Sivut

Kommentit (140)

Pine
Seuraa 
Viestejä251

Geenien säätelyalueiden mutaatioita tunnetaan paljon ja niiden vaikutuksia on tutkittu jo ainakin 20 vuotta. Ei siinä ole mitään uutta. Geenien säätelyalueet muodostavat nykytiedon mukaan vain hyvin pienen osan ihmisen genomista.
Yli puolet ihmisen genomista koostuu toimimattomista transposonien ja RNA-virusten jäänteistä. Valtavasta hypetyksestä huolimatta kukaan ei edelleenkään ole pystynyt osoittamaan että niillä olisi jotakin toiminnallista tehtävää ts. roska-DNA on edelleenkin roskaa.

Pine
Geenien säätelyalueiden mutaatioita tunnetaan paljon ja niiden vaikutuksia on tutkittu jo ainakin 20 vuotta. Ei siinä ole mitään uutta. Geenien säätelyalueet muodostavat nykytiedon mukaan vain hyvin pienen osan ihmisen genomista.
Yli puolet ihmisen genomista koostuu toimimattomista transposonien ja RNA-virusten jäänteistä. Valtavasta hypetyksestä huolimatta kukaan ei edelleenkään ole pystynyt osoittamaan että niillä olisi jotakin toiminnallista tehtävää ts. roska-DNA on edelleenkin roskaa.



Nykydarwinismin mukaan uskotaan todella näin olevan, ja onhan liki puolen genomista toimivaksi "tunnustaminen" melko radikaali myönnytys. On kuitenkin tunnustettava, että tiedeyhteisö on innoissaan ja hypettää kovasti (vastustajia kuten Larry Moran tietysti lukuunottamatta). Vaikka Moran taitaa jo vähän suurentaneen toimivan "roskan" väittämäänsä osuutta.

Darwinistiseen viitekehykseen isossa mittakaavassa kuuluu kumminkin melkein poikkeuksetta ilmiö, että kehityksen kuluessa alkuperäisessä yhteydessään tarpeettomaksi tulleet ruumiinosat, joita ei ole kokonaan poistettu, ovat saaneet uuden, usein mutta ei aina vähäpätöisemmän tehtävän. Esimerkiksi ihokarvojen suuri merkitys ilmeni äskettäin (kirjoitin siitä jossain ketjussa), vaikka niitä ei enää käytetäkään kylmyydeltä suojautumiseen.

Niinpä voisi otaksua jo itsesimilaarisuuden lain perusteella, että genomin pienessä mittakaavassakin poistamattomilla osilla on oltava jokin, vaikka miten vähäpätöiseltä tuntuva tehtävä. Tämä on tietysti vain hypoteesi, jos sitäkään. Olisi ehkä kiinnostavaa muuttua pieneksi (kuten jotkut kemian nerot ovat kuulemma tehneet) ja kulkea pitkin genomia koputellen vaikkapa jollain koettimella geeniä toisensa jälkeen saadakseen selville, onko siellä "elämää". Toisin sanoen, voiko geeni tehdä jotain esim. hyvin muuttuneissa oloissa.

DNA:lla on toki paljon enemmän ulottuvuuksia kuin proteiinien tuotto (muistin juuri). Aion tsekata hieman näitä, jos niistä löytyisi jotain tukea uskomukselle, että melkoisella osalla "roskaa" onkin joku yllättävä tehtävä tai merkitys..

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Pine
Seuraa 
Viestejä251
P.S.V.
On kuitenkin tunnustettava, että tiedeyhteisö on innoissaan ja hypettää kovasti (vastustajia kuten Larry Moran tietysti lukuunottamatta). Vaikka Moran taitaa jo vähän suurentaneen toimivan "roskan" väittämäänsä osuutta.

En tiedä keitä sinun tiedeyhteisöösi kuuluu, mutta lähes kaikki tuntemani tieteentekijät on Larry Moranin kanssa samoilla linjoilla mitä roska DNA:han tulee.

Pine
P.S.V.
On kuitenkin tunnustettava, että tiedeyhteisö on innoissaan ja hypettää kovasti (vastustajia kuten Larry Moran tietysti lukuunottamatta). Vaikka Moran taitaa jo vähän suurentaneen toimivan "roskan" väittämäänsä osuutta.

En tiedä keitä sinun tiedeyhteisöösi kuuluu, mutta lähes kaikki tuntemani tieteentekijät on Larry Moranin kanssa samoilla linjoilla mitä roska DNA:han tulee.



Muistelen, että Larry Moran kannatti äskettäin jotain 8 prosenttia roskageeneistä funktionaalisiksi. Ja vähän myöhemmin taisi arvio olla hiukan suurentunut. Joka tapauksessa F.C.H.Crickin ajatuksia joskus 80-luvulla luettuani olen ollut varma, että ne ovat vääriä mitä tulee roskageeneihin, uniin (Crick yritti keksiä syyn unille) jne. Yhdessä asiassa Crick oli kuitenkin mielestäni oikeassa kirjoittaessaan Sci.Am.:issa, että tietoisuuden tutkimus vaatii radikaalia poikkeamista normaalista ajattelusta (sanamuotoa en tietenkään enää 30 vuoden takaa muista). Siitä tuli yksi ajatteluni johtotähdistä.

