Sivut

Kommentit (140)

Jyri T.
P.S.V.
Esimerkiksi suprajuoksevan faasin syntyessä tapahtuvassa SSB:ssa menetetty vaihevapausaste ilmenee suprajuoksevaan nesteeseen syntyvinä pyörremäisinä defekteinä, vortekseina.



Nesteeseen syntyvä pyörre on vielä valovuosien päässä biologisten rakenteiden muodostamisesta.
P.S.V.
Jyri T.
Väität, että NGB:t pystyisivät jotenkin muokkaamaan materian käyttäytymistä biologian tasolla eli kvanttitasoa huomattavasti suuremmassa mittakaavassa, mistä minä en ole lainkaan vakuuttunut kaikesta tästä tekstimassasta ja linkkitykityksestä huolimatta.



No täytyyhän minun se lopultakin uskoa ettet ole vakuuttunut ja sillä selvä. Siltä varalta, että joku muukin tulisi lukeneeksi tätä puheenvuoroa pyrin kumminkin kertomaan, että spontaaneissa symmetriarikoissa (SSB), joihin organisoituminen luonnossa usein perustuu, aina syntyvät NGB:t varastoivat SSB:ssä menetetyt vapausasteet, jotka voivat tulla ilmi "jalostuneessa" muodossa Goldstonen kentän defekteinä (Hiroomi Umezawan skeema). Esimerkiksi suprajuoksevan faasin syntyessä tapahtuvassa SSB:ssa menetetty vaihevapausaste ilmenee suprajuoksevaan nesteeseen syntyvinä pyörremäisinä defekteinä, vortekseina.

Missä sitten NGB tämän hetken näkökulmasta selvimmin ilmenee "isoissa" biologisissa systeemeissä. Kaikki tuntevat näitä ilmiöitä, mutta juuri kukaan ei tiedä, että niiden ilmenemisen taustalla on Nambun-Goldstonen bosoni. Tämä tosin todistettiin jo 80-luvulla (mm. Sivakami ja Sreenivasan, J.theor.Biol., 198?)

Mitä ilmiöitä nämä Goldstonen bosoniin pohjimmiltaan perustuvat ilmiöt sitten ovat? Tuttuja mm. parvikäyttäytymistä hallitsevia itseorganisaatioilmiöitä! Monesti olenkin esittänyt linkkejä, joista kävisi helposti selville, että itseorganisaatiomoodeja esiintyy paljon sekä solun sisällä että solukollektiivien muodoissa ja käyttäytymisessä. Tämä lienee kaikille jo tuttua, mutta pannaan nyt joku linkkikin

https://www.google.fi/#q=self-organizat ... al+systems

Seuraavassa kerrotaan NGB:n (eli Goldstonen moodin) kätkeytymisestä itseorganisaatioilmiöiden "mekanismiin". Ilmeisesti Watanabe on onnistunut selkeyttämään yhteyttä todistaessaan, että koko fysiikka (jota biologiakin viime kädessä on) on Nambun-Goldstonen bosonien hallitsemaa.

https://www.google.fi/#q=self+organizat ... stone+mode

Arvelisin, että NGB on läheistä "sukua" pienimmän vaikutuksen periaatteelle, johon prof. Arto Annilan evoluutioskenaario olennaisesti perustuu. Kuten fysiikan ilmiöillä yleensä, myös evoluutioilmiöllä voisi näin ollen olla useita erityyppisen formalismin omaavia teorioita - jotka kuitenkin salaisena punaisena lankana yhdistäisi Nambun-Goldstonen bosoni.




Uskoin jo vähemmälläkin, että NGB-ideologia ei kaikille soveltunut. Viime viestin kirjoitinkin, niinkuin siinä lukikin, muita mahdollisia tähän ketjuun eksyneitä varten. Varmaan joku voi, joku toinen taas ei voi viestiäni ymmärtää. Se on tietysti jokaisen oma asia.

Hiroomi Umezawan esimerkki vorteksin synnystä Nambun-Goldstonen kentän kondensaattina, defektinä, on tietysti annettu siksi, että useimmat varsinkin biologiaa koskevat esimerkit olisivat suunnattoman vaikeita antaa. Tämä johtuu jo pelkästään siitä, että evoluutioilmiö on varsin monen spontaanin symmetriarikon ja NGB:n tulos, joten myös kyseisten kenttien defektit usein monien erillisten defektien yhteenkietoutumina ovat suunnattoman monimutkaisia. Ne ovat eliöiden osia, jopa koko eliöitä.

Umezawasta voi muuten kertoa, että kuultuaan 1960 Nambun esitelmän Kielin fyysikkokonferenssissa ja lumouduttuaan sen syvällisyydestä (juuri Nambun esitelmän jälkeen muuten hiukkasfysiikka vasta alkoi edistyä johtaen monen nobelin kautta Weinbergin ja Salamin teoriaan Higgsin hiukkasineen) Umezawa kävi myös Helsingin Yliopistolla kertomassa, mitä fysiikan rintamalla oli tapahtumassa.

Ilman Umezawan tiettyjen tiedeartikkelien pänttäämistä tietäisin NGB:stä tuskin mitään. Esiintyyhän se tosin WS-teoriassakin, jonka formalismia huvikseni opiskelin, mutta silloin voisi jäädä luulemaan, että se koskee vain hiukkasfysiikan asioita.

