Omikron-variantin mutaatiot verrattuna alkuperäiseen koronavirukseen on merkitty kuvassa keltaisella (substituutiot), punaisella (deleetiot) ja vihreällä (insertiot). Kuva: Opabinia regalis / Wikimedia Commons

Uudesta omikron-variantista sanotaan usein, ettei siitä vielä tiedetä juuri mitään ja että variantin leviämistä ei voi pysäyttää, koska se on jo kiertänyt niin pitkään.

Tavallaan väitteet ovat totta, tavallaan ei, sillä ne kadottavat valtavasti nyanssia. Olemme tämän variantin kanssa aivan eri tilanteessa kuin aikaisemmin.

 

Alfa, delta ja omikron-varianttia yhdistää se, että ne kaikki ovat yhtäkkisiä hyppäyksiä viruksen evoluutiossa: niiden lähisukulaisia ei tunneta, koska todennäköisesti niitä ei ole olemassakaan. Tämä on herättänyt epäilyksen, että ne ovat syntyneet esimerkiksi immuunipuutoksisessa potilaassa. Näissä potilaissa tartunta voi kestää  kymmeniä, jopa satoja päiviä, ja virus pääsee evolvoitumaan paljon vapaamin, kun immuunijärjestelmä ei rajoita virusta yhtä tehokkaasti.

Tutkittujen virusnäytteiden perimästä voidaan arvioida, koska ja kuinka nopeasti virukset ovat monimuotoistuneet. Koronaviruspopulaation mutaationopeus, 1-2 mutaatiota kuukaudessa, mahdollistaa sen arvioimisen, koska uudet variantit ovat syntyneet, kun vertailemme variantin geneettistä monimuotoisuutta ja näytteiden keruupäiviä.

Alfa-variantti havaittiin – ja hälytyskellot alkoivat soida – joulukuun puolivälissä Britanniassa. Varhaisin tunnettu näyte kerättiin 20.9.2020. Ensimmäinen alfavariantti löytyi Suomesta 18.12. ja muutamaa viikkoa myöhemmin se oli valtavariantti. Geneettisten analyysin perusteella variantti on syntynyt syyskuussa 2020.

Delta-variantti havaittiin huhtikuussa – ja hälytyskellot alkoivat soida melko pian tämän jälkeen. Varhaisin tunnettu näyte on kerätty 5.10.2020. Varhaisin suomalainen näyte on kerätty 17.4.2021 ja Pietarin kisaturistien myötä heinäkuussa variantista tuli valtavariantti Suomessa. Geneettisten analyysin perusteella variantti on syntynyt elokuussa 2020.

Omikron-variantti havaittiin viime viikolla, marraskuun lopulla, ja hälytyskellot soivat heti havainnon jälkeen. Varhaisin tunnettu näyte on kerätty Etelä-Afrikassa 8.11.2021 ja varhaisin suomalainen näyte ei ole vielä varmistunut. Geneettisen analyysin perusteella variantti on syntynyt lokakuussa 2021.

Varianttia voidaan löytää huomattavasti ennen kuin se on todettu huolestuttavaksi. Kun omikron-variantin olemassaolo todettiin, sitä etsittiin saman tien tietokannasta vanhoista sekvensoiduista näytteistä. Esimerkiksi Euroopasta tunnetaan reilu 300 000 näytettä lokakuulta, eikä näiden joukossa ole omikronia. Se ei tarkoita, etteikö Euroopassa olisi jo lokakuussa voinut olla omikronia, mutta jos se on esiintynyt, se on ollut hyvin harvinainen.

Omikron-variantin geneettinen monimuotoisuus on hyvin pientä: se tarkoittaa, että virus on syntynyt melko hiljattain, ehkäpä kuukausi tai puolitoista kuukautta sitten. Alkuperäisten eteläafrikkalaisten näytteiden geneettinen samanlaisuus olisi voinut viitata siihen, että virus on syntynyt jossain muualla ja lähtenyt sieltä leviämään ympäri maailmaa, ja Etelä-Afrikka on ensimmäinen paikka, jossa se on nopeasti levinnyt.