Ketäkö "minun tiedeyhteisööni" kuuluu? Ihan tavallisia professoreita tai post.doceja eri yliopistoista. Ja heistäkin vain niitä, jotka näkevät uuden genetiikan säätelyalueineen olevan huomattava tieteellinen edistysaskel. Termi "minun tiedeyhteisöni" muuten tarkoittaa minulle vain sitä, että uskon tai luulen heidän olevan voittopuolisesti oikeassa.

Nykyisin kai tuollainen 25% "roskageeneistä" on melkoisella varmuudella osoitettu joissakin oloissa funktionaalisiksi, tehtävän omaaviksi. Ihan pian aion myös kertoa, mistä olen päätynyt tähän näkemykseen. Eli siis aion luetella melkoisen joukon viime vuosina julkaistuja tutkimuksia, joissa funktionaalisten geenien osuuden nähdään olevan tuota luokkaa. Onhan tuo 25% varsin pieni osa koko genomista. Mutta jotkut kaikesta päätellen ihan oikeat tutkijat (joista piakkoin kerron), vaikuttavat hyvinkin innostuneilta..

Hei,
en nyt ole pysynyt kärryillä, millaisista roskageeniosuuksista tässä ketjussa on puhuttu, mutta tiedoksi että uusimmassa Naturessa on juttu missä todetaan, että 80 prosentille genomista on saatu määriteltyä jonkinlainen funktio. En kuitenkaan ole kuullut, että roska-DNA:n käsitteestä olisi luovuttu, ts. käsitys sen olemassaolosta on yleisesti voimassa ellei toisin todisteta.

"Among the many important results there is one that stands out above them all: more than 80% of the human genome's components have now been assigned at least one biochemical function."

Charles
Hei,
en nyt ole pysynyt kärryillä, millaisista roskageeniosuuksista tässä ketjussa on puhuttu, mutta tiedoksi että uusimmassa Naturessa on juttu missä todetaan, että 80 prosentille genomista on saatu määriteltyä jonkinlainen funktio. En kuitenkaan ole kuullut, että roska-DNA:n käsitteestä olisi luovuttu, ts. käsitys sen olemassaolosta on yleisesti voimassa ellei toisin todisteta.

"Among the many important results there is one that stands out above them all: more than 80% of the human genome's components have now been assigned at least one biochemical function."




Ja tässä on ENCODE tutkimustuloksen uutisointia eri puolilla maailmaa.

http://www.google.fi/#hl=fi&sclient=psy ... .r_pw.r_qf.

Larry Moran ja hänen kommentoiva tiedeyhteisönsä on jyrkästi toista mieltä: roska on pelkkää roskaa - monen mielestä jo pelkästään uskonnollisista syistä. Olettaisin, että ENCODE-projekti on heidän mukaansa huonoa, virheellistä tiedettä niinkuin Moran on aiemmin kirjoittanut niistä, jotka ovat luulleet löytäneensä roskasta merkittäviä määriä funktionaalisuutta. Tiedeyhteisö näyttää jakautuneen kahteen leiriin (ja tietysti ulkopuolisiin), joiden näkemykset ovat suoranaisia vastakohtia toisilleen. Tilanne alkaa käydä jännittäväksi.

http://sandwalk.blogspot.fi/2012/09/enc ... f-our.html

Pine
Seuraa 
Viestejä251
P.S.V.

Larry Moran ja hänen kommentoiva tiedeyhteisönsä on jyrkästi toista mieltä: roska on pelkkää roskaa - monen mielestä jo pelkästään uskonnollisista syistä. Olettaisin, että ENCODE-projekti on heidän mukaansa huonoa, virheellistä tiedettä niinkuin Moran on aiemmin kirjoittanut niistä, jotka ovat luulleet löytäneensä roskasta merkittäviä määriä funktionaalisuutta. Tiedeyhteisö näyttää jakautuneen kahteen leiriin (ja tietysti ulkopuolisiin), joiden näkemykset ovat suoranaisia vastakohtia toisilleen. Tilanne alkaa käydä jännittäväksi.

Larry Moran tietääkseni ateisti eikä tunnusta mitään uskontoa.
Itse ymmärsin nuo blogi-kommenttien lähinnä arvostelevan tapaa jolla tutkimus tuotiin julki (lehdistötiedote ja artikkelin abstrakti). Niissä ei niinkään ole arvosteltu itse tutkimusta tai muutamaa kaunaista kommenttia lukuun ottamatta edes Larry Morania. Tuo pari päivää sitten tehty julkistus oli massiivinen noin 30 julkaisua eri lehdissä. Tuskin kukaan on vielä ehtinyt tutustua kunnolla sen sisältöön että niin osaisi sanoa siitä vielä paljoakaan.
Kritiikki on tähän mennessä lähinnä kohdistunut tuohon ilmaisuun "80% is functional" mistä tässä ketjussakin mainittiin. Itse asiassa kirjoittajat tarkoittivat että 60%:lla "specific biochemical activity" ja vain 20 %:lla on jokin toiminnallinen tehtävä.

