Sivut

Kommentit (140)

Pine
On kuitenkin olemassa paljon todisteita puhuvat roska-DNA puolesta, kuten esimerkiksi
1. Eliöiden monimutkaisuus ei näytä riippuvan millään lailla genomin koosta (C value paradox). Esimerkiksi monella yksinkertaisella kasvilla on paljon suurempi genomi kuin ihmisellä. Isovesiherne on tässä suhteessa pienimmästä päästä.
2. Roska DNA:han on kerääntynyt monin kertainen määrä geneettistä variaatiota verrattuna geeni-DNA:han, mikä kertoo siitä, että niillä ja niitä ympäröivällä DNA:lla on ollut mitätön merkitys eliön kannalta. Luonnonvalinta puhdistaa haitalliset tai rikastaa hyödylliset variaatiot populaation genomista.
3. Huolimatta suuresta mutaatiokertymästä, suuri osa (44%) esimerkiksi ihmisen roska DNA:sta on havaittu koostuvan transposoneille tyypillisestä sekvenssistä, ts. ne ovat todennäköisesti syntyneet, kun transposonit ovat monistaneet itse itseään genomiin. On vaikea kuvitella, että satunnaiset mutaatiot saisivat nämä muinaiset mikrobi sekvenssit tuottamaan ihmisessä jotain merkittävää.



Äkillisesti juolahti mieleen, että voisihan olla vanhanaikaisia (kooltaan massiivisia) ja uudenaikaisia (suuria tai jopa pieneen tilaan ahdettuja) säätelyjärjestelmiä. Juolahdus tuli muistaessani, miten joskus 60-luvun alkupuolella arvelin osallistua ATK-kurssille, mutta kun meidät vietiin liki puimakoneen kokoiselle tietokoneelle, joka puhisi ja jossa läpsyi reikäkortteja, sain tarpeekseni. Paljon suurempi teho mahtuu nykyisin kourassa poidettävään pikku vempaimeen.

Nythän on alettu aivotutkimuksen valossa ymmärtää, että eri ihmisten aivot ovat niin erilaiset, että samanmielisyyttä ja yhtenäistä käyttäytymistä on mahdoton saavuttaa yhteisössä. Kriittisissä kysymyksissä kuten genomia koskevissa, joissa täysin varmaa tietoa ei vielä ole, edellä mainittu "erimielisyystekijä" osaltaan varmaan vaikuttaa, että kun tilke-geenejä tärkeänä pitävä geenitutkija Mattick saa huomattavan palkinnon, niin tilkegeenejä aitona roskana pitävä biokemian professori Larry Moran tuomitsee palkitsemisen.

Itse tahdon olla Mattickin ja Collinsin linjoilla, mutta ymmärrän, että paljon todisteita puuttuu, ja eri lailla ajattelevat, eri aivorakenteen omaavat, taas ovat väistämättä Moranin linjoilla. Itse ajattelen kuten geneetikko Namrata Iyer:

Tutkija Namrata Iyer kirjoittaa: Mikä on keskeinen tekijä, joka määrää organismin biologisen kompleksisuuden? - Täten non-coding DNA, jota pidettiin roskana, näyttää nyt pitävän sisällään suunnattoman säätelyverkon, joka vastaa kompleksien kehitysohjelmien toimeenpanosta ja on siten biologisen kompleksisuuden avain.

Tämän ketjun sivulla 3 on mielestäni kiinnostavaa väittelyä tästä asiasta. Siinä varmaan sivutaan myös Pinen yllä esittämiä argumentteja. Siellä myös kerrotaan yksisoluisesta eliöstä, jonka geeneillä saattaisi olla funktioita ja jonka geenistössä tapahtuu jossain vaiheessa joko geenistön itse laukaisema tai muun elimistön laukaisema massiivinen käytön jälkeinen eliminaatio.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 140408.htm

Vanhasta puima- , ei kun tietokoneesta tuli vielä mieleen, että genomiin varastoitunutta tietoa voidaan ahtaa ja tiivistää liki rajatta, mutta tiivistämisellä saattaisi olla myös optimi, jota eliö ei mielellään ylitä. Optimi voisi olla jopa solun ominaisuuksien tai ympäristötekijoiden funktio.

Miten sitten genomin voi ajatella etsiytyvän optimiin? Aivan uusi tutkimustulos, jota olen mm. Petrin blogin kommenttiosastossa mainostanut, on bakteerin geeneistä löydetyt kognitiiviset geenipiirit (kognitiivinen on tosin oma tulkintani), jotka toimivat bakteerikollektiivin yhteisöllisyyden moodien perustana. Tämä melko mullistava tutkimustulos melkein väistämättä yleistyy isompien olioiden genomia koskevaksi ja yleistetty kognitiivisuus voisi toimia mm. juuri genomiin ja sen aktiiviseen ympäristöön sijoittuneen informaation tiivistäjänä. (Kuten olen mainostanut, olen siis IC-proponentti; IC = Intelligent Cell..).

