit käyttävät sekvensointia apuna esimerkiksi tartunnanjäljityksessä.

Virusnäytteiden sekvenssejä vertailemalla voimme sanoa kuinka läheistä sukua ne ovat. Jos esimerkiksi koulussa on useita virustartuntoja, näytteet sekvensoimalla voimme selvittää ovatko nämä samaa virusklusteria, eli tartunta leviää todennäköisesti koulussa, vai ovatko ne eri klustereita, jolloin tartunnat luultavasti tulevat koulun ulkopuolelta. Hyödyllisyys on tietenkin rajallista: koska kaikissa sukupolvissa muutoksia ei viruksen perimään tapahdu, mihinkään erityisen suureen tarkkuuteen tässä ei pääse.

Suurimmalla osalla maailman maista ei ole rkykyä käyttää sekvenssejä tartunnanjäljityksessä. Muut maat, jossa sitä käytetään, kuten Islanti, Taiwan, Singapore ja Uusi-Seelanti, ovat maita, jossa tartuntoja on huomattavasti vähemmän. Lisäksi Britannian ei voida erityisen hyvin sanoa suoriutuneen tästä pandemiasta, joten on myös kyseenalaista, kuinka hyödyllistä sekvensointi oikeasti on tartunnanjäljityksessä.

Virussekvenssit soveltuvatkin paremmin laajemman tilannekuvan muodostamiseen: mistä tartuntoja on maahan tullut ja miten ne maan sisällä leviävät. Esimerkiksi heti pandemian alkuvaiheessa tutkijat sekvensoivat virusnäytteitä Washingtonin osavaltiossa ja huomasivat, että näytteet eroavat toisistaan niin paljon, että niiden lähin yhteinen esimuoto on puolentoista kuukauden takaa. Tämä tarkoittaa todennäköisesti sitä, että virus oli levinnyt huomaamatta puolentoista kuukauden ajan.

Suomessa voitaisiin laajemman sekvensoinnin perusteella esimerkiksi tutkia, mistä maista tartuntoja on tullut Suomeen ja miten Suomen sisäiset tartunnat leviävät maakunnasta toiseen. Tämä auttaisi toisaalta selvittämään kuinka merkittävää leviäminen ulkomailta on ja mihin valvontaa kannattaa kohdistaa. Lisäksi on epäselvää, kuinka vahvasti maakunnat seuraavat toisiaan tautitilanteessa ja kuinka paljon tartunnat liikkuvat maakunnasta toiseen: parempi tilannekuva voi helpottaa alueellisten toimien kohdistamisessa.

Suomessa on sekvensoitu tähän mennessä reilu 800 näytettä ja sekvensointityötä ollaan nyt huomattavasti tehostamassa. Sekvensointia Suomessa hoitaa Helsingin yliopiston virologian laitoksen tutkijat muun koronavirustyön yhteydessä. Suomessa ei ole omasta takaa tutkijaryhmiä, jotka olisivat tehneet taudinaiheuttajien laajaa ja kattavaa sekvensointia. Tämä on suhteellisen tuore lähestymistapa epidemioihin, koska sekvensointiteknologiatkin ovat suhteellisen uusia. Laajaa sekvensointia on tähän asti tehty lähinnä maissa, joissa yksinkertaisesti on enemmän tutkijoita ja resursseja, eli tutkimusrahaa, käytettävissä. Lisäksi monet tutkijat ovat keränneet kokemusta tekemällä reaaliaikaista sekvensointia esimerkiksi zika- ja ebolaepidemioissa. Olettaisin, että tämä kotimaisen kokemuksen puute on syynä myös siihen, miksi esimerkiksi terveysviranomaiset eivät pysty käynnistämään laajamittaista sekvensointia.