Ewan Birney (ENCODE projektin johtaja) selittää tätä omassa blogissaan
http://genomeinformatician.blogspot.fi/2012/09/encode-my-own-thoughts.html
Kun toimittaja esittää kysymyksen:
"Ok, fair enough. But are you most comfortable with the 10% to 20% figure for the hard-core functional bases? Why emphasize the 80% figure in the abstract and press release? "
Niin Ewan mm. vastaa:
"We use the bigger number because it brings home the impact of this work to a much wider audience."
Eli he käyttivät tuota suurempaa lukua lisätäkseen oman tutkimuksensa vaikuttavuutta ja näkyvyyttä!
On sääli, että noinkin kokenut ja suuresti arvostamani tutkija kuin Ewan Birney sortuu tuollaiseen.

Pine
Kritiikki on tähän mennessä lähinnä kohdistunut tuohon ilmaisuun "80% is functional" mistä tässä ketjussakin mainittiin. Itse asiassa kirjoittajat tarkoittivat että 60%:lla "specific biochemical activity" ja vain 20 %:lla on jokin toiminnallinen tehtävä.
Eli he käyttivät tuota suurempaa lukua lisätäkseen oman tutkimuksensa vaikuttavuutta ja näkyvyyttä!



Näin se ilmeisesti on. Samanlaista on kuulemma esiintynyt jopa fysiikassa. Kun Einsteinin yleistä suhteellisuusteoriaa ensi kertaa testattiin auringonpimennyksen aikana, Eddington antoi sopivia lukuja likimain omasta päästään, muistelen lukeneeni.

http://www.prometheus.fi/tiede/einstein.htm

Mutta mitä sitten merkitsee "biokemiallinen aktiivisuus", jää nähtäväksi. Oma arvaukseni on, että sillä voi olla yhteyttä DNA-molekyylin muihin kuin joitakin tuotteita tuottaviin ulottuvuuksiin. Tästä laitoin Moranin blogiin lyhyen kommentinkin. Lyhyen siksi, kun en löytänyt nettipaikkaa, jossa ko. ulottuvuuksista kerrottiin. Jos löydän, niin tarkistan asian.

Voihan biokemiallisella aktiivisuudella olla yhteyttä myös niihin "konformaatioihin", joita DNA:n on otettava mahdollistaakseen esim. proteiinien tuoton. Biokemiallisella aktiivisuudella voitaisiin ehkä myös säädellä DNA:ssa mahdollisesti kulkevia heikkoja ääni-.sähkö- ja sähkömagneettisia virtoja.

Tutkimusten mukaan noin 80% non-coding DNA:sta omaa biokemiallisen aktiivisuuden, vaikka vain noin 20%:lle on löytynyt säätelytehtävä. Mitä tarkoittaa biokemiallinen aktiivisuus? Ensi kättelyssä varmaan sitä, että biokemiallisesti aktiiviset geenit osoittavat "elonmerkkejä", joiden perusteella on arveluttavaa kutsua niitä pelkäksi roskaksi, vaikka niiden erityistä funktiota ei vielä tiedetäkään.

Biokemiallisella aktiivisuudella voi olla muita kuin välittömään proteiinintuottoon säätelyineen liittyviä tehtäviä. Nämä voivat monin tavoin vaikuttaa DNA-molekyylien fysikaalisiin, proteiinintuotossa tai jossain muussa tehtävässä tarvittaviin ominaisuuksiin ja tiloihin.

Vime vuosina DNA-molekyyliä on tutkittu jonkin verran, joskaan ei varmasti riittävästi, myös fysikaalisten ja sitä lähellä olevien ominaisuuksien kannalta.

http://www.astrobio.net/pressrelease/39 ... shapes-dna

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 091122.htm

Aina ei tule ajatelleeksi, että DNA-molekyylillä solussa on yllään jatkuvasti muuttuva vesikerros, jonka muutokset vaikuttavat usein ratkaisevasti DNA:n biologiseen funktioon. DNA:ta ympäröivä vesikerros myös vaikuttaa moneen asiaan, muun muassa siihen, miten muut biomolekyylit voivat kytkeytyä DNA:han. Vesikerros myös paljolti ohjaa DNA:n konformaatioita. Se vaikuttaa myös DNA:n optisiin, elektronisiin ja mekaanisiin ominaisuuksiin.

Vesitupen äärimmäisen tarkoin strukturoituneet (ja struktuuriaan muuttavat) vesimolekyylit ovat avainasemassa jonkun proteiinin etsiessä paikkaa, johon sen tulisi kiinnittyä DNA:ssa. Vesituppi vaikuttaa myös esim. huumeiden ja lääkeaineiden kiinnittymispaikkoihin.

Vesikerros toimii myös erittäin tarkkana kytkimenä, jota DNA itse voi säädellä esimerkiksi aiheuttaakseen itselleen äkillisen konformaationmuutoksen johonkin kohtaan. Vesikerron voi myös ratkaista, mitä biokemiallisia tuotteita DNA:sta kullakin hetkellä voidaan päästää ulos.