Kysyin kerran Larry Moranin blogin kommenttiosastossa, miksi tilke-DNA:n voidaan väittää olevan funktiotonta, mutta silti luonnonvalinnan paikalleen jättämää muinaisten sukupolvien kuonaa, kun muualla kehossa jokaiselle elimelle on löydetty funktio, ei ehkä alkuperäinen, vaan uusi, myöhemmin kehittynyt. 100%:sen varma vastaus tähän kallistaisi vaakaa roskan puolelle, mutta toistaiseksi en koe sellaista saaneeni. No, ehkä syy on vain se, että käsityskykyni on rajoittunut.

http://sandwalk.blogspot.fi/2013/08/dea ... mment-form

Arvioidessaan seuraavaa artikkelia biokemian professori Larry Moran toteaa näkemyksenään olevan, että vain 10% proteiinia koodaamattomasta DNA:sta on aidosti funktionaalista: No knowledgeable scientist ever claimed that all noncoding DNA was junk. We have always known about other functions of the genome. That's why we say that "only" 90% of our genome is junk.

Cell -tiedelehdessä juuri ilmestyneen artikkelin referaatti puolestaan puhuu paljon suuremmasta määrästä funktionaalisia geenejä. Larry Moranin mukaan referaatissa täytyy olla virhe

http://www.centenarynews.org.au/how-jun ... velopment/

Kumpi "puoli" on tässä oikeassa ilmenee varmaan pian. Joka tapauksessa australialainen tutkijaryhmä on löytänyt täysin uuden tavan, jolla funktionaalinen ei-koodaava DNA säätelee solun monia ominaisuuksia

"This discovery, involving what was previously referred to as "junk," opens up a new level of gene expression control that could also play a role in the development of many other tissue types," Rasko says. "Our observations were quite surprising and they open entirely new avenues for potential treatments in diverse diseases including cancers and leukemias."

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Pine
Seuraa 
Viestejä251
P.S.V.
http://sandwalk.blogspot.fi/2013/08/dear-denyse-stop-digging.html#commen...
Joka tapauksessa australialainen tutkijaryhmä on löytänyt täysin uuden tavan, jolla funktionaalinen ei-koodaava DNA säätelee solun monia ominaisuuksia

Laurence A. Moran
We've known about regulatory sequences for about 50 years. Nothing new there.

We've known about alternative splicing for 40 years. Nothing new there either. All that stuff is in the standard introductory textbooks of biochemistry and molecular biology.




Joe Felsenstein
This history gets rewritten every time creationists and "ID theorists" open their mouth.
Pine
[qe=uot"P.S.V."] http://www.centenarynews.org.au/how-jun ... velopment/

Joka tapauksessa australialainen tutkijaryhmä on löytänyt täysin uuden tavan, jolla funktionaalinen ei-koodaava DNA säätelee solun monia ominaisuuksia


Laurence A. Moran
We've known about regulatory sequences for about 50 years. Nothing new there.

We've known about alternative splicing for 40 years. Nothing new there either. All that stuff is in the standard introductory textbooks of biochemistry and molecular biology.




Joe Felsenstein
This history gets rewritten every time creationists and "ID theorists" open their mouth.
[/quote]


Monenlaisia non-coding DNA:n funktioita todella jo tunnetaan ja ne löytyvät varmaan alkeiskirjoista. Larry Moran on todella älykäs ja selväsanainen, mutta useat hänen blogiensa kommentoijat tuovat etäisesti mieleen Pillin ja Pullan. Usein tuntuu, että he todella uskovat kosmoksen epä-älykkyyteenja kuvittelevat, että ID on ekvivalenttia GDI:n kanssa.

Luulenpa, ettei Larry Moran itse oikeasti ajattele näin suppeasti, vaikka antaakin ehkä sellaisen kuvan. ID:tä kun voi harrastaa designerinä pelkkä intelligenssi, kosmoksen intelligenssi, josta on mahtavia näyttöjä, mm. tietoisuus, kieli ja merkitykset, matematiikka ja matematiikan (esim. kultaisen leikkauksen) esiintyminen kaikkialla luonnossa, eläinten älykkyys ja moraali,..

Seuraava luettelo on kuitenkin yhden kommentaattorin tekemä. Sitä katsellessa voi tuntua, että vaikka paljon onkin löydetty, paljon on vielä löytämättä - ja oikeasti ymmärtämättä

Nobel Prize for Jacques Monod and co-workers, 1965, for finding functions in non-coding DNA (regulatory elements).

Nobel Prize for Barbara McClintock in 1983 for her discovery of new functions in non-coding RNA (mobile genetic elements.)

