Sivut

Kommentit (74)

Sisältö jatkuu mainoksen alla
Sisältö jatkuu mainoksen alla
Vierailija

Itselläni vähän sama homma.

Harrastin aikoinaan suojaamatonta seksiä erään naisen kanssa

koska naisella oli yksi lapsi niin kuvittelin että hänellä on vähintään

kierukka?

No annas olla yhtenä iltana kun se puki vaatteitaan päälle se

sano: "Kuule ...... meidän pitäis vähä puhua ku mää oon raskaana"?

"Mitä eikö sulla pitäny olla joku ehkäisy"+

"Noko ei ne passannu mulle"

"Mä olen yli 50v mies mä en saa biologisesti 

enää siittää lapsia, tee abortti minä maksan".

"Ai jaa no ei se lapsi varmaan ookkaan sun".

(Se oli kattokaas pannu ristiin kahta äijää)?

Siitä meni aikaa niin se isä num.2

tuli puhuttaan mua (eli parisuhteessa tän tulevan äidin kanssa).

"Sano: Kuule ...... mä teen DNA testin siitä lapsesta"!

(Paskat se sitä tehnyt).

Sitten se tyttö synty.

Ite aattelin no antaa olla mutta yhtenä päivänä

se äiti käveli mua vastaan ja se tyttö oli just prikulleen

saman näkönen ku mun poikani tyttö?

Laitoin sitte viestiä sosiaalihuoltoon että haluan DNA tutkimuksen siitä

että kuka on lapsen siittäjä?

Sieltä tuli vastaus että se pitää hoitaa lastensuojelun kautta?

Aattelin sitte että en jaksa alkaa kaivaan joten olkoon.

Tyttö saa kuitenkin elää perheessä johon itse en olisi ollut

enää valmis.

Se tässä vaan eniten harmittaa kun molemmat "vanhemmat" ovat mielisairaita.

Että mitenkähän sen lapsen tulevaisuus nyt menee?

Mutta saapahan kuitenkin asua kotona ja saa olla" isänsä" kanssa sillä aikaa

kun äiti joutuu välillä oleen suljetulla osastolla.

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

Vänni kirjoitti:
Ville-78 kirjoitti:
Harmillista, että halpatestit syövät uskottavuutta, mutta ainahan se on kun tulee markkinoille uusi hyvin myyvä tuote, niin jokainen haluaa globaaleille apajille. Suomen valtiokin näemmä rahoittanut toimintaa sadoilla tuhansilla euroilla.. 

Väliaikatietona mainittakoon, että 512Gt levykin loppui sitten kesken.. meni taas 3h purkaessa datapakettia, hukkaan.. pitänee huomenna hommata toinen levy mihin saa alkuperäisen ladatun datan, ja toiseen sitten puretun datan.. 
Positiivistä, että viimeinen paketti lähtee lataukseen ja on huomenna valmis, jos yöllä ei mene netti poikki.. eli viimeiset 38Gt tulossa pakattuna..

Kiinnostaisi tietää minkänäköistä tuo data on tietokoneen näytöllä katsottuna.

Onko tuo numerosarjoja joita joutuu tulkitsemaan jotenkin vai tekstimuotoista dataa,  jos tekstimuotoista et elämäsi aikana kerkiä kaikkia lukemaan saaatika tulkitsemaan.

Ei oikeastaan kumpaakaan. Homma riippuu  vielä mistä tiedostosta puhutaan. 
Mitä tätä nyt selvitellyt niin 
.BAI tiedosto on se missä on suurin datamassa ja tätä tiedostoa vasten tulee esim.indeksointi joka helpottaa (nopeuttaa) bai tiedoston lukemista. Siinä on tietyt kohdistukset, joka nopeuttaa hakuja. Harmillisesti minulla ei ole tuota ehjää indeksi-tiedostoa. En tiedä miksi, pitäisi olla DanteLabs:in tukeen yhteydessä. Kaikki tiedostot ovat siis .gz pakattuja

Kokeilkaapa avata parin gigatavun tiedostoa vaikka excelistä,,menee hyvin jumiin ja kertokaa se sadalla.. Tähän tarkoitukseen tarvitaan ihan omat sovellukset jotka pureskelee tiedostoja.