Monet uusdarwinistiseen evoluutionäkemykseen tuntuvasti vaikuttaneet tutkijat (esim. Dawkins) eivät lainkaan tunne eivätkä koskaan mainitse itseorganisaatioilmiötä. Sen tunteminen horjuttaisikin heidän vakaumustaan. Stuart Kauffman totesikin taannoin Sci.Am.:issa, että jos Darwin olisi tuntenut itseorganisaation, nykyisenkaltaista evoluutioteoriaa ei olisi syntynytkään.

Kun tiedetään, että eliöt kuten ihminen ovat paljolti itseorganisoituneista osatekijöistä koostuneita, on vaikea nähdä uusdarwinismissa juuri mitään oikeaa. Itseorganisaatio ei nimittäin toimi niin kuin uusdarwinismi sanoo. Ja johan arkikidarwinisti Larry Morankin on tunnustanut, että ainakin yksi "evoluutioteorian" peruspylväistä, luonnonvalinta, ei useinkaan ole syy sen paremmin kompleksisiin rakenteisiin kuin kompleksiseen käyttäytymiseenkään. Toisin sanoen, "evoluutioteoriaan" aina kuuluneet Just So Storyt ja Darwinin oikeassaolon vakuuttelu joutavat roskakoriin (sanoi huippubiologi Michael Lynch).

"Evoluutioteorian" arvosteluun ei uraansa ajatteleva biologi mielellään ryhdy, koska esimerkiksi monen yliopiston rehtorit tai muut päätösvaltaiset henkilöt panisivat heidät nurkkaan häpeämään ja jättäisivät vaille rahallista tukea ja laboratoriota.

Mikä lienee Helsingin yliopiston tilanne nykyisin? Ainakin Ilkka Hanskin koulukunta tekee maailmankuulua tutkimusta itseorganisaatioparadigmaa soveltaen. Mutta vielä 80-luvun puolivälissä itseorganisaatio oli haastattelujeni mukaan laitoksella tuntematon - ja johtajana oli tiukka darwinisti.

http://sandwalk.blogspot.fi/2013/11/ver ... ed-by.html

Larry Moran kirjoittaa: Tekijät väittävät ihmisen genomin sisältävän miljoonia vahvistajia. Olettaen että "miljoonia" merkitsee kahta miljoonaa, solu sisältää keskimäärin sata vahvistajageeniä aina yhtä koodaavaa geeniä kohti. Tämä tarkoittaa, että jokaista kodaavaa geeniä säätelee sadan transkriptiotekijän sitoutuminen sataan transkriptiotekijän sitoutumispaikkaan (vahvistajiin), Täten suuri joukko genomiamme (40 %) on säätelijöitä.

[size=85:1yaeisnx]The authors claim that there are millions of enhancers in the human genome. If we take "millions" to mean just two million then there are, on average, one hundred enhancers per gene. This means that expression of each gene in our genome is regulated, on average, by the binding of 100 transcription factors to 100 transcription factor binding sites (= enhancers). Thus, a lot of our genome (40%) is devoted to regulation.[/size:1yaeisnx]

Miksihän Larry Moran nyt arvioi 40 % genomista olevan funktionaalista? Moranin entinen arviohan on ollut 8 %. Nyt se on 40% sillä oletuksella, että Naturen uuden artikkelin kirjoittajat tarkoittaisivat miljoonilla vain kahta miljoonaa.

Tähän on yksi ja vain yksi ilmeinen syy. Se on Naturen artikkeli:

http://www.nature.com/nature/journal/v5 ... 12753.html

Tai oikeastaan sen kirjoittajat Wouter de Laat ja Denis Duboule. Kyseiset tutkijat ovat nimittäin genetiikassa ehdottomia maailman huippuja. Puhuminen heitä vastaan tekisi puhujasta helposti naurunalaisen - olettaen, että he sattuisivatkin olemaan oikeassa.

Kamppailu siitä, onko roska-DNA:ssa vähän vai paljon funktionaalista ainesta tulee päivä päivältä yhä jännittävämmäksi!

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
P.S.V.
http://sandwalk.blogspot.fi/2013/11/vertebrate-complexity-is-explained-b...

Larry Moran kirjoittaa: Tekijät väittävät ihmisen genomin sisältävän miljoonia vahvistajia. Olettaen että "miljoonia" merkitsee kahta miljoonaa, solu sisältää keskimäärin sata vahvistajageeniä aina yhtä koodaavaa geeniä kohti. Tämä tarkoittaa, että jokaista kodaavaa geeniä säätelee sadan transkriptiotekijän sitoutuminen sataan transkriptiotekijän sitoutumispaikkaan (vahvistajiin), Täten suuri joukko genomiamme (40 %) on säätelijöitä.

[size=85:wjo02qde]The authors claim that there are millions of enhancers in the human genome. If we take "millions" to mean just two million then there are, on average, one hundred enhancers per gene. This means that expression of each gene in our genome is regulated, on average, by the binding of 100 transcription factors to 100 transcription factor binding sites (= enhancers). Thus, a lot of our genome (40%) is devoted to regulation.[/size:wjo02qde]

Miksihän Larry Moran nyt arvioi 40 % genomista olevan funktionaalista? Moranin entinen arviohan on ollut 8 %. Nyt se on 40% sillä oletuksella, että Naturen uuden artikkelin kirjoittajat tarkoittaisivat miljoonilla vain kahta miljoonaa.


Hyvänen aika, eihän Moran tuossa viitteessä (tai edes tuossa lainauksessa) arvioi, että genomista 40 % olisi funktionaalista. Hänhän vain kertoo, että niin olisi, jos hänen kritisoimiensa tutkijoiden esittämät väitteet pitäisivät paikkansa.