Toisaalta tiedämme, että kun variantti on jollain alueella yleistynyt, se helposti saattaa levitä muille alueille esimerkiksi lentomatkailun avulla. Omikronia leviää tällä hetkellä väestössä todennäköisesti ainakin Britanniassa ja Alankomaissa sekä Belgiassa.

Myöhemmätkin ympäri maailmaa havaitut näytteet kuitenkin mahtuvat saman, eteläafrikkalaisen monimuotoisuuden sisään. Tämä tarkoittaa, että kaikki maailmat kiertävät, havaitut, virukset ovat peräisin samasta suhteellisen tuoreesta kantamuodosta. Se voi olla kehittynyt Etelä-Afrikassa, tai jossain muualla, todennäköisesti lähimaastossa, mutta se on lähtenyt leviämään ympäri maailmaa vasta viime aikoina. Se, että esimerkiksi Ghanan ja Botswanan omikron-monimuotoisuus on pienempää kuin Etelä-Afrikan, kertoo, ettei virus ole voinut kovinkaan pitkään levitä.

Koronaviruksen koko fylogenia NextStrain sivustolla. Omikron (punainen) erottuu pitkänä kehityslinjana, jolta puuttuu läöhisukulaiset.
Koronaviruksen koko fylogenia NextStrain sivustolla. Omikron (punainen) erottuu pitkänä kehityslinjana, jolta puuttuu läöhisukulaiset.

Suurin mysteeri omikronin taustasta on nyt se, että sen menneisyys on niin hämärän peitossa. Erkanemisaika lähimmistä sukulaisista on jopa puolitoista vuotta. On mysteeri, että mitä omikronin edeltäjävirukset ovat tänä aika touhunneet. Virologi Kristian Andersen esimerkiksi epäili, että kyseessä voi olla tapaus, jossa koronavirus on levinnyt ihmisestä johonkin eläinlajiin, mutatoitunut siinä lajissa ja sitten palannut takaisiin ihmiseen. Muut tutkijat taas ovat tästä eri mieltä.

Omikronista on vielä rajallinen määrä sekvensoituja näytteitä, joista suurin osa Etelä-Afrikasta, sekä sekvensseissä on paljon virheitä, mutta nykyisellä aineistolla tarina näyttää aika suoraviivaiselta: omikron-variantti havaittiin nopeasti ja sen huolestuttavuus pääteltiin myös nopeasti. Tämä kertoo siitä, että virusvarianttien valvonta toimii nyt kuten pitääkin.

 

Omikronista tiedetään, että se mahdollisesti leviää paremmin kuin aiemmat variantit, koska se todennäköisesti kiertää aiempaa immuunisuojaa jonkun verran. Toisaalta omikron ei välttämättä tartuta yhtä tehokkaasti kuin deltavariantti. Tämä pystytään päättelemään viruksen perimän perusteella. Tehostunut leviäminen ei todennäköisesti liity niinkään viruksen tarttumiseen ja tartuttamiseen, vaan siihen kuinka paljon se pystyy kiertämään aiempaa immuunisuojaa. Sen sijaan immuunisuojan kierron vaikutusta taudin vakavuuteen on vaikea arvioida: todennäköisesti vaikutus on pienempi kuin vähäoireisen tartunnan saamiseen.

Tiedämme myös, että kyseessä ei ole ”paluu takaisin lähtöpisteeseen”, sillä aiempi immuunisuoja suojaa edelleen todennäköisesti vaikeammilta tautimuodoilta, ja että samat tavat estää viruksen leviämistä – etäisyys, maskit, tuuletus, käsienpesu ja niin edelleen – toimivat omikroniinkin.

Koska tutkijat ovat toisaalta tutkineet aiempia variantteja, laboratoriossa erilaisten vielä ilmaantumattomien mutaatioiden vaikutuksia sekä mallintaneet viruksen toimintaa, he osaavat arvioida jo viruksen rakenteesta, että nyt on syntynyt huolestuttava variantti.

Tämä on ihan aitoa tietoa: virus näyttää paperilla pelottavalta. Kun tiedon päälle lisätään havainto nopeasta yleistymisestä Etelä-Afrikassa, meillä on hallussa jo ensimmäiset olennaiset palikat omikron-variantin ymmärtämiseksi.