Joissakin viruksissa DNA on pakattuna kiteen kaltaiseksi tiheäksi möykyksi, johon varastoitu energia auttaa virusta ampumaan DNA:nsa tehokkaasti uhriin. Jotta DNA voisi ahtautua näin tiheään muotoon taittuen liki tuhat kertaa, silla on oletettavasti useita osin vielä tuntemattomia vuorovaikutuksia viruksen solumekanismien kanssa. Tutkijat puhuvat biologisesta moottorista pakkautumisen aikaansaajana. Jotain vastaavaa oletettavasti tapahtuu myös normaalissa solussa.

http://www.amazon.com/Charge-Migration- ... 3540724931

Sähkövarausten kulkua DNA-molekyyliä pitkin on viime aikoina voitu tutkia kokeellisesti ja teoreettisesti, lähinnä kvanttifysiikan keinoin. Sähkövaraukset kuljettavat merkittävää DNA:n toimintoihin liittyvää informaatiota. Sähkövarausten liikkumisen helpottamiseksi DNA kehittää ääniaaltopulsseja, fononeita. (Nämä ovat fotonien tavoin Nambun-Goldstonen bosoneita)

http://news.pillaicenter.com/archives/92

Professori F-A. Popp on tutkimuksissaan varmistanut biofotonien olemassaolon. Kaikki solut säteilevät (emittoivat) valoa. Popp toteaa:"uimme valon valtameressä.." Popp on osoittanut, että elävän solun DNA ottaa ja päästää fotoneita biofotoniemissiossa, joka säteilee kautta soluverkon. Biofotonien säteily ilmeisesti kantaa informaatiota solussa ja solusta soluun.

You may view a video, Living Light, containing an interview with Professor Fritz-Albert Popp explaining his research in more detail.

http://scitechstory.com/2010/06/29/quan ... -together/

Fotosynteesin on jo varmistettu käyttävän kvanttifysiikan "mystisintä" ilmiötä, kvanttilomittumista. Teorian mukaan myös DNA:ssa esiintyisi kvanttilomittuminen. Tätä teoreettista tulosta ei tosin ole vielä voitu todistaa. (Olisi kyllä merkillistä, jos evoluutio jättäisi käyttämättä jonkunkaan edistyksellisen fysiikan lain.)

Kvanttilomittuminen DNA:ssa perustuisi siihen, että kukin nukleotidi saisi ympärilleen elektronipilven muistuttaen siten atomia. Näin saadut "atomit" värähtelisivät parittain muodostaen harmonisen värähtelijän. Teorian mukaan tästä seuraisi kvanttikietoutuminen ja informaation välitön, ylivalonnopeudella tapahtuva siirtyminen.

Onko DNA kvanttikietoutunut vai ei? Aika näyttää. Edellä on mainittu ainoastaan muutamia monista tutkituista ilmiöistä, joita elävän solun DNA läpikäy. Monissa tapauksissa geenin osoittautuminen "eläväksi", mihin biokemiallinen aktiivisuus viittaa, voi olla ellei oleellinen, niin ainakin hyödyllinen olotila kaiken tarvittavan tapahtumiseksi DNA:n ja koko solun hyvinvointia edistäen.

P.S.V.
Fotosynteesin on jo varmistettu käyttävän kvanttifysiikan "mystisintä" ilmiötä, kvanttilomittumista. Teorian mukaan myös DNA:ssa esiintyisi kvanttilomittuminen. Tätä teoreettista tulosta ei tosin ole vielä voitu todistaa. (Olisi kyllä merkillistä, jos evoluutio jättäisi käyttämättä jonkunkaan edistyksellisen fysiikan lain.)

Kvanttilomittuminen DNA:ssa perustuisi siihen, että kukin nukleotidi saisi ympärilleen elektronipilven muistuttaen siten atomia. Näin saadut "atomit" värähtelisivät parittain muodostaen harmonisen värähtelijän. Teorian mukaan tästä seuraisi kvanttikietoutuminen ja informaation välitön, ylivalonnopeudella tapahtuva siirtyminen.

Onko DNA kvanttikietoutunut vai ei? Aika näyttää. Edellä on mainittu ainoastaan muutamia monista tutkituista ilmiöistä, joita elävän solun DNA läpikäy. Monissa tapauksissa geenin osoittautuminen "eläväksi", mihin biokemiallinen aktiivisuus viittaa, voi olla ellei oleellinen, niin ainakin hyödyllinen olotila kaiken tarvittavan tapahtumiseksi DNA:n ja koko solun hyvinvointia edistäen.




Mielenkiintoisen hämmästyttävää ja toisaalta varsin luonnolliselta tuntuvaa - ihminen pyrkii yhdistämään konetekniikkaa eläviin kudoksiin ja onnistuukin siinä, esim. tekojalat, joilla juostaan kilpaa. Mikrotasolla elävät kudokset jo ovat kyberneettisiä ja niin on oltava, muutenhan emme voisi puhua elävistä eläimistä erotukseksi mekaanisista koneista.

Darwin todella kääntyisi haudassaan silkasta innosta ...