P.S.V.

Tähän on yksi ja vain yksi ilmeinen syy. Se on Naturen artikkeli:

http://www.nature.com/nature/journal/v5 ... 12753.html

Tai oikeastaan sen kirjoittajat Wouter de Laat ja Denis Duboule. Kyseiset tutkijat ovat nimittäin genetiikassa ehdottomia maailman huippuja. Puhuminen heitä vastaan tekisi puhujasta helposti naurunalaisen - olettaen, että he sattuisivatkin olemaan oikeassa.


Tuo artikkeli on varmaankin syy juuri tuohon Moranin kirjoitukseen, koska hän kritisoi siinä tutkijoiden de Laat ja Duboule esittämiä väitteitä.
Saman kritiikin hän esitti jo yli kuusi vuotta sitten toisessa yhteydessä.

http://sandwalk.blogspot.ca/2007/05/def ... oblem.html

Moran

Ironically, the chauvinists don't realize that their "problem" can only be solved by discovering hithertofore unknown mechanisms that are confined to humans, or possibly mammals. The reason is obvious. If the mechanism is universal then fruit flies and worms have it as well and we can't use the new-found genome complexity to rationalize why we have so few genes compared to them. After all, the goal here is to explain why we only have a few thousand genes more than those "simple," "primitive," species and the explanation won't work if we all have the same complexity-generating mechanisms. I say "ironically" because many of the special mechanisms being proposed were first discovered in these "primitive" species. Now they're being used to solve the Deflated Ego Problem.

Moranin mukaan ei ole perusteita olettaa, että nisäkkäiden genomit (tai erityisesti ihmisen genomi) olisivat jotenkin oleellisesti poikkeavia verrattuna muiden eliöiden genomeihin.

P.S.V.

Kamppailu siitä, onko roska-DNA:ssa vähän vai paljon funktionaalista ainesta tulee päivä päivältä yhä jännittävämmäksi!

Ehkä se kamppailu onkin jännittävää. Varmaankaan et kuitenkaan halua osallistua siihen kisaan siteeraamaalla harhaanjohtavasti julkisuudessa esitettyjä kirjoituksia.
.

Vanha Erkki
Ehkä se kamppailu onkin jännittävää. Varmaankaan et kuitenkaan halua osallistua siihen kisaan siteeraamaalla harhaanjohtavasti julkisuudessa esitettyjä kirjoituksia.



No en, mutta joskus, kuten juuri edellä, innostus vei voiton harkinnasta. Hyvä kun huomautit. Asia on vielä toivottavasti joidenkin kohdalla korjattavissa. Asia on kuitenkin niin kiinnostava, että aion ottaa uuden lähdön. Olin innostunut, kun arvelin Larry Moranin tulleen hieman uusinta säätelyjärjestelmien tutkimusta vastaan. Todelisuudessa näin ei siis kuitenkaan ollut Moranin pitäytyessä kahdeksassa prosentissaan, mutta jotkut piirteet artikkelissa saivat ajattelemaan toisin.

Silmäillessäni kyseistä blogia ja havaittuani viittauksen Naturen artikkeliin, jonka Moran tietenkin oli lukenut heti postiluukun kolahdettua, sain heti päähäni, että Moran on tässä luomassa savuverhoa ko. artikkelin ympärille savuverhon ollessa tuo mielestäni jonninjoutava Deflated Ego Probleema. Olihan artikkeli ehdottomien maailman huippujen genetiikan alalla kirjoittama

http://www.nature.com/nature/journal/v5 ... 12753.html

Moran sitten laski, että jos de Laatin ja Duboulen esittämät miljoonat vahvistajat tarkoittaisivat kahta miljoonaa, DNA:n aineksesta 40% olisi funktionaalista, tehtävän omaavaa. Vahvistajien määrä geeniä kohti olisi sata. Moranilla olisi nyt ollut hyvä tilaisuus tapansa mukaan sanoa de Laatin ja Duboulen arviota vääräksi ja esittää sen tilalle omaa 8% arviotaan. Mutta ei. Päinvastoin hän sanoo banaanikärpäsellä myös voivan olla sata vahvistajaa per geeni.

Tämän jälkeen Moran pitkällisesti selvittelee biokemian professorin taidoilla vahvistajien etäisvaikutuksen biokemiaa ja esittää lopuksi lyhyesti ja ilman perusteluja epäilevänsä, ei kirjoittajien ilmituomaa kromosomien korkeamman asteen säätelystruktuuria, vaan sitä, että se voisi vaikuttaa geenien enemmistöön

[size=85:fsicwrfs]The authors of this paper argue that higher-order chromosome structure mediates long-range interactions but I'm not convinced that this applies to most genes.[/size:fsicwrfs]

Lopuksi Moran esittää vielä joukon laimean tuntuisia, perustelemattomia ja biokemian professorin sanomaksi oudon maallikkomaisia epäilyksiään kuten "yleisenä sääntönä..siinä ei olisi mitään järkeä", "Miksi useimmat geenit tarvitsisivat tämäntasoista säätelyä?", "..kuinka se sitten toimii?" "Ja miten geenit erottavat aidot vahvistajat vääristä, joita täytyy olla tiheässä koko alueessa?"