Laajemmin sekvensoinnilla voidaan seurata miten viruksen evoluutio etenee. Esimerkiksi Briteissä ensimmäiseksi löydetyn B.1.1.7-variantin havainnointi vaatii geenisekvensointia. Tämän muunnoksen Suomeen leviämisen estäminen onkin ajanut kiinnostusta virusten sekvensointiin.

Kun selvitetään, mitkä kohdat viruksessa ovat muuttuneet, voidaan tietokonemallinnuksin tai laboratoriotutkimuksella arvioida, miten viruksen toiminta muuttuu. Kiinnostavaa on, että mahdollistavatko viruksessa tapahtuvat mutaatiot immuunipuolustuksen väistämisen. Tämän takia muutoksia erityisesti viruksen piikkiproteiinissa, joka sitoutuu ihmisen soluihin, seurataan tarkoin ja muutosten merkitystä testataan jatkuvasti. Tällöin voidaan vertailla, miten koronaviruksen sairastaneen tai rokotteen saaneen ihmisen vasta-aineet pystyvät neutralisoimaan muuntuneen viruksen.

 

III

Suomalaiset virussekvenssit kertovat hyvin selkeästi, että keväällä ja syksyllä maassa ovat kiertäneet eri viruskannat. Kevään tehokkailla toimilla saatiin tukahdutettua leviävät tartuntaketjut, mutta heinäkuusta lähtien maahan tulleet uudet tartuntaketjut laajenivat syksyllä toiseksi aalloksi.

Olisi väärin päätellä, että syksyinen toinen aalto johtuu ulkomaisista tartunnoista. Sinänsä jos ulkomailta ei olisi tullut tartuntoja, hyvin todennäköisesti aaltoa ei olisi tullut. Jos ulkomailta olisi tullut huomattavasti vähemmän tartuntoja kuin tuli, tilanne olisi varmasti samanlainen kuin juuri nyt. Tämä johtuu siitä, että Suomen epidemianhallintaa säätelevät tietyt tartuntojen määrien raja-arvot. Vähemmillä maahantulleilla viruksilla tartuntaklustereita olisi vähemmän ja niiden kasvu olisi ehkä kestänyt hieman kauemmin, mutta ne olisivat isompia ennen kuin niiden leviämistä tehokkaasti rajattaisiin.

Ulkomaiset ja kotoperäiset tartunnat eivät ole toisensa poissulkevia: Suomessa on ollut vähän tartuntoja, joten eri tartuntaketjut eivät kilpaile keskenään. Ne jatkuvat niin kauan kuin jatkuvat. Jos syntyy uusi paremmin leviävä virusmuunnos, kuten B.1.1.7 vaikuttaa olevan, se ei suoraan kilpaile kotoperäisiä kantoja pois. Syrjäyttäminen tapahtuu sitä kautta, että kotoperäiset tartuntaketjut sammuvat helpommin kuin paremmin leviävän kannan tartuntaketjut. Tällöin suhteelliset jatkuvasti suurempi osa on paremmin leviävää virusmuunnosta.

Viruksen perimän selvittäminen on siis tehokas keino selvittää, mitä Suomessa oikein tapahtuikaan keväällä, kesällä ja syksyllä. Nyt kun virussekvensointia merkittävästi lisätään, pysymme ehkä hieman reaaliaikaisemmin kartalla miten virus Suomessa kiertääkään.

 

Jatkan Suomen virussekvenssien sukupuun päivittämistä säännöllisesti sitä mukaan, kun GISAID-tietokantaan tulee lisää näytteitä. Kiitokset Teemu Smuralle tiedoista suomalaisen virussekvensoinnin otoksen kattavuudesta.

