Huananin tori. Kuva: Mahdi Sadeghi / Wikimedia Commons

Puolitoista kuukautta sitten julkaistiin kolme merkittävää tutkimusta, jotka valaisivat yllättävänkin hyvin koronaviruspandemian alkuvaiheita. Ne viittaavat vahvasti siihen, että pandemian käynnistyi Wuhaninin kaupungin Huananin eläintorilta.

Torin rooli pandemian alkuhetkillä on nyt käynyt täydellisen ympyrän: alussa se tunnistettiin olennaiseksi kohteeksi, mutta myöhempi selvitys näytti paljastavan, että monet ensimmäiset tapaukset eivät liittyneet toriin. Nyt näyttää taas silti, että nämä tapaukset ovat kuitenkin epäsuorasti yhteydessä toriin.

Tutkimus vaati kunnon salapoliisityötä ja ensimmäisten tautitapausten kunnollista selvittämistä eri lähteistä. Salapoliisityöllä on oikeastaan kaksi kantavaa jalkaa: virusten sekvensointiin perustuva genomitutkimus ja ensimmäisten tapauksien alueellinen jakautuminen. Lisäksi tukea tuo Kiinan viranomaisten torilta ympäristöstä, eli maasta, häkeistä ja muualta keräämät näytteet.

Tutkimusten päällimmäinen opetus tuntuu olevan, että koronaviruksen alkuhämärän selvittäminen vaatii sangen paljon työtä.

 

Tutkijat kaivoivat aiemmista raporteista ja muista lähteistä varhaiset koronavirustapaukset ja asettivat ne Wuhanin kartalle. Vaikka Wuhan on suurkaupunki, niin tautitapaukset esiintyivät suhteellisen rajatulla alueella ja Huananin tori selvästi on tartuntojen keskipiste. Mielenkiintoista on, että vaikka aineistoon jätetään vain tartunnat, joilla ei ole yhteyttä Huananin torille, näiden tapausten keskipiste on silti torilla. Myöhemmät tammikuun tapaukset sitten ovat jo jakautuneet tasaisemmin ympäri kaupunkia.

 

Alkuvaiheissa pandemiaa koronaviruksesta kiersi kaksi eri muotoa, jotka olivat melko samanlaisia, mutta niiden välistä puuttuu niin sanottuja välimuotoja. Todennäköisesti siis pandemia käynnistyi kahdella erillisellä tartunnalla eläimistä ihmisiin.

Ensimmäinen viruslinja – jota PANGO-järjestelmässä kutsutaan nimellä B – lähti leviämään ihmisissä todennäköisesti marraskuun loppupuolella 2019. Ajankohta pystytään määrittämään arvioimalla miten nopeasti mutaatiot kertyvät viruksen perimässä ja palaamalla sitten taaksepäin kaikkien linjan virusten yhteiseen kantamuotoon. Tämä kantamuoto saattoi esiintyä ihmisessä tai eläimessä, mutta kaikki sittemmin selvitetyt linjaan kuuluvat tapaukset polveutuvat kantamuodosta.

Toinen viruslinja, joka puolestaan on nimetty A:ksi koska tämä muoto tunnistettiin ensin, lähti leviämään joulukuun alkupuolella 2019. Alun perin ajateltiin, että A-linja on kehittynyt B-linjasta, sillä aineistossa oli paljon niin sanottuja välimuotoja. Kun sekvenssiaineistoa oli kertynyt paljon, osoittautui kuitenkin, että välimuodot olivat sekvensointivirheitä.

Sekvensointilaitteet eivät ole aina erityisen tarkkoja, joten niissä syntyy paljon sekvensointivirheitä. Viruksen perimää monistetaan muutaman sadan emäsparin jaksoissa ja näistä jaksoista sitten kootaan kokonainen 30 000 emäsparin perimä vertailemalla jaksojen päällekkäisyyksiä. Analyysi on melko tarkka, koska jokainen viruksen kohta on periaatteessa sekvensoitu useampia kertoja. Tällä saadaan siivottua yksittäiset virheet pois. Aina näin ei tietenkään käy: esimerkiksi muutama kuukausi sitten Kyproksessa uutisoitu ”deltakron” eli delta- ja omikron-muunnosten yhdistymä oli sekvensointivirhe. (Tämän jälkeen on havaittu aitoja delta- ja omikron-muunnoksen rekombinaatioita.)

Koska kahden linjan välimuotoja ei löydy, A- ja B-linjat todennäköisesti edustavat kahta erillistä tartuntaa eläimistä ihmisiin. On myös mahdollista, että alunperin kyse on ollut yhdestä tartunnasta ja välimuotoja on esiintynyt ihmisissä, mutta seon epätodennäköistä. Jos virus olisi levinnyt niin pitkän ketjun se todennäköisesti olisi tunnistettu ja siitä olisi sekvensoitu useampia tartuntoja.

Molemmat, sekä A- että B-linja, ovat lähteneet leviämään Huananin torilta. Lisäksi B-linjaa on tunnistettu toriin liittyvissä ihmistapauksissa ja A-linjasta on jopa löytynyt ympäristönäyte torilta. Koronavirusta löytyi torilta muun muassa eläinhäkeistä, kärryistä, jätevedestä ja lattialta.

Huananin torilla myytiin lajeja, jotka voivat saada koronavirustartunnan, kuten esimerkiksi supikoiria. Kiinalaiset viranomaiset kategorisesti ovat kieltäneet, että torilla olisi ollut mahdollisia koronavirukselle alttiita lajeja myynnissä, mutta kiinalaisesta sosiaalisesta mediasta Weibosta etsityissä kuvissa torilta näitä lajeja hyvinkin löytyy.