[size=85:fsicwrfs]
It also can't be a general rule that the average gene is regulated by one hundred transcription factor binding sites. That doesn't make any sense. Why would most genes need this level of control? Furthermore, if mammals have evolved a higher order chromatin structure that allows for one hundred different enhancers to act at a promoter even though they are spread out over 1,000kb, then how does that work? And how do genes distinguish between genuine enhancers and spurious sites that must be littered all over that region?[/size:fsicwrfs]

Moran ei nyt tapansa mukaan toimikaan mollaten Naturen artikkelin kirjoittajia. Hän ei edes mainitse heidän nimiään kuin yhdesti! Suuria vahvistajalukuja ennen esittäneet ID-proponentit ja esim. Mattick ja Birney tutkimusryhmineen ovat kyllä saaneet kuulla kunniansa. Esimerkiksi Mattickin saatua Human Genome Organisationin palkinnon Moran puuskahtaa:"Tunnen häpeää Human Genome Organisationin tähden."

http://sandwalk.blogspot.fi/2012/03/joh ... d-for.html

http://sandwalk.blogspot.fi/2012/09/the ... ity_6.html

Larry Moranin blogia silmäillessäni luulin, että de Laat ja Duboule sekä suuri määrä uusia säätelytekijöiden tutkimuksia olisi saanut Moraninkin miettimään aiemman arvionsa 8% pätevyyttä, mutta luuloni oli väärä. Erehdyin blogin tarkoituksesta luullen sen olevan vaivihkainen hyvästijättö vanhoille arvioille, mutta eihän se ilmeisesti ollutkaan. Arvostelukykyni petti minut.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 204417.htm

Jo 2006 keksittiin, että ihmisen DNA sisälsi hyvin erikoisia pienehköjä geenialueita, jotka eivät kuitenkaan koodanneet proteiinia, vaan toimivat koodaavien geenien säätelijöinä. Pitämällä koodaavaa geeniä auki ja kiinni tietyssä rytmissä saatiin proteiinin lajia, määrää ja valmistumishetkeä säädetyksi.

Kyseisiä geenialueita, joita voi olla DNA:ssa tuhansia, kutsutaan ihmisen nopeutetuiksi alueiksi (human accelerated regions, HAR) koska vaikka samanlaisia geenialueita löytyy mm. apinoilta, niiden mutaatiovauhti satoja miljoonia vuosia sitten on ollut ihmisellä huikean paljon suurempi, liki 1000-kertainen (tämän olen päätellyt tiedosta, että kun apinan HAR koki keskimäärin kaksi mutaatiota 118 koodikirjainta kohti 300 milj. vuodessa, ihmisen silloisen esi-isän HAR koki 18 mutaatiota 118 koodikirjainta kohti 6 milj. vuodessa; oikaiskaa, jos olen väärässä)

http://golatintos.blogspot.fi/2013/01/a ... onary.html

Tämä on ollut yksi syy sille ajatukselle, että HAR-alueet ovat toimineet inhimillistymisen avaintekijöinä. Toinen, ratkaisevampi syy on se, että monet HAR-alueet saavat tehtävän (gain of function) eli aktivoituvat säätelytehtäväänsä varten tärkeissä aivoalueissa ihmisellä, mutta eivät apinoilla, vaikka niilläkin on vastaavia alueita aivoissaan (ja tietenkin kaikkien solujen genomissa).

Vaikka HAR-alueita on etsitty ja tutkittu jo liki kymmenen vuotta, niiden täydellisessä kartoittamisessa ja ymmärtämisessä on vielä paljon tehtävää. Parin viime vuoden aikana saavutettu mullistava tutkimuksen taso edistynee vielä kauan ja johtaa veikkaukseni mukaan "ehtymättömän DNA:n" käsitteeseen. Veikkaan, että esimerkiksi säätelyverkostoista nyt omattu tieto kattaa pari prosenttia niiden todellisesta monimutkaisuudesta. Joku matematiikkaa, esim, geometrista topologiaa hallitseva nero voi tietenkin matemaattisen teorian kompleksisuuden valossa visualisoida DNA:n monimutkaisuuden tosiolemusta..

Jollekin sama voi tietysti onnistua biologisen tietämyksen ja rohkean spekuloinnin avulla. Täytyy vain onnistua luomaan oikea näkemys solussa jylläävistä suuntaavista voimista. Ei tule aina ajatelluksi, että esim. jonkin molekyylikoneen etenemisnopeus solussa on niin suuri, että jos näkisimme sen ihmisen kokoon suurennettuna, se kulkisi 70 000 kilometriä sekunnissa! Biologille tämä on tietenkin peruskauraa..

Oman veikkaukseni mukaan yksi solun voimaverkoista perustuu musiikkia muistuttavaan järjestyksen syntyprosessiin, jonka makroskooppinen malli on Chladnin levyt ja Hans Jennyn kymatiikka

https://www.google.fi/#q=hans+jenny+cymatics

Alun perin HAR-geenialueet kai löydettiin sattumalta, minkä jälkeen uusia HAR-alueita voitiin etsiä järjestelmällisesti. Voi olla, että DNA sisältää useita muitakin vielä havaitsematta olevia funktionaalisia alueita, joilla on tärkeitä tehtäviä. Monet DNA:n puolet, joiden merkitystä ei nyt tunneta tai ymmärretä, voivat osoittautua olennaisen tärkeiksi. Yksi tällainen äskettäin ilmennyt ongelma on liki kaikkien aivosolujen DNA-sisällön erilaisuus

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 172313.htm

http://www.hopkinsmedicine.org/news/med ... the_genome

Deletion of Any Single Gene Provokes Mutations Elsewhere in the Genome
Findings call for a rethinking of cancer genetics

Deletion of Gene B causes instability in the genome that is compensated for through a secondary mutation in Gene A

[size=85:17d0lzm2]Johns Hopkins researchers report that the deletion of any single gene in yeast cells puts pressure on the organism’s genome to compensate, leading to a mutation in another gene. Their discovery, which is likely applicable to human genetics because of the way DNA is conserved across species, could have significant consequences for the way genetic analysis is done in cancer and other areas of research, they say.[/size:17d0lzm2]

Jos hiivan - ja oletettavasti myös ihmisen - DNA:sta poistetaan yksi geeni, syntyy eliön genomiin paine, jonka genomi tasoittaa aiheuttamalla yhden tai kaksi mutaatiota lisää yleensä aina samoissa geeneissä, jotka usein sattuvat olemaan ns. "syöpägeenejä". Uudella löydöksellä on merkittäviä, ennen arvaamattomia seuraamuksia mm. syöpien geneettiselle analyysille.