Kommentit (12)

Sophia Alice
8/12 | 

Research paper help planning and submitting tasks and articles before the cutoff time is a difficult one to figure out. It takes extraordinary commitment.
Consider the possibility that, you don't have much homework help Australia. Imagine a scenario where, you have arranged things that are conflicting with your courses.
Consider the possibility that, you are routinely getting less evaluations your courses. On the off chance that this sounds you fit, at that point you ought to likely
take Statistics homework help Australia from GOTOASSIGNMENTHELP specialist co-op. It can remove all the torment you are in. You can get copyright infringement free
task and Math homework helper and that too with high caliber. This can presumably bring A+ Essay Help Singapore and you can wander gladly with best assignment help Australia under your arm.

https://www.gotoassignmenthelp.com/sg/research-paper-help/

blockchain customer service
12/12 | 

Hi, I am Kevin Booth, currently working at blockchain support. We are an independent third-party blockchain support provider. If you facing any issues while creating your new Blockchain account or while managing an old blockchain account, simply contact us at the <a href="https://www.blockchainsupport.co">blockchain customer service</a>   and experts will resolve your issue.

Yhdysvaltain kansalliskaartin sotilaat käyttävät kasvomaskeja. Kuva: John Schoebel / Wikimedia Commons

Onko kasvomaskeilla merkitystä? Mitä pitää ajatella jos selvitys kertoo jotakin ja vertaisarvioimaton tutkimusta puolestaan toista? Pandemia asettaa tavallisen kansallisen tieteen ymmärryksen koville.

Pandemian aikana tietoa pitää levittää nopeammin ja tiedon perusteella tehtäviä päätöksiä pitää saada aikaan rivakasti. Tieteellinen julkaisuprosessi on kuitenkin pitkällinen ja epävarma. Kun tutkija saa tutkimuksen valmiiksi, aineiston analysoitua ja artikkelin kirjoitettua, hän lähettää käsikirjoituksen tieteelliseen julkaisusarjaan. Tämän jälkeen sarjan toimittaja pohtii, että onko käsikirjoitus riittävän hyvä ja kiinnostava kyseiseen sarjaan. Jos käsikirjoitus vaikuttaa lupaavalta, se lähetetään arvioijille. Nämä kommentoivat tutkimusta ja tutkija vastaa osaltaan heidän kritiikkiinsä. Tässä kestää kauan.

Tutkijoiden vertaisarviointikommenteilla on oma rakenteensa: niissä pyritään asettamaan tutkimus laajempaan kontekstiin ja hahmottamaan tutkimuksen merkitystä ja sen kohdennusta, arvioimaan tutkimuksen luotettavuutta ja ennen kaikkea antamaan parannusehdotuksia. Jos tutkimuksesta löytyy virheitä tai muita ongelmia, näiden merkitystä on hyvä arvioida. Monesti vertaisarvioija ei välttämättä ihan edes ymmärrä, mitä tutkimuksessa on tehty. Suurin osa vertaisarviointityöstä on ennen kaikkea selkeyden työstämistä.

Koska julkaisusarjalla on väliä – joitain sarjoja arvostetaan enemmän kuin toisia – tutkijat pyrkivät lähettämään tutkimuksensa mahdollisimman korkeatasoiseen sarjaan. Niinpä usein ensimmäisessä, toiseessa ja ehkä kolmannessakin kohteessa käsikirjoitus hylätään. Koska julkaisu- ja arviointiprosessi on melko satunnainen, joskus käsikirjoitus kiertää useammankin julkaisusarjan, kunnes se löytää kodin.

Tämä on hidasta ja vaivalloista, sillä aikaa käsikirjoituksen valmistumisesta varsinaiseen julkaisuun mitataan kuukausissa tai vuosissa. Viime aikoina tutkimusta on yhä enemmän julkaistu niin sanottuina preprintteinä: samalla kun tutkija lähettää käsikirjoituksen julkaisusarjaan, se laitetaan myös sellaisenaan preprint-palvelimelle. Tämä on kätevää: lupaavat tutkimukset pääsevät nopeammin näkyviin. Se myös vähentää painetta tutkijalle kiiruhtaa ja jännittää julkaisuprosessissa.