Äskettäinen ENCODE-tutkimuksen tulos, jonka mainostettiin osoittavan ainakin 80% geeneistä funktionaalisiksi, tehtävän omaaviksi, herätti vastalauseiden myrskyn. Tutkijat eivät osanneetkaan ilmoittaa olettamaansa tehtävää. Nyt tehdyn uuden tutkimuksen perusteella voidaan sanoa, että ainakin kaikella syntyvällä RNA:lla on funktio.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 084940.htm

http://www.nature.com/nature/journal/va ... 11508.html

Funktionaalisen genomiikan teknologiaryhmän johtaja Piero Carninci toteaa: Iloksemme olemme huomanneet, että pitkillä ei-koodaavilla RNA-molekyyleillä on lisätehtävä. Siitä lähtien, kun aikoinaan keksittiin, että suurin osa genomista tuottaa niin monia ei-koodaavia RNA-molekyylejä, on yleisesti epäilty että näillä RNA-molekyyleillä ei olisikaan tehtävää. Nyt on tehty merkkitutkimus, jossa on tunnistettu uusi ei-koodaavien RNA-molekyylien luokka, joilla on ratkaiseva säätelytehtävä. Ne lisäävät proteiinien tuottoa.

Lisäksi tätä tehtävää välittävät toistuvat DNA-elementit (repetitive elements), joita tähän mennessä on pidetty "roskaa" olevana genomin osana. Tämä viittaa siihen, että käsitystä, jonka mukaan suurin osa genomia on "roskaa", olisi korjattava. Jokaisella genomin osalla saattaa olla piilevä funktio, jota emme vielä ymmärrä.

Artikkelin julkaissut Nature-lehti toteaa: Tämä aineisto paljastaa vielä toisen kerroksen geenin ilmenemisen säätelyssä käännöksen jälkeen vaikuttavalla tasolla.

Jännittäviä tuloksia, jotka herättävät epäilyn, että genomin ja sen aktiivisen ympäristön tiimoilta tulee vielä löytymään jotain, josta ei ole uneksittukaan..

[size=85:2ti93ves]We are delighted to see that there is one more function for long non-coding RNAs," says Piero Carninci, Team Leader at RIKEN OSC. "Since the initial discovery that the majority of the genome produces so many non-coding RNAs, there has been a general skepticism related to the possible function of these RNAs. This is a milestone study identifying a novel class of non-coding RNAs which have a key regulatory function, enhancing protein translation. Additionally, this function is mediated by repetitive elements, so far generally considered the 'junk' fraction of the genome, suggesting that the concept that most of the genome is 'junk' should be revisited. After all, there may be function embedded in any part of the genome, which we do not yet understand." Artikkelin julkaissut Nature-lehti

The Nature paper concludes: "These data reveal another layer of gene expression control at the post-transcriptional level." [/size:2ti93ves]

Nisäkkäät, linnut ja kalat huolehtivat jälkeläisistään, samoin muun muassa jotkut sammakot ja monet hyönteiset. Tutkijat yllättyivät huomatessaan, että niinkin "alkeellinen" olio kuin hiivasolu käyttäytyy aidon emon tavoin uhrautuvasti silmikoimiaan jälkeläisiä kohtaan. Se antaa jälkeläisilleen ainakin mitokondrioitaan tarvittaessa vaikka menehtyen itse.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 142752.htm

https://wiki.helsinki.fi/display/solu/Mitokondrio

http://www.google.fi/search?q=yeast+bud ... 80&bih=668

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Kg3.jpg

Herää kysymys, onko mitokondrioissa roskageenejä. Biologit varmaan osaavat vastata. Oma näkemykseni on (tällä hetkellä), että ainakaan hiivaemon mitokondrioiden DNA:ssa ei ole roskageenejä, tarpeetonta perintöainesta. Ei luulisi emon tarjoavan "lapsilleen" roskaa. Mutta jos on, kertokaa.

Mitokondrioista vielä (sivuhuomautuksena), että huonovointiset mitokondriot saa kuntoon kolmen kuukauden kuurilla tummaa suklaata.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 132259.htm

Monta vuotta tutkijat jättivät huomiotta ne genomin alueet jotka koodaavat pieniä microRNA-molekyylejä, jotka eivät koodaa proteiineja. Ne jätettiin huomiota, koska silloinen paradigma ja paradigman luoneet huippugeneetikot olivat niin opettaneet.

MicroRNA-molekyyleillä on tärkeä tehtävä: ne mm. säätelevät sikiönkehityksessä tapahtuvaa proteiinien koodausta, jonka on oltava tarkasti ajoitettua ja sisällettävä oikeat määrät proteiinia.

Mistä sitten johtuu, että microRNA:n tehtäviä ei ole tutkittu aikaisemmin? Perussyy lienee virheellinen uskomus proteiineja koodaamattomasta roskaDNA:sta. Toinen syy lienee seuraus edellisestä: microRNA jätettiin huomiotta ja pidättäydyttiin aktiivisesti siitä, että kehitettäisiin niiden tehtäviä paljastavia metodeja ja tutkimuslaitteita. Roskaa uskottiin olevan turha tutkia.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 091556.htm

http://genesdev.cshlp.org/content/26/23/2567
[size=85:3qjr9dog]
So, for many years, scientists dismissed the regions of the genome that encode these small, non-protein coding RNAs as "junk."

