Molekyylien rakenteen esittäminen

Seuraa 
Viestejä45973
Liittynyt3.9.2015

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/c ... cid-2D.png

Voidaanko kaikki molekyylit esittää 2D-kuvina?

Kommentit (6)

Vierailija

Kaipa niistä kaikista tuommoinen kaavakuva voidaan piirtää, mutta jos oikeaa muotoa haluaa niin täytyy turvautua (mahdollisesti pyöriteltäviin) 3d-kuviin tai hakea ihan tietoa sidosten kulmista ynmuista.

Vierailija
tupakka
Kaipa niistä kaikista tuommoinen kaavakuva voidaan piirtää, mutta jos oikeaa muotoa haluaa niin täytyy turvautua (mahdollisesti pyöriteltäviin) 3d-kuviin tai hakea ihan tietoa sidosten kulmista ynmuista.

Mutta eikö periatteessa pitäisi olla mahdotonta tehdä 2D-kuvaa monimutkaisista molekyyleistä jotka elävät 3D-avaruudessa?

Vierailija

Joo jos ei ole tarvetta tietää/kertoa niiden 3-ulotteista rakennetta.
3D rakenteenkin esittäminen onnistuu yksinkertaisilla molekyyleillä 2D kuvilla lisätietojen avulla.
Esittämäsi kaltaisissa kaavoissa eri viivojen suunnilla ei ole mitään väliä, ne eivät yksinään kerro 3D rakenteesta mitään.
Yritä pienentää vähän kuvaa tai sen voi ehkä poistaakin tarpeettomana.
Tässä aluksi luettavaa, http://fi.wikipedia.org/wiki/Cis-trans-isomeria
Vähän lisää, http://fi.wikipedia.org/wiki/Optinen_isomeria
En lukenut tarinoita läpi, pikaisesti näytti siltä että isompia virheitä ei ehkä ole.

Vierailija
anaro
tupakka
Kaipa niistä kaikista tuommoinen kaavakuva voidaan piirtää, mutta jos oikeaa muotoa haluaa niin täytyy turvautua (mahdollisesti pyöriteltäviin) 3d-kuviin tai hakea ihan tietoa sidosten kulmista ynmuista.

Mutta eikö periatteessa pitäisi olla mahdotonta tehdä 2D-kuvaa monimutkaisista molekyyleistä jotka elävät 3D-avaruudessa?



Ei. Muutenkaan en nyt tähän hätään keksi mitään sellaista molekyyliä, jota ei voisi kohtuu helposti 2d-tasolle tehdä.

Ota huomioon, että monesti kaavakuvista poistetaan vedyt tai sisällytetään lyhenteisiin, kuten CH3 jne. Isojakin molekyylejä(kuten vaikkapa DNA) voidaan esittää 2d-kuvina, tosin ei ihan tuossa sinun näyttämäsi kuvan muodossa. Yksittäiset alkuaineet korvataan ryhmillä ja vähän suoristellaan molekyyliä niin kyllä siitä aina jonkun kuvan saa.

hmk
Seuraa 
Viestejä867
Liittynyt31.3.2005

Jokaisella 3d-objektilla (siis myös molekyyleillä) on toki olemassa projektio mielivaltaiselle 2d-tasolle.

On kyllä olemassa molekyylejä, joiden 2d-projektiossa osa sidoksista menee välttämättä ristiin/päällekkäin muiden sidosten (tai atomien) kanssa -- riippumatta siitä, kuinka niitä sidoksia koittaisi venyttää tai taivuttaa (kunhan ei katkaise). Katenaanit ovat yksi esimerkki tällaisista molekyyleistä:

http://en.wikipedia.org/wiki/Catenane

In so far as quantum mechanics is correct, chemical questions are problems in applied mathematics. -- H. Eyring

Vierailija

2D kuva voidaan aina tehdä, mutta ne kuvat eivät aina ole kovinkaan havainnollisia tai selkeitä, vaan pikemminkin kaottisia sykkyröitä. Esim pallohiilen, EDTA:n ja proteiinien esittäminen 2D muodossa on hieman ongelmallista.

Metaani. Molekyylin vedyt sojottavat kolmiuloitteisesti eri suuntiin ja niiden suuntia on pyritty esittämään eri tyyppisillä viivoilla. Muistaakseni paksuneva viiva tarkoittaa kuvasta katsojaan päin osoittavaa sidosta ja katkoviiva on taas vastakkaiseen suuntaan osoittava.

Rengasmainen glukoosi on varsin haasteellinen kuvata 2D avaruudessa, sillä jokaisen OH ryhmän suunnalla on merkitystä. Rengas ei myöskään ole aivan litteä vaan pikemminkin sekalaisen vänkyrä joka suuntaan.

Tässä kuvassa EDTA molekyyli on tarrannut "kouralla" kiini johonkin metalliin. 2D kuva havainnollistaa tilanteen, mutta siinä joutuu käyttämään jo vähän mielikuvitusta.

C-60 hiilipallon 2D kuva. Siinä useat sidokset ja atomit jäävät etualalla olevian kohteiden taakse piiloon ja sidosten pituudet eivät kuvasta todellisuutta. Kuva ei ole yksiselitteinen, vaan pikemminkin havainnollinen jos sitäkään.

Tuossa on esitetty hiiliputki. Tuon molekyylin litistäminen 2D kuvaksi ei olisi kovinkaan järkevää. Minkähänlainen sekasotku siitäkin tulisi.

Myoglobiiniproteiini. Tämä molekyyli on niin järjettömän kokoinen ettei yksittäisiä atomeja edes haluta esittää. Kuva on parhaimmillaankin kaoottinen ja sekava 2D versiona. Tästä syystä suuria molekyylejä mielellään katselee 3D kuvina.

Yksinkertaisten molekyylien kohdalla 2D esitys riittää oikein hyvin.

Heksaani on siitä harvinainen molekyyli, että se on aivan kokonaan nätisti litistettävissä kaksiuloitteiseksi kuvaksi kunhan vedyt pudotetaan kuvasta pois.

Bentseenin kohdalla vetyjäkään ei tarvitse jättää kuvasta kun molekyyli on valmiiksi kaksiulotteinen.

Uusimmat

Suosituimmat