Tutkijat ovat näin löytäneet lisää todistusaineistoa näkemykselleen, jonka mukaangenomi on äärimmäisen monimutkainen kone, jonka pienen osan poistaminen aiheuttaa paineen koko mekanismiin. Saavuttaakseen tasapainon genomi pakottaa myös jonkun toisen osan häirityssä genomissa "vinoutumaan".

Kun aluksi poistetut geenit ja niiden poiston jälkeen mutatoituneet geenit järjestettiin pareiksi, saatiin selville tähän mennessä lähes tuntematon geenien välisten vuorovaikutusten luettelo.

Tutkijoiden on nyt varottava tekemästä geneettisessä analyysissaan seuraavaa virhettä. Olettamalla genomin toiminnassa tietyn geenin mutatoinnin aiheuttaman ilmiön johtuvan mutatoidusta geenistä he voivat harhautua, sillä ko. ilmiö voikin johtua geenin mutatoinnin seurauksena muuttuneen toisen geenin vaikutuksesta.

Tehdyn mutaation aiheuttamat oheismutaatiot yhdessä tai kahdessa muussa geenissä voivatkin elävässä elämässä olla alkuperäisiä mutaatioita, joiden vuorovaikutuspareja ovat juuri tietyt "syöpägeenit".

Tekemällä eri tavoin käsitellyille genomin osajoukoille "stressitestejä" esim. länpötilaa nostamalla tai ravinnonsaantia rajoittamalla tutkijat huomasivat, että erot stressinkestävyydessä perustuivat usein ylläkuvattuihin seurannaismutaatioihin. Niinpä esimerkiksi osajoukoissa, jotka tulivat syöpäsolujen tavoin toimeen vähällä ravinnolla, seurannaismutaatio koski usein juuri syöpägeeniä.
.........
Genomin luonne suunnattoman monimutkaisena molekyylikoneena on omiaan vahvistamaan ainakin "paljon funktionaalisia geenejä" -ideologian kannattaja näkemystä, että solun DNA-järjestelmä ehyenä molekyylikoneena ei sisällä yhtään tarpeetonta, vaille tehtävää jäävää ainesta. Tätä ajatuskantaa on luonnollisesti "vähän funktionaalisia geenejä" -ideologian kannattajan mahdotonta omaksua.

Psv. Voisit muuten muuttaa ketjun nimen tilke dna -nimikseksi. Tuo nimi on jo vuosikaudet ollut vakiintunut. Roska nimen käuttä kertoo yleensä, että keskustelijalla ei ole joko puhtaita jauhoja pussissa tai on tietämätön oikeasta tutkimuksesta.

P.S.V.
Nisäkkäät, linnut ja kalat huolehtivat jälkeläisistään, samoin muun muassa jotkut sammakot ja monet hyönteiset. Tutkijat yllättyivät huomatessaan, että niinkin "alkeellinen" olio kuin hiivasolu käyttäytyy aidon emon tavoin uhrautuvasti silmikoimiaan jälkeläisiä kohtaan. Se antaa jälkeläisilleen ainakin mitokondrioitaan tarvittaessa vaikka menehtyen itse.
...

Herää kysymys, onko mitokondrioissa roskageenejä. Biologit varmaan osaavat vastata. Oma näkemykseni on (tällä hetkellä), että ainakaan hiivaemon mitokondrioiden DNA:ssa ei ole roskageenejä, tarpeetonta perintöainesta. Ei luulisi emon tarjoavan "lapsilleen" roskaa. Mutta jos on, kertokaa.



Hmm. Ensin selität mitokondrioiden luovuttamisen todistavan uhrautuvasta äidinrakkaudesta. Sitten selität, että uhrautuva äiti ei tietenkään roskaa lapsillee luovuttaisi, mikä todistaa aineksen olevan tarpeellista perintöainesta. Ymmärrätkö tämä ajatuskulun kehäpäätelmäläluonteen?

emp
P.S.V.
Nisäkkäät, linnut ja kalat huolehtivat jälkeläisistään, samoin muun muassa jotkut sammakot ja monet hyönteiset. Tutkijat yllättyivät huomatessaan, että niinkin "alkeellinen" olio kuin hiivasolu käyttäytyy aidon emon tavoin uhrautuvasti silmikoimiaan jälkeläisiä kohtaan. Se antaa jälkeläisilleen ainakin mitokondrioitaan tarvittaessa vaikka menehtyen itse.
...

Herää kysymys, onko mitokondrioissa roskageenejä. Biologit varmaan osaavat vastata. Oma näkemykseni on (tällä hetkellä), että ainakaan hiivaemon mitokondrioiden DNA:ssa ei ole roskageenejä, tarpeetonta perintöainesta. Ei luulisi emon tarjoavan "lapsilleen" roskaa. Mutta jos on, kertokaa.