Nobel Prize for Tom Cech and Sidney Altman in 1989, for discovery of catalytic functions resulting from non-coding DNA (catalytic RNA= ribozymes).

Nobel Prize for Jack Szostak and co-workers in 2009, for research in 1980’s on function in non-coding DNA (telomeres).

Nobel Prize for Richard Roberts and Phillip Sharp in 1993 for discovering introns (in non-coding DNA).

The structure of tRNA was known by 1964, crystal structure solved in 1974. tRNA is made from non-coding RNA.

The ribosome was known to be largely nucleic acid in the 1950's, general molecular structure known since the early 1970s, by the 1980's it was known the ribosome was a ribozyme-- based on functions residing in non-coding DNA.

Explain to me how scientists did not pay enough attention to function in non-coding DNA?

T. Ryan Gregory Further Summarizes Functions Found in Non-Coding DNA:

"Those who complain about a supposed unilateral neglect of potential functions for non-coding DNA simply have been reading the wrong literature. In fact, quite a lengthy list of proposed functions for non-coding DNA could be compiled (for an early version, see Bostock 1971). Examples include buffering against mutations (e.g., Comings 1972; Patrushev and Minkevich 2006) or retroviruses (e.g., Bremmerman 1987) or fluctuations in intracellular solute concentrations (Vinogradov 1998), serving as binding sites for regulatory molecules (Zuckerkandl 1981), facilitating recombination (e.g., Comings 1972; Gall 1981; Comeron 2001), inhibiting recombination (Zuckerkandl and Hennig 1995), influencing gene expression (Britten and Davidson 1969; Georgiev 1969; Nowak 1994; Zuckerkandl and Hennig 1995; Zuckerkandl 1997), increasing evolutionary flexibility (e.g., Britten and Davidson 1969, 1971; Jain 1980; reviewed critically in Doolittle 1982), maintaining chromosome structure and behaviour (e.g., Walker et al. 1969; Yunis and Yasmineh 1971; Bennett 1982; Zuckerkandl and Hennig 1995), coordingating genome function (Shapiro and von Sternberg 2005), and providing multiple copies of genes to be recruited when needed (Roels 1966)."

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 124047.htm

Raajojen ja useiden aivoalueiden kasvu sikiöllä perustuu mm. geenin nimeltä Fgf8 tarkoin säädeltyyn päälle ja pois -rytmiin. Geeniä Fgf8 säätelee suuri jouko toisistaan riippumattomia säätelyelementtejä.

Säätelyelementit ovat kertyneet samaan suureen genomin alueeseen ollen sirottuneita muiden, Fgf8-geeniä säätelemättömien geenien sekaan. Tutkijoiden suorittama säätelyelementtien paikkojen vaihtelu sai aikaan Fgf8-geenin aktivaatiossa muutoksia, jotka johtivat pahoihin kehityshäiriöihin hiiren sikiössä

Geenin Fgf8 säätelyn avain on edellä mainitun genomin alueen hämmästyttävät monimutkainen järjestys. Fgf8 reagoi vain tiettyjen spesifien säätelyelementtien syötteeseen johtuen sen paikasta genomissa eikä mistään tunnistustekijästä.

Genomin 3-ulotteinen rakenne paljolti määrää, mitkä säätelyelementit milloinkin ovat yhteydessä toisiinsa ja geeniin Fgf8 säädellen sen toimintaa. Tämä geenien säätelyyn vaikuttava monimutkainen tekijä on tutkijoiden mukaan yleensä jätetty huomiotta. Genomin paikallinen järjestyneisyys ja DNA:n 3-ulotteinen rakenne saattavat olla tärkeimmät säätelyyn vaikuttavat tekijät sekä moduloiden säätelyelementtien toimintaa että johtaakseen ne kohdegeenin yhteyteen.

On tärkeää nyt ottaa tutkimuskohteeksi DNA:n 3-ulotteisen rakenteen vaikutus genomin eri elementtien vuorovaikutukseen ja geenin ilmaisujen säätelyyn.

.........

Oman arvioni mukaan nyt on tultu lähelle genomin kokonaisuuden merkitystä mm. geenien säätelyssä. Säätelygeenit ovat sirotellut "roskageenien" sekaan, joiden 3-ulotteinen organisaatio on kuitenkin aivan ratkaiseva säätelyn tekijä. Näin ollen myös mahdolliset mitään tuottamattomat genomin osat ovat genomin toiminnan kannalta olennaisen tärkeitä.

.

P.S.V.
http://sandwalk.blogspot.fi/2013/08/dear-denyse-stop-digging.html#commen...