We now know that microRNAs are far from junk. They may not encode their own proteins, but they do bind messenger RNA, preventing their encoded proteins from being constructed. In this way, microRNAs play important roles in determining which proteins are produced (or not produced) at a given time.

"We've now shown that microRNAs are powerful regulators of embryonic cell fate," Mercola says. "But our study also demonstrates that screening techniques, combined with systems biology, provide a paradigm for whole-genome screening and its use in identifying molecular signals that control complex biological processes."[/size:3qjr9dog]
[size=85:3qjr9dog]
MicroRNAs are increasingly recognized as an important part of both normal cellular function and the development of human disease.[/size:3qjr9dog]

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 192838.htm

Hyppivät geenit puolestaan säätelevät tutkimuksen mukaan lincRNA-molekyylien eri kudoksissa eri tavoin tapahtuvaa (kudosspesifiä) ilmentymistä. Tutkija tosin toteaa tämän tutkimuksen pelkästään raaputtavan sen tapahtumajoukon pintaa, joilla hyppivät geenit vaikuttavat lincRNA-molekyylien toimintaan (tehtäviin).

[size=85:3qjr9dog]What is clear is that transposable elements may control the tissue-specific expression of lincRNAs, thereby affecting the evolution and function of lincRNAs with important regulatory roles. Following on from these results, it will be interesting to determine other ways hopping genes may have shaped lincRNA evolution. Kelley notes that "This study merely scratches the surface of the possible roles of transposable elements influencing lincRNA function."[/size:3qjr9dog]

http://stke.sciencemag.org/cgi/content/ ... /5/242/re5

Pseudogeenejä on kauan luultu toimimattomiksi ja sen vuoksi merkityksettömiksi. Uusi tutkimus on osoittanut, että pseudogeenien DNA, pseudogeenien tuottama RNA ja pseudogeeneihin liittyvä proteiini omaavat useita eri funktioita, jotka kohdistuvat genomin eri osiin.

Pseudogeenit ovat osoittautuneet aiemmin huomiotta jätetyksi geneettisen ilmaisun hienosäätöiseksi säätelijäluokaksi, jolla on monipuolinen vaikutus syövän syntymisessä.

[size=85:3qjr9dog]Abstract: Because they are generally noncoding and thus considered nonfunctional and unimportant, pseudogenes have long been neglected. Recent advances have established that the DNA of a pseudogene, the RNA transcribed from a pseudogene, or the protein translated from a pseudogene can have multiple, diverse functions and that these functions can affect not only their parental genes but also unrelated genes. Therefore, pseudogenes have emerged as a previously unappreciated class of sophisticated modulators of gene expression, with a multifaceted involvement in the pathogenesis of human cancer.[/size:3qjr9dog]

Nyt alkaa näyttää siltä, että geenit, säätelijät, säätelijöiden säätelijät jne voisivat muodostaa yhtenäisen, erilaisista toiminnoista koostuvan kentän. Solu muodostaisi näin ollen liki ääretönulotteisen avaruuden, jonka koordinaatteja toiminnot tuloksineen olisivat. Kukin koordinaatti olisi seurausta spontaanista symmetriarikosta ja jokaisella koordinaatilla olisi oma tapahtumaa koossapitävä Nambun-Goldstonen bosoni (Nambu, nobel 2008). Eri koordinaatit olisivat jatkuvassa yhteydessä keskenään Feymnanin polkuintegraaleilla (Feynman, nobel 1965).

Koordinaatteihin kuuluisivat siis myös tuotteet, mukaanluettuna molekyylimoottorit.

http://news.sciencemag.org/sciencenow/2 ... r-dna.html

http://www.nature.com/news/synthetic-do ... ts-1.12279

Synteettisen DNA:n informaationvarastointikyky on osoittautunut varsin suureksi. Yhteen grammaan DNA:ta on jo varastoitu yli kaksi petatavua. Tietyissä oloissa tämä informaatio säilyy kauan ja on luettavissa virheettömänä.

Onko nyt tutkittu informaation varastointikyky toimivaa myös biologiassa? Tutkijan vastaus on kielteinen; biologinen informaatio on koodattuna DNA:han aivan erilaisella koodilla.

Kielteinen näkemys perustunee johonkin standardiseen näkemykseen solusta ja DNA:sta. Näkemykseen, joka ei ota huomioon monia elävässä solussa todennäköisesti operoivia fysikaalisia tekijöitä, joilla saattaa olla vanhan genetiikan valossa aavistamaton pääsy DNA:n syvärakenteisiin.

Paljolti selvittämätön on esimerkiksi erittäin monimutkainen säätelyjärjestelmien toiminta tiedonkulkuineen:

[size=85:316zsgvu] Nyt alkaa näyttää siltä, että geenit, säätelijät, säätelijöiden säätelijät jne voisivat muodostaa yhtenäisen, erilaisista toiminnoista koostuvan kentän. Solu muodostaisi näin ollen liki ääretönulotteisen avaruuden, jonka koordinaatteja toiminnot tuloksineen olisivat. Kukin koordinaatti olisi seurausta spontaanista symmetriarikosta ja jokaisella koordinaatilla olisi oma tapahtumaa koossapitävä Nambun-Goldstonen bosoni (Nambu, nobel 2008). Eri koordinaatit olisivat jatkuvassa yhteydessä keskenään Feymnanin polkuintegraaleilla (Feynman, nobel 1965).[/size:316zsgvu]

Vaikka Feynmanin polkuintegraaleja ei voida laskea tilanteen riittävästi monimutkaistuessa, voidaan kuitenkin olettaa niiden kytkevän vuorovaikutukseen solun osien ja DNA:n vähäisimmätkin nyanssit. DNA:lla voi olla kolmaskin, biologiassa toimiva koodijärjestelmä.