Hmm. Ensin selität mitokondrioiden luovuttamisen todistavan uhrautuvasta äidinrakkaudesta. Sitten selität, että uhrautuva äiti ei tietenkään roskaa lapsillee luovuttaisi, mikä todistaa aineksen olevan tarpeellista perintöainesta. Ymmärrätkö tämä ajatuskulun kehäpäätelmäläluonteen?



Olet varmaan oikeassa, ja mitokondrioiden luovutuksessa jälkeläisille on tietysti kyseessä luonnon laki, joka vain mielessäni tulkkiutui emon uhrautuvuudeksi. Mitokondriossa (ihmisen) tosin sattuu olemaan allaolevan jutun mukaan 37 geeniä, joista jokaisella on jokin tehtävä:

http://genome.wellcome.ac.uk/doc_WTD020740.html

Myös miehellä on mitokondrioita siittiösoluissaankin, mutta munasoluun päässeen siittiön mitokondriot "syödään". Siittiö tuo munasoluun myös molekyylikoneita, joiden tehtävä on paljolti tuntematon:

http://nittygrittyscience.com/2011/10/2 ... ochondria/

P.S.V.

Olet varmaan oikeassa, ja mitokondrioiden luovutuksessa jälkeläisille on tietysti kyseessä luonnon laki, joka vain mielessäni tulkkiutui emon uhrautuvuudeksi.



Nostan hattua sille, että suhtaudut kommenttiini tuohon tapaan. Pointsit ehdottomasti sulle siitä.

psv
Seuraa 
Viestejä362

http://elife.elifesciences.org/content/2/e01749

Long noncoding RNA -molekyylit ovat genomin osia, joiden funktionaalisuudesta on saatu näyttöä mm. J.S.Matticin tutkimuksissa. Harwardin tutkijaryhmä raportoi nyt sitovasta näytöstä, jonka mukaan lncRNA-molekyylit, joita pitkään on pidetty roskana, omaavat hyvin tärkeitä funktioita.

Vaaka näyttää nyt olevan kallistumassa "paljon funktionaalisia geenejä genomissa" -näkemyksen puolelle. Täytyy kuitenkin muistaa, että kyseessä on vain väliraportti..

Harvardin tutkijaryhmä valmisti 18 hiirilajia, joista kultakin oli poistettu joku lncRNA-molekyyli. Riippuen poistetusta molekyylistä ilmeni joukko kehityshäiriöitä. Osa poikasista ei jäänyt edes eloon. Toisilla ilmeni kehityshäiriöitä keuhkoissa, suolistossa, sydämessä ja aivoissa. Niinpä tutkijaryhmä toteaakin raportissaan:

This study demonstrates that lncRNAs play critical roles in vivo and provides a framework and impetus for future larger-scale functional investigation into the roles of lncRNA molecules.

käyttäjä-3779
Seuraa 
Viestejä1782

 

"Evoluutioteoriaa", s.o. vähittäisiin mutaatioihin ja varsinkin luonnonvalintaa täydellisenä tieteellisenä selityksenä evoluutioilmiölle eri syistä pitävät "tiedemiehet" julistavat yhä ihmiskehon sisältävän useita, joidenkin mielestä liki kaksisataa toimimatonta, evoluution jäänteenä turhaa elintä, rudimenttia (engl. vestigial organs).

 

http://www.google.fi/webhp?tab=ww&ei=uvcaVKCFLsbRywPYtoKoCQ&ved=0CAYQ1S4#q=vestigial+organs+in+men+and+whale

 

Myös valaalla on heidän mielestään toimimattomia, tarpeettomia luita sisältävä lantio. Koko rudimenttiasia tuli mieleen, kun luin Science Dailysta, että valaan lantiolla luineen on nyt todettu olevan erittäin tärkeä funktio valaan elämässä.

 

Järjen mukaan tämä on ollut selvä asia jo kymmeniä vuosia, ja eräs kuuluisa valaiden tutkija on jo kauan sitten edustanut tätä näkökantaa.

 

Todellisuudessa myös ihmisen vestigiaaleilla elimillä on aivan varmasti funktio. Esimerkiksi umpisuolella on todettu elämän joissakin vaiheissa olevan hyödyllinen tehtävä. "Tiedemiehet" tietävät tämän hyvin, mutta pyrkivät usein verhoamaan tämän tosiseikan umpisuolen tulehdusherkkyyteen vedoten. Ihmisen mihin tahansa elimeen voi kuitenkin tulla vakava sairaus, vaikka elin ei missään tapauksessa olisi vestigaalinen.

 

Kiihkodarwinisti, Chicagon yliopiston professori Jerry Coyne myös myöntää, että vestigiaaleilla elimillä on tehtävä, joskaan ei aina sama tehtävä, mikä niillä on ollut alkuperäisessä kehossa..

 

Kaiken tämän huomioon ottaen tuntuu sitäkin kummallisemmalta, että niin suuri määrä, liki 90% geeneistä, julistetaan toiminnottomiksi. Esimerkiksi ENCODEn tulos, jonka mukaan ainakin 80% geeneistä toimii jollain tavalla, kiihkeästi lytättiin. Kaikki eivät ilmeisesti huomaa, että alun perin liki kahdestasadasta listatusta kehon rudimenteista on enää tuskin yhtäkään todellisuudessa täysin vestigiaalia.