Mukaan saatavia tiedostoja ovat seuraavat:
SV.TBI
SV.VCF
CNV.TBI
CNV.VCF
FASTQR1
FASTQR2
BAM.BAI
BAM
SNP.VCF
INDEL.VCF
SNP.TBI
INTEL.TBI

Josta tärkein on tuo BAI joka on omassa tapauksessani sen 352 Gt. sekä snp eli "snipit" 1,2Gt..

Ainiin,
Yön aikana oli fastq lataus stopannut ja koska latauslinkki on aina kertakäyttöinen (tietosuoja estää ulkopuolisen varastamasta pakettia) on aloitettava lataus taas alusta.
38Gt paketti, joka on muuten avattuna 188Gt ja näitä tulee nyt sitten kaksi eli tuo 370Gt .

Huomioikaa että sisältö on tekstitiedostoa, joka antaa hyvän käsityksen materiaalin määrästä ja ihmisen monimuotoisuutesta.
Joku väitti että 23andme datamäärät olisi joitakin gigatavuja.. en tiedä, en ole asiaa varmistanut enkä henkilökohtaisesti nähnyt, mutta olisi kyllä ihan linjassa 1%:n osuudellaan.

Tiedostoja voi  avata aikaisemmin mainitulla Glogg:lla, mutta se ei ole varsinaisesti DNA-tiedon lukemiseen tehty,vaan erittäin suurten tietomassojen lukemiseen tarkoitettu sovellus.
Meni taas julmetusti aikaa hukkaan, Glogg osasi kyllä näyttää tuon viestiketjussa olevan ensimmäisen kuvan. sen jälkeen data on pelkkää sotkua.

Yritän illalla etsiä lisää sopivia softia. Harmillisesti valtaosa on unix.pohjaisia joten windows-ihmisenä ongelma on entistä vaikeampi.
Jos joku löytää hyviä bai tiedoston lukemiseen tarkoitettuja winkkari-sovelluksia niin saa auttaa!
Palkaksi saa hyvän mielen ja vielä pidemmän viestiketjun :)

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

coineye kirjoitti:
Itselläni vähän sama homma.

Harrastin aikoinaan suojaamatonta seksiä erään naisen kanssa

koska naisella oli yksi lapsi niin kuvittelin että hänellä on vähintään

kierukka?

No annas olla yhtenä iltana kun se puki vaatteitaan päälle se

sano: "Kuule ...... meidän pitäis vähä puhua ku mää oon raskaana"?

"Mitä eikö sulla pitäny olla joku ehkäisy"+

"Noko ei ne passannu mulle"

"Mä olen yli 50v mies mä en saa biologisesti 

enää siittää lapsia, tee abortti minä maksan".

"Ai jaa no ei se lapsi varmaan ookkaan sun".

(Se oli kattokaas pannu ristiin kahta äijää)?

Siitä meni aikaa niin se isä num.2

tuli puhuttaan mua (eli parisuhteessa tän tulevan äidin kanssa).

"Sano: Kuule ...... mä teen DNA testin siitä lapsesta"!

---snip---

Jos se todetaan virallisesti niin napsahtaa iloisesti sitten myös elatusmaksut.. tieto lisää tuskaa.

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

Laitetaan tähän hyödyllisiä webbisivuja mistä pääsee vähän alkuun:
 

http://dnagenics.com/tools/dna-kit-studio-v2-8/
*sovellus konversioihin
 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/
geenikartasto
 

https://anthrogenica.com/showthread.php?12075-Dante-Labs-(WGS)/page28
Forum-aiheesta
 

https://dna.land/vcf-info
Glogg-sovellus
 

https://bio.tools/
Erilaisia softia
 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial1/
*Genomi Workbenc-sovellus

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

NotYet kirjoitti:
Joko aloittaja on löytänyt DNA:staan metsästäjän tai maanviljelijän geenit?

Voi kun olisin. Taistelen vieläkin tuon lukemisen kanssa.. Nyt kuitenkin pientä edistymistä!
SNP-tiedostosta on helpointa aloittaa. Tiedoston sisältö ei ole kuin 1,2Gt (lajiteltua tekstipohjaista tietoa) ja se on suoraan selväkielisesti luettavaa.

Laitoin kuvan snp.vcf-tiedoston sisältä, kun sitä täällä joku kaipaili. 
(ajan tuota snp:tä Gloss-sovelluksella)

eli eli

samaa kohtaa viitaten voidaan käyttää esimerkkinä tuota sijaintitietoa: 15990431. (ks.kuva)
15990431 --- CT muodossa se lasketaan valtaväestöstä poikkeavaksi.
 