Voidaan myös muistaa, että eliöiden hahmojen ja toimintojen muotoutuminen geenien nykyään tunnetusta informaatiosta on yksi biologian terra inkognita -alueista.

Hamppu
Seuraa 
Viestejä1146
P.S.V.
http://news.sciencemag.org/sciencenow/2013/01/half-a-million-dvds-in-you...

http://www.nature.com/news/synthetic-do ... ts-1.12279

Synteettisen DNA:n informaationvarastointikyky on osoittautunut varsin suureksi. Yhteen grammaan DNA:ta on jo varastoitu yli kaksi petatavua. Tietyissä oloissa tämä informaatio säilyy kauan ja on luettavissa virheettömänä.


Ei ole varastoitu yli 2 petatavua, vaan noin neljäsmiljardisosa siitä. Määrä joka sopii yli 20 vuotta vanhalle Amigan disketille. Tallennustiheys on vain ollut sellainen että JOS tuolla tiheydellä kirjoittaisi 2,2 petatavua dataa niin se sopisi grammaan tuota tavaraa.

P.S.V.
Onko nyt tutkittu informaation varastointikyky toimivaa myös biologiassa? Tutkijan vastaus on kielteinen; biologinen informaatio on koodattuna DNA:han aivan erilaisella koodilla.

Kielteinen näkemys perustunee johonkin standardiseen näkemykseen solusta ja DNA:sta. Näkemykseen, joka ei ota huomioon monia elävässä solussa todennäköisesti operoivia fysikaalisia tekijöitä, joilla saattaa olla vanhan genetiikan valossa aavistamaton pääsy DNA:n syvärakenteisiin.


Höpöhöpö. Kielteinen näkemys perustuu siihen että tutkija tietää mistä puhuu. Koodi on siksi täysin erilaista että tässä tapauksessa ei ole tarkoituskaan koodata mitään proteiineja ribosomien työstettäväksi, vaan koodi on nimenomaan räätälöity datan ehjänä säilyttämistä tietyissä olosuhteissa, ja luotettavaa lukemista nimenomaan heidän käyttämänsä lukulaitteen erityispiirteitä silmällä pitäen. Ja vieläpä moninkertaisin varmistuksin niin että se saataisiin vielä luettua vaikka sinne virheitä syntyisikin.

Ihan kiva että pistät linkkejä uutisiin, mutta omissa tulkinnoissasi niistä on kyllä lievästi sanoen parantamisen varaa.

Mitch Leslie on löytänyt eräärtä evoluution toimimattomaksi jäänteeksi katsotusta genomissa olevasta entsyymiryhmästä. Hänen Science-artikkelinsa nimi on "Kuolleet entsyymit osoittavat elonmerkkejä" (Dead Enzymes Shows Signs of Life).

Leslien mukaan eräät pseudoentsyymit ovat pitäneet tutkijoita narreina. Esimerkiksi klassinen pseudokinaasi CASK ei toimi kuten kinaasien uskottu toimivan. Tästä syystä on jäänyt havaitsematta sen todellinen toiminta.

Kymmenisen vuotta sitten kehittyi uskomus, että suuri joukko erilaisia entsyymejä oli tosiasiallisesti täysin tarpeettomia, susia. Vain joitakin tutkijoita jäi ihmetyttämään, mitä syytä järjestelmällä on tuottaa proteiineja, joilla ei ole mitään virkaa solun koneistossa. Oliko näiden proteiinien merkityksettömyys virhearvio?

Leslien mukaan kyseessä oli todella virhearvio. Monet epäaktiivisina pidetyt entsyymit eivät toimikaan entsyymeinä, niinkuin tutkijat olettivat, vaan monissa muissa erilaisissa rooleissa. Jotkut niistä auttavat "oikeita" entsyymejä tehtävässään. Toiset toimivat alustoina, joiden päälle proteiinit voivat asettua. Jotkut muut taas auttavat soluja kommunikoimaan, jotkut toimivat turvamiehinä saatellen proteiineja uusiin kohteisiin jne.

Ne osoittautuvat biologisesti todella tärkeiksi, toteaa proteiinikemisti Susan Taylor Kalifornian yliopistosta. Niiden säilymisellä on syy.

Monet pseudoentsyymit ovat siis osoittautuneet biologisesti funktionaalisiksi. Tavallisesti ne sijaitsevat DNA:ssa aktiivisten entsyymien yhteydessä, usein samassa kudoksessa.