Tutkijat tekivät tarkan kartan, johon oli merkitty eri lajien myyntipaikat, ensimmäisten tapausten sijainnit ja ympäristöstä otetut näytteet. Tulos: ensimmäiset tapaukset olivat ennen kaikkea alueella, jossa eläimiä myytiin. Samaten ympäristöstä otetut näytteet ovat tältä alueelta. Onpa tästä kartasta tehty jopa virtuaalinen vierailu itse torilla.

 

Uusi tieto selvästikin näyttää, että Huananin tori käynnisti pandemian. Seuraava ratkaistava mysteeri onkin, että mitä tapahtui ennen toria: mitä kautta koronavirus päätyi torille?

Tiedämme koronaviruksesta – ja tämä pitää paikkansa etenkin heikommin leviävien ensimmäisten muotojen osalta – että ne leviävät tyypillisesti superleviämisten kautta. Suurin osa tartunnan saaneista ei koskaan tartuta tautia eteenpäin, joten yksittäiset tapaukset helposti katoavat ja tartuntaketjut sammuvat. Leviämistä tapahtuu sitten tilanteissa, joissa on paljon ihmisiä läsnä.

Huananin torilla ei kuitenkaan tunnu tapahtuvan varsinaista superleviämistä: torin sisällä tapaukset ovat leviävät etenkin läheisillä myyntipaikoilla ja tapausten määrä kaksinkertaistuu 3-4 päivän välein.

Saattaa olla ja on hyvin todennäköistäkin, että pandemian alkuhetkillä, siis joskus marraskuussa 2019, tartuntoja eläimistä ihmisiin saattoi olla paljon enemmänkin kuin sitten leviämään lähteneet kaksi tapausta. Suurin osa tapauksista ei levinnyt eteenpäin, joten yhden ihmisen tai niin harvan ihmisen tartuntaketjuja, ettei niistä syntynyt vakavia tautitapauksia, oli varmaankin useampia.

Miltä tämänhetkinen todennäköisin tarina pandemian alusta sitten näyttää? Todennäköinen tarina voisi mennä: torille saapui torikauppiaita tai myytäviä eläimiä, joilla oli koronavirustartunta. Todennäköisesti nämä eläimet tai ihmiset olivat saaneet tartunnan paikallisilta lepakoilta hieman aikaisemmin – kuukauden tai kaksi, ja virus oli ehtinyt kiertää jo eläimissä pienimuotoisesti, kunnes se sitten vilkkaassa kaupunkiympäristössä pääsi leviämään kunnolla ihmisten kesken.

Tunnollisella työskentelyllä ja lepakkopopulaatioiden tutkimuksella voidaan ehkä saada selville edeltäviä askeleita. Jos torikauppioiden eläinten toimitusketjuja voidaan selvittää, niin näiden tilojen ympäristöstä kannattanee etsiä lepakoista koronaviruksen lähimpiä sukulaisia.

 

Mielenkiintoista tapauksessa tietenkin on, että SARS-CoV-2:n ilmaantuminen on hyvin samanlainen tapahtumaketju kuin SARS-CoV-1 oli parikymmentä vuotta sitten. SARS-CoV-1 alkoi myös levitä useista eläimiltä ihmisille päätyneistä tartunnoista. Molempien virusten ensimmäiset tartunnat tapahtuivat marraskuussa, molemmat virukset voivat tartuttaa suhteellisen laajaa joukkoa eläimiä ja toreilla oli merkittävä rooli ensimmäisissä tartunnoissa.

SARS-CoV-1:tä esiintyi etenkin Wuhanin ympäröivällä maaseudulla. Laajalti Guangdongissa leviämään lähtenyt SARS-CoV-1 olikin läheisempää sukua Wuhanin maaseudun farmeilta löytyneelle virukselle kuin Guangdongin maaseudun virukselle. Onko Hubein, eli Wuhanin maakunnan, eläintuotanto sitten syypää SARS-virusten leviämiselle? Ehkä.

Ainakaan maailma ei tuntunut juuri oppivan SARS-CoV-1:n aiheuttamasta vaarasta ja lähes-pandemiasta.

Maailman terveysjärjestö WHO kirjoitti vuonna 2003, että on epätodennäköistä, että SARS palaa vakavampana. WHO listasi viisi syytä: taudinaiheuttajien valvonta on tehokasta, rajoitustoimet ovat hyvin tunnettuja ja tehokkaita, diagnostiikka ja testaus tehostuu tulevaisuudessa, WHO:n toimintavaltuudet ovat laajentuneet eikä ole enää todennäköistä, että valtiot pimittäisivät tietoa tunnistetuista tartunnoista.

Maailman terveysviranomaiset taisivat epäonnistua näistä kaikissa.

Kommentit (8)

Vierailija
9/8 | 

Mielenkiintoista jargonia tämä kirjoitus sisältää. Ohjausta hellävaraisesti jottei todelliseen syyhyn katse kiinnittyisi? Kyllä on tiede karannut kauas siitä miksi joskus kaikesta kiinnostuin.

Lena Oan
15/8 | 

I admire how all of the students put lots of detail into the intros of there writings. Just because of the extra detail in the beginning i was hooked on and i am not even writing at that level yet, i´m also no college admission officer writing essay.

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Seuraa 

Kaiken takana on loinen

Tuomas Aivelo on ekologian ja evoluutiobiologian tutkijatohtori Helsingin yliopistossa. Hän karkaa arjestaan tutkimaan Helsingin viemärirottia, punkkeja ja metsämyyriä Alpeille, pohtimaan biologian oppimista tai ihan vain ihastelemaan loisia.

Teemat

Hae blogista

Blogiarkisto

2018
2017
Heinäkuu
2016
2015
2014
Sisältö jatkuu mainoksen alla