Omikron on mielenkiintoinen haaste pandemianhallinnalle. Tiedämme, että variantit leviävät nopeasti – sitä nopeammin, mitä suurempi etu variantilla on muihin verrattuna. Tämä tarkoittaa, että variantteihin pitää varautua ennen kuin oikeastaan tiedämme, kuinka vaarallisia ne loppujen lopuksi ovat.

Voi tietenkin olla mahdollista, että omikron on suutari, joka ei missään vaiheessa lähde leviämään merkittävästi laajemmin. Tällöin tiedämme, että kykymme tulkita viruksen perimästä sen vaarallisuutta on vielä puutteellisempi kuin oletimme. Joudumme palaamaan muutaman askeleen taaksepäin siinä kuinka helposti soitamme hälytyskelloa – tai ainakin kuinka laaja julkisuus huolestuttaville varianteille on tarpeen.

On mahdollista – ja priori-todennäköistä bayesilaisittain ajattelevalle – että omikron on niin epämiellyttävä kuin nyt ajattelemmekin. Tällöin pallo on terveysturvallisuustoiminnalla. Jos virustutkijat tekivät tehtävänsä ja saivat hämmästyttävän nopeasti kiinni uudesta variantista, miten tämä pidempi varautusmisaika voidaan käyttää hyväksi?  

 

Samalla kun tiedämme enemmän koronaviruksesta yleisesti ja pystymme päättelemään nopeasti paljon uusista varianteista, kokonaiskuva alkaa hämärtyä.

Uusien varianttien vaikutusten arvioinnista tulee koko ajan vaikeampaa. Aivan epidemian alussa kaikki maat lähtivät suurin piirtein samasta tilanteesta – kukaan ei ollut sairastanut uutta koronavirusta, eikä immuniteettia ollut kertynyt. Maiden välillä eroja tuottivat lähinnä väestön ikäjakaumat ja ihmisten kontaktien määrät.  

Nyt mallinnuksen kannalta tilanne on huomattavasti vaikeampi: rokotesuoja vaihtelee paljon riippuen siitä millä rokotteilla on rokotettu, kuinka monia annoksia on annettu, kuinka kauan rokottamisesta on aikaa ja miten laaja rokotekattavuus on. Tartuntojen – ja sen tuottaman immuunisuojan – määrästä ei ole tarkkaa tietoa, eikä siitä miten nopeasti se hiipuu. Ympäristötekijöiden, eli kausivaihtelua aiheuttavien tekijöiden, merkitys kasvaa, kun ihmispopulaation immuniteetti kasvaa.

Eri maiden ja alueiden erilaisen tilanteen takia on vaikea tietää, kuinka paljon Etelä-Afrikan omikron-tilanne riippuu paikallisista oloista, joita emme pysty arvioimaan, ja miten siitä voidaan päätellä jotain yleistä omikronista. Tämä koskee niin viruksen leviämistä, taudinaiheuttavuutta, rokotussuojan kiertoa ja muita ominaisuuksia.

Tiedämme enemmän kuin koskaan aiemmin tämän pandemian aikana, mutta samalla laajojen päätelmien tekeminen on koko ajan vaikeampaa. Palapelin rakentaminen vaikeutuu, kun paloja on enemmän.

Kommentit (12)

rin
15/12 | 

Miten ylläolevia kahta ensimmäistä kommenttia, monistettua mainosviestiä, nimitetään?

Artikkeli oli hyvä selvitys siitä, missä taas mennään. Jos omikronvariantin synty siis onkin immuunivajaisessa potilaassa, merkitseekö se, että mm. long covid tarttuu ja leviää.

Oliko toinen mahdollisuus lemmikkieläin, jonka kautta sars palasi muuntunena isäntään?

Tulisiko käytöstä pandemia-aikana muuttaa? (Itselläni ei ole eläimiä)

davidson02
19/12 | 

Omikron is an interesting challenge for pandemic management. We know that variants spread quickly - the faster the variant has a greater advantage over others. This means you have to be prepared for variants before we actually know how dangerous they are after all.

Keep safe everyone from all of us at 

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Hae blogista

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014
Sisältö jatkuu mainoksen alla