Preprintit ovat erityisen hyödyllisiä kriisitilanteessa, kuten pandemian aikana. Viimeisen puolen vuoden aikana tietomme koronaviruksesta on edennyt vauhdilla, koska tutkijat saavat tutkimuksensa saman tien julki. En jaksa uskoa, että preprintit erityisesti lisäävät riskiä huonosta tai paikkansapitämättömästä tutkimuksesta. Julkaisuprosesseihin liittyvän vertaisarvioinninkin läpi saa aikamoista huuhaata.

 

Tieteessä keskeisin vertaisarvioinnin tapa on tutkijoiden välinen julkinen keskustelu. Yleensä tämä keskustelu tapahtuu tieteen omissa kanavissa ja laajan yleisön näkymättömissä. Parin viime vuosikymmenen aikana internet on nopeuttanut keskustelua ensin blogeissa ja nykyään sosiaalisessa mediassa. Tämä on hienoa kehitystä, koska nykyään maallikotkin pääsevät helposti seuraamaan keskustelua.

Pandemiassa panokset ovat korkealla. Tietomme edistyy jatkuvasti ja tiedon perusteella joudutaan tekemään nopeitakin päätöksiä. Pandemian leviämiseen liittyvät kysymykset osuvat keskeisesti omiin vapauksiimme, kansantalouteen ja ihmisten terveyteen. Niinpä ei ole ihme, että ihmiset laajemmin sekä perinteiset mediat ovat kiinnostuneet tutkijoiden keskustelusta. Twitter on minullekin keskeinen tiedonhankinnan kanava, sillä pystyn siellä seuraamaan isoa määrää tutkijoita ja heidän kommentaarejaan kehittyvästä tiedosta.

Tutkijoiden väliset keskustelut ovat tällä hetkellä nopeatempoisia, näkyvillä ja ne ovat välillä aika kovasävyisiäkin. Yleensä tutkijoiden välisen kritiikin äänensävyä ei ole kovin paljon suitsittu: tieteelliset kiistat voivat olla aika äkäisiäkin. Nykymaailmassa on hieman enemmän painotettu paitsi yleistä kohteliaisuutta ja muiden tutkijoiden kunnioittamista, myös tutkimusmaailman rakenteellisia huomioita, kuten että miten vanhemmat tieteenharjoittajat suhtautuvat nuorempiin kollegoihinsa.

Ehkäpä tämä blogikirjoitukseni on ennen kaikkea kahtalainen toive julkiseen keskusteluun osallistuville tutkijoille: muistakaa vastuullinen asemanne tutkijana ja auttakaa yleisöä hahmottamaan laajempaa kontekstia.

 

Hyvä esimerkki keskustelun koventumisesta on reaktio THL:n taannoiseen preprinttinä julkaistuun tutkimukseen. THL:n tutkimuksessa vertailtiin yhtä koulussa muita altistanutta lasta sekä yhtä koulussa muita altistanutta aikuista. Kun lapsi oli indeksitapaus, eli ensimmäinen tunnistettu tartunnansaaja, tartuntoja ei koulussa tapahtunut, mutta aikuisindeksitapauksesta niitä oli 16% altistuneista.

Tämä tutkimus oli näytekooltaan pieni, tietenkin, ja sikäli siitä on vaikea vetää syvempiä päätelmiä. Silti se on mielenkiintoinen tapaustutkimus. Lisäksi THL:n on oikeastaan pakko siitä tiedottaa, koska olisi hassua, jos viranomaisrooliakin tekevä tutkimuslaitos ei tiedottaisi aiheesta, johon kohdistuu suuri kiinnostus. THL:n tiedotekin on hyvin varovaisesti muotoiltu.