Arvioidessaan seuraavaa artikkelia biokemian professori Larry Moran toteaa näkemyksenään olevan, että vain 10% proteiinia koodaamattomasta DNA:sta on aidosti funktionaalista: No knowledgeable scientist ever claimed that all noncoding DNA was junk. We have always known about other functions of the genome. That's why we say that "only" 90% of our genome is junk.

Cell -tiedelehdessä juuri ilmestyneen artikkelin referaatti puolestaan puhuu paljon suuremmasta määrästä funktionaalisia geenejä. Larry Moranin mukaan referaatissa täytyy olla virhe

http://www.centenarynews.org.au/how-jun ... velopment/

Kumpi "puoli" on tässä oikeassa ilmenee varmaan pian. Joka tapauksessa australialainen tutkijaryhmä on löytänyt täysin uuden tavan, jolla funktionaalinen ei-koodaava DNA säätelee solun monia ominaisuuksia




Asia vaivasi mieltä sen verran, että päätin kysyä sitä kyseisen tutkimuksen johtajalta John Raskolta. Ja hän vastasi, että kyseessä ei ollut referoijan virhe, vaan

"Yes give or take a couple of percent its true"

[size=85:33cjizea]Vielä piti tarkistaa mitä tuo sanonta give or take oikein merkitsee. Ja se on:
give or take=Plus or minus a small specified amount[/size:33cjizea]

Siis professori Raskon vastaus suomennettuna olisi: "Kyllä, parin prosentin tarkkuudella se on totta". Toisin sanoen, australialaisen tutkijaryhmän mukaan 97 % noncoding-geeneistä on funktionaalisia omaten solun ominaisuuksia säätelevän tehtävän.

Edellisen edellisessä puheenvuorossani korostin tutkimustulokseen vedoten DNA:n kolmiulotteista järjestäytymistä yhtenä genomin toiminnan tärkeänä osatekijänä. Tuntuisi luontevalta olettaa, että tähän fysikaalis-kemialliseen organisaatioprosessiin osallistuisi koko genomi koko kromosomeja myöten, jolloin kaikkia proteiineja koodaamattomiakin geenejä voisi pitää ainakin jossain mielessä funktionaalisina, tehtävän omaavina.

Nyt käsillä oleva artikkeli täsmentää topologisesti organisoituvan genomin ideaa osoittaen, että monet tutkimustulokset selittyvät, jos genomin oletetaan omaavan kahta erilaista informaatiota, kaikkien tuntemaa DNA:n kodonikolmikkojen digitaalista informaatiota sekä DNA:n ja sen aktiivisen ympäristön analogista informaatiota. Nämä kaksi eri informaatiota kietoutuvat genomissa yhteen vuorovaikuttaen keskenään ja pitäen yllä genomin itseymmärrystä (self-referentiality). Artikkelissa kuvataan joitakin vuorovaikutuksia, mutta ilmiön yleispiirteet hahmottunevat jo lyhyessä abstraktissa.

Eri informaatiotyypeillä lienee yhteys myös puheen rakentumiseen ja sen ymmärtämiseen. Kielen eri jäsennystasojen ja genomin eri toimintatasojen yhteyttä hahmotteli jo 80-luvulla Frieda Fröhlich.

Integration of syntactic and semantic properties of the DNA code reveals chromosomes as thermodynamic machines converting energy into information

DNA-koodin syntaktisten ja semanttisten ominaisuuksien yhteenkietoutuneisuus paljastaa kromosomien olevan energiaa informaatioksi muuttavia termodynaamisia koneita

[size=85:28q53mt9]Georgi Muskhelishvili,
Andrew Travers[/size:28q53mt9]

http://link.springer.com/article/10.100 ... 013-1394-1

[size=85:28q53mt9]Abstract
Understanding genetic regulation is a problem of fundamental importance. Recent studies have made it increasingly evident that, whereas the cellular genetic regulation system embodies multiple disparate elements engaged in numerous interactions, the central issue is the genuine function of the DNA molecule as information carrier. Compelling evidence suggests that the DNA, in addition to the digital information of the linear genetic code (the semantics), encodes equally important continuous, or analog, information that specifies the structural dynamics and configuration (the syntax) of the polymer. These two DNA information types are intrinsically coupled in the primary sequence organisation, and this coupling is directly relevant to regulation of the genetic function. In this review, we emphasise the critical need of holistic integration of the DNA information as a prerequisite for understanding the organisational complexity of the genetic regulation system.[/size:28q53mt9]