Ensimmäinen numero kertoo missä kromosomissa tuo on; 19. CT on genomityypin tieto, perässä oleva luku tarkoittaa millaisella laadulla tuo on saatu talteen 50 - PASS. Loppu sotku on ilmeisesti jonkinlaista filtteriä.

Tässä tapauksessa kehoni reagoi kyseiseen lääkeaineeseen eri tavalla kuin enemmistö!

CC-olisi normaali ja TT- tarvitsee suuremman annoksen. CT-tarvitsee pienemmän annoksen kuin normaalisti.
Mielestäni tälläinen tieto on pirun tärkeää siinä vaiheessa, kun lääkäri määräisi sitä minulle. Omassa tapauksessani pienempikokoisena CT-poikkeamalla, niin annostus menisikin jo metsään ja verenvuoto tai muut oireet olisivat voimakkaampia!

Aikaisemmin moista lääkkeiden kohdentamista osannut edes ajatella. Parhaimmassa tapauksessa sitä voidaan miettiä jo etukäteen eikä vasta kun lääkettä on otettu ja oireet ovat sen mukaiset.
 

Tässä vielä linkki yhdisteeseen:
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/15990431#section=3D-Conformer
 

Ja ohessa linkki missä lääkeaineessa kyseistä yhdistettä on käytetty:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=ACENOCOUMAROL
 

Eli kun puhutaan, voiko dna-testiin luottaa, niin jokainen voi itse tarkistaa onko tieto oikeasti validia, ja tässä tapauksessa oli!

NotYet
Seuraa 
Viestejä4141

Kovaa bisnestä

"...This means that 300 people will receive their long-awaited, full results every week... "

kehuu tämä Dante Labs, eli vuodessa  about 52*300 ?, milloin puolet Maan väestöstä on saanut tietonsa, ehtiikö väestö kasvaa nopeammin?

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

NotYet kirjoitti:
Kovaa bisnestä

"...This means that 300 people will receive their long-awaited, full results every week... "

kehuu tämä Dante Labs, eli vuodessa  about 52*300 ?, milloin puolet Maan väestöstä on saanut tietonsa, ehtiikö väestö kasvaa nopeammin?

tavoite on vielä kovempi.. eli 100k seuraavan kolmen vuoden aikana..haluavat vielä kiihdyttää tahtia ja kun prosessi alkaa olemaan lähes täysin automatisoitu, niin kyllähän tuo on ihan mahdollista. Se tuo myös hintaa alespäin joka taas kiihdyttää kasvua.. ja en valita! oma datan hyödyntäminen ei saisi olla Suomessa rahasta kiinni.

Itseasiassa pistin lähetteen 2v.sitten HUS:n genetiikan yksikölle, mutta kieltäytyivät tekevästä seulontaa.. joten pitää myös todeta, että onneksi on vaihtoehtoja!

Ville-78
Seuraa 
Viestejä17

Tilasin ihan mielenkiinnosta itselleni ravintosuosituksen perustuen geenipohjaan.. Näytti olevan kampanjahinta ja kun dna-on jo valmiiksi palvelussa, niin tuo pitäisi olla pelkkää jäiden polttelua.

NotYet
Seuraa 
Viestejä4141

Ville-78 kirjoitti:
Tilasin ihan mielenkiinnosta itselleni ravintosuosituksen perustuen geenipohjaan.. Näytti olevan kampanjahinta ja kun dna-on jo valmiiksi palvelussa, niin tuo pitäisi olla pelkkää jäiden polttelua.

Ensireaktioni oli, että kuulostaa mustalta magialta eli lakritsilta, mutta onhan tuossa ideaa. Kyllähän yleiset suositukset, vältä sitä, enemmän tätä, liiku jne. koskee kaikkia, mutta jokainenhan on yksilö, geeneissähän ne erot ovat.

Minijehova
Seuraa 
Viestejä18351

Ville-78 kirjoitti:
Tilasin ihan mielenkiinnosta itselleni ravintosuosituksen perustuen geenipohjaan.. Näytti olevan kampanjahinta ja kun dna-on jo valmiiksi palvelussa, niin tuo pitäisi olla pelkkää jäiden polttelua.

Tuo ravintoasia ja viallisten lasten välttely lienevät tällä hetkellä datan tärkeimmät käyttökohteet.

MJ

Sivut

Suosituimmat

Uusimmat

Sisältö jatkuu mainoksen alla

Uusimmat

Suosituimmat