Koska kyseessä on koronaviruksen leviäminen lapsissa ja kouluissa, tutkimus menee helposti tunteisiin. Reaktio tutkimukseen oli hyvin aggressiivinen ja tutkimuksen taustalla nähtiin pahantahtoista linkittymistä THL:n viranomaisroolissa annettuihin lausuntoihin. Tutkijoista ainakin Mikael Niku yrittikin rauhoitella ihmisiä ja tarjota laajempaa kontekstia.

 

Toinen esimerkki liittyy toiseen tunteikkaaseen kokonaisuuteen eli kasvomaskeihin. Sosiaali- ja terveysministeriö tilasi selvityksen kasvosuojainten käytöstä Summaryx Oy:ltä ja selvitys (pdf) tuli siihen tulokseen, että ”tutkimusnäytön perusteella kasvosuojusten käytön vaikutus hengitystieinfektioiden leviämiseen on vähäinen tai olematon”. Selvityksen merkitys oli huomattava, koska sen perusteella hallitus päätti, ettei tällä hetkellä kasvosuojaimia suositellam vaan ihmiset voivat käyttää niitä "halutessaan".

Tilattua selvitystä ei oltu vertaisarvioitu, kuten ei ole tämänkaltaisilla selvityksillä tapanakaan. Tutkijat kommentoivatkin selvitystä erilaisista kriittisistä näkökulmista heti julkaisun jälkeen. Myöhemmin elokuussa tutkijaryhmä oli analysoinut saman aineiston kuin Summaryxin selvityksessä oli, mutta laskennallisin menetelmin. Laskennallinen yhdistäminen osoitti, että maskeista on selvä ja merkittävä hyöty.

(Tässä lienee syytä mainita, että kannustin tutkijaryhmää kirjoittamaan tutkimuksensa tieteellisen artikkelin muotoon ja julkaisemaan sen avoimesti preprinttinä. Perusteellinen kritiikki on tieteen moottori ja toisaalta kunnollinen perusteltu artikkelimuotoinen tutkimus on myös alkuperäistä selvitystä kunniottavasti täydentävä muoto.)

Tutkijaryhmä tuli ulos tuloksensa kanssa Helsingin Sanomien vieraskynässä. Tämä vaikuttaa mielestäni aivan sopivalta formaatilta, ottaen huomioon että alkuperäisen Summaryxin selvityksen aiheuttama keskustelu oli niin laajaa ja julkista ja vaikutti merkittävään hallituksen päätökseenkin. Lisäksi tutkimuksen preprintti oli saatavilla internetistä.

Kritiikkikin tietenkin altistetaan kritiikille. Kun tämä tutkijaryhmän artikkeli joskus julkaistaan julkaisusarjasta, siitä tulee varmaan Suomen parhaiten vertaisarvioitu tuotos, koska kriittisiä silmäyksiä tuli useampia.

Omituisin kritiikki tuli Helsingin Sanomien mielipidepalstalla. Kirjoituksessaan emeritusprofessori Pertti Töttö tiuski viitaten tutkijoihin ”riippumattomaksi itseään kutsuva tutkijaryhmä” -nimityksellä. Naljailu ei tietenkään ole tieteellisessä kritiikissä ennenkuulumatonta. Sen sijaan silmiinpistävämpää oli, että kirjoituksessa esitettiin tutkijoiden valikoineen tuloksiaan. Töttö oli myös nähtävästi analysoinut tutkijoiden aineiston uudestaan, sillä hän kirjoitti, että ”Jos -- olisi otettu suojaa käyttäneitä ja suojattomia vertaava luku, olisi tulos muuttunut huomattavasti, --”.

Vastineessaan tutkijaryhmä ajoi aineistonsa myös samalla tavoin kuin Töttö ehdotti ja totesi, että ”Päätelmämme pysyy samana myös, kun laskelmat tehdään niin kuin Töttö ehdotti.” Tämä asettaa Tötön kritiikin outoon valoon ja onkin kiinnostavaa, että millä menetelmin hän on saanut ”huomattavan” erilaisen tuloksen. Näkyvästi julkisuudessa vertaisarvioiva tutkija tietenkin kantaa vastuun myös omista lausunnoistaan. Se, että julkisesti sanoo, että tutkimuksessa on virhe, vaatii aika kovaa varmuutta johtopäätöksistään. Muiden tutkimuksia ei voi ampua alas mutu-tuntumalta.