Genomin säätelyn ymmärtäminen on erittäin tärkeä ongelma. Viimeaikaiset tutkimukset osoittavat yhä selvemmin, että solun geneettisen säätelyjärjestelmän koostuessa suuresta joukosta lukuisia vuorovaikutuksia omaavia elementtejä, joiden yhteyttä on usein vaikea käsittää, keskeinen ongelma on DNA-molekyylin funktio informaation kantajana.Tosiasia-aineisto viittaa yhä voimakkaammin siihen, että DNA:n lineaarisen geneettisen koodin digitaalisen informaation (semanttisen informaation)
lisäksi DNA sisältää yhtä tärkeää jatkuvaa, analogista informaatiota, (syntaktista informaatiota). joka määrittää polymeerin rakenteellisen dynamiikan ja konfiguraation. Nämä kaksi DNA:n informaation lajia on kytketty yhteen primaarissa jono-organisaatiossa ja tämä kytkentä koskee genomin toiminnan säätelyä. Korostamme, että monimutkaisuutta täynnä olevan genomin säätelyjärjestelmän ymmärtäminen vaatii DNA:n informaation holistista integraatiota.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 143319.htm

Miten sadat miljoonat, jopa miljardit kasvot saavat toisistaan eroavat, tunnistettavat muotonsa? Tätä ei ole genetiikan kannalta paljoakaan pohdittu ennenkuin nyt Berkeleyn laboratorion tutkijoiden toimesta. Kasvojen ja pään muotoa eivät määrää geenit sinänsä, vaan monet tuhannet "roska-DNA:ssa" satojen tuhansien emäsparien etäisyydellä koodaavista geeneistä sijaitsevat säätelijät, säätelygeenit, jotka ohjaavat koodaavien geenien toimintaa hienoviritteisesti hidastamalla ja nopeuttamalla sitä.

Tutkijat estivät joidenkin säätelijöiden toiminnan hiiren alkiossa ja tulokset näkyivät hiiren pään omituisina muotoina. Ilmeni monimutkainen säätelijämaisema ja säätelijöiden monimutkaiset vaikutukset koodaaviin "kasvogeeneihin". Monia säätelijöitä löytyi hiiren kromosomien alueesta, jota vastaava alue ihmisellä sisältää tunnetusti kallon ja kasvojen synnynnäisiä vikoja eiheuttavia tekijöitä.

http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 124351.htm

Whitehead-Instituutin tutkijat kuvaavat miljoonien säätelygeenien joukosta paljastamiaan "super-vahvistajia", joiden yksi tehtävä on luoda sadat kehon eri solutyypit. Supervahvistajilla on kuitenkin monipuolinen vaikutus esimerkiksi syöpäsoluihin. Tutkijat uskovat, että lääketiede saa syöpäsolujen supervahvistajia tutkimalla tietoa esimerkiksi syöpäpotilaan sairauden tarkasta laadusta, mikä taas mahdollistaa yksilöllisen hoidon.

........

Mitkä kaikki tekijät ja ympäristöolosuhteet tarvitaan, että säätelevä viesti voisi vaikuttaa ehkä satojen tuhansien emäsparien päässä odottelevaan koodaavaan geeniin? Hyvin monet tärkeät tiedot ovat vielä hämärän peitossa. Kuitenkin jo siinä, mitä tiedetään, häämöttää mielestäni "roska-DNA:n" idean kiihkeiden kannattajien (joita ENCODE-projektin mitätöinnin aikoihin osoittautui olevan tosi paljon) lujan uskon väistämätön haurastuminen.

Varmaan monella 20 000:sta koodaavasta geenistä on parvi säätelijöitä sijoittuneina kromosomin eri alueisiin. Kromosomin puolestaan myös täytyy "elää", että säätelijät voisivat toimittaa tehtävänsä. Itse veikkaisin, että kromosomien "eläminen" merkitsee niiden jatkuvaa asentonsa säätelyä, minkä fysikaalisessa toimeenpanossa varmaan tarvitaan ne loput "roskageenit", joille ei löydy vahvistus-funktiota.

Ajattelen, että tietoni kaikesta solussa ja kromosomilla tapahtuvasta on kuin kahvikupillinen valtamereen (tai suurehkoon sisäjärveen) verrattuna.On vaikea kuvitella realistisesti voimakenttien ristiaallokkoa, jossa miljoonien hiukkasten sekunnissa on irtauduttava, tunnistettava kohteensa ja siirryttävä siihen, kiinnittäydyttävä tietyssä asennossa tiettyyn paikkaan ehkä vielä sekunnin murto-osan kuluttua jatkaakseen matkaansa.

On tuskin epärealistista ajatella solun sisällön olevan molekyylikoneita täynnä kromosomien ollessa myös sellaisia, symmetriarikoissa syntyneiden Nambun-Goldstonen bosonien kondensaatteja, joissa SBS:ssä menetetyt vapausasteet ilmenevät uudelleen jalostuneessa muodossa.

Jyri T.
Seuraa 
Viestejä1356
P.S.V.
...jokaisella koordinaatilla olisi oma tapahtumaa koossapitävä Nambun-Goldstonen bosoni (Nambu, nobel 2008). Eri koordinaatit olisivat jatkuvassa yhteydessä keskenään Feymnanin polkuintegraaleilla (Feynman, nobel 1965).