Tästä seuraa luontevasti niiden säätelyky. Esimerkiksi yksi sitoutumiskyvyn omaava pseudoentsyymi sijoittaa aktiivisen etsyymin paikkaan, jossa se voi toimia. Toinen tekee mahdolliseksi erään entsyymin irtautumisen soluelimestä, jotta sen solukalvolle siirtyminen mahdollistuisi. Ilman avustavaa pseudoentsyymiä aktiivinen entsyymi ei pääsisi kohteeseensa ja olion immuunisuusvaste jäisi saavuttamatta.

Leslie toteaa, että tutkijat eivät enää voi olettaa tietävänsä, mitkä ovat hyödyllisiä ja mitkä hyödyttömiä solun asia.

Lähteet: Science ja Evolution News and Wiews

Oma kommentti: Yleisesti jo uskotaan, että kehossa ei ole toimimattomia elimiä tai kehon osia missään muualla kuin genomissa. Monien mielestä taas genomi on liki täynnä toimimatonta, tarpeetonta roskaa. Kuitenkin tarkempi tutkimus osoittaa, että yksi roska toisensa jälkeen osoittautuu biologisesti tarpeelliseksi, tehtävän omaavaksi.

Itse en tällä hetkellä usko tutkimuksen edistyessä genomiin jäävän paria prosenttia enempää suoraan biologisesti toimimattomia geenejä, joista niilläkin on perintöainesta koossa pitäviä ja sitä fysikaalisilla ominaisuuksilla vahventavia tehtäviä.

Sanoo: IC-teoreetikko (Intelligent Cell -teoreetikko)

Paul M
Seuraa 
Viestejä8643
Paul M
Uusi käsite meikäläiselle. Koska tiedän DNA:sta kaiken voin tyrmätä roska-DNA:n idean. DNA:lla on ulottuvuus, jota ei ole vielä tajuttu. Se liittyy elimien ja eliöitten muotoon ylipäätään, joka on koodissa eri tavalla kuin on kuviteltu. Nyt ei ehdi enempää kun on kiire töihin.



Tämä jäi kesken kun oli kiire.

Tarkoittamani ulottuvuus tulee alkeellisesti esiin sähköisessä koronapurkauksessa. Purkauksen visuaalinen - jopa valokuvattava - muoto toistaa jotain eliön ulkopuolellakin. Se on sitä perimäaineksen aiheuttamaa makroskooppista painetta.

Kannattaa huomata, että elintehtailussa elin vaatii ympärilleen fyysisen makrorakenteen oikein kasvaakseen. Ja se rakenne on aivan täsmälleen se, jossa elin kasvaa kehossa. Sen lisäksi, että elin luo oman muotonsa, se vaatii ympäristöltään muottiominaisuuden. Tämä on kytkentä makroskooppiseen rakenteeseen. Elin ilmentää ympäristöään ja toisaalta elin sopii uskomattoman hyvin ympäristöönsä. Kummallisen kauan tuntuu menevän, että tämän asian todellinen merkitys hyväksytään.

Kaikenlainen tarpeettomaksi kilkkeeksi luultu on aivan varmasti tarpeellista. Jos ei muuten niin makrorakenteen kytköksiä varten.

Lisäys. Tätä sivusinkin jo aiemmin, mutta olen unohtanut. Olkoon nyt silti tässä.

Hiirimeluexpertti. Majoneesitehtailija. Luonnontieteet: Maailman suurin uskonto. Avatar on halkaistu tykin kuula

Kirjekuori
Seuraa 
Viestejä2144

[size=150:2hp63ukb]Brain Development Is Guided by Junk DNA that Isn’t Really Junk[/size:2hp63ukb]

http://neurosciencenews.com/lncrna-neur ... Updates%29

"Rrrrrroska"-DNA:lla on tässä ainakin epigeneettinen toimintatapa.

Varmasti tällä "roska"-DNA:lla osoittautuu vielä olevan vaikka minkälaisia tehtäviä. Jotkut ovat arvelleet sen olevan jopa yhteydessä aivoihin lokalisoitumattomaan muistiin.

Kun todettiin, että eräs vedessä elävä lihansyöjäkasvi hylkäsi melkein kaikki koodaamattomat geeninsä, lehdistö julisti sen osoittavan, että junk-DNA oli näin osoitettu tarpeettomaksi kaikille olioille. Innostus oli melkein yhtä kova kuin päinvastainen uutisointi 5.9.2012 ENCODE-projektin viitatessa junk-DNA:n funktionaalisuuteen.

Harvinaista järjen käyttöä esittää kuitenkin blogissaan neurologian ja genomin tutkija Peter Murray todetessaan, että kyseisen lihansyöjäkasvin (bladderwort, rakkoruoho(?)) erilinjainen geneettinen tilanne voi olla avain muiden olioiden genomien ja jopa elämän olemuksen ymmärtämiseen

http://singularityhub.com/2013/05/30/bl ... -junk-dna/

Rakkoruoho voisi periaatteessa käyttää myös syömiensä pikkueliöiden genomien osia. Oman veikkaukseni mukaan normaalisti junk-DNA:han ohjelmoituneet funktiot voisivat rakkoruohon tapauksessa olla ohjelmoituneet rakkoruohon genomin koodaavaan osaan.

Sivut

Suosituimmat

Uusimmat

Sisältö jatkuu mainoksen alla

Uusimmat

Suosituimmat