Osuvampi vertaisarviointi puolestaan oli Jesper Kivelän twiittiketju, jossa hän oli perannut tutkijaryhmän käyttämää koodia ja havainnut, että tutkimuksessa oli keskivirhe laskettu väärin. Tämä on syy, miksi nykyään analyyseihin käytetty koodi on tapana jakaa julkisesti: tutkijat voivat tietenkin aina kirjoittaa menetelmäosioissa toimineensa jollain tavalla, mutta varsinaisen arkan kuvan analyyseistä saa, kun käy läpi toistettavan analyysikoodin.

Virheitä tietenkin tapahtuu useinkin ja varmasti mistä tahansa tutkimuksesta joitain virheitä löytyy. Keskeinen kysymys onkin vaikuttavatko ne johtopäätöksiin. Tutkijaryhmän Hanna Ollilla kertoi minulle, että keskivirhelaskujen korjaamisen jälkeen heidän pääanalyysinsä tuottavat yhä merkitsevän tuloksen, eli virheen korjaus ei vaikuta tutkimuksen johtopäätöksiin. Preprintistä tullee lähitulevaisuudessa uusi versio, jossa virheet on korjattu.

Kolmas julkinen vertaisarviointi oli Markku Peltosen twiittiketju (ja englanniksi), jossa hän kommentoi tutkijaryhmän käyttämiä termejä. Perusajatus hänen kritiikkinsä taustalla oli, että kun tutkijat korjaavat meta-analyysissä eri tutkittujen ryhmien välisiä eroja, tämä pitää huomioida tulosten tarkastelussa ja siinä kuinka vahvoja johtopäätöksiä näiden pohjalta voi esittää - erityisesti siitä kuinka suurin hyöty oikean maailman tilanteessa maskeista on. Käsittääkseni tässä siis ei kritisoitu niinkään menetelmiä, vaan niistä vedettäviä johtopäätöksiä. (Kun itse kirjoitan vertaisarviointilausuntoja, kaikkein yleisin sisältö taitaakin olla, että nyt ovat johtopäätökset hieman pitkälle vietyjä.)

 

Julkisen vertaisarvioinnin hyvänä puolena on se, että arviointi tapahtuu mahdollisimman avoimesti. Kun tutkimuksen tulokset ovat merkittäviä ja kun tutkimusten tulosten perusteella tehdään kansalaisten elämään vaikuttavia päätöksiä, on hyvä myös nähdä tutkijoiden keskustelua aiheesta.

Julkisuuden huonona puolena on, että maallikon on vaikea hahmottaa sitä, kuinka merkittäviä kritiikit ovat. On vaikea tietää mikä kritiikki on kohtalokasta tuloksille ja mikä taas on hienovaraisempaa kritiikkiä. Lisäksi sosiaalisessa mediassa valitaan herkästi puolia: yleisesti ottaen eteenpäin jaetaan kritiikkejä, jotka vahvistavat omaa käsitystä, muttei jaeta kritiikkejä, jotka ovat omaa käsitystä vastaan. Laajempi konteksti katoaa tällöin helposti.

Lisäksi haastetta tuottaa vertaisarvioinnin lähtökohtainen hitaus. Monesti tutkimuksen tekijän ja vertaisarvioijan välillä kestää aikansa, että molemmin puolin ymmärretään, mitä toiset tarkoittavat. Esimerkiksi Peltosen twiiteistä lähti käyntiin paikoin hyvinkin omituinen keskustelu, jossa kesti aikansa, että osapuolet ymmärsivät mitä kukakin tarkoittaa.