Minulle ei vieläkään ole valjennut, miksi näitä NGB:itä ja polkuintegraaleja pitää työntää tänne.

NGB:t vaikuttavat hiukkastason fysiikkaan ja sitä kautta materiaalien käyttäytymiseen esim. suprajohtavuudessa, mutta kukaan ei ole esittänyt mitään mekanismia, jonka mukaan se jotenkin ohjaisi kemiallisia/biologisia prosesseja enää solun/eliön mittakaavassa.

Ja ne polkuintegraalit ovat aivan liian monimutkaisia käytettäväksi jo molekyylitasolla, saati sitten biologiassa.

Kannattaisi ehkä hakea vastauksia hieman käytännönläheisemmästä suunnasta. Tai ehkä tarkoituksesi onkin vain mystifioida biologiaa ja etsiä uskonnon kaltaista Suurta Selitystä Kaikelle.

Suosikkiurheilulajini on nojatuolisarkasmi.

Pine
Seuraa 
Viestejä251
P.S.V.
Kasvojen ja pään muotoa eivät määrää geenit sinänsä, vaan monet tuhannet "roska-DNA:ssa" satojen tuhansien emäsparien etäisyydellä koodaavista geeneistä sijaitsevat säätelijät, säätelygeenit, jotka ohjaavat koodaavien geenien toimintaa hienoviritteisesti hidastamalla ja nopeuttamalla sitä.

On aivan älytöntä nostaa geenien säätelyn merkitys geenien itsensä yläpuolelle. Geenit voivat toimia ilman monia säätelytekijöitä, mutta ilman geenejä ei ole mitään mitä säädellä.

Jyri T.
P.S.V.
...jokaisella koordinaatilla olisi oma tapahtumaa koossapitävä Nambun-Goldstonen bosoni (Nambu, nobel 2008). Eri koordinaatit olisivat jatkuvassa yhteydessä keskenään Feymnanin polkuintegraaleilla (Feynman, nobel 1965).



Minulle ei vieläkään ole valjennut, miksi näitä NGB:itä ja polkuintegraaleja pitää työntää tänne.

..ehkä tarkoituksesi onkin vain mystifioida biologiaa ja etsiä uskonnon kaltaista Suurta Selitystä Kaikelle.




Kun aloittelin ketjua "Nykydarwinismi heikkoa tiedettä", lähes kaikki kymmenet vastaajat eivät tosiaan ymmärtäneet mitään siitä, mitä kirjoitin. Useimmat heistä olisivat ilmeisesti tyytyneet lukiotasoiseen "ymmärtämiseen". Monet lisäksi luokittelivat - kai hädissään - minut kreationistiksi vaikka teksteissäni ei esiintynyt mitään sellaiseen viittaavaakaan. Mutta itselleni on ihan sama miksi tahdotaan luokitella.Oli aivan hauskaa lukea em. ketjua vuosilta 2007 ja 2008 ja havaita monien nykyisinkin kirjoittavien nimimerkkien äimistys.

Lukion kurssiin verrattuna monet esille tuomani tutkimustulokset ja niistä tekemäni ehkä redikaalitkin johtopäätökset varmaan tekevät biologiastani mystistä. Että yrittäisin tuoda siihen mystisyyttä mystisyyden tähden, on virhearvio - minun mielestäni. Siinä Jyri T. lienee kuitenkin oikeassa, että Suuri Selityshän tässä on haussa - kuitenkin muistaen oman tasoni pelkkänä diletanttina.

Tuohon aikaan kokosin joukon artikkeleita NGB:n tiimoilta ja suomensin niistä otteita. Nythän niitä olisi jo paljon enemmän. Ne silloin kerätyt joidenkin hauskojen loppukommenttien kanssa ovat seuraavassa linkissä:

muut-tiedeaiheet-f14/defektit-materian-ydintaso-t21601.html

NGB on tosiaan paljon muunkin kuin hiukkasfysiikan johtavia periaatteita. Seuraava linkki kertoo tästä ja äskettäin tapahtuneesta NGB:n yleistyksestä koko maailmankaikkeuteen. Yleistyksen Berkeleyn yliopistossa keksinyt tutkija luonnehtii innovaatiota näin:

Now we have a general explanation for all of physics; no exceptions. Nyt meillä on yleinen, poikkeuksetta kaiken fysiikan selitys

Innovatiiviset ajattelijat ovat varmaan jo ennen Watanabea uumoilleet vastaavasta Nambun-Goldstonen bosonin yleisyydestä luonnossa, mutta eivät ole löytäneet tai edes osanneet etsiä todistamisen johtolankaa.

http://www.myscience.us/wire/theorem_un ... 2-berkeley

Yoichiro Nambu shared the 2008 Nobel Prize in Physics, in part, for explaining that in some systems, the number of broken symmetries equals the number of Nambu-Goldstone bosons.