Tämä taas tuli mieleen kirjoittaessani tänään Science Dailyn allamainitun artikkelin perusteella blogikommenttia "Perimässä on paljon turhaa koska evoluutio" -blogiin

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140908152926.htm

LaittaaPohtimaan
Seuraa 
Viestejä54

Kuten jo tiedämme, ihmisen genomissa on vain noin 19'000 proteiinien koodaamiseen käytettävää DNA-jaksoa, mikä on vähemmän kuin yhdellä pienimmistä monisoluisista eliöistä, sukkulamadolla (C. Elegans, koko n. 1 mm). Erilaisia proteiineja kehossamme on tuoreimpien tutkimusten mukaan jopa n. kuusi miljoonaa. Onko DNA:ssa alueita, jotka säätelevät sitä, miten solu lukee proteiinien koodaamiseen käytettäviä jaksoja?

ENCODE -projekti v. 2008-2102 kartoitti järjestelmällisesti koko ihmisen genomin liittyen transkriptioon, transkriptiotekijöiden yhteyteen, kromatiinin rakenteeseen ja histonien modifikaatioihin. Projekti löysi 80,4%:lle genomistamme biokemialliseen aktiivisuuteen viittavaa toiminnallisuutta nimenomaan proteiinien koodaamiseen käytettävien jaksojen ulkopuolella. 

Vaikka näinkin suurelle osalle DNA:ta löydettiin toiminnallisuutta, eivät johtavat evoluutiobiologit suostuneet uskomaan, että kyseinen osa olisi hyödyllistä. Mm. PZ Myers useissa kirjoituksissaan väheksyy ENCODE-projektin tuloksia. 

Myöhempi tutkimus on havainnut, miten solu käyttää koodaamatonta aluetta moniin eri tarkoituksiin:

1. Dr John Stamatoyannopoulos Washingtonin yliopistosta toteaa, että Encode paljasti genomissamme olevan 40 miljoonaa erilaista kytkintä (epigeneettisiä kytkimiä), jotka säätelevät ja kontrolloivat näitä geenejä (proteiineja koodaavat jaksot). Tutkijoiden mukaan tuo ENCODEN löytämä alue on eräänlainen käyttöjärjestelmä. Se on siis selkeästi sekä hyödyllistä että toiminnallista, eikä missään tapauksessa mitään roskaa tai tilkettä.

2. ENCODE -projekti jätti selvittämättä, mihin solu käyttää ns. STR (Short Tandem Repeat) jaksoja. Kyse on lyhyistä toistuvista DNA-jaksoista, jotka näyttävät pikemmin kirjoitusvirheiltä tai kohinalta. Tutkijat ovat kuitenkin havainneet, että STR-jaksot ovat erittäin tärkeitä säätelyelementtejä genomissamme ja vaikuttavat n. 10-15 prosenttisesti ihmisten välisiin eroavaisuuksiin (niiden metylaatiotasot).

3. Siirtyvät elementit (transposable elements LINEs, SINEs, ERVs ja DNA-transposonit) on kaikki todettu erittäin tärkeiksi ja hyödyllisiksi. Niillä on useita eri tehtäviä. Solu rakentaa niistä tyypillisesti koodaamattomia RNA molekyylejä, kuten lncRNA-, microRNA-, siRNA- ja piRNA-molekyylejä.

4. Heterokromatiini on kromosomissa olevaa tiukaksi pakattua DNA:ta. Vasta äskettäin on alkanut selvitä, että solun mekanismit rekrytoivat 'ambulansseja' eli kaksijalkaisia myosiini-moottoriproteiineja kuljettamaan heterokromatiinissa olevia vaurioituneita DNA jaksoja korjattaviksi tumahuokoskompleksin äärelle. Solu siis yrittää korjata myös virheellistä, varastoitua DNA:ta.

Johtopäätelmä: Solu kykenee muokkaamaan DNA:ta monin eri tavoin joko yhdistelemällä jaksoja tai korjaamalla jo vaurioituneita jaksoja. DNA on solulle passiivista tietovarantoa, jota se käyttää rakentaakseen toiminnallisia RNA-molekyylejä. DNA:n passiivisesta luonteesta johtuen solussa ei ole mitään turhaa tai tilkitsevää DNA:ta, vaan kaikki on hyödyllistä. Kyse on tietovarastosta, poolista, josta solu etsii käyttötarkoitukseen soveltuvia jaksoja useiden ohjausmekanismien avulla. 

Mutaatiokuorma on niin suurta, että solu ei kykene kaikkia virheitä korjaamaan. Epigeneettisten mekanismien häiriöt ja heikentynyt toimintakyky johtavat siihen, että solu ei kykene ryhmittelemään vaurioitunutta DNA:ta kromosomien päihin telomeereihin. Kromosomit yhdistyvät ja niiden kokonaismäärä laskee.
https://dornsife.usc.edu/news/stories/2830/cells-send-damaged-junk-dna-t...

psv
Seuraa 
Viestejä362

https://fi.wikipedia.org/wiki/Geeni

Geenien ja niiden säätelyalueiden lisäksi DNA sisältää paljon "tyhjiä" alueita eli osia, jotka eivät sisällä informaatiota. Myös intronit voidaan nähdä tällaisina "tyhjinä" alueina. Tämä DNA on aikoinaan tulkittu ylimääräiseksi tai turhaksi DNA:ksi, mutta nykyisin tätä tulkintaa on voimakkaasti epäilty ja kyseenalaistettu

Nyt onkin introneille löytynyt tärkeä funktio. Jos solun DNA:n intronit poistetaan, solu ei kestä elävänä heikossa ravinnetilanteessa.