Vastaavasti kritiikkiin vaaditaan vastausta saman tien. Hyvä esimerkki on alkuperäisen Summaryxin maskiselvityksen johtaneen Marjukka Mäkelän haastattelu Helsingin Sanomissa, kun tutkijaryhmän laskennallinen tutkimus oli juuri julkaistu. Tutkijaryhmän työ kesti pari kuukautta Summaryxin selvityksen julkistamisen jälkeen, mutta tämän jälkeen Mäkelää pyydettiin reagoimaan uuteen tutkimukseen muutamassa tunnissa. Mäkelän kommenteissa ei Helsingin Sanomien jutussa oikein ollut päätä eikä häntää, mikä ei yllätä, koska kommentteja vaadittiin niin nopeasti.

 

Mikä sitten avuksi? Miten julkinen tieteen vertaisarviointi voisi edistää yleistä ymmärrystä tieteestä ja tieteen prosesseista sekä tuottaa parempaa tietoa?

Ensinnäkin, tutkijoilta toivoisin laajempaa perspektiiviä tieteelliseen viestintään ja huomioimaan myös miten maallikot tulkitsevat vertaisarvioinnin. Maallikot ovat tässä hyvin laaja ryhmä, johon lasken myös keskeisiä päätöksentekijöitä, kuten lääkäreitä, viranomaisia tai poliitikkoja, jotka eivät tutkimuksen nyansseihin ehdi tai osaa paneutua. Tyypillisessä julkaisuprosessissa tapahtuvan vertaisarvioinnin rakenne toimii tähän oikeastaan hyvin: virheiden, puutteiden ja epäselvyyksien asettaminen kontekstiin on järkevää.

Jos tutkimuksesta löytää virheen, hyviin tapoihin kuuluu lisäksi sähköpostin lähettäminen itse tutkijoille. Tutkijat ovat kiireisiä ja harva heistä ehtii partioimaan Twitteristä omaan tutkimukseen kohdistuvaa kritiikkiä. Tällainen keskinäinen viestintä auttaa myös sulkemaan pois väärinymmärrykset. Tämä ei tietenkään sulje pois, etteikö epäilyksistään kerro myös julkisestikin: parasta julkisen keskustelun kannalta on, jos tutkijoiden välinen jäsennelty erimielisyys on helposti hahmotettavissa.

Toiseksi, yleisön kannattaa pitää tutkijoiden välistä keskustelua seuratessa pää kylmänä. Keskustelu tutkimuksista ei ole pikasprintti vaan maraton. Tutkimuksen kritiikin muotoilu, ymmärtäminen ja vastaaminen on rauhallista puuhaa, jossa ei kannata hätäillä. Se, ettei kritiikkiin heti vastata, ei välttämättä kerro mistään muusta mitään kuin, että tutkijat ottavat vakavasti kritiikin ja harkitsevat sitä tarkkaan.

Hyvä julkinen kritiikki on myös sellaista, että maallikotkin ymmärtävät kuin merkittävää kritiikki on. Jos et ihan ymmärrä, mikä kritiikin sisältö on, sitä ei välttämättä kannata jakaa eteenpäin. Tällaisissa tapauksissa voi esimerkiksi kysyä, että mitä kritiikki käytännössä tarkoittaa.

Kolmanneksi, medialla on hyvä asema luoda järkevää kokonaiskuvaa tutkimuksesta. Tähän liiittyy niin asianosaisten haastattelu kuin täysin tutkimuksen ulkopuolisten asiantuntijoidenkin haastattelu. He voivat luoda kontekstia siitä, mihin tutkimus asettuu tieteen kokonaisuudessa.

Kätevintä näissä ohjeissa on, että ne toimivat niin preprintteinä julkaistuihin tutkimuksiin, selvityksiin kuin jo julkaisusarjoihin vertaisarvioituihin julkaisuihinkin! 

 

Kommentit (1)

Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014