The new theorem expands on Nambu’s ideas to the more general case, Watanabe said, proving that in weird materials, the number of Nambu-Goldstone bosons is actually less than the number of broken symmetries.

"What Nambu showed was true, but only for specialized cases applicable to particle physics," he said. "Now we have a general explanation for all of physics; no exceptions."

One characteristic of states with a low Nambu-Goldstone boson number is that very little energy is required to perturb the system. Fluids flow freely in superfluids, and atoms vibrate forever in Bose-Einstein condensates with just a slight nudge.

As a student at the University of Tokyo, Watanabe had proposed a theorem to explain materials’ properties through Nambu-Goldstone bosons, but was unable to prove it until he came to UC Berkeley last year and talked with Murayama. Together, they came up with a proof in two weeks of what they call a unified theory of Nambu-Goldstone bosons.

Sen olen kyllä jo oppinut, että todisteluni eivät ketään vakuuta eivätkä herätä ymmärryksen poikastakaan. Seuraavan artikkelinkin spontaanista symmetriarikosta ja sellaiseen aina liittyvästä NGB:sta olen linkittänyt varmaan kymmenmen kertaa ilman mitään tulosta.

http://www.sci-museum.kita.osaka.jp/~sa ... nt/2hp.htm

A pedagogic daily macroscopic device to demonstrate the spontaneously broken symmetries is developed by which both processes of spontaneous breaking of rotational symmetry and of creating the Nambu-Goldstone bosons can be well illustrated.

One of the most important keywords in modern physics is the spontaneously broken symmetries (SBS). Creation of the universe in cosmology, generation of gauge bosons, Higgs particles, t'Hooft monopoles, instantons and solitons in high energy elementary particle physics, and phenomena of laser, superradiance, superconductivity, superfluidity, phase transition, magnet and electret in condensed matter physics are all well understood in terms of SBS [1]. Those phenomena are all known as order-creating phenomena in nature. Symmetry and order are two mutually complementary concepts: When we have rotational symmetry, there is no particular direction singled out as being different. When we notify a specific direction, there is directional order, and the rotational symmetry should be lost to create such an order.

Mitä taas tulee Feynmanin polkuintegraaliin, en tällä hetkellä osaa sen mukaanottamista puolustella muulla, kuin että "vaisto sanoo". Ymmärrän hyvin myös jos jonkun toisen vaisto ei sano.Mutta polkuintegraalin merkitys fysiikassa, jota biologia ja evoluutioilmiökin ovat, käy hyvin selville esim. Hawkingin ja Mlodinowin uusimmasta kirjasta.

Jyri T.
Seuraa 
Viestejä1356
P.S.V.
One characteristic of states with a low Nambu-Goldstone boson number is that very little energy is required to perturb the system. Fluids flow freely in superfluids, and atoms vibrate forever in Bose-Einstein condensates with just a slight nudge.



...eli NGB:t vaikuttavat esimerkiksi nesteiden virtaamiseen ja sähkönjohtavuuteen yms. kaltaisiin ilmiöihin materiaalien käyttäytymisessä kvanttitasolla, mutta sinä viet asian huomattavasti pidemmälle.

Väität, että NGB:t pystyisivät jotenkin muokkaamaan materian käyttäytymistä biologian tasolla eli kvanttitasoa huomattavasti suuremmassa mittakaavassa, mistä minä en ole lainkaan vakuuttunut kaikesta tästä tekstimassasta ja linkkitykityksestä huolimatta.

Paljon tekstiä, vähän villoja --- eli todisteita siitä, miten (virtuaali)hiukkasmaailma voisi olla aktiivinen toimija vielä useita kertaluokkia liian suurissa saappaissa.

Suosikkiurheilulajini on nojatuolisarkasmi.

Pine
On aivan älytöntä nostaa geenien säätelyn merkitys geenien itsensä yläpuolelle. Geenit voivat toimia ilman monia säätelytekijöitä, mutta ilman geenejä ei ole mitään mitä säädellä.



Geenit ovat tietysti tärkeät ja säätelyn olemassaolosta on tiedetty jo Monodin aikana. Kuitenkin jo tähän mennessä ilmenneen säätelyn paljous on yllättänyt monet "roskageenipuolueeseen" kuuluneet. Sir Francis Crickin tavoin monet ajattelivat, että ei-koodaava DNA oli lähes kokonaan toimimattomia jäänteitä. Nykyisin jyrkimmätkin jo tietävät, että ainakin 8 % roskageeneistä omaa tärkeitä toimintoja. Niinpä esim. Larry Moran toteaa

..scientists have determined that genes make up about 2% of our genome and about 8% contains information necessary for the proper functioning of genes and chromosomes? The rest, about 90%, is thought to be junk..