https://www.nature.com/articles/d41586-019-00183-0

Minijehova
Seuraa 
Viestejä13517

psv kirjoitti:
https://fi.wikipedia.org/wiki/Geeni

Geenien ja niiden säätelyalueiden lisäksi DNA sisältää paljon "tyhjiä" alueita eli osia, jotka eivät sisällä informaatiota. Myös intronit voidaan nähdä tällaisina "tyhjinä" alueina. Tämä DNA on aikoinaan tulkittu ylimääräiseksi tai turhaksi DNA:ksi, mutta nykyisin tätä tulkintaa on voimakkaasti epäilty ja kyseenalaistettu

Nyt onkin introneille löytynyt tärkeä funktio. Jos solun DNA:n intronit poistetaan, solu ei kestä elävänä heikossa ravinnetilanteessa.

https://www.nature.com/articles/d41586-019-00183-0

Taas askelta lähempänä tuhatvuotista talviunta. Minulla on muuten ajatuksia onnistuneeseen ihmisen syväjäädytykseen liittyen, mutta pihtaan toistaiseksi.  ;)

Jepajee analysoi: "Minijehovan tapauksessa menetät kaiken. Sen takia hän etsii ihmisiä joilla ei ole mitään menetettävää. Normiguruilua. Gurut ovatkin kaikki psykopaatteja.

Pitää alistua parin vuoden intensiiviaivopesuun jotta kykenee edes etäisesti ymmärtämään hänen ylivertaisuuttaan. Hän ei anna mitään. Hän listaa tarpeesi."

Nalle pUh
Seuraa 
Viestejä1397

Minijehova kirjoitti:
psv kirjoitti:
https://fi.wikipedia.org/wiki/Geeni

Geenien ja niiden säätelyalueiden lisäksi DNA sisältää paljon "tyhjiä" alueita eli osia, jotka eivät sisällä informaatiota. Myös intronit voidaan nähdä tällaisina "tyhjinä" alueina. Tämä DNA on aikoinaan tulkittu ylimääräiseksi tai turhaksi DNA:ksi, mutta nykyisin tätä tulkintaa on voimakkaasti epäilty ja kyseenalaistettu

Nyt onkin introneille löytynyt tärkeä funktio. Jos solun DNA:n intronit poistetaan, solu ei kestä elävänä heikossa ravinnetilanteessa.

https://www.nature.com/articles/d41586-019-00183-0

Taas askelta lähempänä tuhatvuotista talviunta. Minulla on muuten ajatuksia onnistuneeseen ihmisen syväjäädytykseen liittyen, mutta pihtaan toistaiseksi.  ;)

Onhan niitä "onnistuneita" syväjäädytyksiä tehty. Ongelma tulee vastaan siinä että herättämiseen vaadittava tekniikka loistaa poissaolollaan 😅

Minijehova
Seuraa 
Viestejä13517

Tiedän tuohon syyn...  =D

Jepajee analysoi: "Minijehovan tapauksessa menetät kaiken. Sen takia hän etsii ihmisiä joilla ei ole mitään menetettävää. Normiguruilua. Gurut ovatkin kaikki psykopaatteja.

Pitää alistua parin vuoden intensiiviaivopesuun jotta kykenee edes etäisesti ymmärtämään hänen ylivertaisuuttaan. Hän ei anna mitään. Hän listaa tarpeesi."

psv
Seuraa 
Viestejä362

https://www.iflscience.com/plants-and-animals/this-arctic-fish-built-its...

Merkittävä askel genetiikassa on otettu, kun on saatu selville, että proteiineja koodaava geeni voi kehittyä non-coding DNA:sta, jota monet pitävät funktiottomana "junk"-DNA:na.

Cheng told IFLScience the emergence of functional genes from non-coding DNA; "May be more frequent than we know"

Larry Moran, kiivas roskageenien (junk-dna) kannattaja, tuntuu minusta jo pikkuhiljaa valmistautuvan oppinsa (vain 11%funktionaalista dna:ta) kumoutumiseen

https://sandwalk.blogspot.com/

Minijehova
Seuraa 
Viestejä13517

psv kirjoitti:
https://www.iflscience.com/plants-and-animals/this-arctic-fish-built-its...

Merkittävä askel genetiikassa on otettu, kun on saatu selville, että proteiineja koodaava geeni voi kehittyä non-coding DNA:sta, jota monet pitävät funktiottomana "junk"-DNA:na.

Cheng told IFLScience the emergence of functional genes from non-coding DNA; "May be more frequent than we know"

Larry Moran, kiivas roskageenien (junk-dna) kannattaja, tuntuu minusta jo pikkuhiljaa valmistautuvan oppinsa (vain 11%funktionaalista dna:ta) kumoutumiseen

https://sandwalk.blogspot.com/

Käsittääkseni tuo homma on jo lopullisesti kumottu. Tilke lienee epigeneettinen variaatiovarasto sisäisellä muistilla koko evoluution ajalta.

Jepajee analysoi: "Minijehovan tapauksessa menetät kaiken. Sen takia hän etsii ihmisiä joilla ei ole mitään menetettävää. Normiguruilua. Gurut ovatkin kaikki psykopaatteja.

Pitää alistua parin vuoden intensiiviaivopesuun jotta kykenee edes etäisesti ymmärtämään hänen ylivertaisuuttaan. Hän ei anna mitään. Hän listaa tarpeesi."

Sivut

Suosituimmat

Uusimmat

Sisältö jatkuu mainoksen alla

Uusimmat

Suosituimmat