Melko suuri säätelijäjoukko siis Moraninkin mukaan tarvitaan, jotta geenit ja kromosomit voisivat toimia tarkoituksenmukaisesti. "Kokonaan roskaa"-puolue on päivä päivältä joutunut antamaan periksi "kokonaan säätelijöitä"-puolueelle, vaikka ottelun lopullinen tulos on vielä kaukana saavuttamattomissa.Kahden viimeksi kuluneen vuoden aikana tutkimuslaitteet ja metodit ovat huikeasti kehittyneet, ja uusia läpimurtoja on valmistumassa useissa tutkimuslaitoksissa. Ehkä juuri tästä innovaatioiden ryöpystä johtuu, että säätelyn merkitystä korostetaan. Proteiineja koodaavien geenien merkityksestähän tietää jo lukiolainen.

Mutta näidenkin geenien toiminnassa ja koodattavien proteiinien valiutumisessa sekä mm. niiden poimuttumisessa on vielä ammottavia ongelmia.

Jyri T.
Väität, että NGB:t pystyisivät jotenkin muokkaamaan materian käyttäytymistä biologian tasolla eli kvanttitasoa huomattavasti suuremmassa mittakaavassa, mistä minä en ole lainkaan vakuuttunut kaikesta tästä tekstimassasta ja linkkitykityksestä huolimatta.



No täytyyhän minun se lopultakin uskoa ettet ole vakuuttunut ja sillä selvä. Siltä varalta, että joku muukin tulisi lukeneeksi tätä puheenvuoroa pyrin kumminkin kertomaan, että spontaaneissa symmetriarikoissa (SSB), joihin organisoituminen luonnossa usein perustuu, aina syntyvät NGB:t varastoivat SSB:ssä menetetyt vapausasteet, jotka voivat tulla ilmi "jalostuneessa" muodossa Goldstonen kentän defekteinä (Hiroomi Umezawan skeema). Esimerkiksi suprajuoksevan faasin syntyessä tapahtuvassa SSB:ssa menetetty vaihevapausaste ilmenee suprajuoksevaan nesteeseen syntyvinä pyörremäisinä defekteinä, vortekseina.

Missä sitten NGB tämän hetken näkökulmasta selvimmin ilmenee "isoissa" biologisissa systeemeissä. Kaikki tuntevat näitä ilmiöitä, mutta juuri kukaan ei tiedä, että niiden ilmenemisen taustalla on Nambun-Goldstonen bosoni. Tämä tosin todistettiin jo 80-luvulla (mm. Sivakami ja Sreenivasan, J.theor.Biol., 198?)

Mitä ilmiöitä nämä Goldstonen bosoniin pohjimmiltaan perustuvat ilmiöt sitten ovat? Tuttuja mm. parvikäyttäytymistä hallitsevia itseorganisaatioilmiöitä! Monesti olenkin esittänyt linkkejä, joista kävisi helposti selville, että itseorganisaatiomoodeja esiintyy paljon sekä solun sisällä että solukollektiivien muodoissa ja käyttäytymisessä. Tämä lienee kaikille jo tuttua, mutta pannaan nyt joku linkkikin

https://www.google.fi/#q=self-organizat ... al+systems

Seuraavassa kerrotaan NGB:n (eli Goldstonen moodin) kätkeytymisestä itseorganisaatioilmiöiden "mekanismiin". Ilmeisesti Watanabe on onnistunut selkeyttämään yhteyttä todistaessaan, että koko fysiikka (jota biologiakin viime kädessä on) on Nambun-Goldstonen bosonien hallitsemaa.

https://www.google.fi/#q=self+organizat ... stone+mode

Arvelisin, että NGB on läheistä "sukua" pienimmän vaikutuksen periaatteelle, johon prof. Arto Annilan evoluutioskenaario olennaisesti perustuu. Kuten fysiikan ilmiöillä yleensä, myös evoluutioilmiöllä voisi näin ollen olla useita erityyppisen formalismin omaavia teorioita - jotka kuitenkin salaisena punaisena lankana yhdistäisi Nambun-Goldstonen bosoni.

Jyri T.
Seuraa 
Viestejä1356
P.S.V.
Esimerkiksi suprajuoksevan faasin syntyessä tapahtuvassa SSB:ssa menetetty vaihevapausaste ilmenee suprajuoksevaan nesteeseen syntyvinä pyörremäisinä defekteinä, vortekseina.



Nesteeseen syntyvä pyörre on vielä valovuosien päässä biologisten rakenteiden muodostamisesta.

Suosikkiurheilulajini on nojatuolisarkasmi.

Sivut

Suosituimmat

Uusimmat

Sisältö jatkuu mainoksen alla

Uusimmat

Suosituimmat